Predicted mutation
evidence	seq id	position	mutation	annotation	gene	description
RA	NC_007790	249	A→G	intergenic (–/‑31)	– / → SAUSA300_RS14705	–/replication protein

Read alignment evidence...
	seq id	position		ref	new	freq	score (cons/poly)	reads	annotation	genes	product
*	NC_007790	249	0	A	G	100.0%	69.5 / NA	25	intergenic (–/‑31)	–/SAUSA300_RS14705	–/replication protein
Reads supporting (aligned to +/- strand):  ref base A (0/0);  new base G (25/0);  total (25/0)

GTTTTGTAAATCAAAATTATGTCCGGTTTGTAATTGGAGACGTGCTATGAAAAATAGTTATCAAGCTC‑AAAAAGTGATTGAAAAAGTAATTAAGGAAAAGCCAAAAGCACG  >  NC_007790/234‑344                |                                                                                                 cttctggtaaTCAAAGTTATGTCCAGTTTGTAATTGGAGACGTTCTATGAAAAATAGTTATCAATCCC‑AAAAAGTGATTGAAGAAGTGTTTAAAGAAAAg             >  1:2386300/9‑100 (MQ=255)   tctggtaaTCAAAGTTATGTCCAGTTTGTAATTGGAGACGTTCTATGAAAAATAGTTATCAATCCC‑AAAAAGTGATTGAAGAAGTGTTTAAAGAAAAGcc           >  1:1577772/7‑100 (MQ=255)   tctggtaaTCAAAGTTATGTCCAGTTTGTAATTGGAGACGTTCTATGAAAAATAGTTATCAATCCC‑AAAAAGTGATTGAAGAAGTGTTTAAAGAAAAGcc           >  1:1677094/7‑100 (MQ=255)   tctggtaaTCAAAGTTATGTCCAGTTTGTAATTGGAGACGTTCTATGAAAAATAGTTATCAATCCC‑AAAAAGTGATTGAAGAAGTGTTTAAAGAAAAGcc           >  1:2463278/7‑100 (MQ=255)   tctggtaaTCAAAGTTATGTCCAGTTTGTAATTGGAGACGTTCTATGAAAAATAGTTATCAATCCC‑AAAAAGTGATTGAAGAAGTGTTTAAAGAAAAGcc           >  1:4015525/7‑100 (MQ=255)   cctggtaaTCAAAGTTATGTCCAGTTTGTAATTGGAGACGTTCTATGAAAAATAGTTATCAATCCC‑AAAAAGTGATTGAAGAAGTGTTTAAAGAAAAGcc           >  1:2341477/7‑100 (MQ=255)    ctggtaaTCAAAGTTATGTCCAGTTTGTAATTGGAGACGTTCTATGAAAAATAGTTATCAATCCC‑AAAAAGTGATTGAAGAAGTGTTTAAAGAAAAGccg          >  1:15919/6‑99 (MQ=255)    ctggtaaTCAAAGTTATGTCCAGTTTGTAATTGGAGACGTTCTATGAAAAATAGTTATCAATCCC‑AAAAAGTGATTGAAGAAGTGTTTAAAGAAAAGccg          >  1:4974683/6‑99 (MQ=255)      ggtaaTCAAAGTTATGTCCAGTTTGTAATTGGAGACGTTCTATGAAAAATAGTTATCAATCCCAAAAAAGTGATTGAAGAAGTGTTTAAAGAAAAGccga         >  1:3398162/4‑98 (MQ=255)      ggtaaTCAAAGTTATGTCCAGTTTGTAATTGGAGACGTTCTATGAAAAATAGTTATCAATCCC‑AAAAAGTGATTGAAGAGGTGTTTAAAGAAAAGCCgaa        >  1:4095568/4‑100 (MQ=255)      ggtaaTCAAAGTTATGTCCAGTTTGTAATTGGAGACGTTCTATGAAAAATAGTTATCAATCCC‑AAAAAGTGATTGAAGAAGTGTTTAAAGAAAAGCCgaa        >  1:858140/4‑100 (MQ=255)      ggtaaTCAAAGTTATGTCCAGTTTGTAATTGGAGACGTTCTATGAAAAATAGTTATCAATCCC‑AAAAAGTGATTGAAGAAGTGTTTAAAGAAAAGCCgaa        >  1:1293712/4‑100 (MQ=255)      ggtaaTCAAAGTTATGTCCAGTTTGTAATTGGAGACGTTCTATGAAAAATAGTTATCAATCCC‑AAAAAGTGATTGAAGAAGTGTTTAAAGAAAAGCCgaa        >  1:4796477/4‑100 (MQ=255)      ggtaaTCAAAGTTATGTCCAGTTTGTAATTGGAGACGTTCTATGAAAAATAGTTATCAATCCC‑AAAAAGTGATTGAAGAAGTGTTTAAAGAAAAGCCgaa        >  1:4081394/4‑100 (MQ=255)      ggtaaTCAAAGTTATGTCCAGTTTGTAATTGGAGACGTTCTATGAAAAATAGTTATCAATCCC‑AAAAAGTGATTGAAGAAGTGTTTAAAGAAAAGCCgaa        >  1:4047542/4‑100 (MQ=255)      ggtaaTCAAAGTTATGTCCAGTTTGTAATTGGAGACGTTCTATGAAAAATAGTTATCAATCCC‑AAAAAGTGATTGAAGAAGTGTTTAAAGAAAAGCCgaa        >  1:4046673/4‑100 (MQ=255)      ggtaaTCAAAGTTATGTCCAGTTTGTAATTGGAGACGTTCTATGAAAAATAGTTATCAATCCC‑AAAAAGTGATTGAAGAAGTGTTTAAAGAAAAGCCgaa        >  1:3548849/4‑100 (MQ=255)      ggtaaTCAAAGTTATGTCCAGTTTGTAATTGGAGACGTTCTATGAAAAATAGTTATCAATCCC‑AAAAAGTGATTGAAGAAGTGTTTAAAGAAAAGCCgaa        >  1:3036827/4‑100 (MQ=255)      ggtaaTCAAAGTTATGTCCAGTTTGTAATTGGAGACGTTCTATGAAAAATAGTTATCAATCCC‑AAAAAGTGATTGAAGAAGTGTTTAAAGAAAAGCCgaa        >  1:2817270/4‑100 (MQ=255)      ggtaaTCAAAGTTATGTCCAGTTTGTAATTGGAGACGTTCTATGAAAAATAGTTATCAATCCC‑AAAAAGTGATTGAAGAAGTGTTTAAAGAAAAGCCgaa        >  1:2366728/4‑100 (MQ=255)      ggtaaTCAAAGTTATGTCCAGTTTGTAATTGGAGACGTTCTATGAAAAATAGTTATCAATCCC‑AAAAAGTGATTGAAGAAGTGTTTAAAGAAAAGCCgaa        >  1:2315968/4‑100 (MQ=255)      ggtaaTCAAAGTTATGTCCAGTTTGTAATTGGAGACGTTCTATGAAAAATAGTTATCAATCCC‑AAAAAGTGATTGAAGAAGTGTTTAAAGAAAAGCCgaa        >  1:2096273/4‑100 (MQ=255)      ggtaaTCAAAGTTATGTCCAGTTTGTAATTGGAGACGTTCTATGAAAAATAGTTATCAATCCC‑AAAAAGTGATTGAAGAAGTGTTTAAAGAAAAGCCgaa        >  1:2027197/4‑100 (MQ=255)      ggtaaTCAAAGTTATGTCCAGTTTGTAATTGGAGACGTCCTATGAAAAATAGTTACCAATCCC‑AAAAAGTGATTGAAGAAGTGTTTAAAGAAAAGCCgaa        >  1:2924508/4‑100 (MQ=255)            cAAAGTTATGTCCAGTTTGTAATTGGAGACGTTCTATGAAAAATAGTTATCAATCCC‑AAAAAGTGATTGAAGAAGTGTTTAAAGAAAAGCCgaattctcg  >  1:48944/1‑94 (MQ=255)                |                                                                                                 GTTTTGTAAATCAAAATTATGTCCGGTTTGTAATTGGAGACGTGCTATGAAAAATAGTTATCAAGCTC‑AAAAAGTGATTGAAAAAGTAATTAAGGAAAAGCCAAAAGCACG  >  NC_007790/234‑344

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 31 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑