| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_007793 | 612,988 | T→A | V614V (GTT→GTA) | SAUSA300_RS02915 → | serine‑aspartate repeat‑containing protein C |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_007793 | 612,988 | 0 | T | A | 99.2% | 1922.4 / 1.5 | 1114 | V614V (GTT→GTA) | SAUSA300_RS02915 | serine‑aspartate repeat‑containing protein C |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (8/1); new base A (1072/33); total (1080/34) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.44e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.29e-01 | |||||||||||
Only 100 of 1114 total aligned reads displayed.
TGGACTAACTACAACAGGTGTCATTAAAGACGCTGACAACATGACATTAGATAGTGGATTCTACAAAACAC‑‑‑CAAAATATAGTTTAGGTGATTATGTTTGGTACGACAGTAATAAAGATGGTAAACAAGATTCGACTGAAAAAGGAATTAAAGGTGTTAAAGTTACTTTGCAAAACGAAAAAGG > NC_007793/612892‑613074 | gtacaaTTAAAGATGCTGACAACTGGACTTTAGATAGTGGATTCTACAAAACGCCTTCTAAATACAGCTTAGGTGATTATGTATGGTACGATTCtaataa < 1:2279006/95‑1 (MQ=9) cacaaTTAAAGATGCTGACAACTGGACTTTAGATAGTGGATTCTACAAAACGCCTTCTAAATACAGCTTAGGTGATTATGTATGGTACGATTCTAATaaa > 1:4847653/5‑100 (MQ=9) acaaTTAAAGATGCTGACAACTGGACTTTAGATAGTGGATTCTACAAAACGCCTTCTAAATACAGCTTAGGTGATTATGTATGGTACGATTCTAATAAAg > 1:1155816/4‑100 (MQ=9) cgatgCTGACAACTGGACTTTAGATAGTGGATTCTACAAAACGCCTTCTAAATACAGCTTAGGTGATTATGTATGGTACGATTCTAATAAAGATGGttac > 1:5033017/5‑97 (MQ=9) acttgCTGACAACTGGACTTTAGATAGTGGATTCTACAAAACGCCTTCTAAATACAGCTTAGGTGATTATGTATGGTACGATTCTAATAAAGATGGttac > 1:4664436/5‑97 (MQ=9) ttgccTGACAACTGGACTTTAGATAGTGGATTCTACAAAACGCCTTCTAAATACAGCTTAGGTGATTATGTATGGTACGATTCTAATAAAGATGGttacc > 1:5134289/5‑96 (MQ=9) gatgCTGACAACTGGACTTTAGATAGTGGATTCTACAAAACGCCTTCTAAATACAGCTTAGGTGATTATATATGGTACGATTCTAATAAAGATGGttacc > 1:6064562/4‑96 (MQ=9) atgCTGACAACTGGACTTTAGATAGTGGATTCTACAAAACGCCTTCTAAATACAGCTTAGGTGATTATGTATGGTACGATTCTAATAAAGATGGttacca > 1:705842/3‑95 (MQ=9) atgCTGACAACTGGACTTTAGATAGTGGATTCTACAAAACGCCTTCTAAATACAGCTTAGGTGATTATGTATGGTACGATTCTAATAAAGATGGttacca > 1:6370946/3‑95 (MQ=9) gCTGACAACTGGACTTTAGATAGTGGATTCTACAAAACGCCTTCTAAATACAGCTTAGGTGATTATGTATGGTACGATTCTAATAAAGATGGTTACCAAg > 1:2954505/1‑100 (MQ=9) gCTGACAACTGGACTTTAGATAGTGGATTCTACAAAACGCCTTCTAAATACAGCTTAGGTGATTATGTATGGTACGATTCTAATAAAGATGGTTACCAAg > 1:5366373/1‑100 (MQ=9) gCTGACAACTGGACTTTAGATAGTGGATTCTACAAAACGCCTTCTAAATACAGCTTAGGTGATTATGTATGGTACGATTCTAATAAAGATGGTTACCAAg > 1:2408848/1‑100 (MQ=9) gCTGACAACTGGACTTTAGATAGTGGATTCTACAAAACGCCTTCTAAATACAGCTTAGGTGATTATGTATGGTACGATTCTAATAAAGATGGTTACCAAg > 1:2445302/1‑100 (MQ=9) ccTGACAACTGGACTTTAGATAGTGGATTCTACAAAACGCCTTCTAAATACAGCTTAGGTGATTATGTATGGTACGATTCTAATAAAGATGGTTACCAAg > 1:3787067/2‑100 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ccttctaaaTACAGCTTAGGTGATTATGTATGGTACGATTCTAATAAAGATGGTTACCAAGACAATGATGAAAAAGGTATTAAAGGTGTTAAAGTTACtt < 1:5775252/94‑1 (MQ=255) tactaaaTACAGCTTAGGTGATTATGTATGGTACGATTCTAATAAAGATGGTTACCAAGACAATGATGAAAAAGGTATTAAAGGTGTTAAAGTTACttca > 1:5181314/5‑98 (MQ=255) ctaaaTACAGCTTAGGTGATTATGTATGGTACGATTCTAATAAAGATGGTTACCAAGACAATGATGAAAAAGGTATTAAAGGTGTTAAAGTTACtttaaa > 1:4368134/3‑97 (MQ=255) ctaaaTACAGCTTAGGTGATTATGTATGGTACGATTCTAATAAAGATGGTTACCAAGACAATGATGAAAAAGGCATTAAAGGTGTTAAAGTTACtttaaa > 1:4536828/3‑97 (MQ=255) aaaTACAGCTTAGGTGATTATGTATGGTACGATTCTAATAAAGATGGTTACCAAGACAATGATGAAAAAGGTATTAAAGGTGTTAAAGTTAcgtataaag > 1:5906941/1‑92 (MQ=255) aaaTACAGCTTAGGTGATTATGTATGGTACGATTCTAATAAAGATGGTTACCAAGACAATGATGAAAAAGGTATTAAAGGTGTTAAAGTTAccctaaaag > 1:3303295/1‑92 (MQ=255) aaaTACAGCTTAGGTGATTATGTATGGTACGATTCTAATAAAGATGGTTACCAAGACAATGATGAAAAAGGTATTAAAGGTGTTAAAGTTAcactaaaag > 1:1808010/1‑92 (MQ=255) aaaTACAGCTTAGGTGATTATGTATGGTACGATTCTAATAAAGATGGTTACCAAGACAATGATGAAAAAGGTATTAAAGGTGTTAAAGTTACttttagag > 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> 1:2066897/1‑95 (MQ=9) aaaTACAGCTTAGGTGATTATGTATGGTACGATTCTAATAAAGATGGTTACCAAGACAATGATGAAAAAGGTATTAAAGGTGTTAAAGTTACtttaaaag > 1:4426706/1‑95 (MQ=9) aaaTACAGCTTAGGTGATTATGTATGGTACGATTCTAATAAAGATGGTTACCAAGACAATGATGAAAAAGGTATTAAAGGTGTTAAAGTTACtttaaaag > 1:2357566/1‑95 (MQ=9) aaaTACAGCTTAGGTGATTATGTATGGTACGATTCTAATAAAGATGGTTACCAAGACAATGATGAAAAAGGTATTAAAGGTGTTAAAGTTACttcaaaag > 1:2703310/1‑94 (MQ=255) aaaTACAGCTTAGGTGATTATGTATGGTACGATTCTAATAAAGATGGTTACCAAGACAATGATGAAAAAGGTATTAAAGGTGTTAAAGTTACtagaataa > 1:5949364/1‑93 (MQ=255) aaaTACAGCTTAGGTGATTATGTATGGTACGATTCTAATAAAGATGGTTACCAAGACAATGATGAAAAAGGTATTAAAGGTGTTAAAGTTACtacaaaag > 1:3074896/1‑93 (MQ=255) aaaTACAGCTTAGGTGATTATGTATGGTACGATTCTAATAAAGATGGTTACCAAGACAATGATGAAAAAGGTATTAAAGGTGTTAAAGTTACTTTACaag > 1:3011002/1‑99 (MQ=9) aaaTACAGCTTAGGTGATTATGTATGGTACGATTCTAATAAAGATGGTTACCAAGACAATGATGAAAAAGGTATTAAAGGTGTTAAAGTTACTATGaaag > 1:3643047/1‑99 (MQ=255) aaaTACAGCTTAGGTGATTATGTATGGTACGATTCTAATAAAGATGGTTACCAAGACAATGATGAAAAAGGGATTAAAGGTGTTAAAGTTACtttaaaag > 1:3609062/1‑95 (MQ=9) aaaTACAGCTTAGGTGATTATGTATGGTACGATTCTAATAAAGATGGTTACCAAGACAATGATGAAAAAGGAATTAAAGGTGTTAAAGTTACtttaaaag > 1:5247036/1‑95 (MQ=9) aaaTACAGCTTAGGTGATTATGTATGGTACGATTCAAATAAAGATGGTTACCAAGACAATGATGAAAAAGGTATTAAAGGTGTTAAAGTTACttcagatc > 1:4062739/1‑94 (MQ=255) aaaTACAGCTTAGGTGATTATGTATGGTACGACTCTAATAAAGATGGTTACCAAGACAATGATGAAAAAGGTATTAAAGGTGTTAAAGTTAccataaaag > 1:1107522/1‑92 (MQ=255) aaaTACAGCTTAGGCGATTATGTATGGTACGATTCTAATAAAGATGGTTACCAAGACAATGATGAAAAAGGTATTAAAGGTGTTAAAGTTACtttaaaag > 1:5641415/1‑95 (MQ=9) aaaTACAGCTTAGGAGATTATGTATGGTACGATTCTAATAAAGATGGTTACCAAGACAATGATGAAAAAGGTATTAAAGGTGTTAAAGTTACtttaaaag > 1:1552542/1‑95 (MQ=9) atacAGCTTAGGTGATTATGTATGGTACGATTCTAATAAAGATGGTTACCAAGACAATGATGAAAAAGGTATTAAAGGTGTTAAAGTTACtttataagat > 1:3485553/1‑93 (MQ=2) tAGGTGATTATGTATGGTACGATTCTAATAAAGATGGTTACCAAGACAATGATGAAAAAGGTATTAAAGGTGTTAAAGTTACTTTaaaaaatagatcgga > 1:5151356/1‑91 (MQ=255) | TGGACTAACTACAACAGGTGTCATTAAAGACGCTGACAACATGACATTAGATAGTGGATTCTACAAAACAC‑‑‑CAAAATATAGTTTAGGTGATTATGTTTGGTACGACAGTAATAAAGATGGTAAACAAGATTCGACTGAAAAAGGAATTAAAGGTGTTAAAGTTACTTTGCAAAACGAAAAAGG > NC_007793/612892‑613074 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 17 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |