Predicted mutation
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RA	NC_007790	1,744	A→T	M56L (ATG→TTG)	SAUSA300_RS14710 →	membrane protein

Read alignment evidence...
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*	NC_007790	1,744	0	A	T	100.0%	214.3 / NA	73	M56L (ATG→TTG)	SAUSA300_RS14710	membrane protein
Reads supporting (aligned to +/- strand):  ref base A (0/0);  new base T (72/1);  total (72/1)

CATTTGGAAAATTTATATATATTAATTCCGTATGTTATTTTGATGGGAATAAATGCTATTTATTTGGTTGTTAAGGTTATGAATTTCAAAAAGAATAATTAGAATATTTGAGGGGATTTTGAAACGAGTTTCTTCTTGTTTTCACACTGTTTTTTTATTCCTATTGGTGTTGTTG  >  NC_007790/1666‑1840                                                                               |                                                                                                 cATTTTGAAAATTTATATATATTATTTCTGTATGATATTTTGATGGGAATAAATGCTATTTATTTGGTTGCTAAGGTTTTGAATTTCAAAAAGAATAAtt                                                                             >  1:4843714/1‑100 (MQ=255) cATTTTGAAAATTTATATATATTAATTCTGTATGTTATTTTGATGGGCATAAATGCTATCTATTTGGTTGTTAAGGTTTTGAATTTCAAAATGAATAAtt                                                                             >  1:3312728/1‑100 (MQ=255) cATTTTGAAAATTTATATATATTAATTCTGTATGTTATTTTGATGGGAATAAATGCTATTTATTTGGTTGTTAAGGTTTTGAATTTCAAAAAGAATAAtt                                                                             >  1:841823/1‑100 (MQ=255) 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                                                                        aaGGTTTTGAATTTCAAAAAGAATAATTAGAATATTTGAGAGGATTTTGAAACGAGTTTCTTCTTGTTTTCACACTGTTTTTTTATTCCTATTGGtgttg     >  1:2289530/1‑100 (MQ=255)                                                                            gTTTTGAATTTCAAAAAGAATAATTAGAATATTTGAGAGGATTTTGAAACGAGTTTCTTCTTGTTTTCACACTGTTTTTTTATTCCTATTGGTGttgttg  <  1:486226/100‑1 (MQ=255)                                                                               |                                                                                                 CATTTGGAAAATTTATATATATTAATTCCGTATGTTATTTTGATGGGAATAAATGCTATTTATTTGGTTGTTAAGGTTATGAATTTCAAAAAGAATAATTAGAATATTTGAGGGGATTTTGAAACGAGTTTCTTCTTGTTTTCACACTGTTTTTTTATTCCTATTGGTGTTGTTG  >  NC_007790/1666‑1840

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 17 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑