| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_007793 | 296,264 | (G)5→6 | intergenic (+14/‑8) | SAUSA300_RS01315 → / → SAUSA300_RS01320 | alcohol dehydrogenase/hypothetical protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_007793 | 296,259 | 1 | . | G | 96.8% | 145.7 / 0.4 | 63 | intergenic (+9/‑13) | SAUSA300_RS01315/SAUSA300_RS01320 | alcohol dehydrogenase/hypothetical protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (2/0); new base G (56/4); total (59/4) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.17e-01 | |||||||||||
TAATGTATGTACGATGCAAGATATCGTCCAAGCGTTTGAAATGGATTTATCGACATCTTGGGGAAAAACAGTATTGAAATGGACGATTTAATAAACCGAT‑GGGGGAATAACAATGACAAAAACGAAACAAGCAATACATATTGATAACATATACTGGGAACGTGTTCAGTTATATATTGAAGGACATAGTGAA > NC_007793/296160‑296352 | tAATGTATGTACGATGCAAGATATCGTCCAAGCGTTTGAAATGGATTTATCGACATCTTGGGGAAAAACAGTATTGAAATGGACGATTTAATAAACCGAt > 1:1093786/1‑100 (MQ=255) aaTGTATGTACGATGCAAGATATCGTCCAAGCGTTTGAAATGGATTTATCGACATCTTGGGGAAAAACAGTATTGAAATGGACGATTTAATAAACCGAT‑g > 1:2078416/1‑100 (MQ=255) aaTGTATGTACGATGCAAGATATCGTCCAAGCGTTTGAAATGGATTTATCGACATCTTGGGGAAAAACAGTATTGAAATGGACGATTTAATAAACCGAT‑g > 1:3561648/1‑100 (MQ=255) aaTGTATGTACGATGCAAGATATCGTCCAAGCGTTTGAAATGGATTTATCGACATCTTGGGGAAAAACAGTATTGAAATGGACGATTTAATAAACCGAT‑g > 1:1079549/1‑100 (MQ=255) tgtatgtaCGATGCAAGATATCGTCCAAGCGTTTGAAATGGATTTATCGACATCTTGGGGAAAAACAGTATTGAAATGGACGATTTAATAAACCGAT‑ggg < 1:6048067/100‑1 (MQ=255) gtatgtaCGATGCAAGATATCGTCCAAGCGTTTGAAATGGATTTATCGACATCTTGGGGAAAAACAGTATTGAAATGGACGATTTAATAAACCGAT‑gggg > 1:12126/1‑100 (MQ=255) 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1:341216/1‑95 (MQ=255) aCGATGCAAGATATCGTCCAAGCGTTTGAAATGGATTTATCGACATCTTGGGGAAAAACAGTATTGAAATGGACGATTTAATAAACCGAT‑ggggggaaca > 1:416010/1‑95 (MQ=255) aCGATGCAAGATATCGTCCAAGCGTTTGAAATGGATTTATCGACATCTTGGGGAAAAACAGTATTGAAATGGACGATTTAATAAACCGAT‑gaggggagat > 1:272645/1‑95 (MQ=255) aCGATGCAAGATATCGTCCAAGCGTTTGAAATGGATTTATCGACATCTTGGGGAAAAACAGTATTGAAATGGACGATTTAATAAACCGAT‑GGgagatcgg > 1:1613408/1‑96 (MQ=255) ccccgcGTCCAAGCGTTTGAAATGGATTTATCGACATCTTGGGGAAAAACAGTATTGAAATGGACGATGTAATAAACCGATGGGGGGAAGAACAATGaac < 1:322729/95‑3 (MQ=255) cagcctCCAAGCGTTTGAAATGGATTTATCGACATCTTGGGGAAAAACAGTATTGAAATGGACGATTTAATAAACCGATGGGGGGAATAACAATGACaaa > 1:2181392/6‑100 (MQ=255) cGTCCAAGCGTTTGAAATGGATTTATCGACATCTTGGGGAAAAACAGTATTGAAATGGACGATTTAATAAACCGATGGGGGGAATAACAATGACaagatc > 1:5025/1‑96 (MQ=255) cGTCCAAGCGTTTGAAATGGATTTATCGACATCTTGGGGAAAAACAGTATTGAAATGGACGATTTAATAAACCGATGGGGGGAATAACAATGACaaagat > 1:1572266/1‑97 (MQ=255) 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1:6499460/1‑100 (MQ=255) cGACATCTTGGGGAAAAACAGTATTGAAATGGACGATTTAATAAACCGATGGGGGGAATAACAATGACAAAAACGAAACAAGCAATACATATTGATAACa > 1:430125/1‑100 (MQ=255) cGACATCTTGGGGAAAAACAGTATTGAAATGGACGATTTAATAAACCGATGGGGGGAATAACAATGACAAAAACGAAACAAGCAATACATATTGATAACa > 1:4513204/1‑100 (MQ=255) taCATCTTGGGGAAAAACAGTATTGAAATGGACGATTTAATAAACCGATGGGGGGAATAACAATGACAAAAACGAAACAAGCAATACATATTGATAACat > 1:5769603/2‑100 (MQ=255) aCATCTTGGGGAAAAACAGCATTGAAATGGACGATTTAATAAACCGATGGGGGGAATAACAATGACAAAAACGAAACAAGCAATACATATTGATAACata > 1:3614454/1‑100 (MQ=255) cATCTTGGGGAAAAACAGTATTGAAATGGACGATTTAATAAACCGATGGGGGGTATAACAATGACAAAAACGAAACAAGCAATACATATTGATAACatat > 1:16705/1‑100 (MQ=255) gccTTGGGGAAAAACAGTATTGAAATGGACGATTTAATAAACCGATGGGGGGAATAACAATGACAAAAACGAAACAAGCAATACATATTGATAACAtata > 1:5234776/3‑100 (MQ=255) ccTTGGGGAAAAACAGTATTGAAATGGACGATTTAATAAACCGATGGGGGGAATAACAATGACAAAAACGAAACAAGCAATACACATTGATAACATATAc > 1:5967176/2‑100 (MQ=255) 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1:6383527/1‑100 (MQ=255) tGGGGAAAAACAGTATTGAAATGGACGATTTAATAAACCGATGGGGGGAATAACAATGACAAAAACGAAACAAGCAATACATATTGATAACATATACTgg > 1:5030275/1‑100 (MQ=255) tGGGGAAAAACAGTATTGAAATGGACGATTTAATAAACCGATGGGGGGAATAACAATGACAAAAACGAAACAAGCAATACATATTGATAACATATACTgg > 1:1782725/1‑100 (MQ=255) tGGGGAAAAACAGTATTGAAATGGACGATTTAATAAACCGATGGGGGGAATAACAATGACAAAAACGAAACAAGCAATACATATTGATAACATATACTgg > 1:3484010/1‑100 (MQ=255) tGGGGAAAAACAGTATTGAAATGGACGATTTAATAAACCGATGGGGGGAATAACAATGACAAAAACGAAACAAGCAATACATATTGATAACATATACTgg > 1:1712057/1‑100 (MQ=255) tGGGGAAAAACAGTATTGAAATGGACGATTTAATAAACCGATGGGGGGAATAACAATGACAAAAACGAAACAAGCAATACATATTGATAACATATACTgg > 1:125015/1‑100 (MQ=255) tGGGGAAAAACAGTATTGAAATGGACGATTTAATAAACCGATGGGGGGAATAACAATGACAAAAACGAAACAAGCAATACATATTGATAACATATACTgg > 1:4244513/1‑100 (MQ=255) tGGGGAAAAACAGTATTGAAATGGACGATTTAATAAACCGATGGGGGGAATAACAATGACAAAAACGAAACAAGCAATACATATTGATAACATATACTgg > 1:421008/1‑100 (MQ=255) 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1:4004559/1‑99 (MQ=255) aaCAGTATTGAAATGGACGATTTAATAAACCGTTGGGGGGAATAACAATGACAAAAACGAAACAAGCAATACATATTGATAACATATACTGGGAACgtgt > 1:5671388/1‑100 (MQ=255) aaCAGTATTGAAATGGACGATTTAATAAACCGATGGGGGGAATAACAATGACAAAAACGAAACAAGCAATACATATTGATAACATATACTGGGGACgtgt > 1:3646594/1‑100 (MQ=255) aaCAGTATTGAAATGGACGATTTAATAAACCGATGGGGGGAATAACAATGACAAAAACGAAACAAGCAATACATATTGATAACATATACTGGGAACgtgt > 1:424487/1‑100 (MQ=255) aCAGTATTGAAGTGGACGATTTAATAAACCGATGGGGGGAATAACAATGACAAAAACGAAACAAGCAATACATATTGATAACATATACTGGGAACGTGtt > 1:5712112/1‑100 (MQ=255) aCAGTATTGAAATGGACGATTTAATAAACCGATGGGGGGAATAACAATGACAAAAACGAAACAAGCAATACATATTGATAACATATACTGGGAACGTGtt > 1:5713685/1‑100 (MQ=255) aCAGTATTGAAATGGACGATTTAATAAACCGATGGGGGGAATAACAATGACAAAAACGAAACAAGCAATACATATTGATAACATATACTGGGAACGTGtt > 1:1524028/1‑100 (MQ=255) taGTATTGAAATGGACGATTTAATAAACCGATGGGGGGAATAACAATGACAAAAACGAAACAAGCAATACATATTGATAACATATACTGGGAACGTGTTc > 1:2804851/2‑100 (MQ=255) 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1:2487237/1‑95 (MQ=39) aaaCCGATGGGGGGAATAACAATGACAAAAACGAAACAAGCAATACATATTGATAACATATACTGGGAACGTGTTCAGTTATATATTGAAGGACATAgat > 1:3315881/1‑98 (MQ=255) aaaCCGATGGGGGGAATAACAATGACAAAAACGAAACAAGCAATACATATTGATAACATATACTGGGAACGTGTTCAGTTATATATTGAAGGACATAGTg > 1:3069602/1‑100 (MQ=255) aaaCCGATGGGGGGAATAACAATGACAAAAACGAAACAAGCAATACATATTGATAACATATACTGGGAACGTGTTCAGTTATATATAGAAgagatcggaa > 1:476566/1‑91 (MQ=255) aCCGATGGGGGGAATAACAATGACAAAAACGAAACAAGCAATACATATTGATAACATATACCGGGAACGTGTTCAGTTATATATTGAAGGAccagatcgg > 1:892335/1‑92 (MQ=255) | TAATGTATGTACGATGCAAGATATCGTCCAAGCGTTTGAAATGGATTTATCGACATCTTGGGGAAAAACAGTATTGAAATGGACGATTTAATAAACCGAT‑GGGGGAATAACAATGACAAAAACGAAACAAGCAATACATATTGATAACATATACTGGGAACGTGTTCAGTTATATATTGAAGGACATAGTGAA > NC_007793/296160‑296352 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 16 ≤ ATCG/ATCG < 30 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |