Predicted mutation
evidence	seq id	position	mutation	annotation	gene	description
RA	NC_007793	36,152	G→A	Q134* (CAG→TAG)	SAUSA300_RS00145 ←	transposase

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	seq id	position		ref	new	freq	score (cons/poly)	reads	annotation	genes	product
*	NC_007793	36,152	0	G	A	94.4%	24.0 / ‑4.4	18	Q134* (CAG→TAG)	SAUSA300_RS00145	transposase
Reads supporting (aligned to +/- strand):  ref base G (1/0);  new base A (2/15);  total (3/15)
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.67e-01
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.74e-01

CAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAGCCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGATAAACGCATATG  >  NC_007793/36053‑36214                                                                                                    |                                                               ctaTGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAGCCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTg                                                                <  1:4541245/98‑1 (MQ=17)       ggTTATTGAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCCGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAGCCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTAATCTGt                                                          <  1:359223/100‑1 (MQ=255)       ggTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCCGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAGCCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTAATCTGt                                                          <  1:5957371/100‑1 (MQ=12)       ggTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCCGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAGCCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTAATCTGt                                                          <  1:368457/100‑1 (MQ=12)       ggTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATGACTTTAGCCATTGCGACCTTCGTTGAAGGTGCCTAATCTGt                                                          <  1:3201339/100‑1 (MQ=255)        gTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCCGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAGCCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTAATCTGTa                                                         <  1:376178/100‑1 (MQ=12)        gTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCGTTAATGACTTTAGCCATTGGGACCTTCGTTGAAGGTGCCTAATCTGTa                                                         <  1:6623861/100‑1 (MQ=11)        gTTATTCAGATATTCCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATGACTTTAGCCATTGCGACCTTCGTTGAAGGTGCCTAATCTGTa                                                         <  1:4888291/100‑1 (MQ=11)          tATTCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATGACTTTAGCCATTGCGACCTTCGTTGAAGGTGCCTAATCTGTAAt                                                       <  1:645859/100‑1 (MQ=255)          tATTCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATGACTTTAGCCATTGCGACCTTCGTTGAAGGTGCCTAATCTGTAAt                                                       <  1:2202653/100‑1 (MQ=255)           aTTCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATGACTTTAGCCATTGCGACCTTCGTTGAAGGTGCCTAATCTGTAAtc                                                      <  1:4108398/100‑2 (MQ=255)                gATATTTCGATGTACAATGACAGTCCGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAGCCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTAATCTGTAATTACCtt                                                 <  1:2997671/100‑1 (MQ=12)                             aCAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAGCCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTAcaa                                    >  1:4975641/1‑98 (MQ=17)                             aCAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATGACTTTAGCCATTGCGACCTTCGTTGAAGGTGCCTAATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCa                                    <  1:3630192/100‑1 (MQ=255)                               aaTGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATGACTTTAGCCATTGCGACCTTCGTTGAAGGTGCCTAATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCaga                                  <  1:2759146/100‑3 (MQ=11)                                aTGACAGTCCGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAGCCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTAATCTGTAATTACCTTTTGAggggcgcgagat                                 <  1:4596532/100‑11 (MQ=11)                                 tGACAGTCCGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAGCCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTAATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAAtt                                >  1:2411875/1‑100 (MQ=9)                                      ctccggTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAGCCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTAATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTa                           >  1:6070246/5‑100 (MQ=0)                                                               atgaCTTTAGCCATTGCGACCTTCGTTGAAGGTGCCTAATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGATAAATACATATg  <  1:3861585/97‑1 (MQ=1)                                                                                                    |                                                               CAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAGCCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGATAAACGCATATG  >  NC_007793/36053‑36214

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 16 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑