Predicted mutation
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RA	NC_007790	258	G→A	intergenic (–/‑22)	– / → SAUSA300_RS14705	–/replication protein

Read alignment evidence...
	seq id	position		ref	new	freq	score (cons/poly)	reads	annotation	genes	product
*	NC_007790	258	0	G	A	100.0%	91.9 / NA	31	intergenic (–/‑22)	–/SAUSA300_RS14705	–/replication protein
Reads supporting (aligned to +/- strand):  ref base G (0/0);  new base A (31/0);  total (31/0)

GTTTTGTAAATCAAAATTATGTCCGGTTTGTAATTGGAGACGTGCTATGAAAAATAGTTATCAAGCTC‑AAAAAGTGATTGAAAAAGTAATTAAGGAAAAGCCAAAAGCACGTTGGTTGT  >  NC_007790/234‑352                         |                                                                                                cttctggtaaTCAAAGTTATGTCCAGTTTGTAATTGGAGACGTTCTATGAAAAATAGTTATCAATCCC‑AAAAAGTGATTGAAGAAGTGTTTAAAGAAAAg                     >  1:2386300/9‑100 (MQ=255)   tctggtaaTCAAAGTTATGTCCAGTTTGTAATTGGAGACGTTCTATGAAAAATAGTTATCAATCCC‑AAAAAGTGATTGAAGAAGTGTTTAAAGAAAAGcc                   >  1:1577772/7‑100 (MQ=255)   tctggtaaTCAAAGTTATGTCCAGTTTGTAATTGGAGACGTTCTATGAAAAATAGTTATCAATCCC‑AAAAAGTGATTGAAGAAGTGTTTAAAGAAAAGcc                   >  1:4015525/7‑100 (MQ=255)   tctggtaaTCAAAGTTATGTCCAGTTTGTAATTGGAGACGTTCTATGAAAAATAGTTATCAATCCC‑AAAAAGTGATTGAAGAAGTGTTTAAAGAAAAGcc                   >  1:1677094/7‑100 (MQ=255) 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Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 31 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑