| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_007790 | 1,463 | 0 | A | G | 40.0% | 18.6 / 25.8 | 36 | intergenic (+467/‑116) | SAUSA300_RS14705/SAUSA300_RS14710 | replication protein/membrane protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (20/1); new base G (14/0); total (35/1) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.63e-01 | |||||||||||
AGTCACTGGTTTTGCTGAAATTTTTGTTTGTGAAATTACCATATATTTATTTGGCTCATATTTGCGTTTTAAGAGCTTGTATATATTTTTAAGTTA‑AAAACCTATATGA‑TA‑C‑CCC‑CTAAACCTTTAAAATACCCCCTTAAAACTCAAAATAAAGGTAT > NC_007790/1368‑1525 | aGTCACTGGTTTTGCTGAAATTTTTGTTTGTGAAATTACCATATATTTATTTGGCTCATATTTGCGTTTTAAGAGCTTGTATAGATTTTTAAGTAg‑aaaa > 1:3147610/1‑100 (MQ=255) ctcTGGTTTTGCTGAAATTTTTGTTTGTGAAATTACCATATATTTATTTGGCTCATATTTGCGTTTTAAGAGCTTGTATAGATTTTTAAGTAG‑AAAActa > 1:851766/3‑98 (MQ=255) cACTGGTTTTGCTGAAATTTTTGTTTGTGAAATTACCATATATTTATTTGGCTCATATTTGCGTTTTAAGAGCTTGTATAGATTTTTAAGTAG‑AAAActa > 1:2684367/1‑98 (MQ=255) ccTGGTTTTGCTGAAATTTTTGTTTGTGAAATTACCATATATTTATTTGGCTCATATTTGCGTTTTAAGAGCTTGTATAGATTTTTAAGTAG‑AAAActat > 1:3752757/2‑97 (MQ=255) aCTGGTTTTGCTGAAATTTTTGTTTGTGAAATTACCATATATTTATTTGGCTCATATTTGCGTTTTAAGAGCTTGTATAGATTTTTAAGTAG‑AAAActat > 1:4878765/1‑97 (MQ=255) cTGGTTTTGCTGAAATTTTTGTTTGTGAAATTACCATATATTTATTTGGCTCATATTTGCGTTTTAAGAGCTTGTATAGATTTTTAAGTAG‑AAAActata > 1:1094682/1‑96 (MQ=255) ggTTTTGCTGAAATTTTTGTTTGTGAAATTACCATATATTTATTTGGCTCATATTTGCGTTTTAAGAGCTTGTATAGATTTTTAAGTAG‑AAAActataag > 1:1192359/1‑94 (MQ=255) ggTTTTGCTGAAATTTTTGTTTGTGAAATTACCATATATTTATTTGGCTCATATTTGCGTTTTAAGAGCTTGTATAGATTTTTAAGTAG‑AAAActataag > 1:5239713/1‑94 (MQ=255) ggTTTTGCTGAAATTTTTGTTTGTGAAATTACCATATATTTATTTGGCTCATATTTGCGTTTTAAGAGCTTGTATAGATTTTTAAGTAG‑AAAActataag > 1:4222215/1‑94 (MQ=255) ggTTTTGCTGAAATTTTTGTTTGTGAAATTACCATATATTTATTTGGCTCATATTTGCGTTTTAAGAGCTTGTATAGATTTTTAAGTAG‑AAAActataag > 1:2697160/1‑94 (MQ=255) ggTTTTGCTGAAATTTTTGTTTGTGAAATTACCATATATTTATTTGGCTCATATTTGCGTTTTAAGAGCTTGTATAGATTTTTAAGTAG‑AAAActataag > 1:1208509/1‑94 (MQ=255) ggTTCTGCTGAAATTTTTGTTTGTGAAATTACCATATATTTATTTGGCTCATATTTGCGTTTTAAGAGCTTGTATAGATTTTTAAGTAG‑AAAActataag > 1:3394140/1‑94 (MQ=255) ccttGCTGAAATTTTTGTTTGTGAAATTACCATATATTTATTTGGCTCATATTTGCGTTTTAAGAGCTTGTATAGATTTTTAAG‑TA‑GAAAACTATAAGA‑t > 1:3668955/3‑100 (MQ=255) ttGCTGAAA‑TTTTGTTTGTGAAATTACCATATATTTATTTGGCTCATATTTGCGTTTTAAGAGCTTGTATAGATTTTTAAG‑TA‑GAAAACTATAAGA‑ttta > 1:2203626/1‑97 (MQ=255) tGCTGAAATTTTTGTTTGTGAAATTACCATATATTTATTTGGCTCATATTTGCGTTTTAAGAGCTTGTATAGATTTTTAAG‑TA‑GAAAACTATAAGA‑ttta > 1:1809959/1‑97 (MQ=255) gCTGAAATTTTTGTTTGTGAAATTACCATATATTTATTTGGCTCATATTTGCGTTTTAAGAGCTTGTATAGATTTTTAAG‑TA‑GAAAACTATAAGA‑tttac > 1:2000266/1‑96 (MQ=255) gCTAAAATTTTTGTTTGTGAAATTACCATATATTTATTTGGCTCATATTTGCGTTTTAAGAGCTTGTATAGATTTTTAAG‑TA‑GAAAACTATAAGA‑tttac > 1:1398334/1‑96 (MQ=255) acggAAATTTTTGTTTGTGAAATTACCATATATTTATTTGGCTCATATTTGCGTTTTAAGAGCTTGTATAGATTTTTAAG‑TA‑GAAAACTATAAGA‑tttac > 1:52174/4‑96 (MQ=255) ttgtGAAATTAGCATATATGTATTTGGCTCATATTTTCGTTTTAAAAGC‑‑GTATATAAGTTTTGGATAGAAAAAATATATGATTT‑A‑CCC‑CTAAACCTTTaa > 1:4013432/1‑100 (MQ=255) gtgAAATTACCATATATTTATTTGGCTCATATTTGCGTTTTAAGAGCTTGTATAGATTTTTAAG‑TA‑GAAAACTATAAGATTT‑A‑CCT‑CTAAATCTTTaaaa > 1:4084218/1‑100 (MQ=255) ttAGCATATATGTATTTGGCTCATATTTTCGTTTTAAAAGC‑‑GTATATAAGTTTTGGATAGAAAAAATATATGATTT‑A‑CCC‑CTAAACCTTTAAAATGcccc > 1:1853242/1‑100 (MQ=255) tagcATATATGTATTTGGCTCATATTTTCGTTTTAAAAGC‑‑GTATATAAGTTTTGGATAGAAAAAATATATGATTT‑A‑CCC‑CTAAACCTTTAAAATGcccct > 1:3610816/4‑99 (MQ=255) tACCATATATTTATTTGGCTCATATTTGCGTTTTAAGAGCTTGTATAGATTTTTAAG‑TA‑GAAAACTATAAGA‑TTTA‑CCT‑CTAAATCTTTAAAATAccctc > 1:3535992/1‑98 (MQ=255) gaCCATATATTTATTTGGCTCATATTTGCGTTTTAAGAGCTTGTATAGGTTTTTAAGTAG‑AAAA‑CTATAAGATTT‑A‑CCT‑CTAAATCTTTAAAATAccctc > 1:4359420/2‑98 (MQ=255) agcATATATGTATTTGGCTCATATTTTCGTTTTAAAAGC‑‑GTATATAAGTTTTGGATAGAAAAAATATATGATTT‑A‑CCC‑CTAAACCTTTAAAATGcccctt > 1:3831423/3‑98 (MQ=255) agcATATATGTATTTGGCTCATATTTTCGTTTTAAAAGC‑‑GTATATAAGTTTTGGATAGAAAAAATATATGATTT‑A‑CCC‑CTAAACCTTTAAAATGcccctt > 1:3315975/3‑98 (MQ=255) aCCATATATTTATTTGGCTCATATTTGCGTTTTAAGAGCTTGTATAGATTTTTAAG‑TA‑GAAAACTATAAGATTT‑A‑CCT‑CTAAATCTTTAAAATACCctct > 1:1405439/1‑100 (MQ=255) atttatttGGCTCATATTTGCGTTTTAAGAGCTTGTATAGATTTTTAAG‑TA‑GAAAACTATAAGATTT‑A‑CCT‑CTAAATCTTTAAAATACCCTCTTaaaatt > 1:4629165/1‑98 (MQ=255) ttatttGGCTCATATTTGCGTTTTAAGAGCTTGTATAGATTTTTAAG‑TA‑GAAAACTATAAGA‑TTTA‑CCT‑CTAAATCTTTAAAATACCCTCTTAAAATTCa > 1:203965/1‑100 (MQ=255) ccttGGCTCATATTTGCGTTTTAAGAGCTTGTATAGATTTTTAAG‑TA‑GAAAACTATAAGATTT‑A‑CCT‑CTAAATCTTTAAAATACCCTCTTAAAATTCaaa > 1:5032882/3‑100 (MQ=255) atttGGCTCATATTTTCGTTTTAAAAGC‑‑GTATATAAGTTTTGGATG‑GAAAAATATATGATTT‑A‑CCC‑CTAAACCTTTAAAAT‑GCCCCTTAAAATTCAAAAt > 1:4067522/1‑100 (MQ=255) atttGGCTCATATTTGCGTTTTAAGAGCTTGTATAGATTTTTAAG‑TA‑GAAAACTATAAGATTT‑A‑CCT‑CTAAATCTTTAAAATACCCTCTTAAAATTCaaa > 1:4120700/1‑100 (MQ=255) cttGGCTCATATTTGCGTTTTAAGAGCTTGTATAGATTTTTAAG‑TA‑GAAAACTATAAGATTT‑A‑CCT‑CTAAATCTTTAAAATACCCTCTTAAAATTCaaaa > 1:2503208/2‑100 (MQ=255) tGGCTCATATTTGCGTTTTAAGAGCTTGTATAGATTTTTAAGTAG‑AAAA‑CTATAAGA‑TT‑TACCT‑CTAAATCTTTAAAATACCCTCTTAAAATTCAAAATa > 1:1831520/1‑100 (MQ=255) tGGCTCATATTTGCGTTTTAAGAGCTTGTATAGATTTTTAAG‑TA‑GAAAACTATAAGATTT‑A‑CCT‑CTAAATCTTTAAAATACCCTGTTAAAATTCGAAATa > 1:2193689/1‑100 (MQ=255) ggCTCATATTTGCGTTTTAAGAGCTTGTATAGATTTTTAAGT‑‑‑AGAA‑CTATAAGATTT‑A‑CCT‑CTAAATCTTTAAAATACCCTCTTAAAATTCAAAATAAAg > 1:3071619/1‑100 (MQ=255) tcttagCGTTTTAAGAGCTTGTATAGATTTTTAAG‑TA‑GAAAACTATAAGA‑TT‑T‑ACCTCTAAATCTTTAAAATACCCTCTTAAAATTCAAAATAAAGGtgt < 1:4539785/95‑3 (MQ=255) | AGTCACTGGTTTTGCTGAAATTTTTGTTTGTGAAATTACCATATATTTATTTGGCTCATATTTGCGTTTTAAGAGCTTGTATATATTTTTAAGTTA‑AAAACCTATATGA‑TA‑C‑CCC‑CTAAACCTTTAAAATACCCCCTTAAAACTCAAAATAAAGGTAT > NC_007790/1368‑1525 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 31 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |