| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_007793 | 616,729 | A→T | P791P (CCA→CCT) | SAUSA300_RS02920 → | serine‑aspartate repeat‑containing protein D |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_007793 | 616,729 | 0 | A | T | 92.2% | 140.3 / 12.8 | 129 | P791P (CCA→CCT) | SAUSA300_RS02920 | serine‑aspartate repeat‑containing protein D |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (9/1); new base T (119/0); total (128/1) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.75e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.68e-01 | |||||||||||
Only 100 of 137 total aligned reads displayed.
GGTAGCGACATTGAAAAAGACTCTAATGGTTTAACAACAACAGGTGTTATTAATGGTGCTGATAACATGACATTAGATAGTGGATTCTACAAAACAC‑‑‑CAAAATATAATTTAGGTAATTATGTATGGGAAGATACAAATAAAGATGGTAAGCAGGATTCAACTGAAAAAGGTATTTCAGGCGTAACAGT > NC_007793/616631‑616818 | ggTAGCGACATTGAAAAAGACTCTAATGGTTTAACAACAACAGGTGTTATTAATGGTGCTGATAACATGACATTAGATAGTGGATTCTACAAAACAC‑‑‑Caa > 1:3648373/1‑100 (MQ=255)ggTAGCGACATTGAAAAAGACTCTAATGGTTTAACAACAACAGGTGTTATTAATGGTGCTGATAACATGACATTAGATAGTGGATTCTACAAAACAC‑‑‑Caa > 1:5916651/1‑100 (MQ=255)ggTAGCGACATTGAAAAAGACTCTAATGGTTTAACAACAACAGGTGTTATTAATGGTGCTGATAACATGACATTAGATAGTGGATTCTACAAAACAC‑‑‑Caa > 1:1884537/1‑100 (MQ=255)ggTAGCGACATTGAAAAAGACTCTAATGGTTTAACAACAACAGGTGTTATTAATGGTGCTGATAACATGACATTAGATAGTGGATTCTACAAAACAC‑‑‑Caa > 1:1005359/1‑100 (MQ=255)ggTAGCGACATTGAAAAAGACTCTAATGGTTTAACAACAACAGGTGTTATTAATGGTGCTGATAACATGACATTAGATAGTGGATTCTACAAAACAC‑‑‑Caa > 1:6500643/1‑100 (MQ=255)ggTAGCGACATTGAAAAAGACTCTAATGGTTTAACAACAACAGGTGTTATTAATGGTGCTGATAACATGACATTAGATAGTGGATTCTACAAAACAC‑‑‑Caa > 1:863172/1‑100 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 18 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |