| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_007793 | 1,959,228 | (A)7→8 | pseudogene (639/788 nt) | SAUSA300_RS09695 → | hypothetical protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_007793 | 1,959,221 | 1 | . | A | 83.3% | 22.4 / 0.3 | 13 | pseudogene (632/788 nt) | SAUSA300_RS09695 | hypothetical protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (2/0); new base A (7/3); total (10/3) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.18e-01 | |||||||||||
TAGCGCTAAGAAAAATCAAAAAGAAAAATTTATCAATGCTATTTCTAACCCTAATAATTCTATGATTATTAAGTCGAAAATAACGGATGCTATGCAAGC‑‑‑AAAA‑AAATAAAAAGACACAGGCAAAATGAGTTTATTTTTATTTTAAATGACTCAAAAAAAGAAATAAATGAACATAATAAAAATCTTCTTCATG > NC_007793/1959123‑1959315 | taGCGCTAAGAAAAATCAAAAAGAAAAATTTATCAATGCTATTTCTAACCCTAATAATTCTATGATTATTAAGTCGAAAATAACGGATGCTATgcaagc‑‑‑a > 1:3217690/1‑100 (MQ=255) gcgcTAAGAAAAATCAAAAAGAAAAATTTATCAATGCTATTTCTAACCCTAATAATTCTATGATTATTAAGTCGAAAATAACGGATGCTATGCAAGC‑‑‑aaa > 1:1712362/1‑100 (MQ=255) ccTAAGAAAAATCAAAAAGAAAAATTTATCAATGCTATTTCTAACCCTAATAATTCTATGATTATTAAGTCGAAAATAACGGATGCTATGCAAGC‑‑‑aaaa‑a > 1:5423260/2‑100 (MQ=255) aaGAAAAATCAAAAAGAAAAATTTATCAATGCTATTTCTAACCCTAATAATTCTATGATTATTAAGTCGAAAATAACGGATGCTATGCAAGC‑‑‑aaaa‑aaaa > 1:2100138/1‑99 (MQ=255) aaGAAAAATCAAAAAGAAAAATTTATCAATGCTATTTCTAACCCTAATAATTCTATGATTATTAAGTCGAAAATAACGGATGCTATGCAAGC‑‑‑aaaa‑aaaa > 1:3484114/1‑99 (MQ=255) aaGAAAAATCAAAAAGAAAAATTTATCAATGCTATTTCTAACCCTAATAATTCTATGATTATTAAGTCGAAAATAACGGATGCTATGCAAGC‑‑‑aaaa‑aaaa > 1:4828280/1‑99 (MQ=255) aaaTCAAAAAGAAAAATTTATCAATGCTATTTCTAACCCTAATAATTCTATGATTATTAAGTCGAAAATAACGGATGCTATGCAAGC‑‑‑AAAA‑AAAAtaaaa > 1:3942298/1‑100 (MQ=255) cAAAAAGAAAAATTTATCAATGCTATTTCTAACCCTAATAATTCTATGATTATTAAGTCGAAAATAACGGATGCTATGCAAGCA‑‑AAAA‑AAATAAAAAGac > 1:5714199/1‑100 (MQ=255) caaaGAAAAATTTATCAATGCTATTTCTAACCCTAATAATTCTATGATTATTAAGTCGAAAATAACGGATGCTATGCAAGC‑‑‑AAAACAAATAAAAAGacac > 1:4757782/2‑100 (MQ=255) caGAAAAATTTATCAATGCTATTTCTAACCCTAATAATTCTATGATTATTAAGTCGAAAATAACGGATGCTATGCAAGCA‑‑AAAA‑AAATAAAAAGaccaga > 1:5872011/2‑96 (MQ=255) gAAAAATTTATCAATGCTATTTCTAACCCTAATAATTCTATGATTATTAAGTCGAAAATAACGGATGCTATGCAAGCA‑‑AAAA‑AAATAAAAAGACACAGGc < 1:5784341/100‑1 (MQ=255) aaaTTTATCAATGCTATTTCTAACCCTAATAATTCTATGATTATTAAGTCGAAAATAACGGATGCTATGCAAGCA‑‑AAAA‑AAATAAAAAGACACAGGCaag < 1:6499490/100‑2 (MQ=255) tATCAATGCTATTTCTAACCCTAATAATTCTATGATTATTAAGTCGAAAATAACGGATGCTATGCAAGCG‑‑AAAA‑AAATAAAAAGACACAGGCAAAATGAg > 1:228796/1‑100 (MQ=255) tATCAATGCTATTTCTAACCCTAATAATTCTATGATTATTAAGTCGAAAATAACGGATGCTATGCAAGCAAAAAAA‑AAATAAAAAGACACAGGCAAAATg < 1:4496813/100‑1 (MQ=255) aTCAATGCTATTTCTAACCCTAATAGTTCTATGATTATTAAGTCGAAAATAACGGATGCTATGCAAGCA‑‑AAAA‑AAATAAAAAGACACGGGCAAGAtcgga > 1:4422839/1‑96 (MQ=255) gATTATTAAGTCGAAAATAACGGATGCTATGCAAGCA‑‑AAAA‑AAATAAAAAGACACAGGCAAAATGAGTTTATTTTTATTTTAAATGACTCAAAAAAAGaa > 1:3556711/1‑100 (MQ=255) aTGCAAGCA‑‑AAAA‑AAATAAAAAGACACAGGCAAAATGAGTTTATTTTTATTTTAAATGACTCAAAAAAAGAAATAAATGAACATAATAAAAATCttcttc > 1:4326303/1‑100 (MQ=255) aTGCAAGCA‑‑AAAA‑AAATAAAAAGACACAGGCAAAATGAGTTTATTTTTATTTTAAATGACTCAAAAAAAGAAATAAATGAACATAATAAAAATCttcttc > 1:5800234/1‑100 (MQ=255) aTGCAAGCA‑‑AAAA‑AAATAAAAAGACACAGGCAAAATGAGTTTATTTTTATTTTAAATGACTCAAAAAAAGAAATAAATGAACATAATAAAAATCttcttc > 1:6309801/1‑100 (MQ=255) caagca‑‑aAAA‑AAATAAAAAGACACAGGCAAAATGAGTTTATTTTTATTTTAAATGACTCAAAAAAAGAAATAAATGAACATAATAAAAATCTTCTTCATg > 1:1034912/1‑100 (MQ=255) | TAGCGCTAAGAAAAATCAAAAAGAAAAATTTATCAATGCTATTTCTAACCCTAATAATTCTATGATTATTAAGTCGAAAATAACGGATGCTATGCAAGC‑‑‑AAAA‑AAATAAAAAGACACAGGCAAAATGAGTTTATTTTTATTTTAAATGACTCAAAAAAAGAAATAAATGAACATAATAAAAATCTTCTTCATG > NC_007793/1959123‑1959315 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 16 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |