| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_007790 | 1,357 | 1 | . | T | 36.1% | 20.7 / 50.9 | 36 | intergenic (+361/‑222) | SAUSA300_RS14705/SAUSA300_RS14710 | replication protein/membrane protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (15/8); new base T (6/7); total (21/15) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.10e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.82e-01 | |||||||||||
CGATTTTTGATAAAAAACGCCCTGCAGGAATTTAGAAAAACAT‑GTGGAAGTTTTAAAGGATTTTATGCTAATTTTTAATTTGCA‑TGTAAATGGGCAGTG‑TTAAAAAATTAGTCACTGGTTTTGCTGAAATTTTTGTTTGTGAAATTACCATATATTTATTTGGCTCATATTTGCGTTTTAAGAGCTTGTATAT > NC_007790/1259‑1451 | tcgattttGATAAAAAATGTCTTGCAGGAATTTAGAAAAACATGGGGGAAGTTTTAAAGGATTTTATGCTAACTTTTAATTTGCA‑TGTAAATGGGCAgtg < 1:2228367/96‑1 (MQ=255) gATTTTTGATAAAAAACGCTCTGCAGGAATTTAGAAAAACAC‑GGGAAAGTTTTAAAGGATTTTATGCTAATTTTTAATTTGCA‑TGTAAATGGACAGTG‑tt < 1:1018041/100‑1 (MQ=255) cgattttGATAAAAAATGTCTTGCAGGAATTTAGAAAAACATGGGGGAAGTTTTAAAGGATTTTATGCTAACTTTTAATTTGCA‑TGTAAATGGGCAgtgg < 1:892268/97‑2 (MQ=255) tccgatcTGCAGGGATTTAGAAAAACAC‑GGGAAAGTTTTAAAGGATTTTATGCTAATTTTTAATTTGCA‑TGTAAATGGACAGTG‑TTACAAAA‑TAGTCaag < 1:4129487/94‑3 (MQ=255) tcTGCAGGAATTTAGAAAAACAC‑GGGAAAGTTTTAAAGGATTTTATGCTAATTTTTAATTTGCA‑TGTAAATGGACAGTG‑TTACAAAA‑TAGTCATTGtttt < 1:4090303/99‑1 (MQ=255) cttGCAGGAATTTAGAAAAACATGGGGGAAGTTTTAAAGGATTTTATGCTAACTTTTAATTTGCA‑TGTAAATGGGCAGTGTTTAAAAAAATAGTCATTgg < 1:4479990/98‑1 (MQ=255) ttGCAGGAATTTAGAAAAACATGGGGGAAGTTTTAAAGGATTTTATGCTAACTTTTAATTTGCA‑TGTAAATGGGCAGTGTTTAAAAAAATAGTCATTgag < 1:629625/99‑3 (MQ=255) tGCAGGAATTTAGAAAAACATGGGGGAAGTTTTAAAGGATTTTATGCTAACTTTTAATTTGCA‑TGTAAATGGGCAGTGTTTAAAAAAATAGTCATTGGtt > 1:4525441/1‑100 (MQ=255) gCAGGAATTTAGAAAAACATGGGGGAAGTTTTAAAGGATTTTATGCTAACTTTTAATTTGCA‑TGTAAATGGGCAGTGTTTAAAAAAATAGTCATTGGttt < 1:1487178/100‑1 (MQ=255) gCAGGAATTTAGAAAAACAC‑GGGAAAGTTTTAAAGGATTTTATGCTAATTTTTAATTTGCA‑TGTAAATGGACAGTG‑TTACAAAA‑TAGTCATTGTTTTTGc > 1:4919110/1‑100 (MQ=255) gCAGGAATTTAGAAAAACAC‑GGGAAAGTTTTAAAGGATTTTATGCTAATTTTTAATTTGCA‑TGTAAATGGACAGTG‑TTACAAAA‑TAGTCATTGTTTTTGc > 1:25383/1‑100 (MQ=255) cAGGAATTTAGAAAAACATGGGGGAAGTTTTAAAGGATTTTATGCTAACTTTTAATTTGCA‑TGTAAATGGGCAGTGTTTAAAAAAATAGTCATTGGtttt > 1:18624/1‑100 (MQ=255) ttAAAGGATTTTATGCTAACTTTTAATTTGCA‑TGTAAATGGGCAGTGTTTAAAAAAATAGTCATTGGTTTTATTTAAAATTTTGTTTTTGAAAATAGCac < 1:4992463/100‑2 (MQ=255) ttATGCTAATTTTTAATTTGCA‑TGTAAATGGACAGTG‑TTACAAAA‑TAGTCATTGTTTTTGCTGAAATTTTTGTTTGTGAAATTAGCATAtatgtattcct < 1:3675651/100‑4 (MQ=255) tGCTAATTTTTAATTTGCA‑TGTAAATGGACAGTG‑TTACAAAA‑TAGTCATTGTTTTTGCTGAAATTTTTGTTTGTGAAATTAGCATATATGTATTTGGCTc < 1:2728162/100‑1 (MQ=255) atcgttccgaaTTTGCATTTTAAATGGGCAGTG‑TTAAAAAATTAGTCACTGGTTTTGCTGAAATTTTTGTTTGTGTAATTACCATATATTTATTTGGCtg < 1:2805640/91‑2 (MQ=255) taTTTGCATTTTAAATGGGCAGTG‑TTAAAAAATTAGTCACTGGTTTTGCTGAAATTTTTGTTTGTGAAATTACCATATATTTATTTGGCTCATATTTGCg > 1:4105158/2‑100 (MQ=255) attgcattttAAATGGGCAGTG‑TTAAAAAATTAGTCACTGGTTTTGCTGAAATTTTTGTTTGTGAAATTACCATATATTTATTTGGCTCATATTTGCGtt > 1:117674/10‑100 (MQ=255) ttGCA‑TGTAAATGGACAGTG‑TTACAAAA‑TAGTCATTGTTTTTGCTGAAATTTTTGTTTGTGAAGTTAGCATATATGTATTTGGCTCATATTTTCGTTTTa > 1:2731533/1‑100 (MQ=255) tgcattttAAATGGGCAGTG‑TTAAAAAATTAGTCACTGGTTTTGCTGAAATTTTTGTTTGTGAGATTACCATATATTTATTTGGCTCATATTTGCGtttt > 1:1710372/8‑100 (MQ=255) tgcattttAAATGGGCAGTG‑TTAAAAAATTAGTCACTGGTTTTGCTGAAATTTTTGTTTGTGAAATTACCATATATTTATTTGGCTCATATTTGCGttta < 1:959513/93‑2 (MQ=255) tGCA‑TGTAAATGGGCAGTGTTTAAAAAAATAGTCATTGGTTTTATTTAAAATTTTGTTTTTGAAAATAGCATATATGTATTTGGCTCATATTTGCGtttt > 1:4899697/1‑100 (MQ=255) tGCA‑TGTAAATGGACAGTG‑TTACAAAA‑TAGTCATTGTTTTTGCTGAAATTTTTGTTTGTGAAATTAGCATATATGTATTTGGCTCATATTTTCGTTTTaa > 1:1434112/1‑100 (MQ=255) gcattttAAATGGGCAGTG‑TTAAAAAATTAGTCACTGGTTTTGCTGAAATTTTTGTTTGTGAAATTACCATATATTTATTTGGCTCATATTTGCGTTTTa > 1:3071450/7‑100 (MQ=255) gCA‑TGTAAATGGACAGTG‑TTACAAAA‑TAGTCATTGTTTTTGCTGAAATTTTTGTTTGTGAAATTAGCATATATGTATTTGGCTCATATTTTCGTTTTaaa > 1:3421417/1‑99 (MQ=255) a‑TGTAAATGGGCAGTGTTTAAAAAAATAGTCATTGGTTTTATTTAAAATTTTGTTTTTGAAAATAGCATATATGTATTTGGCTCATATTTGCGTTTTAag < 1:3137676/100‑1 (MQ=255) gTAAATGGGCAGTGTTTAAAAAAATAGTCATTGGTTTTATTTAAAATTTTGTTTTTGAAAATAGCATATATGTATTTGGCTCATATTTGCGTTTTAagag > 1:2592826/1‑100 (MQ=255) gTAAATGGACAGTG‑TTACAAAA‑TAGTCA‑TTGTTTTGCTGAAATTTTTGTTTGTGAAATTAGCATATATGTATTTGGCTCATATTTTCGTTTTAAAAGcgt < 1:5225335/100‑3 (MQ=255) acaTGGGCAGTG‑TTAAAAAATTAGTCACTGGTTTTGCTGAAATTTTTGTTTGTGAAATTACCATATATTTATTTGGCTCATATTTGCGTTTTAAGAGCtt > 1:2331597/3‑100 (MQ=255) aaaTGGGCAGTGTTTAAAAAAATAGTCATTGGTTTTATTTAAAATTTTGTTTTTGAAAATAGCATATATGTATTTGGCTCATATTTGCGTTTTAagagat > 1:858166/1‑98 (MQ=255) aaaTGGGCAGTG‑TTAAAAAATTAGTCACTGGTTTTGCTGAAATTTTTGTTTGTGAAATTACCATATATTTATTTGGCTCATATTTGCGTTTTAAGAGcct > 1:280320/1‑98 (MQ=255) caTGGGCAGTGTTTAAAAAAATAGTCATTGGTTTTATTTAAAATTTTGTTTTTGAAAATAGCATATATGTATTTGGCTCATATTGGCGTTTTAAGAGAtt > 1:2193710/2‑100 (MQ=255) aaTGGGCAGTG‑TTAAAAAATTAGTCACTGGTTTTGCTGAAATTTTTGTTTGTGAAATTACCATATATTTATTTGGCTCATATTTGCGTTTTAAGAGCTTg > 1:3054722/1‑100 (MQ=255) aaTGGGCAGTG‑TTAAAAAATTAGTCACTGGTTTTGCTGAAATTTTTGTTTGTGAAATTACCATATATTTATTTGGCTCATATTTGCGTTTTAAGAGCTTg > 1:1913085/1‑100 (MQ=255) aTGGGCAGTG‑TTAAAAAATTAGTCACTGGTTTTGCTGAAATTTTTGTTTGTGAAATTACCATATATTTATTTGGCTCATATTTGCGTTTTAAGAGCTTGt > 1:1114517/1‑100 (MQ=255) gggCAGTG‑TTAAAAAATTAGTCACTGGTTTTGCTGAAATTTTTGTTTGTGAAATTACCATATATTTATTTGGCTCATATTTGCGTTTTAAGAGCTTGtat < 1:3707766/100‑1 (MQ=255) ggCAGTGTTTAAAAAAATAGTCATTGGTTTTATTTAAAATTTTGTTTTTGAAAATAGCATATATGTATTTGGCTCATATTTGCGTTTTAAGAGAttatgt < 1:4515818/100‑5 (MQ=255) gCAGTG‑TTAAAAAATTAGTCACTGGTTTTGCTGAAATTTTTGTTTGTGAAATTACCATATATTTATTTGGCTCATATTTGCGTTTTAAGAGCTTGtatag > 1:2984861/1‑99 (MQ=255) cAGTGTTTAAAAAAATAGTCATTGGTTTTATTTAAAATTTTGTTTTTGAAAATAGCATATATGTATTTGGCTCATATTTGCGTTTTAAGAGAttatgtag < 1:2673155/100‑7 (MQ=255) | CGATTTTTGATAAAAAACGCCCTGCAGGAATTTAGAAAAACAT‑GTGGAAGTTTTAAAGGATTTTATGCTAATTTTTAATTTGCA‑TGTAAATGGGCAGTG‑TTAAAAAATTAGTCACTGGTTTTGCTGAAATTTTTGTTTGTGAAATTACCATATATTTATTTGGCTCATATTTGCGTTTTAAGAGCTTGTATAT > NC_007790/1259‑1451 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |