| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_007790 | 1,280 | C→T | intergenic (+284/‑299) | SAUSA300_RS14705 → / → SAUSA300_RS14710 | replication protein/membrane protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_007790 | 1,280 | 0 | C | T | 90.0% | 43.6 / ‑2.4 | 20 | intergenic (+284/‑299) | SAUSA300_RS14705/SAUSA300_RS14710 | replication protein/membrane protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (1/1); new base T (4/14); total (5/15) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.47e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.57e-01 | |||||||||||
AGCAAATTCTCCTTATGCTCTTACGGAGTTTTTAGAGAAAAATTAAAAATTCTCGATTTTTGATAAAAAACGCCCTGCAGGAATTTAGAAAAACAT‑GT‑GGAAGTTTTAAAGGATTTTATGCTAATTTTTAATTTGCATGTAAATGGGCAGTGTTAAAAAATTAGTCACTGGTTT > NC_007790/1206‑1379 | aGCAAATTCTCCTTATGCTCTTACAGAGTTCTTAGAGATAAATTAAAAATTCTCGATTTTTGATAAAAAACGCTCTGCAGGAATTTAGAAAAACacggga > 1:4940118/1‑95 (MQ=255) acgtagttACGGAGTTCTTAGAGAAAAAATAAAAATTCTCGA‑TTTTGATAAAAAATGTCTTGCAGGAATTTAGAAAAACATGGG‑GGAAGTTTTAAAGGAt > 1:4750779/7‑100 (MQ=255) agttACGGAGTTCTTAGAGAAAAAATAAAAATTCTCGA‑TTTTGATAAAAAATGTCTTGCAGGAATTTAGAAAAACATGGG‑GGAAGTTTTAAAGGATTTTa > 1:965894/3‑100 (MQ=255) agttACGGAGTTCTTAGAGAAAAAATAAAAATTCTCGA‑TTTTGATAAAAAATGTCTTGCAGGAATTTAGAAAAACATGGG‑GGAAGTTTTAAAGGATTTTa > 1:4687770/3‑100 (MQ=255) ccgatcttAGAGAAAAAATAAAAATTCTCGA‑TTTTGATAAAAAATGTCTTGCAGGAATTTAGAAAAACATGGG‑GGAAGTTTTAAAGGATTTTATGCTaac < 1:3972355/94‑2 (MQ=255) gaAAAAATAAAAATTCTCGA‑TTTTGATAAAAAATGTCTTGCAGGAATTTAGAAAAACATGGG‑GGAAGTTTTAAAGGATTTTATGCTAACTTTTAATTTGc < 1:1125429/100‑1 (MQ=255) attCTCGA‑TTTTGATAAAAAATGTCTTGCAGGAATTTAGAAAAACATGGG‑GGAAGTTTTAAAGGATTTTATGCTAACTTTTAATTTGCATGTAAATGGGc < 1:2614021/100‑1 (MQ=255) attCTCGA‑TTTTGATAAAAAATGTCTTGCAGGAATTTAGAAAAACATGGG‑GGAAGTTTTAAAGGATTTTATGCTAACTTTTAATTTGCATGTAAATGGGc < 1:2614745/100‑1 (MQ=255) attCTCGA‑TTTTGATAAAAAATGTCTTGCAGGAATTTAGAAAAACATGGG‑GGAAGTTTTAAAGGATTTTATGCTAACTTTTAATTTGCATGTAAATGGGc < 1:392950/100‑1 (MQ=255) attCTCGA‑TTTTGATAAAAAATGTCTTGCAGGAATTTAGAAAAACATGGG‑GGAAGTTTTAAAGGATTTTATGCTAACTTTTAATTTGCATGTAAATGGGc < 1:4939075/100‑1 (MQ=255) attCTCGA‑TTTTGATAAAAAATGTCTTGCAGGAATTTAGAAAAACATGGG‑GGAAGTTTTAAAGGATTTTATGCTAACTTTTAATTTGCATGTAAACGGGc < 1:4669875/100‑1 (MQ=255) attCTCGA‑TTTTGATAAAAAATGTCTTGCAGGAATTTAGAAAAACAT‑GGGGGAAGTTTTAAAGGATTTTATGCTAACTTTTAATTTGCATGTAAATGGGc < 1:1894827/100‑1 (MQ=255) ttCTCGA‑TTTTGATAAAAAATGTCTTGCAGGAATTTAGAAAAACATGGG‑GGAAGTTTTAAAGGATTTTATGCTAACTTTTAATTTGCATGTAAATGGGCa < 1:3918417/100‑1 (MQ=255) tctcGA‑TTTTGATAAAAAATGTCTTGCAGGAATTTAGAAAAACATGGG‑GGAAGTTTTAAAGGATTTTATGCTAACTTTTAATTTGCATGTAAATGGGCAg < 1:1439479/100‑1 (MQ=255) ctcGA‑TTTTGATAAAAAATGTCTTGCAGGAATTTAGAAAAACATGGG‑GGAAGTTTTAAAGGATTTTATGCTAACTTTTAATTTGCATGTAAATGGGCAgt < 1:1881587/100‑1 (MQ=255) ctcGA‑TTTTGATAAAAAATGTCTTGCAGGAATTTAGAAAAACATGGG‑GGAAGTTTTAAAGGATTTTATGCTAACCTTTAATTTGCATGTAAATGGGCAgt < 1:2206515/100‑1 (MQ=255) tcgattttGATAAAAAATGTCTTGCAGGAATTTAGAAAAACATGGG‑GGAAGTTTTAAAGGATTTTATGCTAACTTTTAATTTGCATGTAAATGGGCAgtg < 1:2228367/96‑1 (MQ=255) gATTTTTGATAAAAAACGCTCTGCAGGAATTTAGAAAAACAC‑GG‑GAAAGTTTTAAAGGATTTTATGCTAATTTTTAATTTGCATGTAAATGGACAGTGtt < 1:1018041/100‑1 (MQ=255) cgattttGATAAAAAATGTCTTGCAGGAATTTAGAAAAACATGGG‑GGAAGTTTTAAAGGATTTTATGCTAACTTTTAATTTGCATGTAAATGGGCAgtgg < 1:892268/97‑2 (MQ=255) cgattttGATAAAAAATGTCTTGCAGGAATTTAGAAAAACATGGG‑GGAAGTTTTAAAGGATTTTATGCTAACTTTTAATTTGCATGTAAATGGGCAgatc > 1:2124412/4‑97 (MQ=255) tccgatcTGCAGGGATTTAGAAAAACAC‑GG‑GAAAGTTTTAAAGGATTTTATGCTAATTTTTAATTTGCATGTAAATGGACAGTGTTACAAAA‑TAGTCaag < 1:4129487/94‑3 (MQ=255) tcTGCAGGAATTTAGAAAAACAC‑GG‑GAAAGTTTTAAAGGATTTTATGCTAATTTTTAATTTGCATGTAAATGGACAGTGTTACAAAA‑TAGTCATTGtttt < 1:4090303/99‑1 (MQ=255) | AGCAAATTCTCCTTATGCTCTTACGGAGTTTTTAGAGAAAAATTAAAAATTCTCGATTTTTGATAAAAAACGCCCTGCAGGAATTTAGAAAAACAT‑GT‑GGAAGTTTTAAAGGATTTTATGCTAATTTTTAATTTGCATGTAAATGGGCAGTGTTAAAAAATTAGTCACTGGTTT > NC_007790/1206‑1379 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 28 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |