| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_007793 | 612,922 | C→T | D592D (GAC→GAT) | SAUSA300_RS02915 → | serine‑aspartate repeat‑containing protein C |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_007793 | 612,922 | 0 | C | T | 85.7% | 55.5 / 10.2 | 70 | D592D (GAC→GAT) | SAUSA300_RS02915 | serine‑aspartate repeat‑containing protein C |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (9/1); new base T (48/12); total (57/13) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.75e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.44e-02 | |||||||||||
GCAAATGTAGGTACAGATGATGCTGTAGATTCTGATGGACTAACTACAACAGGTGTCATTAAAGACGCTGACAACATGACATTAGATAGTGGATTCTACAAAACAC‑‑‑CAAAATATAGTTTAGGTGATTATGTTTGGTACGACAGTAATAAAGATGGTAAACAA > NC_007793/612857‑613018 | gCAAATGTAGGTACAGATGATGCTGTAGATTCTGATGGACTAACTACAACAGGTGTCATTAAAGACGCTGACAACATGACATTAGATAGTGGATTCTACa > 1:692736/1‑100 (MQ=255) tAGGTACAGATGATGCTGTAGATTCTGATGGACTAACTACAACAGGTGTCATTAAAGACGCTGACAACATGACATTAGATAGTGGATTCTACAAAACAc‑‑‑c > 1:2904575/1‑100 (MQ=255) aGGTACAGATGATGCTGTAGATTCTGATGGACTAACTACAACAGGTGTCATTAAAGACGCTGCCAACATGACATTAGATAGTGGATTCTACAAAACAC‑‑‑Ca > 1:5605912/1‑100 (MQ=255) aGGTACAGATGATGCTGTAGATTCTGATGGACTAACTACAACAGGTGTCATTAAAGACGCTGACAACATGACATTAGATAGTGGATTCTACAAAACAC‑‑‑Ca > 1:3565558/1‑100 (MQ=255) ctgatgCTGTAGATTCTGATGGACTAACTACAACAGGCGTCATTAAAGACGCTGACAACATGACATTAGATAGTGGATTCTACAAAACAC‑‑‑CAAAATATAg > 1:4672755/2‑100 (MQ=255) atgatgCTGTAGATTCTGATGGACTAACTACGACAGGTGTCATTAAAGACGCTGACAACATGACATTAGATAGTGGATTCTACAAAACAC‑‑‑CAAAATATAg > 1:394922/1‑100 (MQ=255) tGGACTAACTACAACAGGTGTCATTAAAGACGCTGACAACATGACATTAGATAGTGGATTCTACAAAACAC‑‑‑CAAAATATAGTTTAGGTGATTATGTTTgg > 1:5248739/1‑100 (MQ=255) ggACTAACTACAACAGGTGTCATTAAAGACGCTGACAACATGACATTAGATAGTGGATTCTACAAAACAC‑‑‑CAAAATATAGTTTAGGTGATTATGTTTGGt > 1:2885044/1‑100 (MQ=255) aactaCAACAGGTGTCATTAAAGACGCTGACAACATGACATTAGATAGTGGATTCTACAAAACAC‑‑‑CAAAATATAGTTTAGGTGATTATGTTTGGTACGAc > 1:186257/1‑100 (MQ=255) gtgcaaTTAAAGATGCTGACAACTGGACTTTAGATAGTGGATTCTACAAAACGCCTTCTAAATACAGCTTAGGTGATTATGTATGGTACGATTCtaataa < 1:2559599/95‑1 (MQ=9) gtacaaTTAAAGATGCTGACAACTGTACTTTAGATAGTGGATTCTACAAAACGCCTTCTAAATACAGCTTAGGTGATTATGTATGGTACGATTCtaataa < 1:6617201/95‑1 (MQ=9) gtacaaTTAAAGATGCTGACAACTGGACTTTAGATAGTGGATTCTACAACACGCCTTCTAAATACAGCTTAGGTGATTATGTATGGTACGATTCtaataa < 1:1661282/95‑1 (MQ=9) gtacaaTTAAAGATGCTGACAACTGGACTTTAGATAGTGGATTCTACAAAACGCCTTCTAAATACAGCTTAGGTGATTATGTATGGTACGATTCtaataa < 1:3964811/95‑1 (MQ=9) gtacaaTTAAAGATGCTGACAACTGGACTTTAGATAGTGGATTCTACAAAACGCCTTCTAAATACAGCTTAGGTGATTATGTATGGTACGATTCtaataa > 1:2391487/6‑100 (MQ=9) gtacaaTTAAAGATGCTGACAACTGGACTTTAGATAGTGGATTCTACAAAACGCCTTCTAAATACAGCTTAGGTGATTATGTATGGTACGATTCtaataa > 1:2441178/6‑100 (MQ=9) gtacaaTTAAAGATGCTGACAACTGGACTTTAGATAGTGGATTCTACAAAACGCCTTCTAAATACAGCTTAGGTGATTATGTATGGTACGATTCtaataa > 1:941037/6‑100 (MQ=9) gtacaaTTAAAGATGCTGACAACTGGACTTTAGATAGTGGATTCTACAAAACGCCTTCTAAATACAGCTTAGGTGATTATGTATGGTACGATTCtaataa > 1:5674404/6‑100 (MQ=9) gtacaaTTAAAGATGCTGACAACTGGACTTTAGATAGTGGATTCTACAAAACGCCTTCTAAATACAGCTTAGGTGATTATGTATGGTACGATTCtaataa < 1:759857/95‑1 (MQ=9) gtacaaTTAAAGATGCTGACAACTGGACTTTAGATAGTGGATTCTACAAAACGCCTTCTAAATACAGCTTAGGTGATTATGTATGGTACGATTCtaataa < 1:2279006/95‑1 (MQ=9) gtacaaTTAAAGATGCTGACAACTGGACTTTAGATAGTGGATTCTACAAAACGCCTTCTAAATACAGCTTAGGTGATTATGTATGGTACGATTCtaataa < 1:1167485/95‑1 (MQ=9) gtacaaTTAAAGATGCTGACAACTGGACTTTAGATAGTGGATTCTACAAAACGCCTTCTAAATACAGCTTAGGTGATTATGTATGGTACGATTCtaataa < 1:1548867/95‑1 (MQ=9) gtacaaTTAAAGATGCTGACAACTGGACTTTAGATAGTGGATTCTACAAAACGCCTTCTAAATACAGCTTAGGTGATTATGTATGGTACGATTCtaataa < 1:1851824/95‑1 (MQ=9) gtacaaTTAAAGATGCTGACAACTGGACTTTAGATAGTGGATTCTACAAAACGCCTTCTAAATACAGCTTAGGTAATTAGGTATGGTACGATTCtaataa < 1:89879/95‑1 (MQ=2) gtacaaTTAAAGATGCTGACAACGGGACTTTAGATAGTGGATTCTACAAAACGCCTTCTAAATACAGCTTAGGTGATTATGTATGGTACGATTCtaataa < 1:5821687/95‑1 (MQ=9) tacaaTTAAAGATGCTGACAACTGGACTTTAGATAGTGGATTCTACAAAACGCCTTCTAAATACAGCTTAGGTGATTATGTATGGTACGATTCTAATaaa > 1:2318281/5‑100 (MQ=9) cacaaTTAAAGATGCTGACAACTGGACTTTAGATAGTGGATTCTACAAAACGCCTTCTAAATACAGCTTAGGTGATTATGTATGGTACGATTCTAATaaa > 1:4847653/5‑100 (MQ=9) acaaTTAAAGGTGCTGACAACTGGACTTTAGATAGTGGATTCTACAAAACGCCTTCTAAATACAGCTTAGGTGATTATGTATGGTACGATTCTAATAAAg > 1:1785608/4‑100 (MQ=2) acaaTTAAAGATGCTGACAACTGGACTTTAGATAGTGGATTCTACAAAGCGCCTTCTAAATACAGCTTAGGTGATTATGTATGGTACGATTCTAATAAAg > 1:104459/4‑100 (MQ=9) acaaTTAAAGATGCTGACAACTGGACTTTAGATAGTGGATTCTACAAAACGCCTTCTAAATACAGCTTAGGTGATTATGTATGGTACGATTCTAATAAAg > 1:2439776/4‑100 (MQ=9) acaaTTAAAGATGCTGACAACTGGACTTTAGATAGTGGATTCTACAAAACGCCTTCTAAATACAGCTTAGGTGATTATGTATGGTACGATTCTAATAAAg > 1:1155816/4‑100 (MQ=9) acaaTTAAAGATGCTGACAACTGGACTTTAGATAGTGGATTCTACAAAACGCCTTCTAAATACAGCTTAGGTGATTATGTATGGTACGATTCTAATAAAg > 1:1653101/4‑100 (MQ=9) acaaTTAAAGATGCTGACAACTGGACTTTAGATAGTGGATTCTACAAAACGCCTTCTAAATACAGCTTAGGTGATTATGTATGGTACGATTCTAATAAAg > 1:5181122/4‑100 (MQ=9) acaaTTAAAGATGCTGACAACTGGACTTTAGATAGTGGATTCTACAAAACGCCTTCTAAATACAGCTTAGGTGATTATGTATGGTACGATTCTAATAAAg > 1:5071240/4‑100 (MQ=9) acaaTTAAAGATGCTGACAACTGGACTTTAGATAGTGGATTCTACAAAACGCCTTCTAAATACAGCTTAGGTGATTATGTATGGTACGATTCTAATAAAg > 1:1681325/4‑100 (MQ=9) acaaTTAAAGATGCTGACAACTGGACTTTAGATAGTGGATTCTACAAAACGCCTTCTAAATACAGCTTAGGTGATTATGTATGGTACGATTCTAATAAAg > 1:3867980/4‑100 (MQ=9) acaaTTAAAGATGCTGACAACTGGACTTTAGATAGTGGATTCTACAAAACGCCTTCTAAATACAGCTTAGGTGATTATGTATGGTACGATTCTAATAAAg > 1:2226458/4‑100 (MQ=9) acaaTTAAAGATGCTGACAACTGGACTTTAGATAGTGGATTCTACAAAACGCCTTCTAAATACAGCTTAGGTGATTATGTATGGTACGATTCTAATAAAg > 1:3536699/4‑100 (MQ=9) ccagtAAAGATGCTGACAACTGGACTTTAGATAGTGGATTCTACAAAACGCCTTCTAAATACAGCTTAGGTGATTATGTATGGTACGATTCTAATAAAGa > 1:4430537/5‑100 (MQ=9) aaTTAAAGATGCTGACAACTGGACTTTAGATAGTGGATTCTACAAAACGCCTTCTAAATACAGCTTAGGTGATTATGTATGGTACGATTCTAATAAAGAt > 1:696987/2‑100 (MQ=9) cttAAAGATGCTGACAACTGGACTTTAGATAGTGGATTCTACAAAACGCCTTCTAAATACAGCTTAGGTGATTATGTATGGTACGATTCTAATAAAGATg > 1:11796/2‑100 (MQ=9) gtAAAGATGCTGACAACTGGACTTTAGATAGTGGATTCTACAAAACGCCTTCTAAATACAGCTTAGGTGATTATGTATGGTACGATTCTAATAAAGATgg > 1:5163874/2‑100 (MQ=9) tAAAGATGCTGACAACTGGACTTTAGATAGTGGATTCTACAAAACGCCTTCTAAATACAGCTTAGGTGATTATGTATGGTACGATTCTAATAAAGATGGt > 1:1379435/1‑100 (MQ=9) taaGATGCTGACAACTGGACTTTAGATAGTGGATTCTACAAAACGCCTTCTAAATACAGCTTAGGTGATTATGTATGGTACGATTCTAATAAAGATGGtt > 1:2275023/2‑99 (MQ=9) ccaGATGCTGACAACTGGACTTTAGATAGTGGATTCTACAAAACGCCTTCTAAATACAGCTTAGGTGATTATGTATGGTACGATTCTAATAAAGATGGtt > 1:2741609/3‑99 (MQ=9) aaaGATGCTGACAACTGGACTTTAGATAGTGGATTCTACAAAACGCCTTCTAAATACAGCTTAGGTGATTATGTATGGTACGATTCTAATAAAggtggtt > 1:4577042/1‑99 (MQ=9) aaaGATGCTGACAACTGGACTTTAGATAGTGGATTCTACAAAACGCCTTCTAAATACAGCTTAGGTGATTATGTATGGTACGATTCTAATAAAGATgggt > 1:714512/1‑98 (MQ=9) aaaGATGCTGACAACTGGACTTTAGATAGTGGATTCTACAAAACGCCTTCTAAATACAGCTTAGGTGATTATGTATGGTACGATTCTAATAAAGATGGtt > 1:424201/1‑99 (MQ=9) aaaGATGCTGACAACTGGACTTTAGATAGTGGATTCTACAAAACGCCTTCTAAATACAGCTTAGGTGATTATGTATGGTACGATTCTAATAAAGATGGtt > 1:2578358/1‑99 (MQ=9) aaaGATGCTGACAACTGGACTTTAGATAGTGGATTCTACAAAACGCCTTCTAAATACAGCTTAGGTGATTATGTATGGTACGATTCTAATAAAGATGGtt < 1:803835/100‑2 (MQ=9) aaaGATGCTGACAACTGGACTTTAGATAGTGGATTCTACAAAACGCCTTCTAAATACAGCTTAGGTGATTATGTATGGTACGATTCTAATAAAGATGGtt > 1:4795720/1‑99 (MQ=9) aaaGATGCTGACAACTGGACTTTAGATAGTGGATTCTACAAAACGCCTTCTAAATACAGCTTAGGTGATTATGTATGGTACGATTCTAATAAAGATGGtt > 1:3995540/1‑99 (MQ=9) aaaGATGCTGACAACTGGACTTTAGATAGTGGATTCTACAAAACGCCTTCTAAATACAGCTTAGGTGATTATGTATGGTACGATTCTAATAAAGATGGtt > 1:2013868/1‑99 (MQ=9) aaaGATGCTGACAACTGGACTTTAGATAGTGGATTCTACAAAACGCCTTCTAAATACAGCTTAGGTGATTATGTATGGTACGATTCTAATAAAGATGGtt > 1:567546/1‑99 (MQ=9) aaaGATGCTGACAACTGGACTTTAGATAGTGGATTCTACAAAACGCCTTCTAAATACAGCTTAGGTGATTATGTATGGTACGATTCTAATAAAGATGGtt > 1:4257083/1‑99 (MQ=9) aaaGATGCTGACAACTGGACTTTAGATAGTGGATTCTACAAAACGCCTTCTAAATACAGCTTAGGTGATTATGTATGGTACGATTCTAATAAAGATGGtt > 1:3010819/1‑99 (MQ=9) aaaGATGCTGACAACTGGACTTTAGATAGTGGATTCTACAAAACGCCTTCTAAATACAGCTTAGGGGATTATGTATGGTACGATTCTAATAAAGATGGtt > 1:5083615/1‑99 (MQ=9) gaGATGCTGACAACTGGACTTTAGATAGTGGATTCTACAAAACGCCTTCTAAATACAGCTTAGGTGATTATGTATGGTACGATTCTAATAAAGATGGtta > 1:3945494/2‑98 (MQ=9) caGATGCTGACAACTGGACTTTAGATAGTGGATTCTACAAAACGCCTTCTAAATACAGCTTAGGTGATTATGTTTGGTACGATTCTAATAAAGATGGtta > 1:3394923/2‑98 (MQ=12) caGATGCTGACAACTGGACTTTAGATAGTGGATTCTACAAAACGCCTTCTAAATACAGCTTAGGTGATTATGTATGGTACGATTCTAATAAAGATGGtta > 1:5466427/2‑98 (MQ=9) caGATGCTGACAACTGGACTTTAGATAGTGGATTCTACAAAACGCCTTCTAAATACAGCTTAGGTGATTATGTATGGTACGATTCTAATAAAGATGGtta > 1:3401317/2‑98 (MQ=9) caGATGCTGACAACTGGACTTTAGATAGTGGATTCTACAAAACGCCTTCTAAATACAGCTTAGGTGATTATGTATGGTACGATTCTAATAAAGATGGtta > 1:4119077/2‑98 (MQ=9) aaGATGCTGACAACTGGACTTTAGATAGTGGATTCTACAAAACGCCTTCTAAATACAGCTTAGGTGATTATGTATGGTACGATTCTAATAAAGATGGtta > 1:5195579/1‑98 (MQ=9) aaGATGCTGACAACTGGACTTTAGATAGTGGATTCTACAAAACGCCTTCTAAATACAGCTTAGGTGATTATGTATGGTACGATTCTAATAAAGATGGtta > 1:3653776/1‑98 (MQ=9) aaGATGCTGACAACTGGACTTTAGATAGTGGATTCTACAAAACGCCTTCTAAATACAGCTTAGGTGATTATGTATGGTACGATTCTAATAAAGATGGtta > 1:4737863/1‑98 (MQ=9) aaGATGCTGACAACTGGACTTTAGATAGTGGATTCTACAAAACGCCTTCTAAATACAGCTTAGGTGATTATGTATGGTACGATTCTAATAAAGATGGtta > 1:188923/1‑98 (MQ=9) aaGACGCTGACAACATGACATTAGATAGTGGATTCTACAAAACAC‑‑‑CAAAATATAGTTTAGGTGATTATGTTTGGTACGACAGTAATAAAGATGGTAAACa < 1:3255310/100‑1 (MQ=255) aGATGCTGACAACTGGACTTTGGATAGTGGATTCTACAAAACGCCTTCTAAATACAGCTTAGGTGATTATGTATGGTACGATTCTAATAAAGATGGttac > 1:687837/1‑97 (MQ=9) aGATGCTGACAACTGGACTTTAGATAGTGGATTCTACAAAACGCCTTCTAAATACAGCTTAGGTGATTATGTATGGTACGATTCTAATAAAGATGGttac > 1:6202969/1‑97 (MQ=9) aGATGCTGACAACTGGACTTTAGATAGTGGATTCTACAAAACGCCTTCTAAATACAGCTTAGGTGATTATGTATGGTACGATTCTAATAAAGATGGttac > 1:4040453/1‑97 (MQ=9) aGATGCTGACAACTGGACTTTAGATAGTGGATTCTACAAAACGCCTTCTAAATACAGCTTAGGCGATTATGTATGGTACGATTCTAATAAAGATGGttac > 1:4402533/1‑97 (MQ=9) cGCTGACAACTGGACTTTAGATAGTGGATTCTACAAAACGCCTTCTAAATACAGCTTAGGTGATTATGTATGGTACGATTCTAATAAAGATGGTTACCaa > 1:4601576/1‑100 (MQ=9) | GCAAATGTAGGTACAGATGATGCTGTAGATTCTGATGGACTAACTACAACAGGTGTCATTAAAGACGCTGACAACATGACATTAGATAGTGGATTCTACAAAACAC‑‑‑CAAAATATAGTTTAGGTGATTATGTTTGGTACGACAGTAATAAAGATGGTAAACAA > NC_007793/612857‑613018 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 16 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |