| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_007793 | 613,036 | A→T | G630G (GGA→GGT) | SAUSA300_RS02915 → | serine‑aspartate repeat‑containing protein C |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_007793 | 613,036 | 0 | A | T | 96.3% | 804.5 / 1.4 | 415 | G630G (GGA→GGT) | SAUSA300_RS02915 | serine‑aspartate repeat‑containing protein C |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (14/1); new base T (376/12); total (402/13) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.94e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.41e-01 | |||||||||||
Only 100 of 415 total aligned reads displayed.
TAGTGGATTCTACAAAACAC‑‑‑CAAAATATAGTTTAGGTGATTATGTTTGGTACGACAGTAATAAAGATGGTAAACAAGA‑TTCGACTGAAAAAGGAATTAAAGGTGTTAAAGTTACTTTGCAAAACGAAAAAGGCGAAGTAATTG‑GTACAACTGAAACAGATGAAAATGGTAAATACCGCTTTGATAATTT > NC_007793/612943‑613131 | tAGTGGATTCTACAAAACGCCTTCTAAATACAGCTTAGGGGATTATGTATGGTACGATTCTAATAAAGATGGTTACCAAGA‑CAATAATGAAAAAGGTAtt > 1:4992907/1‑100 (MQ=2) tGGATTCTACAAAACACCTTCTAAATACAGCTTAGGTGATTATGTATGGTACGATTCTAATAAAGATGGTTACCAAGA‑CAATGATGAAAAAGGTATTaaa > 1:2468367/1‑100 (MQ=9) aacgccttctaaaTACAGCTTAGGTGATTATGTATGGTACGATTCTAATAAAGATGGTTACCAAGA‑CAATGATGAAAAAGGTATTAAAGGTGTTAAAGtt > 1:3346031/11‑100 (MQ=255) acgccttctaaaTACAGCTTAGGTGATTATGTATGGTACGATTCTAATAAAGATGGTTACCAAGA‑CAATGATGAAAAGGGTATTAAAGGTGTTAAAGTTa > 1:1515316/10‑100 (MQ=255) acgccttctaaaTACAGCTTAGGTGATTATGTATGGTACGATTCTAATAAAGATGGTTACCAAGA‑CAATGATGAAAAAGGTATTAAAGGTGTTAAAGTTa > 1:3064563/10‑100 (MQ=255) cgccttctaaaTACAGCTTAGGTGATTATGTATGGTACGATTCTAATAAAGATGGTTACCAAGA‑CAATGATGAAAAAGGTATTAAAGGTGTTAAAGTTAc > 1:5776678/9‑100 (MQ=255) 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1:6324547/1‑95 (MQ=255) aaaTACAGCTTAGGTGATTATGTATGGTACGATTCTAATAAAGATGGTTACCAAGA‑CAATGATGAAAAAGGTATTAAAGGTGTTAAAGTTACtttagaag > 1:5284956/1‑95 (MQ=9) aaaTACAGCTTAGGTGATTATGTATGGTACGATTCTAATAAAGATGGTTACCAAGA‑CAATGATGAAAAAGGTATTAAAGGTGTTAAAGTTACtttagaag > 1:2790826/1‑95 (MQ=9) aaaTACAGCTTAGGTGATTATGTATGGTACGATTCTAATAAAGATGGTTACCAAGA‑CAATGATGAAAAAGGTATTAAAGGTGTTAAAGTTACtttaatag > 1:5104079/1‑95 (MQ=9) aaaTACAGCTTAGGTGATTATGTATGGTACGATTCTAATAAAGATGGTTACCAAGA‑CAATGATGAAAAAGGTATTAAAGGTGTTAAAGTTACtttaatag > 1:3637639/1‑95 (MQ=9) aaaTACAGCTTAGGTGATTATGTATGGTACGATTCTAATAAAGATGGTTACCAAGA‑CAATGATGAAAAAGGTATTAAAGGTGTTAAAGTTACtttaagag > 1:3789692/1‑95 (MQ=9) aaaTACAGCTTAGGTGATTATGTATGGTACGATTCTAATAAAGATGGTTACCAAGA‑CAATGATGAAAAAGGTATTAAAGGTGTTAAAGTTACtttaaaag > 1:3705179/1‑95 (MQ=9) aaaTACAGCTTAGGTGATTATGTATGGTACGATTCTAATAAAGATGGTTACCAAGA‑CAATGATGAAAAAGGTATTAAAGGTGTTAAAGTTACtttaaaag > 1:4361405/1‑95 (MQ=9) 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1:5450884/1‑99 (MQ=2) gAAAAAGGTATTAAAGGTGTTAAAGTTACTTTAAAAGATAGTGAAGG‑TAACACATTGAAAACAACTGAAACTGATGAAAATGGTAAGTATCGCTTTGAtg > 1:6053757/1‑99 (MQ=2) ccaaaaGGCATTAAAGGTGTTAAAGTTACTTTAAAAGATAGTGAAGGTAACACATTAA‑AAACAACTGAAACTGATGAAAATGGTAAGTATCGCTTTGAtg > 1:3029585/3‑99 (MQ=255) aaaaGGTATTAAAGGTGTTAAAGTTACTTTAAAAGATAGTGAAGGTAACACATTAA‑AAACAACTGAAACTGATGAAAATGGTAAGTATCGCTTTGAtgac > 1:4329480/1‑97 (MQ=2) | TAGTGGATTCTACAAAACAC‑‑‑CAAAATATAGTTTAGGTGATTATGTTTGGTACGACAGTAATAAAGATGGTAAACAAGA‑TTCGACTGAAAAAGGAATTAAAGGTGTTAAAGTTACTTTGCAAAACGAAAAAGGCGAAGTAATTG‑GTACAACTGAAACAGATGAAAATGGTAAATACCGCTTTGATAATTT > NC_007793/612943‑613131 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 18 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |