| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_007793 | 128,677 | 0 | A | G | 77.1% | 1661.1 / inf | 3221 | N339N (AAT→AAC) | SAUSA300_RS00585 | peptidoglycan‑binding protein LysM |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (27/710); new base G (109/2371); total (136/3085) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.65e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.58e-01 | |||||||||||
Only 100 of 4099 total aligned reads displayed.
TTTGTTGTCTTCTTTACCAGGCTTGTTGCCGTCTTCTTTGCCAGGCTTGTTGTTGTCTTCTTTACCAGGCTTGTTGTTGTCTTCTTTGCCAGGCTTGTTATTGTCTTCTTTGCCAGGCTTGTTATTGTCTTCCTCTTTTGGTGCTTGAGCATCGTTTAGCTTTTTAGCTTCTGCTAAAATTTCTTTGCTCACTGAA > NC_007793/128578‑128773 | ttgttgTCTTCTTTACCAGGCTTGTTGCCGTCTTCTTTGCCAGGCTTGTTGTTGTCTTCTTTACCAGGCTTGTTGTTGTCTTCTTTGCCAGGCTTGTTAt < 1:3030226/100‑1 (MQ=255) ttgttgTCTTCTTTACCAGGCTTGTTGCCGTCTTCTTTGCCAGGCTTGTTGTTGTCTTCTTTACCAGGCTTGTTGTTGTCTTCTTTGCCAGGCTTGTTAt < 1:1300997/100‑1 (MQ=255) ttgttgTCTTCTTTACCAGGCTTGTTGCCGTCTTCTTTGCCAGGCTTGTTGTTGTCTTCTTTACCAGGCTTGTTGTTGTCTTCTTTGCCAGGCTTGTTAt < 1:2199222/100‑1 (MQ=255) tgttgtCTTCTTTACCAGGCTTGTTGCCGTCTTCTTTGCCAGGCTTGTTGTTGTCTTCTTTTCCAGGCTTGTTGTTGTCTTCTTTGCCAGGCTTGTTAtt < 1:5700029/100‑1 (MQ=255) ttgtCTTCTTTACCAGGCTTGTTGCCGTCTTCTTTGCCAGGCTTGTTGTTGTCTTCTTTACCAGGCTTGTTGTTGTCTTCTTTGCCAGGCTTGTTAttca < 1:3426886/100‑3 (MQ=255) ttgtCTTCTTTACCAGGCTTGTTGCCGTCTTCTTTGCCAGGCTTGTTGTTGTCTTCTTTACCAGGCTTGTTGTTGTCTTCTTTGCCAGGCTTGTTATTGt < 1:5038060/100‑1 (MQ=255) tgtCTTCTTTACCAGGCTTGTTGCCGTTTTCTTTGCCAGGCTTGTTGTTGTCTTCTTTACCAGGCTTGTTGTTGTCTTCTTTGCCAGGCTTGTTATTggg < 1:3093919/100‑3 (MQ=255) tcttctTTACCAGGCTTGTTGCCGTCTTCTTTGCCAGGCTTGTTGTTGTCTTCTTTACCAGGCTTGTTGTTGTCTTCTTTGCCAGGCTTGTTATTgggtc < 1:3832907/100‑5 (MQ=255) tcttctTTACCAGGCTTGTTGCCGTCTTCTTTGCCAGGCTTGTTGTTGTCTTCTTTACCAGGCTTGTTGTTGTCTTCTTTGCCAGGCTTGTTATTgcaca < 1:1819650/100‑5 (MQ=255) tcttctTTACCAGGCTTGTTGCCGTCTTCTTTGCCAGGCTTGTTGTTGTCTTCTTTACCAGGCTTGTTGTTGTCTTCTTTGCCAGGCTTGTTATTGtctg < 1:3265713/100‑2 (MQ=255) ttcttTACCAGGCTTGTTGCCGTCTTCTTTGCCAGGCTTGTTGTTGTCTTCTTTACCAGGCTTGTTGTTGTCTTCTTTGCCAGGCTTGTTATTggacgga < 1:697688/100‑7 (MQ=255) tattgccAGGCTTGTTGCCGTCTTCTTTGCCAGGCTTGTTGTTGTCTTCTTTACCAGGCTTGTTGTTGTCTTCTTTGCCAGGCTTGTTATTGtcttcccc < 1:5583910/95‑4 (MQ=255) ttACCAGGCTTGTTGCCGTCTTCTTTGCCAGGCTTGTTGTTGTCTTCTTTACCAGGCTTGTTGTTGTCTTCTTTGCCAGGCTTGTTATTGtcttcctcag < 1:6449468/100‑6 (MQ=255) ttccAGGCTTGTTGCCGTCTTCTTTGCCAGGCTTGTTGTTGTCTTCTTTACCAGGCTTGTTGTTGTCTTCTTTACCAGGCTTGTTGCCGTCTTCTTTGcc < 1:3706890/98‑1 (MQ=14) tACCAGGCTTGTTGCCGTCTTCTTTGCCAGGCTTGTTGTTGTCTTCTTTACCAGGCTTGTTGTTGTCTTCTTTACCAGGCTTGTTGCCGTCTTCTTTGcc < 1:3958733/100‑1 (MQ=14) aCCAGGCTTGTTGCCGTCTTCTTTGCCAGGCTTGTTGTTGTCTTCTTTACCAGGCTTGTTGTTGTCTTCTTTGCCAGGCTTGTTATTGtcttcctctttg < 1:2655499/100‑8 (MQ=255) ccAGGCTTGTTGCCGTCTTCTTTGCCAGGCTTGTTGTTGTCTTCTTTACCAGGCTTGTTGTTGTCTTCTTTGCCAGGCTTGTTATTGtcttcctgggcag < 1:2729640/100‑9 (MQ=255) ccAGGCTTGTTGCCGTCTTCTTTGCCAGGCTTGTTGTTGTCTTCTTTACCAGGCTTGTTGTTGTCTTCTTTGCCAGGCTTGTTATTGtcttcctcttttg < 1:4019120/100‑9 (MQ=255) cAGGCTTGTTGCCGTCTTCTTTGCCAGGCTTGTTGTTGTCTTCTTTACCAGGCTTGTTGTTGTCTTCTTCGCCAGGCTTGTTATTGtcttcctcttttgg < 1:2308187/100‑10 (MQ=11) aGGCTTGTTGCCGTCTTCTTTGCCAGGCTTGTTGTTGTCTTCTTTACCAGGCTTGTTGTTGTCTTCTTTGCCAGGCTTGTTATTGtcttcctcttttggt < 1:6316567/100‑11 (MQ=255) aGGCTTGTTGCCGTCTTCTTTGCCAGGCTTGTTGTTGTCTTCTTTACCAGGCTTGTTGTTGTCTTCTTTGCCAGGCTTGTTATTGtcttcctcttttggt < 1:2599335/100‑11 (MQ=255) aGGCTTGTTGCCGTCTTCTTTGCCAGGCTTGTTGTTGTCTTCTTTACCAGGCTTGTTGTTGTCTTCTTTGCCAGGCTTGTTATTGtcttcctcttttggg < 1:4547445/100‑11 (MQ=255) aGGCTTGTTGCCGTCTTCTTTGCCAGGCTTGTTGTTGTCTTCTTTACCAGGCTTGTTGTTGTCTTCTTTGCCAGGCTTGTTATTGtcttcctcttttggc < 1:2361493/100‑11 (MQ=255) aGGCTTGTTGCCGTCTTCTTTGCCAGGCTTGTTGTTGTCTTCTTTACCAGGCTTGTTGTTGTCTTCCTTGCCAGGCTTGTTATTGtcttcctctttcccg < 1:1138340/100‑11 (MQ=14) tcttccgatcttGCCAGGCTTGTTGCCGTCTTCTTTGCCAGGCTTGTTGTTGTCTTCTTTACCAGGCTTGTTGTTGTCTTCTTTGCCAGGCTTGTTATTg < 1:5644141/90‑1 (MQ=14) gatctcttTGCCAGGCTTGTTGTTGTCTTCTTTACCAGGCTTGTTGTTGTCTTCTTTGCCAGGCTTGTTGTTGTCTTCTTTACCAGGCTTGTTGTTGTCt < 1:3158908/96‑1 (MQ=11) ggtttgttgccgTCTTCTTTGCCAGGCTTGTTGTTGTCTTCTTTACCAGGCTTGTTGTTGTCTTCTTTGCCAGGCTTGTTATTGTCTTCCTCTTTTgggc < 1:6626198/97‑3 (MQ=11) ggCTTGTTGCCGTCTTCTTTGCCAGGCTTGTTGTTGTCTTCTTTACCAGGCTTGTTGTTGTCTTCTTTGCCAGGCTTGTTATTGTCTTCCTCTTTTGGtc < 1:3538801/100‑2 (MQ=11) gCTTGTTGCCGTCTTCTTTGCCAGGCTTGTTGTTGTCTTCTTTACCAGGCTTGTTGTTGTCTTCTTTGCCAGGCTTGTTATTGTCTTCCTCTTTTggccc < 1:1760714/100‑4 (MQ=11) gCTTGTTGCCGTCTTCTTTGCCAGGCTTGTTGTTGTCTTCTTTACCAGGCTTGTTGTTGTCTTCTTTGCCAGGCTTGTTATTGTCTTCCTCTTTTGGTgt < 1:1995633/100‑2 (MQ=11) gCTTGTTGCCGTCTTCTTTGCCAGGCTTGTTGTTGTCTTCTTTACCAGGCTTGTTGTTGTCTTCTTTGCCAGGCTTGTTATTGTCTTCCTCTTTTGGTgt < 1:5109241/100‑2 (MQ=11) ctcgttgccgtCTTCTTTGCCAGGCTTGTTGTTGTCTTCTTTACCAGGCTTGTTGTTGTCTTCTTTGCCAGGCTTGTTATTGTCTTCCTCTTTTGGTGCt < 1:932977/91‑1 (MQ=11) cTTGTTGCCGTCTTCTTTGCCAGGCTTGTTGTTGTCTTCTTTACCAGGCTTGTTGTTGTCTTCTTTGCCAGGCTTGTTATTGTCTTCCTCTTTTGGTGCt < 1:1693251/100‑1 (MQ=11) cTTGTTGCCGTCTTCTTTGCCAGGCTTGTTGTTGTCTTCTTTACCAGGCTTGTTGTTGTCTTCTTTGCCAGGCTTGTTATTGTCTTCCTCTTTTGGAGCt < 1:2128182/100‑1 (MQ=11) cTTGTTGCCGTCTTCTTTGCCAGGCTTGTTGTTGTCTGCTTTACCAGGCTTGTTGTTGTCTTCTTTGCCAGGCTTGTTATTGTCTTCCTCTTTTGGTGCt < 1:2897194/100‑1 (MQ=11) cTTGTTGCCGTCTTCTTTGCCAGGCTTGTTGTTGTCTCCTTTACCAGGCTTGTTGTTGTCTTCTTTGCCAGGCTTGTTATTGTCTTCCTCTTTTGGTGCt < 1:3214618/100‑1 (MQ=11) ttgttgccgTCTTCTTTGCCAGGCTTGTTGTTGTCTTCTTTACCAGGCTTGTTGTTGTCTTCTTTGCCAGGCTTGTTATTGTCTTCCTCTTTTGGTGCtt < 1:6392062/100‑1 (MQ=11) ttgttgccgTCTTCTTTGCCAGGCTTGTTGTTGTCTTCTTTACCAGGCTTGTTGTTGTCTTCTTTGCCAGGCTTGTTATTGTCTTCCTCTTTTGGTGCtt < 1:4139134/100‑1 (MQ=11) ttgttgccgTCTTCTTTGCCAGGCTTGTTGTTGTCTTCTTTACCAGGCTTGTTGTTGTCTTCTTTGCCAGGCTTGTTATTGTCTTCCTCTTTTGGTGCtt < 1:2036899/100‑1 (MQ=11) ttgttgccgTCTTCTTTGCCAGGCTTGTTGTTGTCTTCTTTACCAGGCTTGTTGTTGTCTTCTTTGCCAGGCTTGTTATTGTCTTCCTCTTTTGGTGCtg < 1:2778629/100‑2 (MQ=11) ttgttgccgTCTTCTTTGCCAGGCTTGTTGTTGTCTTCTTTACCAGGCTTGTTGTTGTCTTCTTTGCCAGGCTTGTTATTGTCTTCCTCTTTTGGTGCta < 1:5341475/100‑2 (MQ=11) ttgttgccgTCTTCTTTGCCAGGCTTGTTGTTGTCTTCTTTACCAGGCTTGTTGTTGTCTTCTTTGCCAGGCTTGTTATTGTCTTCCTCTTTTGGTGCta < 1:2546040/100‑2 (MQ=11) ttgttgccgTCTTCTTTGCCAGGCTTGTTGTTGTCTTCTTTACCAGGCTTGTTGTTGTCTTCTTTGCCAGGCTTGTTATTGTCTTCCTCTTTTGGTGCta < 1:4325775/100‑2 (MQ=11) ttgttgccgTCTTCTTTGCCAGGCTTGTTGTTGTCTTCTTTACCAGGCTTGTTGTTGTCTTCTTTGCCAGGCTTGTTATTGTCTACCTCTTTTGGTGCtg < 1:3589929/100‑2 (MQ=11) ctcttccgatcttctTTGCCAGGCTTGTTGTTGTCTTCTTTACCAGGCTTGTTGTTGTCTTCTTTGCCAGGCTTGTTATTGTCTTCCTCTTTTGGTGCtt < 1:1564417/91‑1 (MQ=11) tgttgccgtCTTCTTTGCCAGGCTTGTTGTTGTCTTCTTTCCCAGGCTTGTTGTTGTCTTCTTTGCCAGGCTTGTTATTGTCTTCCCCTTTTGGTGCTTg < 1:4659077/100‑1 (MQ=1) tgttgccgtCTTCTTTGCCAGGCTTGTTGTTGTCTTCTTTACCAGGCTTGTTGTTGTCTTCTTTGCCTGGCTTGTTATTGTCTTCCTCTTTTGGTGCTTg < 1:5467850/100‑1 (MQ=1) tgttgccgtCTTCTTTGCCAGGCTTGTTGTTGTCTTCTTTACCAGGCTTGTTGTTGTCTTCTTTGCCAGGCTTGTTATTGTCTTCCTCTTTTggggaggt < 1:1385624/100‑7 (MQ=11) tgttgccgtCTTCTTTGCCAGGCTTGTTGTTGTCTTCTTTACCAGGCTTGTTGTTGTCTTCTTTGCCAGGCTTGTTATTGTCTTCCTCTTTTGGTGCtgt < 1:450409/100‑3 (MQ=11) tgttgccgtCTTCTTTGCCAGGCTTGTTGTTGTCTTCTTTACCAGGCTTGTTGTTGTCTTCTTTGCCAGGCTTGTTATTGTCTTCCTCTTTTGGTGCTTg < 1:5226694/100‑1 (MQ=1) tgttgccgtCTTCTTTGCCAGGCTTGTTGTTGTCTTCTTTACCAGGCTTGTTGTTGTCTTCTTTGCCAGGCTTGTTATTGTCTTCCTCTTTTGGTGCTTg < 1:2984282/100‑1 (MQ=1) tgttgccgtCTTCTTTGCCAGGCTTGTTGTTGTCTTCTTTACCAGGCTTGTTGTTGTCTTCTTTGCCAGGCTTGTTATTGTCTTCCTCTTTTGGTGCTTg < 1:4720251/100‑1 (MQ=1) tgttgccgtCTTCTTTGCCAGGCTTGTTGTTGTCTTCTTTACCAGGCTTGTTGTTGTCTTCTTTGCCAGGCTTGTTATTGTCTTCCTCTTTTGGTGCTTg < 1:4445144/100‑1 (MQ=1) tgttgccgtCTTCTTTGCCAGGCTTGTTGTTGTCTTCTTTACCAGGCTTGTTGTTGTCTTCTTTGCCAGGCTTGTTATTGTCTTCCTCTTTTGGTGCTTg < 1:4191182/100‑1 (MQ=1) tgttgccgtCTTCTTTGCCAGGCTTGTTGTTGTCTTCTTTACCAGGCTTGTTGTTGTCTTCTTTGCCAGGCTTGTTATTGTCTTCCTCTTTTGGTGCTTg < 1:656830/100‑1 (MQ=1) tgttgccgtCTTCTTTGCCAGGCTTGTTGTTGTCTTCTTTACCAGGCTTGTTGTTGTCTTCTTTGCCAGGCTTGTTATTGTCTTCCTCTTTTGGTGCTTg < 1:1188743/100‑1 (MQ=1) tgttgccgtCTTCTTTGCCAGGCTTGTTGTTGTCTTCTTTACCAGGCTTGTTGTTGTCTTCTTTGCCAGGCTTGTTATTGTCTTCCTCTTTTGGTGCTTg < 1:2076890/100‑1 (MQ=1) tgttgccgtCTTCTTTGCCAGGCTTGTTGTTGTCTTCTTTACCAGGCTTGTTGTTGTCTTCTTTGCCAGGCTTGTTATTGTCTTCCTCTTTTGGTGCTTg < 1:871498/100‑1 (MQ=1) tgttgccgtCTTCTTTGCCAGGCTTGTTGTTGTCTTCTTTACCAGGCTTGTTGTTGTCTTCTTTGCCAGGCTTGTTATTGTCTTCCTCTTTTGGTGCTTg < 1:807576/100‑1 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1:5160070/92‑1 (MQ=11) tctcgccgtCTTCTTTGCCAGGCTTGTTGTTGTCTTCTTTACCAGGCTTGTTGTTGTCTTCTTTGCCAGGCTTGTTATTGTCTTCCTCTTTTGGTGCTTg < 1:1936413/93‑1 (MQ=11) gttgccgtCTTCTTTGCCAGGCTTGTTGTTGTCTTCTTTACCAGGCTTGTTGTTGTCTTCTTTGCCAGGCTTGTTATTGTCTTCCTCTTTTGGTGCTTgg < 1:6201975/94‑2 (MQ=1) gttgccgtCTTCTTTGCCAGGCTTGTTGTTGTCTTCTTTACCAGGCTTGTTGTTGTCTTCTTTGCCAGGCTTGTTATTGTCTTCCTCTTTTGGTGCTTgc < 1:1246058/94‑2 (MQ=1) gttgccgtCTTCTTTGCCAGGCTTGTTGTTGTCTTCCTTACCAGGCTTGTTGTTGTCTTCTTTGCCAGGCTTGTTATTGTCTTCCTCTTTTGGTGCTTGa < 1:2490597/94‑1 (MQ=11) ttgccgtCTTCTTTGCCAGGCTTGTTGTTGTCTTCTTTACCAGGCTTGTTGTTGTCTTCTTTGCCAGGCTTGTTATTGTCTTCCTCTTTTGGTGCTTGat < 1:6258435/95‑2 (MQ=11) tgccgtCTTCTTTGCCAGGCTTGTTGTTGTCTTCTTTCCCAGGCTTGTTGTTGTCTTCTTTGCCAGGCTTGTTATTGTCTTCCTCTTTTGGTGCTTggta < 1:2250421/96‑4 (MQ=11) tgccgtCTTCTTTGCCAGGCTTGTTGTTGTCTTCTTTACCAGGCTTGTTGTTGTCTTCTTTGCCAGGCTTGTTATTGTCTTCCTCTTTTGGTGCTTGAGc < 1:3478951/96‑1 (MQ=11) 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1:1872334/100‑1 (MQ=255) gttgttGTCTTCTTTGCCAGGCTTGTTATTGTCTTCCTCTTTTGGTGCTTGAGCATCGTTTAGCTTTTTAGCTTCTGCTAAAATTTCTTTGCTCACTGaa < 1:1625238/100‑1 (MQ=255) gttgttGTCTTCTTTGCCAGGCTTGTTATTGTCTTCCTCTTTTGGTGCTTGAGCATCGTTTAGCTTTTTAGCTTCTGCTAAAATTTCTTTGCTCACTGaa < 1:1520622/100‑1 (MQ=255) gttgttGTCTTCTTTGCCAGGCTTGTTATTGTCTTCCTCTTTTGGTGCTTGAGCATCGTTTAGCTTTTTAGCTTCTGCTAAAATTTCTTTGCTCACTGaa < 1:5768192/100‑1 (MQ=255) | TTTGTTGTCTTCTTTACCAGGCTTGTTGCCGTCTTCTTTGCCAGGCTTGTTGTTGTCTTCTTTACCAGGCTTGTTGTTGTCTTCTTTGCCAGGCTTGTTATTGTCTTCTTTGCCAGGCTTGTTATTGTCTTCCTCTTTTGGTGCTTGAGCATCGTTTAGCTTTTTAGCTTCTGCTAAAATTTCTTTGCTCACTGAA > NC_007793/128578‑128773 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |