| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_007790 | 1,478 | 2 bp→TA | intergenic (+482/‑100) | SAUSA300_RS14705 → / → SAUSA300_RS14710 | replication protein/membrane protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_007790 | 1,478 | 0 | A | T | 100.0% | 134.0 / NA | 46 | intergenic (+482/‑101) | SAUSA300_RS14705/SAUSA300_RS14710 | replication protein/membrane protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); new base T (45/1); total (45/1) | |||||||||||
| * | NC_007790 | 1,479 | 0 | C | A | 97.8% | 122.5 / ‑4.1 | 46 | intergenic (+483/‑100) | SAUSA300_RS14705/SAUSA300_RS14710 | replication protein/membrane protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); major base A (44/1); minor base T (1/0); total (45/1) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.70e-01 | |||||||||||
TGTGAAATTACCATATATTTATTTGGCTCATATTTGCGTTTTAAGAGCTTGTATATATTTTTAAGTTAAAAACCTAT‑ATGA‑TAC‑CCCCTAAACCTTTAAAATACCCCCTTAAAACTCAAAATAAAGGTATTTATAATTTGAGTAAGTCTTGTGATAAAGTT > NC_007790/1396‑1556 || tgtgAAATTAGCATATATGTATTTGGCTCATATTTTCGTTTTAAAAGCGTATATA‑AGTTTTGGATAGAAAAAATAC‑ATGATTTA‑CCCCTAAACCTTTaaa > 1:4461602/1‑100 (MQ=255)tgtgAAATTACCATATATTTATTTGGCTCATATTTGCGTTTTAAGAGCTTGTATAGATTTTTAAG‑TAGAAAACTAT‑AAGATTTA‑CCTCTAAATCTTTaaa > 1:3871354/1‑100 (MQ=255) gtgAAATTAGCATATATGTATTTGGCTCATATTTTCGTTTTAAAAGCGTATATA‑AGTTTTGGATAGAAAAAATAT‑ATGATTTA‑CCCCTAAACCTTTaaaa > 1:3727713/1‑100 (MQ=255) gtgAAATTACCATATATTTATTTGGCTCATATTTGCGTTTTAAGAGCTTGTATAGATTTTTAAG‑TAGAAAACTAT‑AAGATTTA‑CCTCTAAATCTTTaaaa > 1:3783862/1‑100 (MQ=255) gtgAAATTACCATATATTTATTTGGCTCATATTTGCGTTTTAAGAGCTTGTATAGATTTTTAAG‑TAGAAAACTAT‑AAGATTTA‑CCTCTAAATCTTTaaaa > 1:1984657/1‑100 (MQ=255) aTTACCATATATTTATTTGGCTCATATTTGCGTTTTAAGAGCTTGTATAGATTTTTAAG‑TAGAAACCTAT‑AAGATTTA‑CCTCTAATTCTTTAAAATAccc > 1:890450/1‑100 (MQ=255) aTTACCATATATTTATTTGGCTCATATTTGCGTTTTAAGAGCTTGTATAGATTTTTAAG‑TAGAAAACTAT‑AAGATTTA‑CCTCTAAATCTTTAAAATAccc > 1:5853346/1‑100 (MQ=255) aTTACCATATATTTATTTGGCTCATATTTGCGTTTTAAGAGCTTGTATAGATTTTTAAG‑TAGAAAACTAT‑AAGATTTA‑CCTCTAAATCTTTAAAATAccc > 1:121581/1‑100 (MQ=255) acaCCATATATTTATTTGGCTCATATTTGCGTTTTAAGAGCTTGTATAGATTTTTAAG‑AAGAAAACTAT‑AAGATTTA‑CCTCTAAATCTTTAAAATAccct > 1:5012557/3‑99 (MQ=255) tACCATATATTTATTTGGCTCATATTTGCGTTTTAAGAGCTTGTATGGATTTTTAAG‑TAGAAAACTAT‑AAGATTTA‑CCTCTAAATCTTTAAAATAccctc > 1:1217471/1‑98 (MQ=255) tACCATATATTTATTTGGCTCATATTTGCGTTTTAAGAGCTTGTATAGATTTTTAAG‑TAGAAAACTAT‑AAGATTTA‑CCTCTAAATCTTTAAAATAccctc > 1:2060975/1‑98 (MQ=255) tACCATATATTTATTTGGCTCATATTTGCGTTTTAAGAGCTTGTATAGATTTTTAAG‑TAGAAAACTAT‑AAGATTTA‑CCTCTAAATCTTTAAAATAccctc > 1:2838827/1‑98 (MQ=255) tACCATATATTTATTTGGCTCATATTTGCGTTTTAAGAGCTTGTATAGATTTTTAAG‑TAGAAAACTAT‑AAGATTTA‑CCTCTAAATCTTTAAAATAccctc > 1:2496642/1‑98 (MQ=255) 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tGGCTCATATTTGCGTTTTAAGAGCTTGTATAGATTTTTAAG‑TAGAAAACTAT‑AAGATTTA‑CCTCTAAATCTTTAAAATACCCTCTTAAAATTCAAAATa > 1:4244771/1‑100 (MQ=255) tGGCTCATATTTGCGTTTTAAGAGCTTGTATAGATTTTTAAG‑TAGAAAACTAT‑AAGATTTA‑CCTCTAAATCTTTAAAATACCCTCTTAAAATTCAAAATa > 1:1335662/1‑100 (MQ=255) tGGCTCATATTTGCGTTTTAAGAGCTTGTATAGATTTTTAAG‑TAGAAAACTAT‑AAGA‑TTTACCTCTAAATCTTTAAAATACCCTCTTAAAATTCAAAATa > 1:974312/1‑100 (MQ=255) ggCTCATATTTGCGTTTTAAGAGCTTGTATAGATTTTTAAG‑TAGAAAACTATAAGGT‑TTA‑CCTCTAAATCTTTAAAATACCCTCTTAAAATTCAAAATaa > 1:1240371/1‑100 (MQ=255) ggCTCATATTTGCGTTTTAAGAGCTTGTATAGATTTTTAAG‑TAGAAAACTAT‑AAGATTTA‑CCTCTAAATCTTTAAAATACCCTCTTAAAATTCAAAATaa > 1:4658108/1‑100 (MQ=255) ggCTCATATTTGCGTTTTAAGAGCTTGTATAGATTTTTAAG‑TAGAAAACTAT‑AAGATTTA‑CCTCTAAATCTTTAAAATACCCTCTTAAAATTCAAAATaa > 1:4299006/1‑100 (MQ=255) ggCTCATATTTGCGTTTTAAGAGCTTGTATAGATTTTTAAG‑TAGAAAACTAT‑AAGATTTA‑CCTCTAAATCTTTAAAATACCCTCTTAAAATTCAAAATaa > 1:4199925/1‑100 (MQ=255) cccTCATATTTGCGTTTTAAGAGCTTGTATAGATTTTTAAG‑TAGAAAACTAT‑AAGATTTA‑CCTCTAAATCTTTAAAATACCCTCTTAAAATTCAAAATaa > 1:4976849/3‑100 (MQ=255) cATATTTGCGTTTTAAGAGCTTGTATAGATTTTTAAG‑TAGAAAACTAT‑AAGATTTA‑CCTCTAAATCTTTAAAATACCCACTTAAAATTCAAAATAACGGt > 1:4301990/1‑100 (MQ=255) gggggtGCGTTTTAAGAGCTTGTATAGATTTTTAAG‑TAGAAAACTAT‑AAGATTTA‑CCTCTAAATCTTTAAAATACCCTCTTAAAATTCAAAATAAAGGtg > 1:3925877/6‑99 (MQ=255) tatTTTCGTTTTAAAAGCGTATATA‑AGTTTTGGATAGAAAAAATAT‑ATGATTTA‑CCCCTAAACCTTTAAAAT‑GCCCCTTAAAATTCAAAATAAGGGCAtg < 1:5984109/100‑2 (MQ=255) atgtaggaaaaCTAT‑ATGATTTA‑CCCCTAAATCTTTAAAATACCCCCTTAAAATTCAAAATAAAGGTATTTATAATTTGAGTAAGTCTTGTGATAAAGtt > 1:802396/8‑100 (MQ=255) || TGTGAAATTACCATATATTTATTTGGCTCATATTTGCGTTTTAAGAGCTTGTATATATTTTTAAGTTAAAAACCTAT‑ATGA‑TAC‑CCCCTAAACCTTTAAAATACCCCCTTAAAACTCAAAATAAAGGTATTTATAATTTGAGTAAGTCTTGTGATAAAGTT > NC_007790/1396‑1556 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 16 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |