Predicted mutation
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RA	NC_007790	1,694	C→T	P39L (CCG→CTG)	SAUSA300_RS14710 →	membrane protein

Read alignment evidence...
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*	NC_007790	1,694	0	C	T	100.0%	87.3 / NA	31	P39L (CCG→CTG)	SAUSA300_RS14710	membrane protein
Reads supporting (aligned to +/- strand):  ref base C (0/0);  new base T (30/1);  total (30/1)

TAGATGAAGGTTACGTTATAGCAACTATTTTAAATGTTTTCTTTTTACTTGGATTAATTTTTATATCTCATTTGGAAAATTTATATATATTAATTCCGTATGTTATTTTGATGGGAATAAATGCTATTTATTTGGTTGTTAAGGTTATGAATTTCAAAAAGAATAATTAGAATATTTGAGGGGATTTTGAAAC  >  NC_007790/1598‑1790                                                                                                 |                                                                                                 tcgATAAAGGTTACGTTATAGCAACTGTTTTAAATGTTTTCTTTTTACTTGGATTAATTTTTATATCTCATTTTGAAAATTTATATATATTAATTCTGTa                                                                                               >  1:2947514/3‑100 (MQ=255)  aGATAAAGGTTACGTTATAGCAACTATTTTAAATGTTTTCTTTTTACTTGGATTAATTTTTATATCTCATTTTGAAAATTTATATATATTAATTCTGTAt                                                                                              >  1:238327/1‑100 (MQ=255)        aGGTTACGTTATAGCAACTCTTTTAAATGTTTTCTTTTTACTTGGATTAATTTTTATATCTCATTTTGAAAATTTATATATATTAATTCTGTATGTTAtt                                                                                        >  1:4077481/1‑100 (MQ=255)             aCGTTATAGCAACTATTTTAAATGTTTTCTTTTTACTTGGATTAATTTTTATATCTCATTTTGAAAATTTATATATATTAATTCTGTATGTTATTTTGAt                                                                                   >  1:237047/1‑100 (MQ=255)              cGTTATAGCAACTATTTTAAATGTTTTCTTTTTACTTGGATTAATTTTTATATCTCATTTTGAAAATTTATATATATTAATTCTGTATGTTATTTTGATg                                                                                  <  1:4326960/100‑1 (MQ=255)                  ataGCAACTATTTTAAATGTTTTCTTTTTACTTGGATTAATTTTTATATCTCATTTTGAAAATTTATATATATTAATTCTGTATGTTATTTTGATGGGaa                                                                              >  1:2852679/1‑100 (MQ=255)                  ataGCAACTATTTTAAATGTTTTCTTTTTACTTGGATTAATTTTTATATCTCATTTTGAAAATTTATATATATTAATTCTGTATGTTATTTTGATGGGaa                                                                              >  1:3933796/1‑100 (MQ=255)                   taGCAACTATTTTAAATGTTTTCTTTTTACTTGGATTAATTTTTATATCTCATTTTGAAAATTTATATATATTAATTCTGTATGTTATTTTGATGGGAAt                                                                             >  1:994811/1‑100 (MQ=255)                     gCAACTATTTTAAATGTTTTCTTTTTACTTGGATTAATTTTTATATCTCATTTTGAAAATTTATATATATTAATTCTGTATGTTATTTTGATGGGAATaa                                                                           >  1:744471/1‑100 (MQ=255)                       aaCTATTTTAAATGTTTTCTTTTTACTTGGATTAATTTTTATATCTCATTTTGAAAATTTATATATATTAATTCTGTATGTTATTTCGATGGGaagatcg                                                                         >  1:4024429/1‑95 (MQ=255)                        aCTATTTTAAATGTTTTCTTTTTACTTGGATTAATTTTTATATCTCATTTTGAAAATTTATATATATTAATTCTGTATGTTATTTTGATGAGAATAGAtc                                                                        >  1:5323636/1‑99 (MQ=255)                               tAAATGTTTTCTTTTTACTTGGATTAATTTTTATATCTCATTTTGAAAATTTATATATATTAATTCTGTATGTTATTTTGATGGGAATAAATGCtattta                                                                 >  1:5333523/1‑100 (MQ=255)                                           ttttACTTGGATTAATTTTTATATCTCATTTTGAAAATTTATATATATTAATTCTGTATGTTATTTTGATGGGAATAAATGCTGTTTATTTGGTTGTTaa                                                     >  1:6101004/1‑100 (MQ=255)                                           ttttACTTGGATTAATTTTTATATCTCATTTTGAAAATTTATATATATTAATTCTGTATGTTATTTTGATGGGAATAAATGCTCTTTATTTGGTTGTTaa                                                     >  1:5070035/1‑100 (MQ=255)                                           ttttACTTGGATTAATTTTTATATCTCATTTTGAAAATTTATATATATTAATTCTGTATGTTATTTTGATGGGAATAAATGCTATTTATTTGGTTGTTaa                                                     >  1:33773/1‑100 (MQ=255)                                           ttttACTTGGATTAATTTTTATATCTCATTTTGAAAATTTATATATATTAATTCTGTATGTTATTTTGATGGGAATAAATGCTATTTATTTGGTTGTTaa                                                     >  1:5807016/1‑100 (MQ=255)                                               aCTTGGATTAATTTTTATATCTCATTTTGAAAATTTATATATATTAATTCTGTATGTTATTTTGATGGGAATAAATGCTATTTATTTGGTTGTTAAGGtt                                                 >  1:6068584/1‑100 (MQ=255)                                                attGTATTAATTTTTATATCTCATTTTGAAAATTTATATATATTAATTCTGTATGTTATTTTGATGGGAATAAATGCTATTTATTTGGTTGTTAAGGttt                                                >  1:5295705/2‑99 (MQ=255)                                                 ctGGCTTAATTTTTATATCCCATTTTGAAAATTTATATATATTAATTCTGTATGTTATTTTGATGGGAATAAATGCTATTTATTTGGTTGTTAAGGtttt                                               >  1:4562190/2‑98 (MQ=255)                                                                     cATTTTGAAAATTTATATATATTATTTCTGTATGATATTTTGATGGGAATAAATGCTATTTATTTGGTTGCTAAGGTTTTGAATTTCAAAAAGAATAAtt                           >  1:4843714/1‑100 (MQ=255)                                                                     cATTTTGAAAATTTATATATATTAATTCTGTATGTTATTTTGATGGGCATAAATGCTATCTATTTGGTTGTTAAGGTTTTGAATTTCAAAATGAATAAtt                           >  1:3312728/1‑100 (MQ=255)                                                                     cATTTTGAAAATTTATATATATTAATTCTGTATGTTATTTTGATGGGAATAAATGCTATTTATTTGGTTGTTAAGGTTTTGAATTTCAAAAAGAATAAtt                           >  1:4943028/1‑100 (MQ=255)                                                                     cATTTTGAAAATTTATATATATTAATTCTGTATGTTATTTTGATGGGAATAAATGCTATTTATTTGGTTGTTAAGGTTTTGAATTTCAAAAAGAATAAtt                           >  1:5129325/1‑100 (MQ=255)                                                                     cATTTTGAAAATTTATATATATTAATTCTGTATGTTATTTTGATGGGAATAAATGCTATTTATTTGGTTGTTAAGGTTTTGAATTTCAAAAAGAATAAtt                           >  1:1118785/1‑100 (MQ=255)                                                                     cATTTTGAAAATTTATATATATTAATTCTGTATGTTATTTTGATGGGAATAAATGCTATTTATTTGGTTGTTAAGGTTTTGAATTTCAAAAAGAATAAtt                           >  1:3981421/1‑100 (MQ=255)                                                                     cATTTTGAAAATTTATATATATTAATTCTGTATGTTATTTTGATGGGAATAAATGCTATTTATTTGGTTGTTAAGGTTTTGAATTTCAAAAAGAATAAtt                           >  1:5483431/1‑100 (MQ=255)                                                                     cATTTTGAAAATTTATATATATTAATTCTGTATGTTATTTTGATGGGAATAAATGCTATTTATTTGGTTGTTAAGGTTTTGAATTTCAAAAAGAATAAtt                           >  1:6099051/1‑100 (MQ=255)                                                                     cATTTTGAAAATTTATATATATTAATTCTGTATGTTATTTTGATGGGAATAAATGCTATTTATTTGGTTGTTAAGGTTTTGAATTTCAAAAAGAATAAtt                           >  1:2622522/1‑100 (MQ=255)                                                                     cATTTTGAAAATTTATATATATTAATTCTGTATGTTATTTTGATGGGAATAAATGCTATTTATTTGGTTGTTAAGGTTTTGAATTTCAAAAAGAATAAtt                           >  1:841823/1‑100 (MQ=255)                                                                     cATTTTGAAAATTTATATATATTAATTCTGTATGTTATTTTGATGGGAATAAATGCTATTTATTTGGTTGTTAAGGTTTTGAATTTCAAAAAGAATAAtt                           >  1:163201/1‑100 (MQ=255)                                                                                            aaTTCTGTATGTTATTTTGATGGGAATAAATGCTATTTATTTGGTTGTTAAGGGTTTGAATTTCAAAAAGAATAATTAGAATATTTGAGAGGAtagatcg    >  1:2776406/1‑94 (MQ=255)                                                                                              ccccGTATGTTATTTTGATGGGAATAAATGCTATTTATTTGGTTGTTAAGGTTTTGAATTTCAAAAAGAATAATTAGAATATTTGAGAGGATTTTGAAAc  >  1:308627/3‑100 (MQ=255)                                                                                                 |                                                                                                 TAGATGAAGGTTACGTTATAGCAACTATTTTAAATGTTTTCTTTTTACTTGGATTAATTTTTATATCTCATTTGGAAAATTTATATATATTAATTCCGTATGTTATTTTGATGGGAATAAATGCTATTTATTTGGTTGTTAAGGTTATGAATTTCAAAAAGAATAATTAGAATATTTGAGGGGATTTTGAAAC  >  NC_007790/1598‑1790

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 17 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑