| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_007790 | 1,330 | 0 | T | C | 74.1% | 31.4 / 10.0 | 27 | intergenic (+334/‑249) | SAUSA300_RS14705/SAUSA300_RS14710 | replication protein/membrane protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (2/5); new base C (3/17); total (5/22) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.80e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.37e-01 | |||||||||||
GAAAAATTAAAAATTCTCGATTTTTGATAAAAAACGCCCTGCAGGAATTTAGAAAAACAT‑GT‑GGAAGTTTTAAAGGATTTTATGCTAATTTTTAATTTGCATGTAAATGGGCAGTG‑TTAAAAAATTAGTCACTGGTTTTGCTGAAATTTTTGTTTGTGAAATTACCATATATTTATTTGGCTC > NC_007790/1242‑1424 | gaAAAAATAAAAATTCTCGA‑TTTTGATAAAAAATGTCTTGCAGGAATTTAGAAAAACATGGG‑GGAAGTTTTAAAGGATTTTATGCTAACTTTTAATTTGc < 1:1125429/100‑1 (MQ=255) attCTCGA‑TTTTGATAAAAAATGTCTTGCAGGAATTTAGAAAAACATGGG‑GGAAGTTTTAAAGGATTTTATGCTAACTTTTAATTTGCATGTAAATGGGc < 1:4939075/100‑1 (MQ=255) attCTCGA‑TTTTGATAAAAAATGTCTTGCAGGAATTTAGAAAAACATGGG‑GGAAGTTTTAAAGGATTTTATGCTAACTTTTAATTTGCATGTAAATGGGc < 1:392950/100‑1 (MQ=255) attCTCGA‑TTTTGATAAAAAATGTCTTGCAGGAATTTAGAAAAACATGGG‑GGAAGTTTTAAAGGATTTTATGCTAACTTTTAATTTGCATGTAAATGGGc < 1:2614021/100‑1 (MQ=255) attCTCGA‑TTTTGATAAAAAATGTCTTGCAGGAATTTAGAAAAACATGGG‑GGAAGTTTTAAAGGATTTTATGCTAACTTTTAATTTGCATGTAAATGGGc < 1:2614745/100‑1 (MQ=255) attCTCGA‑TTTTGATAAAAAATGTCTTGCAGGAATTTAGAAAAACATGGG‑GGAAGTTTTAAAGGATTTTATGCTAACTTTTAATTTGCATGTAAACGGGc < 1:4669875/100‑1 (MQ=255) attCTCGA‑TTTTGATAAAAAATGTCTTGCAGGAATTTAGAAAAACAT‑GGGGGAAGTTTTAAAGGATTTTATGCTAACTTTTAATTTGCATGTAAATGGGc < 1:1894827/100‑1 (MQ=255) ttCTCGA‑TTTTGATAAAAAATGTCTTGCAGGAATTTAGAAAAACATGGG‑GGAAGTTTTAAAGGATTTTATGCTAACTTTTAATTTGCATGTAAATGGGCa < 1:3918417/100‑1 (MQ=255) tctcGA‑TTTTGATAAAAAATGTCTTGCAGGAATTTAGAAAAACATGGG‑GGAAGTTTTAAAGGATTTTATGCTAACTTTTAATTTGCATGTAAATGGGCAg < 1:1439479/100‑1 (MQ=255) ctcGA‑TTTTGATAAAAAATGTCTTGCAGGAATTTAGAAAAACATGGG‑GGAAGTTTTAAAGGATTTTATGCTAACTTTTAATTTGCATGTAAATGGGCAgt < 1:1881587/100‑1 (MQ=255) ctcGA‑TTTTGATAAAAAATGTCTTGCAGGAATTTAGAAAAACATGGG‑GGAAGTTTTAAAGGATTTTATGCTAACCTTTAATTTGCATGTAAATGGGCAgt < 1:2206515/100‑1 (MQ=255) tcgattttGATAAAAAATGTCTTGCAGGAATTTAGAAAAACATGGG‑GGAAGTTTTAAAGGATTTTATGCTAACTTTTAATTTGCATGTAAATGGGCAgtg < 1:2228367/96‑1 (MQ=255) gATTTTTGATAAAAAACGCTCTGCAGGAATTTAGAAAAACAC‑GG‑GAAAGTTTTAAAGGATTTTATGCTAATTTTTAATTTGCATGTAAATGGACAGTG‑tt < 1:1018041/100‑1 (MQ=255) cgattttGATAAAAAATGTCTTGCAGGAATTTAGAAAAACATGGG‑GGAAGTTTTAAAGGATTTTATGCTAACTTTTAATTTGCATGTAAATGGGCAgtgg < 1:892268/97‑2 (MQ=255) cgattttGATAAAAAATGTCTTGCAGGAATTTAGAAAAACATGGG‑GGAAGTTTTAAAGGATTTTATGCTAACTTTTAATTTGCATGTAAATGGGCAgatc > 1:2124412/4‑97 (MQ=255) tccgatcTGCAGGGATTTAGAAAAACAC‑GG‑GAAAGTTTTAAAGGATTTTATGCTAATTTTTAATTTGCATGTAAATGGACAGTG‑TTACAAAA‑TAGTCaag < 1:4129487/94‑3 (MQ=255) tcTGCAGGAATTTAGAAAAACAC‑GG‑GAAAGTTTTAAAGGATTTTATGCTAATTTTTAATTTGCATGTAAATGGACAGTG‑TTACAAAA‑TAGTCATTGtttt < 1:4090303/99‑1 (MQ=255) cttGCAGGAATTTAGAAAAACATGGG‑GGAAGTTTTAAAGGATTTTATGCTAACTTTTAATTTGCATGTAAATGGGCAGTGTTTAAAAAAATAGTCATTgg < 1:4479990/98‑1 (MQ=255) ttGCAGGAATTTAGAAAAACATGGG‑GGAAGTTTTAAAGGATTTTATGCTAACTTTTAATTTGCATGTAAATGGGCAGTGTTTAAAAAAATAGTCATTgag < 1:629625/99‑3 (MQ=255) tGCAGGAATTTAGAAAAACATGGG‑GGAAGTTTTAAAGGATTTTATGCTAACTTTTAATTTGCATGTAAATGGGCAGTGTTTAAAAAAATAGTCATTGGtt > 1:4525441/1‑100 (MQ=255) gCAGGAATTTAGAAAAACATGGG‑GGAAGTTTTAAAGGATTTTATGCTAACTTTTAATTTGCATGTAAATGGGCAGTGTTTAAAAAAATAGTCATTGGttt < 1:1487178/100‑1 (MQ=255) gCAGGAATTTAGAAAAACAC‑GG‑GAAAGTTTTAAAGGATTTTATGCTAATTTTTAATTTGCATGTAAATGGACAGTG‑TTACAAAA‑TAGTCATTGTTTTTGc > 1:25383/1‑100 (MQ=255) gCAGGAATTTAGAAAAACAC‑GG‑GAAAGTTTTAAAGGATTTTATGCTAATTTTTAATTTGCATGTAAATGGACAGTG‑TTACAAAA‑TAGTCATTGTTTTTGc > 1:4919110/1‑100 (MQ=255) cAGGAATTTAGAAAAACATGGG‑GGAAGTTTTAAAGGATTTTATGCTAACTTTTAATTTGCATGTAAATGGGCAGTGTTTAAAAAAATAGTCATTGGtttt > 1:18624/1‑100 (MQ=255) ttAAAGGATTTTATGCTAACTTTTAATTTGCATGTAAATGGGCAGTGTTTAAAAAAATAGTCATTGGTTTTATTTAAAATTTTGTTTTTGAAAATAGCac < 1:4992463/100‑2 (MQ=255) ttATGCTAATTTTTAATTTGCATGTAAATGGACAGTG‑TTACAAAA‑TAGTCATTGTTTTTGCTGAAATTTTTGTTTGTGAAATTAGCATAtatgtattcct < 1:3675651/100‑4 (MQ=255) tGCTAATTTTTAATTTGCATGTAAATGGACAGTG‑TTACAAAA‑TAGTCATTGTTTTTGCTGAAATTTTTGTTTGTGAAATTAGCATATATGTATTTGGCTc < 1:2728162/100‑1 (MQ=255) | GAAAAATTAAAAATTCTCGATTTTTGATAAAAAACGCCCTGCAGGAATTTAGAAAAACAT‑GT‑GGAAGTTTTAAAGGATTTTATGCTAATTTTTAATTTGCATGTAAATGGGCAGTG‑TTAAAAAATTAGTCACTGGTTTTGCTGAAATTTTTGTTTGTGAAATTACCATATATTTATTTGGCTC > NC_007790/1242‑1424 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 30 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |