| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_007793 | 612,970 | T→C | Y608Y (TAT→TAC) | SAUSA300_RS02915 → | serine‑aspartate repeat‑containing protein C |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_007793 | 612,970 | 0 | T | C | 99.1% | 1771.6 / ‑0.3 | 1069 | Y608Y (TAT→TAC) | SAUSA300_RS02915 | serine‑aspartate repeat‑containing protein C |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (9/1); new base C (1027/31); total (1037/32) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.63e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 2.46e-01 | |||||||||||
Only 100 of 1110 total aligned reads displayed.
ATGATGCTGTAGATTCTGATGGACTAACTACAACAGGTGTCATTAAAGACGCTGACAACATGACATTAGATAGTGGATTCTACAAAACAC‑‑‑CAAAATATAGTTTAGGTGATTATGTTTGGTACGACAGTAATAAAGATGGTAAACAAGATTCGACTGAAAAAGGAATTAAAGGTGTTAAAGTTACTTTGCAAAACG > NC_007793/612873‑613067 | acaaTTAAAGATGCTGACAACTGGACTTTAGATAGTGGATTCTACAAAACGCCTTCTAAATACAGCTTAGGTGATTATGTATGGTACGATTCTAATAAAg > 1:1155816/4‑100 (MQ=9) aaGATGCTGACAACTGGACTTTAGATAGTGGATTCTACAAAACGCCTTCTAAATACAGCTTAGGTGATTATGTATGGTACGATTCTAATAAAGATGGtta > 1:4737863/1‑98 (MQ=9) acttgCTGACAACTGGACTTTAGATAGTGGATTCTACAAAACGCCTTCTAAATACAGCTTAGGTGATTATGTATGGTACGATTCTAATAAAGATGGttac > 1:4664436/5‑97 (MQ=9) ttgccTGACAACTGGACTTTAGATAGTGGATTCTACAAAACGCCTTCTAAATACAGCTTAGGTGATTATGTATGGTACGATTCTAATAAAGATGGttacc > 1:5134289/5‑96 (MQ=9) gatgCTGACAACTGGACTTTAGATAGTGGATTCTACAAAACGCCTTCTAAATACAGCTTAGGTGATTATATATGGTACGATTCTAATAAAGATGGttacc > 1:6064562/4‑96 (MQ=9) atgCTGACAACTGGACTTTAGATAGTGGATTCTACAAAACGCCTTCTAAATACAGCTTAGGTGATTATGTATGGTACGATTCTAATAAAGATGGttacca > 1:705842/3‑95 (MQ=9) 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> 1:361257/1‑95 (MQ=9) aaaTACAGCTTAGGTGATTATGTATGGTACGATTCTAATAAAGATGGTTACCAAGACAATGATGAAAAAGGTATTAAAGGTGTTAAAGTTACtttaaaag > 1:3018823/1‑95 (MQ=9) aaaTACAGCTTAGGTGATTATGTATGGTACGATTCTAATAAAGATGGTTACCAAGACAATGATGAAAAAGGTATTAAAGGTGTTAAAGTTACtttaaaag > 1:4426706/1‑95 (MQ=9) aaaTACAGCTTAGGTGATTATGTATGGTACGATTCTAATAAAGATGGTTACCAAGACAATGATGAAAAAGGTATTAAAGGTGTTAAAGTTACtataaaag > 1:4302932/1‑93 (MQ=255) aaaTACAGCTTAGGTGATTATGTATGGTACGATTCTAATAAAGATGGTTACCAAGACAATGATGAAAAAGGTATTAAAGGTGTTAAAGTTACgttaaaag > 1:2594465/1‑95 (MQ=255) aaaTACAGCTTAGGTGATTATGTATGGTACGATTCTAATAAAGATGGTTACCAAGACAATGATGAAAAAGGTATTAAAGGTGTTAAAGTTACcttagaag > 1:3153049/1‑95 (MQ=255) aaaTACAGCTTAGGTGATTATGTATGGTACGATTCTAATAAAGATGGTTACCAAGACAATGATGAAAAAGGTATTAAAGGTGTTAAAGTTACTTTGaaag > 1:5554385/1‑99 (MQ=255) aaaTACAGCTTAGGTGATTATGTATGGTACGATTCTAATAAAGATGGTTACCAAGACAATGATGAAAAAGGTATTAAAGGTGTTAAAGTTACTCTGcgca > 1:3312767/1‑97 (MQ=255) aaaTACAGCTTAGGTGATTATGTATGGTACGATTCTAATAAAGATGGTTACCAAGACAATGATGAAAAAGGAATTAAAGGTGTTAAAGTTACtttaaaag > 1:5247036/1‑95 (MQ=9) aaaTACAGCTTAGGTGATTATGTATGGTACGATTCAAATAAAGATGGTTACCAAGACAATGATGAAAAAGGTATTAAAGGTGTTAAAGTTACttcagatc > 1:4062739/1‑94 (MQ=255) aaaTACAGCTTAGGTGATTATGTATGGTACGACTCTAATAAAGATGGTTACCAAGACAATGATGAAAAAGGTATTAAAGGTGTTAAAGTTAccataaaag > 1:1107522/1‑92 (MQ=255) aaaTACAGCTTAGGCGATTATGTATGGTACGATTCTAATAAAGATGGTTACCAAGACAATGATGAAAAAGGTATTAAAGGTGTTAAAGTTACtttaaaag > 1:5641415/1‑95 (MQ=9) aaaTACAGCTTAGGAGATTATGTATGGTACGATTCTAATAAAGATGGTTACCAAGACAATGATGAAAAAGGTATTAAAGGTGTTAAAGTTACtttaaaag > 1:1552542/1‑95 (MQ=9) aaaTAAAGCTTAGGTGATTATGTATGGTACGATTCTAATAAAGATGGTTACCAAGACAATGATGAAAAAGGTATTAAGGGTGTTAAAGTTACttttaaag > 1:3862911/1‑95 (MQ=255) atacAGCTTAGGTGATTATGTATGGTACGATTCTAATAAAGATGGTTACCAAGACAATGATGAAAAAGGTATTAAAGGTGTTAAAGTTACtttaaaagat > 1:2973133/1‑93 (MQ=9) atacAGCTTAGGTGATTATGTATGGTACGATTCTAATAAAGATGGTTACCAAGACAATGATGAAAAAGGTATTAAAGGTGTTAAAGTTACattaaaagat > 1:286539/1‑93 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 16 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |