| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_007793 | 612,973 | T→C | S609S (AGT→AGC) | SAUSA300_RS02915 → | serine‑aspartate repeat‑containing protein C |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_007793 | 612,973 | 0 | T | C | 99.2% | 1845.5 / ‑1.0 | 1108 | S609S (AGT→AGC) | SAUSA300_RS02915 | serine‑aspartate repeat‑containing protein C |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (8/1); new base C (1066/33); total (1074/34) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.45e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.94e-01 | |||||||||||
Only 100 of 1108 total aligned reads displayed.
TGGACTAACTACAACAGGTGTCATTAAAGACGCTGACAACATGACATTAGATAGTGGATTCTACAAAACAC‑‑‑CAAAATATAGTTTAGGTGATTATGTTTGGTACGACAGTAATAAAGATGGTAAACAAGATTCGACTGAAAAAGGAATTAAAGGTGTTAAAGTTACTTTGCAAAACG > NC_007793/612892‑613067 | gtacaaTTAAAGATGCTGACAACTGGACTTTAGATAGTGGATTCTACAAAACGCCTTCTAAATACAGCTTAGGTGATTATGTATGGTACGATTCtaataa < 1:2279006/95‑1 (MQ=9) acaaTTAAAGATGCTGACAACTGGACTTTAGATAGTGGATTCTACAAAACGCCTTCTAAATACAGCTTAGGTGATTATGTATGGTACGATTCTAATAAAg > 1:2226458/4‑100 (MQ=9) acaaTTAAAGATGCTGACAACTGGACTTTAGATAGTGGATTCTACAAAACGCCTTCTAAATACAGCTTAGGTGATTATGTATGGTACGATTCTAATAAAg > 1:1155816/4‑100 (MQ=9) cgatgCTGACAACTGGACTTTAGATAGTGGATTCTACAAAACGCCTTCTAAATACAGCTTAGGTGATTATGTATGGTACGATTCTAATAAAGATGGttac > 1:5033017/5‑97 (MQ=9) acttgCTGACAACTGGACTTTAGATAGTGGATTCTACAAAACGCCTTCTAAATACAGCTTAGGTGATTATGTATGGTACGATTCTAATAAAGATGGttac > 1:4664436/5‑97 (MQ=9) ttgccTGACAACTGGACTTTAGATAGTGGATTCTACAAAACGCCTTCTAAATACAGCTTAGGTGATTATGTATGGTACGATTCTAATAAAGATGGttacc > 1:5134289/5‑96 (MQ=9) 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TGGACTAACTACAACAGGTGTCATTAAAGACGCTGACAACATGACATTAGATAGTGGATTCTACAAAACAC‑‑‑CAAAATATAGTTTAGGTGATTATGTTTGGTACGACAGTAATAAAGATGGTAAACAAGATTCGACTGAAAAAGGAATTAAAGGTGTTAAAGTTACTTTGCAAAACG > NC_007793/612892‑613067 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 18 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |