| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_007790 | 1,266 | (T)5→4 | intergenic (+270/‑313) | SAUSA300_RS14705 → / → SAUSA300_RS14710 | replication protein/membrane protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_007790 | 1,262 | 0 | T | . | 88.2% | 42.4 / 2.1 | 17 | intergenic (+266/‑317) | SAUSA300_RS14705/SAUSA300_RS14710 | replication protein/membrane protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (1/1); new base . (3/12); total (4/13) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.26e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.22e-01 | |||||||||||
TGGAATTTCTGGCTTTGCCAGACCTATCATTTTTGAATGATAGCAAATTCTCCTTATGCTCTTACGGAGTTTTTAGAGAAAAATTAAAAATTCTCGATTTTTGATAAAAAACGCCCTGCAGGAATTTAGAAAAACAT‑GT‑GGAAGTTTTAAAGGATTTTATGCTAATTTTTAATTTGCATGTAAATGGGCAGTGTT > NC_007790/1165‑1359 | tagAATGTCTGGCTTTGCCAGACCTATCATTTTTGAATGATAGCAAATTCTCCTTATGCTCTTACAGAGTTCTTAGAGATAAATTAAAAATTCTCGAttt > 1:3297946/3‑100 (MQ=255) aGCAAATTCTCCTTATGCTCTTACAGAGTTCTTAGAGATAAATTAAAAATTCTCGATTTTTGATAAAAAACGCTCTGCAGGAATTTAGAAAAACacggga > 1:4940118/1‑95 (MQ=255) acgtagttACGGAGTTCTTAGAGAAAAAATAAAAATTCTCGA‑TTTTGATAAAAAATGTCTTGCAGGAATTTAGAAAAACATGGG‑GGAAGTTTTAAAGGAt > 1:4750779/7‑100 (MQ=255) agttACGGAGTTCTTAGAGAAAAAATAAAAATTCTCGA‑TTTTGATAAAAAATGTCTTGCAGGAATTTAGAAAAACATGGG‑GGAAGTTTTAAAGGATTTTa > 1:965894/3‑100 (MQ=255) agttACGGAGTTCTTAGAGAAAAAATAAAAATTCTCGA‑TTTTGATAAAAAATGTCTTGCAGGAATTTAGAAAAACATGGG‑GGAAGTTTTAAAGGATTTTa > 1:4687770/3‑100 (MQ=255) ccgatcttAGAGAAAAAATAAAAATTCTCGA‑TTTTGATAAAAAATGTCTTGCAGGAATTTAGAAAAACATGGG‑GGAAGTTTTAAAGGATTTTATGCTaac < 1:3972355/94‑2 (MQ=255) gaAAAAATAAAAATTCTCGA‑TTTTGATAAAAAATGTCTTGCAGGAATTTAGAAAAACATGGG‑GGAAGTTTTAAAGGATTTTATGCTAACTTTTAATTTGc < 1:1125429/100‑1 (MQ=255) attCTCGA‑TTTTGATAAAAAATGTCTTGCAGGAATTTAGAAAAACATGGG‑GGAAGTTTTAAAGGATTTTATGCTAACTTTTAATTTGCATGTAAATGGGc < 1:2614745/100‑1 (MQ=255) attCTCGA‑TTTTGATAAAAAATGTCTTGCAGGAATTTAGAAAAACATGGG‑GGAAGTTTTAAAGGATTTTATGCTAACTTTTAATTTGCATGTAAATGGGc < 1:2614021/100‑1 (MQ=255) attCTCGA‑TTTTGATAAAAAATGTCTTGCAGGAATTTAGAAAAACATGGG‑GGAAGTTTTAAAGGATTTTATGCTAACTTTTAATTTGCATGTAAATGGGc < 1:392950/100‑1 (MQ=255) attCTCGA‑TTTTGATAAAAAATGTCTTGCAGGAATTTAGAAAAACATGGG‑GGAAGTTTTAAAGGATTTTATGCTAACTTTTAATTTGCATGTAAATGGGc < 1:4939075/100‑1 (MQ=255) attCTCGA‑TTTTGATAAAAAATGTCTTGCAGGAATTTAGAAAAACATGGG‑GGAAGTTTTAAAGGATTTTATGCTAACTTTTAATTTGCATGTAAACGGGc < 1:4669875/100‑1 (MQ=255) attCTCGA‑TTTTGATAAAAAATGTCTTGCAGGAATTTAGAAAAACAT‑GGGGGAAGTTTTAAAGGATTTTATGCTAACTTTTAATTTGCATGTAAATGGGc < 1:1894827/100‑1 (MQ=255) ttCTCGA‑TTTTGATAAAAAATGTCTTGCAGGAATTTAGAAAAACATGGG‑GGAAGTTTTAAAGGATTTTATGCTAACTTTTAATTTGCATGTAAATGGGCa < 1:3918417/100‑1 (MQ=255) tctcGA‑TTTTGATAAAAAATGTCTTGCAGGAATTTAGAAAAACATGGG‑GGAAGTTTTAAAGGATTTTATGCTAACTTTTAATTTGCATGTAAATGGGCAg < 1:1439479/100‑1 (MQ=255) ctcGA‑TTTTGATAAAAAATGTCTTGCAGGAATTTAGAAAAACATGGG‑GGAAGTTTTAAAGGATTTTATGCTAACTTTTAATTTGCATGTAAATGGGCAgt < 1:1881587/100‑1 (MQ=255) ctcGA‑TTTTGATAAAAAATGTCTTGCAGGAATTTAGAAAAACATGGG‑GGAAGTTTTAAAGGATTTTATGCTAACCTTTAATTTGCATGTAAATGGGCAgt < 1:2206515/100‑1 (MQ=255) gATTTTTGATAAAAAACGCTCTGCAGGAATTTAGAAAAACAC‑GG‑GAAAGTTTTAAAGGATTTTATGCTAATTTTTAATTTGCATGTAAATGGACAGTGtt < 1:1018041/100‑1 (MQ=255) | TGGAATTTCTGGCTTTGCCAGACCTATCATTTTTGAATGATAGCAAATTCTCCTTATGCTCTTACGGAGTTTTTAGAGAAAAATTAAAAATTCTCGATTTTTGATAAAAAACGCCCTGCAGGAATTTAGAAAAACAT‑GT‑GGAAGTTTTAAAGGATTTTATGCTAATTTTTAATTTGCATGTAAATGGGCAGTGTT > NC_007790/1165‑1359 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 28 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |