| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_007790 | 1,488 | 0 | C | T | 68.4% | 16.6 / 6.4 | 19 | intergenic (+492/‑91) | SAUSA300_RS14705/SAUSA300_RS14710 | replication protein/membrane protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (6/0); new base T (12/1); total (18/1) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.53e-01 | |||||||||||
TTGTGAAATTACCATATATTTATTTGGCTCATATTTGCGTTTTAAGAGCTTGTATATATTTTTAAGTTA‑AAAACCTATATGA‑TA‑C‑CCC‑CTAAACCTTTAAAATACCCCCTTAAAACTCAAAATAAAGGTAT > NC_007790/1395‑1525 | ttgtGAAATTAGCATATATGTATTTGGCTCATATTTTCGTTTTAAAAGC‑‑GTATATAAGTTTTGGATAGAAAAAATATATGATTT‑A‑CCC‑CTAAACCTTTaa > 1:4013432/1‑100 (MQ=255) gtgAAATTACCATATATTTATTTGGCTCATATTTGCGTTTTAAGAGCTTGTATAGATTTTTAAG‑TA‑GAAAACTATAAGATTT‑A‑CCT‑CTAAATCTTTaaaa > 1:4084218/1‑100 (MQ=255) ttAGCATATATGTATTTGGCTCATATTTTCGTTTTAAAAGC‑‑GTATATAAGTTTTGGATAGAAAAAATATATGATTT‑A‑CCC‑CTAAACCTTTAAAATGcccc > 1:1853242/1‑100 (MQ=255) tagcATATATGTATTTGGCTCATATTTTCGTTTTAAAAGC‑‑GTATATAAGTTTTGGATAGAAAAAATATATGATTT‑A‑CCC‑CTAAACCTTTAAAATGcccct > 1:3610816/4‑99 (MQ=255) tACCATATATTTATTTGGCTCATATTTGCGTTTTAAGAGCTTGTATAGATTTTTAAG‑TA‑GAAAACTATAAGA‑TTTA‑CCT‑CTAAATCTTTAAAATAccctc > 1:3535992/1‑98 (MQ=255) gaCCATATATTTATTTGGCTCATATTTGCGTTTTAAGAGCTTGTATAGGTTTTTAAGTAG‑AAAA‑CTATAAGATTT‑A‑CCT‑CTAAATCTTTAAAATAccctc > 1:4359420/2‑98 (MQ=255) agcATATATGTATTTGGCTCATATTTTCGTTTTAAAAGC‑‑GTATATAAGTTTTGGATAGAAAAAATATATGATTT‑A‑CCC‑CTAAACCTTTAAAATGcccctt > 1:3315975/3‑98 (MQ=255) agcATATATGTATTTGGCTCATATTTTCGTTTTAAAAGC‑‑GTATATAAGTTTTGGATAGAAAAAATATATGATTT‑A‑CCC‑CTAAACCTTTAAAATGcccctt > 1:3831423/3‑98 (MQ=255) aCCATATATTTATTTGGCTCATATTTGCGTTTTAAGAGCTTGTATAGATTTTTAAG‑TA‑GAAAACTATAAGATTT‑A‑CCT‑CTAAATCTTTAAAATACCctct > 1:1405439/1‑100 (MQ=255) atttatttGGCTCATATTTGCGTTTTAAGAGCTTGTATAGATTTTTAAG‑TA‑GAAAACTATAAGATTT‑A‑CCT‑CTAAATCTTTAAAATACCCTCTTaaaatt > 1:4629165/1‑98 (MQ=255) ttatttGGCTCATATTTGCGTTTTAAGAGCTTGTATAGATTTTTAAG‑TA‑GAAAACTATAAGA‑TTTA‑CCT‑CTAAATCTTTAAAATACCCTCTTAAAATTCa > 1:203965/1‑100 (MQ=255) ccttGGCTCATATTTGCGTTTTAAGAGCTTGTATAGATTTTTAAG‑TA‑GAAAACTATAAGATTT‑A‑CCT‑CTAAATCTTTAAAATACCCTCTTAAAATTCaaa > 1:5032882/3‑100 (MQ=255) atttGGCTCATATTTTCGTTTTAAAAGC‑‑GTATATAAGTTTTGGATG‑GAAAAATATATGATTT‑A‑CCC‑CTAAACCTTTAAAAT‑GCCCCTTAAAATTCAAAAt > 1:4067522/1‑100 (MQ=255) atttGGCTCATATTTGCGTTTTAAGAGCTTGTATAGATTTTTAAG‑TA‑GAAAACTATAAGATTT‑A‑CCT‑CTAAATCTTTAAAATACCCTCTTAAAATTCaaa > 1:4120700/1‑100 (MQ=255) cttGGCTCATATTTGCGTTTTAAGAGCTTGTATAGATTTTTAAG‑TA‑GAAAACTATAAGATTT‑A‑CCT‑CTAAATCTTTAAAATACCCTCTTAAAATTCaaaa > 1:2503208/2‑100 (MQ=255) tGGCTCATATTTGCGTTTTAAGAGCTTGTATAGATTTTTAAGTAG‑AAAA‑CTATAAGA‑TT‑TACCT‑CTAAATCTTTAAAATACCCTCTTAAAATTCAAAATa > 1:1831520/1‑100 (MQ=255) tGGCTCATATTTGCGTTTTAAGAGCTTGTATAGATTTTTAAG‑TA‑GAAAACTATAAGATTT‑A‑CCT‑CTAAATCTTTAAAATACCCTGTTAAAATTCGAAATa > 1:2193689/1‑100 (MQ=255) ggCTCATATTTGCGTTTTAAGAGCTTGTATAGATTTTTAAGT‑‑‑AGAA‑CTATAAGATTT‑A‑CCT‑CTAAATCTTTAAAATACCCTCTTAAAATTCAAAATAAAg > 1:3071619/1‑100 (MQ=255) tcttagCGTTTTAAGAGCTTGTATAGATTTTTAAG‑TA‑GAAAACTATAAGA‑TT‑T‑ACCTCTAAATCTTTAAAATACCCTCTTAAAATTCAAAATAAAGGtgt < 1:4539785/95‑3 (MQ=255) | TTGTGAAATTACCATATATTTATTTGGCTCATATTTGCGTTTTAAGAGCTTGTATATATTTTTAAGTTA‑AAAACCTATATGA‑TA‑C‑CCC‑CTAAACCTTTAAAATACCCCCTTAAAACTCAAAATAAAGGTAT > NC_007790/1395‑1525 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 30 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |