Predicted mutation
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RA	NC_007790	1,744	A→T	M56L (ATG→TTG)	SAUSA300_RS14710 →	membrane protein

Read alignment evidence...
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*	NC_007790	1,744	0	A	T	100.0%	174.8 / NA	59	M56L (ATG→TTG)	SAUSA300_RS14710	membrane protein
Reads supporting (aligned to +/- strand):  ref base A (0/0);  new base T (56/3);  total (56/3)

CATTTGGAAAATTTATATATATTAATTCCGTATGTTATTTTGATGGGAATAAATGCTATTTATTTGGTTGTTAAGGTTATGAATTTCAAAAAGAATAATTAGAATATTTGAGGGGATTTTGAAACGAGTTTCTTCTTGTTTTCACACTGTTTTTTTATTCCTATTGGTGTTGT  >  NC_007790/1666‑1838                                                                               |                                                                                               cATTTTGAAAATTTATATATATTAATTCTGTATGTTATTTTGATGGGAATAAATGCTATTTATTTGGTTGTTAAGGTTTTGAATTTCAAAAAGAATAAtt                                                                           >  1:1536452/1‑100 (MQ=255) cATTTTGAAAATTTATATATATTAATTCTGTATGTTATTTTGATGGGAATAAATGCTATTTATTTGGTTGTTAAGGTTTTGAATTTCAAAAAGAATAAtt                                                                           >  1:1887255/1‑100 (MQ=255) cATTTTGAAAATTTATATATATTAATTCTGTATGTTATTTTGATGGGAATAAATGCTATTTATTTGGTTGTTAAGGTTTTGAATTTCAAAAAGAATAAtt                                                                           >  1:3720321/1‑100 (MQ=255) cATTTTGAAAATTTATATATATTAATTCTGTATGTTATTTTGATGGGAATAAATGCTATTTATTTGGTTGTTAAGGTTTTGAATTTCAAAAAGAATAAtt                                                                           >  1:3983873/1‑100 (MQ=255)       gAAAATTTATATATATTAATTCTGTATGTTATTTTGATGGGAATAAATGCTATTTATCTGGTTGTTAAGGTTTTGAATTTCAAAAAGAATAATTAGAata                                                                     >  1:5238808/1‑100 (MQ=255)                tatatatTAATTCTGTATGTTATTTTGATGGGAATAAATGCTATTTATTTGGTTGTTAAGGTTTTGAATTTCAAAAAGAATAAATAGAATATTTGAgagg                                                            >  1:1730331/1‑100 (MQ=255)                          ctctgTATGTTATTTTGATGGGAATAAATGCTATTTATTTGGTTGTTAAGGTTTTGAATTTCAAAAAGAATAATTAGAATATTTGAGAGGATTTTGAAAc                                                  >  1:5185094/5‑100 (MQ=255)                           tctgTATGTTATTTTGATGGGAATAAATGCTATTTATTTGGTTGTTAAGGTTTTGAATTTCAAAAAGAATAATTAGAATATTTGAGAGGATTTTGAAACg                                                 >  1:328989/4‑100 (MQ=255)                           cctgTATGTTATTTTGATGGGAATAAATGCTATTTATTTGGTTGTTAAGGTTTTGAATTTCAAAAAGAATAATTAGAATATTTGAGAGGATTTTGAAACg                                                 >  1:5070709/4‑100 (MQ=255)                            ctgTATGTTATTTTGATGGGAATAAATGCTATTTATTTGGTTGTTAAGGTTTTGAATTTCAAAAAGAATAATTAGAATATTTGAGAGGATTTTGAAACGa                                                >  1:3137444/3‑100 (MQ=255)                            ctgTATGTTATTTTGATGGGAATAAATGCTATTTATTTGGTTGTTAAGGTTTTGAATTTCAAAAAGAATAATTAGAATATTTGAGAGGATTTTGAAACGa                                                >  1:3756017/3‑100 (MQ=255)                             tgTATGTTATTTTGATGGGAATAAATGCTATTTATTTGGTTGTTAAGGTTTTGAATTTCAAAAAGAATAATTAGAATATTTGAGAGGATTTTGAAACGAg                                               >  1:3137452/2‑100 (MQ=255)                             ggTATGTTATTTTGATGGGAATAAATGCTATTTATTTGGTTGTTAAGGTTTTGAATTTCAAAAAGAATAATTAGAATATTTGAGAGGATTTTGAAACGAg                                               >  1:4041634/2‑100 (MQ=255)                             agTATGTTATTTTGATGGGAATAAATGCTATTTATTTGGTTGTTAAGGTTTTGAATTTCAAAAAGAATAATTAGAATATTTGAGAGGATTTTGAAACGAg                                               >  1:508296/2‑100 (MQ=255)                              gTATGTTATTTTGATGGGAATAAATGCTATTTATTTGGTTGTTAAGGTTTTGAATTTCAAAAAGGATAATTAGAATATTTGAGAGGATTTTGAAACGAGt                                              >  1:5036987/1‑100 (MQ=255)                              gTATGTTATTTTGATGGGAATAAATGCTATTTATTTGGTTGTTAAGGTTTTGAATTTCAAAAAGAATAATTAGAATATTTGAGAGGATTTTGAGACGAGt                                              >  1:2682156/1‑100 (MQ=255)                              gTATGTTATTTTGATGGGAATAAATGCTATTTATTTGGTTGTTAAGGTTTTGAATTTCAAAAAGAATAATTAGAATATTTGAGAGGATTTTGAAACGAGt                                              >  1:4127662/1‑100 (MQ=255)                              gTATGTTATTTTGATGGGAATAAATGCTATTTATTTGGTTGTTAAGGTTTTGAATTTCAAAAAGAATAATTAGAATATTTGAGAGGATTTTGAAACGAGt                                              >  1:4384056/1‑100 (MQ=255)                              gTATGTTATTTTGATGGGAATAAATGCTATTTATTTGGTTGTTAAGGTTTTGAATTTCAAAAAGAATAATTAGAATATTTGAGAGGATTTTGAAACGAGt                                              >  1:3579178/1‑100 (MQ=255) 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                               aTGTTATTTTGATGGGAATAAATGCTATTTATTTGGTTGTTAAGGTTTTGAATTTCAAAAAGAATAATTAGAATATTTGAGAGGATTTTGAAACGAGttt                                            >  1:4521783/1‑100 (MQ=255)                                 tGTTATTTTGATGGGAATAAATGCTATTTATTTGGTTGTTAAGGTTTTGAATTTCAAAAAGAATAATTAGAATATTTGAGAGGATTTTGAAACGAGTttc                                           >  1:3204710/1‑100 (MQ=255)                                       tttGATGGGAATAAATGCTATTTATTTGGTTGTTAAGGTTTTGAATTTCAAAAAGAATAATTAGAATATTTGAGAGGATTTTGAAACGAGTTTCTTCTTg                                     >  1:4740712/1‑100 (MQ=255)                                        ttGATGGGAATAAATGCTATTTATTTGGTTGTTAAGGTTTTGAATTTCAAAAAGAATAATTAGAATATTTGAGAGGATTTTGAAACGAGTTTCTTCTTGt                                    >  1:4912738/1‑100 (MQ=255)                                        ttGATGGGAATAAATGCTATTTATTTGGTTGTTAAGGTTTTGAATTTCAAAAAGAATAATTAGAATATTTGAGAGGATTTTGAAACGAGTTTCTTCTTGt                                    >  1:3484688/1‑100 (MQ=255)                                         tGATGGGAATAAATGCTATTTATTTGGTTGTTAAGGTTTTGGATTTCAAAAAGAATAATTAGAATATTTGAGAGGATTTTGAAACGAGTTTCTTCTTGtt                                   >  1:4253416/1‑100 (MQ=255)                                         tGATGGGAATAAATGCTATTTATTTGGTTGTTAAGGTTTTGAATTTCAAAAAGAATAATTAGAATATTTGAGAGGATTTTGAAACGAGTTTCTTCTTGtt                                   >  1:1717519/1‑100 (MQ=255)                                         tGATGGGAATAAATGCTATTTATTTGGTTGTTAAGGTTTTGAATTTCAAAAAGAATAATTAGAATATTTGAGAGGATTTTGAAACGAGTTTCTTCTTGtt                                   >  1:4434353/1‑100 (MQ=255)                                         agATGGGAATAAATGCTATTTATTTGGTTGTTAAGGTTTTGAATTTCAAAAAGAATAATTAGAATATTTGAGAGGATTTTGAAACGAGTTTCTTCTTGtt                                   >  1:5223205/2‑100 (MQ=255)                                          gATGGGAATAAATGCTATTTATTTGGTTGTTAAGGTTTTGAATTTCAAAAAGAATAATTAGAATATTTGAGAGGATTTTGAAACGAGTTTCTTCTCGttt                                  >  1:3607589/1‑100 (MQ=255)                                           aTGGGAATAAATGCTATTTATTTGGTTGTTAAGGTTTTGAATTTCAAAAAGAATAATTAGAATATTTGAGAGGATTTTGAAACGAGTTTCTTCTTGtttt                                 >  1:4906733/1‑100 (MQ=255)                                             gggAATAAATGCTATTTATTTGGTTGTTAAGGTTTTGAATTTCAAAAAGAATAATTAGAATATTTGAGAGGATTTTGAAACGAGTTTCTTCTTGTTTTca                               >  1:3000125/1‑100 (MQ=255)                                             gggAATAAATGCTATTTATTTGGTTGTTAAGGTTTTGAATTTCAAAAAGAATAATTAGAATATTTGAGAGGATTTTGAAACGAGTTTCTTCTTGTTTTca                               >  1:1845622/1‑100 (MQ=255)                                                  tAAATGCTATTTATTTGGTTGTTAAGGGTTTGAATTTCAAAAAGAATAATTAGAATATTTGAGAGGATTTTGAAACGAGTTTCTTCTTGTTTTCACACTg                          >  1:4377530/1‑100 (MQ=255)                                                   aaaTGCTATTTATTTGGTTGTTAAGGTTTTGAATTTCAAAAAGAATAATTAGAATATTTGAGAGGATTTTGAAACGAGTTTCTTCTTGTTTTCACACTGt                         >  1:785627/1‑100 (MQ=255)                                                   aaaTGCTATTTATTTGGTTGTTAAGGTTTTGAATTTCAAAAAGAATAATTAGAATATTTGAGAGGATTTTGAAACGAGTTTCTTCTTGTTTTCACACTGt                         >  1:557801/1‑100 (MQ=255)                                                    aaTGCTATTTATTTGGTTGTTAAGGTTTTGAATTTCAAAAAGAATAATTAGAATATTTGAGAGGATTTTGAAACGAGTTTCTTCTTGTTTTCACACTGtt                        >  1:3264326/1‑100 (MQ=255)                                                     aTGCTATTTATTTGGTTGTTAAGGTTTTGAATTTCAAAAAGAATAATTAGAATATTTGAGAGGATTTTGAAACGAGTTTCTTCTTGTTTTCACACTGttt                       >  1:2778316/1‑100 (MQ=255)                                                       gCTATTTATTTGGTTGTTAAGGTTTTGAATTTCAAAAAGAATAATTAGAATATTTGAGAGGATTTTGAAACGAGTTTCTTCTTGTTTTCACACTGttttt                     >  1:2325525/1‑100 (MQ=255)                                                          atttatttGGTTGTTAAGGTTTTGAATTTCAAAAAGAATAATTAGAATATTTGAGAGGATTTTGAAACGAGTTTCTTCTTGTTTTCACACTGTTTTTTTa                  >  1:4504703/1‑100 (MQ=255)                                                               gttGGTTGTTAAGGTTTTGAATTTCAAAAAGAATAATTAGAATATTTGAGAGGATTTTGAAACGAGTTTCTTCTTGTTTTCACACTGTTTTTTTATTCCt             >  1:4693224/2‑100 (MQ=255)                                                               cttGGTTGTTAAGGTTTTGAATTTCAAAAAGAATAATTAGAATATTTGAGAGGATTTTGAAACGAGTTTCTTCTTGTTTTCACACTGTTTTTTTATTCCt             >  1:3258899/2‑100 (MQ=255)                                                                ttGGTTGTTAAGGTTTTGAATTTCAAAAAGAATAATTAGAATATTTGAGAGGATTTTGAAACGAGTTTCTTCTTGTTTTCACACTGTTTTTTTATTCCTa            >  1:1095251/1‑100 (MQ=255)                                                                gtGGTTGTTAAGGTTTTGAATTTCAAAAAGAATCATTAGAATGTTTGAGAGGATTTTGAAACGAGTTTCTTCTTGTTTTCACACTGTTTTTTTATTCCTa            >  1:2427303/2‑100 (MQ=255) 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CATTTGGAAAATTTATATATATTAATTCCGTATGTTATTTTGATGGGAATAAATGCTATTTATTTGGTTGTTAAGGTTATGAATTTCAAAAAGAATAATTAGAATATTTGAGGGGATTTTGAAACGAGTTTCTTCTTGTTTTCACACTGTTTTTTTATTCCTATTGGTGTTGT  >  NC_007790/1666‑1838

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 26 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑