| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_007793 | 2,187,812 | (A)8→7 | intergenic (‑144/‑8) | SAUSA300_RS11135 ← / → SAUSA300_RS11140 | serine phosphatase/hypothetical protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_007793 | 2,187,805 | 0 | A | . | 98.5% | 253.8 / ‑2.9 | 69 | intergenic (‑137/‑15) | SAUSA300_RS11135/SAUSA300_RS11140 | serine phosphatase/hypothetical protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/1); major base . (0/67); minor base T (0/1); total (0/69) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.53e-01 | |||||||||||
CTTAAGCAAGGATAATTATGATTCACTTACTAACATTTATTTAATTGCACTTATCAATTTTGTCGTTTGCAATTTTGCTGTAGATGATACTTTTAAGCTAAAAAAAACTTTAGGATGGAATACCTAAAGCCTAAAAAACTTAAGACATCCTTTTATAATAAAAAATATGAATATCATAACTGGTATTTGCTAA > NC_007793/2187706‑2187898 | cTTAAGCAAGGATAATTATGATTCACTTACTAACATTTATTTAATTGCGCTTATCAATTTTGTCGTTTGCAATTTTGCTGTAGATGATACTTTTAAGCTa < 1:2004216/100‑1 (MQ=255)cTTAAGCAAGGATAATTATGATTCACTTACTAACATTTATTTAATTGCACTTATCAATTTTGTCGTTTGCAATTTTGCTGTAGATGATACTTTTAAGCTa < 1:1289054/100‑1 (MQ=255)cTTAAGCAAGGATAATTATGATTCACTTACTAACATTTATTTAATTGCACTTATCAATTTTGTCGTTTGCAATTTTGCTGTAGATGATACTTTTAAGCTa < 1:2492547/100‑1 (MQ=255)cTTAAGCAAGGATAATTATGATTCACTTACTAACATTTATTTAATTGCACTTATCAATTTTGTCGTTTGCAATTTTGCTGTAGATGATACTTTTAAGCTa < 1:5579480/100‑1 (MQ=255)cTTAAGCAAGGATAATTATGATTCACTTACTAACATTTATTTAATTGCACTTATCAATTTTGTCGGTTGCAATTTTGCTGTAGATGATACTTTTAAGCTa < 1:6256244/100‑1 (MQ=255)cTTAAGCAAGGATAATTATGATTCACTTACTAACATTTATTTAATTGCACTTATCAATGTTGTCGTTTGCAATTTTGCTGTAGATGATACTTTTAAGCTa < 1:6566248/100‑1 (MQ=255) aaGCAAGGATAATTATGATTCACTTACTAACATTTATTTAATTGCACTTATCAATGTTGTCGTTTGCAATTTTGCTGTAGATGATACTTTTAAGCTagaa < 1:4595340/100‑1 (MQ=255) gATAATTATGATTCACTTACTAACATTTATTTAATTGCACTTATCAATTTTGTCGTTTGCAATTTTGCTGTAGATGATACTTTTAAGCTaaaaaaacttt < 1:2815835/100‑5 (MQ=255) gATAATTATGATTCACTTACTAACATTTATTTAATTGCACTTATCAATTTTGTCGTTTGCAATTTTGCTGTAGATGATACTTTTAAGCTaaaaaaacttt < 1:4962411/100‑5 (MQ=255) gATAATTATGATTCACTTACTAACATTTATTTAATTGCACTTATCAATTTTGTCGTTTGCAATTTTGCTGTAGATGATACTTTTAAGCTaaaaaaacttt < 1:6486233/100‑5 (MQ=255) gATAATTATGATTCACTTACTAACATTTATTTAATTGCACTTATCAATTTTGTCGTTTGCAATTTTGCTGTAGATGATACTTTTAAGCTaaaaaaacttt < 1:5674937/100‑5 (MQ=255) gATAATTATGATTCACTTACTAACATTTATTTAATTGCACTTACCAATTTTGTCGCTTGCAATTTTGCTGTAGATGATACTTTTAAGCTaaaaaaacttt < 1:5875226/100‑5 (MQ=255) aTAATTATGATTCATTTACTAACATTTATTTAATTGCACTTATCAATTTTGTCGTTTGCAATTTTGCTGTAGATGATACTTTTAAGCT‑AAAAAAACTTTa < 1:4909973/100‑1 (MQ=255) aTAATTATGATTCACTTACTAACATTTATTTAATTGCACTTATCAATTTTGTCGTTTGCAATTTTGCTGTAGATGATACTTTTAAGCTaaaaaaactttg < 1:1422898/100‑6 (MQ=255) aTAATTATGATTCACTTACTAACATTTATTTAATTGCACTTATCAATTTTGTCGTTTGCAATTTTGCTGTAGATGATACTTTTAAGCTaaaaaaactttg < 1:4766799/100‑6 (MQ=255) aTAATTATGATTCACTTACTAACATTTATTTAATTGCACTTATCAATTTTGTCGTTTGCAATTTTGCTGTAGATGATACTTTTAAGCT‑AAAACAACTTTa < 1:4252041/100‑1 (MQ=255) aTAATTATGATTCACTTACTAACATTTATTTAATTGCACTTATCAATTTTGTCGTTTGCAATTTTGCTGTAGATGATACTTTTAAGCT‑AAAAAAACTTTa < 1:2452696/100‑1 (MQ=255) aTAATTATGATTCACTTACTAACATTTATTTAATTGCACTTATCAATTTTGTCGTTTGCAATTTTGCTGTAGATGATACTTTTAAGCT‑AAAAAAACTTTa < 1:5945737/100‑1 (MQ=255) aaTTATGATTCACTTACTAACATTTATTTAATTGCACTTATCAATTTTGTCGTTTGCAATTTTGCTGTAGATGATACTTTTAAGCT‑AAAAAAACTTTAgg < 1:2822232/100‑1 (MQ=255) aaTTATGATTCACTTACTAACATTTATTTAATTGCACTTATCAATTTTGTCGTTTGCAATTTTGCTGTAGATGATACTTTTAAGCT‑AAAAAAACTTTAgg < 1:452559/100‑1 (MQ=255) aaTTATGATTCACTTACTAACATTTATTTAATTGCACTTATCAATTTTGTCGTTTGCAATTTTGCTGTAGATGATACTTTTAAGCT‑AAAAAAACTTTAgg < 1:5789211/100‑1 (MQ=255) aaTTATGATTCACTTACTAACATTTATTTAATTGCACTTATCAATTTTGTCGTTTGCAATTTTGCTGTAGATGATACTTTTAAGCT‑AAAAAAACTTTAgg < 1:1989391/100‑1 (MQ=255) aaTTATGATTCACTTACTAACATTTATTTAATTGCACTTATCAATTTTGTCGTTTGCAATTTTGCTGTAGATGATACTTTTAAGCT‑AAAAAAACTTTAgg < 1:1679986/100‑1 (MQ=255) aaTTATGATTCACTTACTAACATTTAGTTAATTGCACTTATCAATTTTGTCGTTTGCAATTTTGCTGTAGATGATACTTTTAAGCT‑AAAAAAACTTTAgg < 1:5821077/100‑1 (MQ=255) ttATGATTCACTTACTAACATTTATTTAATTGCCCTTAGCAATTTTGTCGTTTGCAATTTTGCTGTAGATGATTCTTTTAAGCT‑AAAAAAACTTTAGGAt < 1:4000744/100‑1 (MQ=255) ttATGATTCACTTACTAACATTTATTTAATTGAACTTATCAATTTTGTCGTTTGCAATTTTGCTGTAGATGATACTTTTAAGCT‑AAAAAAACTTTAGGAt < 1:2810579/100‑1 (MQ=255) aTGATTCACTTACTAACATTTATTTAATTGCACTTATCGATTTTGTCGTTTGCAATTTTGCTGTAGATGATACTTTTAAGCT‑AAAAAAACTTTAGGATgg < 1:5545089/100‑1 (MQ=255) aTGATTCACTTACTAACATTTATTTAATTGCACTTATCAATTTTGTCGTTTGCAATTTTGCTGTAGATTATACTTTTAAGCT‑AAAAAAACTTTAGGATgg < 1:3637545/100‑1 (MQ=255) aTGATTCACTTACTAACATTTATTTAATTGCACTTATCAATTTTGTCGTTTGCAATTTTGCTGTAGATGATACTTTTAAGCT‑AAAAAAACTTTAGGATgg < 1:5806951/100‑1 (MQ=255) aTGATTCACTTACTAACATTTATTTAATTGCACTTATCAATTTTGTCGTTTGCAATTTTGCTGTAGATGATACTTTTAAGCT‑AAAAAAACTTTAGGATgg < 1:5972381/100‑1 (MQ=255) aTGATTCACTTACTAACATTTATTTAATTGCACTTATCAATTTTGTCGTTTGCAATTTTGCTGTAGATGATACTTTTAAGCT‑AAAAAAACTTTAGGATgg < 1:5589347/100‑1 (MQ=255) aTGATTCACTTACTAACATTTATTTAATTGCACTTATCAATTTTGTCGTTTGCAATTTTGCTGTAGATGATACTTTTAAGCT‑AAAAAAACTTTAGGATgg < 1:89011/100‑1 (MQ=255) tGATTCACTTACTAACATTTATTTAATTGCACTTATCAATTTTGTCGTTTGCAATTTTGCTGTAGATGATACTTTTAAGCT‑AAAAAAACTTTAGGATggc < 1:397858/100‑2 (MQ=255) aTTCACTTACTAACATTTATTTAATTGCACTTATCAATTTTGTCGTTTGCAATTTTGCTGTAGATGATACTTTTAAGCT‑AAAAAAACTTTAGGATGGAAt < 1:5356472/100‑1 (MQ=255) aTTCACTTACTAACATTTATTTAATTGCACTTATCAATTTTGTCGTTTGCAATTTTGCTGTAGATGATACTTTTAAG‑TTAAAAAAACTTTAGGATGGAAt < 1:4481738/100‑1 (MQ=255) aCTTACTAACATTTATTTAATTGCACTTATCAATTTTGTCGTTTGCAATTTTGCTGTAGATGATACTTTTAAGCT‑AAAAAAACTTTAGGATGGAATACCt < 1:4117962/100‑1 (MQ=255) ttACTAACATTTATTTAATTGCACTTATCAATTTTGTCGTTTGCAATTTTGCTGTAGATGATACTTTTAAGCT‑AAAAAAACTTTAGGATGGAATACCtgg < 1:2368814/100‑3 (MQ=255) tACTAACATTTATTTAATTGCACTTATCAATTTTGTCGTTTGCAATTTTGCTGTAGATGATACTTTTAAGCT‑AAAAAAACTTTAGGATGGAATAcagcaa < 1:2273490/100‑6 (MQ=255) aaCATTTATTTAATTGCACTTATCAATTTTGTCGTTTGCAATTTTGCTGTAGATGATACTTTTAAGCT‑AAAAAAACTTTAGGATGGAATACCTAAAGCCt < 1:1063186/100‑1 (MQ=255) ttaATCGCACTTAACAAGTTTGTCGTTTGCAATTTTGCTGTAGATGATTCTTTTAAGCT‑AAAAAAACTTTAGGATGGAATGCCTAAAGCCTAAAAAACtt < 1:3917804/100‑1 (MQ=255) taATTGCACTTATCAATTTTGTCGTTTGCAATTTTGCTGTAGATGATACTTTTAAGCT‑AAAAAAACTTTAGGATGGAATACCTAAAGCCTAAAAAACTTa < 1:3857221/100‑1 (MQ=255) taATTGCACTTATCAATTTTGTCGTTTGCAATTTTGCTGTAGATGATACTTTTAAGCT‑AAAAAAACTTTAGGATGGAATACCTAAAGCCTAAAAAACTTa < 1:1475589/100‑1 (MQ=255) taATTGCACTTATCAATTTTGTCGTTTGCAATTTTGCTGTAGATGATACTTTTAAGCT‑AAAAAAACTTTAGGATGGAATACCTAAAGCCTAAAAAACTTa < 1:3157262/100‑1 (MQ=255) taATTGCACTTATCAATTTTGTCGTTTGCAATTTTGCTGTAGATGATACTTTTAAGCT‑AAAAAAACTTTAGGATGGAATACCTAAAGCCTAAAAAACTTa < 1:6160290/100‑1 (MQ=255) taATTGCACTTATCAATTTTGTCGTTTGCAATTTTGCTGTAGATGATACTTTTAAGCT‑AAAAAAACTTTAGGATGGAATACCTAAAGCCTAAAAAACTTa < 1:1622202/100‑1 (MQ=255) taATTGCACTTATCAATTTTGTCGTTTGCAATTTTGCTGTAGATGATACTTTTAAGCT‑AAAAAAACTTTAGGATGGAATACCTAAAGCCTAAAAAACTTa < 1:5109899/100‑1 (MQ=255) taATTGCACTTATCAATTTTGTCGTTTGCAATTTTGCTGTAGATGATACTTTTAAGCT‑AAAAAAACTTTAGGATGGAATACCTAAAGCCTAAAAAACTTa < 1:2104939/100‑1 (MQ=255) taATTGCACTTATCAATTTTGTCGTTTGCAATTTTGCTGTAGATGATACTTTTAAGCT‑AAAAAAACTTTAGGATGGAATACCTAAAGCCTAAAAAACTTa < 1:878633/100‑1 (MQ=255) taATTGCACTTATCAATTTTGTCGTTTGCAATTTTGCTGTAGATGATACTTTTAAGCT‑AAAAAAACTTTAGGATGGAATACCTAAAGCCTAAAAAACTTa < 1:2080614/100‑1 (MQ=255) taATGGCACTTATCAATTTTGTCGTTTGCAATTTTGCTGTAGATGATACTTTTAAGCT‑AAAAAAACTTTAGGATGGAATACCTAAAGCCTAAAAAACTTa < 1:4732898/100‑1 (MQ=255) aaTTGCACTTATCAATTTTGTCGTTTGCAATTTTGCTGTAGATGATACTTTTAAGCTAAAAAAAACTTTAGGATGGAATACCTAAAGCCTAAAAAACTTa < 1:4727261/100‑1 (MQ=255) aaTTGCACTTATCAATTTTGTCGTTTGCAATTTTGCTGTAGATGATACTTTTAAGCT‑AAAAAAACTTTAGGATGGAATACCTAAAGCCTAAAAAACTTac < 1:2463823/100‑2 (MQ=255) aTTGCACTTATCAATTTTGTCGTTTGCAATTTTGCTGTAGATGATACTTTTAAGCT‑AAAAAAACTTTAGGATGGAATACCTAAAGCCTAAAAAACTTAAg < 1:2137781/100‑1 (MQ=255) aTTGCACTTATCAATTTTGTCGTTTGCAATTTTGCTGTAGATGATACTTTTAAGCT‑AAAAAAACTTTAGGATGGAATACCTAAAGCCTAAAAAACTTAAg < 1:778329/100‑1 (MQ=255) aCTTATCAATTTTGTCGTTTGCAATTTTGCTGTAGATGATACTTTTAAGCT‑AAAAAAACTTTAGGATGGAATACCTAAAGCCTAAAAAACGTAAGACATc < 1:3700616/100‑1 (MQ=255) aCTTATCAATTTTGGCGTTTGCAATTTTGCTGTAGATGATACTTTTAAGCT‑AAAAAAACTTTAGGATGGAATACCTAAAGCCTAAAAAACTTAAGACATc < 1:4950026/100‑1 (MQ=255) ttATCAATTTTGTCGTTTGCAATTTTGCTGTAGATGATACTTTTAAGCT‑AAAAAAACTTTAGGATGGAATACCTAAAGCCTAAAAAACTTAAGACAtagc < 1:2416582/100‑4 (MQ=255) ttATCAATTTTGTCGTTTGCAATTTTGCTGTAGATGATACTTTTAAGCT‑AAAAAAACTTTAGGATGGAATACCTAAAGCCTAAAAAACTTAAGACATCCt < 1:6444798/100‑1 (MQ=255) aTCAATTTTGTCGTTTGCAATTTTGCTGTAGATGATACTTTTAAGCT‑AAAAAAACTTTAGGATGGAATACCTAAAGCCTAAAAAACTTAAGACATCCttt < 1:5778746/100‑1 (MQ=255) aaTTTTGTCGTTTGCAATTTTGCTGTAGATGATACTTTTAAGCT‑AAAAAAACTTTAGGATGGAATACCTAAAGCCTAAAAAACTTAAGACATCCTTTtat < 1:912294/100‑1 (MQ=255) aTTTTGTCGTTTGCAATTTTGCTGTAGATGATACTTTTAAGCT‑AAAAAAACTTTAGGATGGAATACCTAAAGCCTAAAAAACTTAAGACATCCTTTtata < 1:2154848/100‑1 (MQ=255) aaTTTTGCTGTAGATGATACTTTTAAGCT‑AAAAAAACTTTAGGATGGAATACCTAAAGCCTAAAAAACTTAAGACATCCTTTTATAATAAAAAATATGat < 1:5085175/100‑2 (MQ=255) ttttGCTGTAGATGATACTTTTAAGCT‑AAAAAAACTTTAGGATGGAATACCTAAAGCCTAAAAAACTTAAGACATCCTTTTATAATAAAAAATATGaagc < 1:165338/100‑3 (MQ=255) ttGCTGTAGATGATACTTTTAAGCT‑AAAAAAACTTTAGGATGGAATACCTAAAGCCTAAAAAACTTAAGACATCCTTTTATAATAAAAAATATGAATATc < 1:5376818/100‑1 (MQ=255) ttGCTGTAGATGATACTTTTAAGCT‑AAAAAAACTTTAGGATGGAATACCTAAAGCCTAAAAAACTTAAGACATCCTTTTATAATAAAAAATATGAATATc < 1:1750407/100‑1 (MQ=255) ttGCTGTAGATGATACTTTTAAGCT‑AAAAAAACTTTAGGATGGAATACCTAAAGCCTAAAAAACTTAAGACATCCTTTTATAATAAAAAATATGAATATc < 1:6288720/100‑1 (MQ=255) gCTGTAGATGATACTTTTAAGCT‑AAAAAAACTTTAGGATGGAATACCTAAAGCCTAAAAAACTTAAGACATCCTTTTATAATAAAAAATATGAATATCag < 1:2928043/100‑2 (MQ=255) gCTGTAGATGATACTTTTAAGCT‑AAAAAAACTTTAGGATGGAATACCTAAAGCCTAAAAAACTTAAGACATCCTTTTATAATAAAAAATATGAATATCAt < 1:1903044/100‑1 (MQ=255) atgatACTTTTAAGCT‑AAAAAAACTTTAGGATGGAATACCTAAAGCCTAAAAAACTTAAGACATCCTTTTATAATAAAAAATATGAATATCATAACTggg < 1:870410/100‑2 (MQ=255) atgatACTTTTAAGCT‑AAAAAAACTTTAGGATGGAATACCTAAAGCCTAAAAAACTTAAGACATCCTTTTATAATAAAAAATATGAATATCATAACTGGt < 1:6398057/100‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 16 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |