| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_007793 | 1,193,217 | (T)7→8 | intergenic (+68/‑331) | SAUSA300_RS05910 → / → SAUSA300_RS05915 | hypothetical protein/bifunctional protein PyrR |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_007793 | 1,193,210 | 1 | . | T | 88.9% | 138.4 / 10.7 | 55 | intergenic (+61/‑338) | SAUSA300_RS05910/SAUSA300_RS05915 | hypothetical protein/bifunctional protein PyrR |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (6/0); new base T (47/1); total (54/1) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.97e-01 | |||||||||||
AGATACAATTCGAAAAAGAGATGCATAATTGTGTCGTGCTATAATTACGATAACATTATTATGTAAACTATAAGTGTTTATCGTTTTCG‑‑T‑TTTTTTAAATGAAAACACATTATAAAATAGATTAAGGTTAACATTTTTACTGAGTATGGTTAATTTTTCAATAT > NC_007793/1193122‑1193285 | aGATACAATTCGAAAAAGAGATGCATAATTGTGTCGTGCTATAATTACGATAACATTATTATGTAAACTATAAGTGTTTATCGTTTTCG‑‑T‑TTTTTTtaaa > 1:5137781/1‑99 (MQ=255)aGATACAATTCGAAAAAGAGATGCATAATTGTGTCGTGCTATAATTACGATAACATTATTATGTAAACTATAAGTGTTTATCGTTTTCG‑‑T‑TTTTTTtaaa > 1:436563/1‑99 (MQ=255)aGATACAATTCGAAAAAGAGATGCATAATTGTGTCGTGCTATAATTACGATAACATTATTATGTAAACTATAAGTGTTTATCGTTTTCG‑‑T‑TTTTTTtaaa > 1:2113638/1‑99 (MQ=255) aTACAATTCGAAAAAGAGATGCATAATTGTGTCGTGCTATAATTACGATAACATTATTATGTAAACTATAAGTGTTTATCGTTTTCGT‑T‑TTTTTTAAATg > 1:2341241/1‑100 (MQ=255) aCAATTCGAAAAAGAGATGCATAATTGTGTCGTGCTATAATTACGATAACATTATTATGTAAACTATAAGTGTTTATCGTTTTCGT‑T‑TTTTTTAAATGaa > 1:1832849/1‑100 (MQ=255) aCAATTCGAAAAAGAGATGCATAATTGTGTCGTGCTATAATTACGATAACATTATTATGTAAACTATAAGTGTTTATCGTTTTCGT‑T‑TTTTTTAAATGaa > 1:3340835/1‑100 (MQ=255) 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aaCTATAAGTGTTTATCGTTTTCGT‑T‑TTTTTTAAATGAAAACACATTATAAAATAGATTAAGGTTAACATTTTTACTGAGTATGGTTAATTTTTCAatat < 1:5678432/100‑1 (MQ=255) | AGATACAATTCGAAAAAGAGATGCATAATTGTGTCGTGCTATAATTACGATAACATTATTATGTAAACTATAAGTGTTTATCGTTTTCG‑‑T‑TTTTTTAAATGAAAACACATTATAAAATAGATTAAGGTTAACATTTTTACTGAGTATGGTTAATTTTTCAATAT > NC_007793/1193122‑1193285 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 17 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |