| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_007790 | 1,778 | G→A | intergenic (+11/+315) | SAUSA300_RS14710 → / ← SAUSA300_RS14715 | membrane protein/hypothetical protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_007790 | 1,778 | 0 | G | A | 98.7% | 206.6 / NA | 74 | intergenic (+11/+315) | SAUSA300_RS14710/SAUSA300_RS14715 | membrane protein/hypothetical protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base A (71/2); minor base C (1/0); total (72/2) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 | |||||||||||
AATTCCGTATGTTATTTTGATGGGAATAAATGCTATTTATTTGGTTGTTAAGGTTATGAATTTCAAAAAGAATAATTAGAATATTTGAGGGGATTTTGAAACGAGTTTCTTCTTGTTTTCACACTG‑TTTTTTTATTCCTATTGGTGTTGTTGCTTACTTTTTGTTTTTCTATAAAGATGATGCTT > NC_007790/1689‑1873 | aaTTCTGTATGTTATTTTGATGGGAATAAATGCTATTTATTTGGTTGTTAAGGGTTTGAATTTCAAAAAGAATAATTAGAATATTTGAGAGGAtagatcg > 1:2776406/1‑94 (MQ=255) ccccGTATGTTATTTTGATGGGAATAAATGCTATTTATTTGGTTGTTAAGGTTTTGAATTTCAAAAAGAATAATTAGAATATTTGAGAGGATTTTGAAAc > 1:308627/3‑100 (MQ=255) ctgTATGTTATTTTGATGGGAATAAATGCTATTTATTTGGTTGTTAAGGTTTTGAATTTCAAAAAGAATAATTAGAATATTTGAGAGGATTTTGAAACGa > 1:4211094/3‑100 (MQ=255) ctgTATGTTATTTTGATGGGAATAAATGCTATTTATTTGGTTGTTAAGGTTTTGAATTTCAAAAAGAATAATTAGAATATTTGAGAGGATTTTGAAACGa > 1:1368439/3‑100 (MQ=255) tgTATGTTATTTTGATGGGAATAAATGCTATTTATTTGGTTGTTAAGGTTTTGAATTTCAAAAAGAATAATTAGAATATTTGAGAGGATTTTGAAACGAg > 1:5570669/2‑100 (MQ=255) tgTATGTCATTTTGATGGGAATAAATGCTATTTATTTGGTTGTTAAGGTTTTGAATTTCAAAAAGAATAATTAGAATATTTGAGAGGATTTTGAAACGAg > 1:3878478/2‑100 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 17 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |