Predicted mutation
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RA	NC_007790	1,671	G→T	L31F (TTG→TTT)	SAUSA300_RS14710 →	membrane protein

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*	NC_007790	1,671	0	G	T	100.0%	128.1 / NA	44	L31F (TTG→TTT)	SAUSA300_RS14710	membrane protein
Reads supporting (aligned to +/- strand):  ref base G (0/0);  new base T (43/1);  total (43/1)

AAAAACACAGTGTTAGATGAAGGTTACGTTATAGCAACTATTTTAAATGTTTTCTTTTTACTTGGATTAATTTTTATATCTCATTTGGAAAATTTATATATATTAATTCCGTATGTTATTTTGATGGGAATAAATGCTATTTATTTGGTTGTTAAGGTTATGAATTTCAAAAAGAATAATT  >  NC_007790/1585‑1765                                                                                       |                                                                                               atagacacAGTGTTAGATAAAGGTTACGTTATAGCAACTATTTTAAATGTTTTCTTTTTACTTGGATTAATTTTTATATCTCATTTTGAAAATTtatata                                                                                   >  1:2050571/5‑100 (MQ=255) aaagaCACAGTGTTAGATAAAGGTTACGTTATAGCAACTATTTTAAATGTTTTCTTTTTACTTGGATTAATTTTTATATCTCATTTTGAAAATTtatata                                                                                   >  1:4220468/1‑100 (MQ=255) aaagaCACAGTGTTAGATAAAGGTTACGTTATAGCAACTATTTTAAATGTTTTCTTTTTACTTGGATTAATTTTTATATCTCATTTTGAAAATTtatata                                                                                   >  1:4101120/1‑100 (MQ=255)  cagacacAGTGTTAGATAAAGGTTACGTTATAGCAACTATTTTAAATGTTTTCTTTTTACTTGGATTAATTTTTATATCTCATTTTGAAAATTtatatat                                                                                  >  1:631161/4‑100 (MQ=255)   tgacacAGTGTTAGATAAAGGTTACGTTATAGCAACTATTTTAAATGTTTTCTTTTTACTTGGATTAATTTTTATATCTCATTTTGAAAATTtatatata                                                                                 >  1:2695337/3‑100 (MQ=255)   agacacAGTGTTAGATAAAGGTTACGTTATAGCAACTATTTTAAATGTTTTCTTTTTACTTGGATTAATTTTTATATCTCATTTTGAAAATTtatatata                                                                                 >  1:1495101/3‑100 (MQ=255)    gacacAGTGTTAGATAAAGGTTACGTTATAGCAACTATTTTAAATGTTTTCTTTTTACTTGGATTAATTTTTATATCTCATTTTGAAAATTTatatatat                                                                                >  1:5390205/2‑100 (MQ=255)      cacaGTGTTAGATAAAGGTTACGTTATAGCAACTATTTTAAATGTTTTCTTTTTACTTGGATTAATTTTTATATCTCATTTTGAAAATTTATATATATTa                                                                              >  1:5853594/1‑100 (MQ=255)       acaGTGTTAGATAAAGGTTACGTTATAGCAACTATTTTAAATGTTTTCTTTTTACTTGGGTTAATTTTTATATCTCATTTTGAAAATTTATATATATTaa                                                                             >  1:5270955/1‑100 (MQ=255)       acaGTGTTAGATAAAGGTTACGTTATAGCAACTATTTTAAATGTTTTCTTTTTACTTGGATTAATTTTTATATCTCATTTTGAAAATTTATATATATTaa                                                                             >  1:5508835/1‑100 (MQ=255)        caGTGTTAGATAAAGGTTACGTTATAGCAACTATTTTAAATGTTTTCTTTTTACTTGGATTAATTTTTATATCTCATTTTGCAAATTTATATATATTAAt                                                                            >  1:1200192/1‑100 (MQ=255)        caGTGTTAGATAAAGGTTACGTTATAGCAACTATTTTAAATGTTTTCTTTTTACTTGGATTAATTTTTATATCTCATTTTGAAAATTTATATATATTAAt                                                                            >  1:1925805/1‑100 (MQ=255)        caGTGTTAGATAAAGGTTACGTTATAGCAACTATTTTAAATGTTTTCTTTTTACTTGGATTAATTTTTATATCTCATTTTGAAAATTTATATATATTAAt                                                                            >  1:5974105/1‑100 (MQ=255)            cctAGATAAAGGTTACGTTATAGCAACTATTTTAAATGTTTTCTTTTTACTTGGATTAATTTTTATATCTCATTTTGAAAATTTATATATATTAATTctg                                                                        >  1:5069649/3‑98 (MQ=255)              tcgATAAAGGTTACGTTATAGCAACTGTTTTAAATGTTTTCTTTTTACTTGGATTAATTTTTATATCTCATTTTGAAAATTTATATATATTAATTCTGTa                                                                      >  1:2947514/3‑100 (MQ=255)               aGATAAAGGTTACGTTATAGCAACTATTTTAAATGTTTTCTTTTTACTTGGATTAATTTTTATATCTCATTTTGAAAATTTATATATATTAATTCTGTAt                                                                     >  1:238327/1‑100 (MQ=255)                     aGGTTACGTTATAGCAACTCTTTTAAATGTTTTCTTTTTACTTGGATTAATTTTTATATCTCATTTTGAAAATTTATATATATTAATTCTGTATGTTAtt                                                               >  1:4077481/1‑100 (MQ=255)                          aCGTTATAGCAACTATTTTAAATGTTTTCTTTTTACTTGGATTAATTTTTATATCTCATTTTGAAAATTTATATATATTAATTCTGTATGTTATTTTGAt                                                          >  1:237047/1‑100 (MQ=255)                           cGTTATAGCAACTATTTTAAATGTTTTCTTTTTACTTGGATTAATTTTTATATCTCATTTTGAAAATTTATATATATTAATTCTGTATGTTATTTTGATg                                                         <  1:4326960/100‑1 (MQ=255)                               ataGCAACTATTTTAAATGTTTTCTTTTTACTTGGATTAATTTTTATATCTCATTTTGAAAATTTATATATATTAATTCTGTATGTTATTTTGATGGGaa                                                     >  1:3933796/1‑100 (MQ=255)                               ataGCAACTATTTTAAATGTTTTCTTTTTACTTGGATTAATTTTTATATCTCATTTTGAAAATTTATATATATTAATTCTGTATGTTATTTTGATGGGaa                                                     >  1:2852679/1‑100 (MQ=255)                                taGCAACTATTTTAAATGTTTTCTTTTTACTTGGATTAATTTTTATATCTCATTTTGAAAATTTATATATATTAATTCTGTATGTTATTTTGATGGGAAt                                                    >  1:994811/1‑100 (MQ=255)                                  gCAACTATTTTAAATGTTTTCTTTTTACTTGGATTAATTTTTATATCTCATTTTGAAAATTTATATATATTAATTCTGTATGTTATTTTGATGGGAATaa                                                  >  1:744471/1‑100 (MQ=255)                                    aaCTATTTTAAATGTTTTCTTTTTACTTGGATTAATTTTTATATCTCATTTTGAAAATTTATATATATTAATTCTGTATGTTATTTCGATGGGaagatcg                                                >  1:4024429/1‑95 (MQ=255)                                     aCTATTTTAAATGTTTTCTTTTTACTTGGATTAATTTTTATATCTCATTTTGAAAATTTATATATATTAATTCTGTATGTTATTTTGATGAGAATAGAtc                                               >  1:5323636/1‑99 (MQ=255)                                            tAAATGTTTTCTTTTTACTTGGATTAATTTTTATATCTCATTTTGAAAATTTATATATATTAATTCTGTATGTTATTTTGATGGGAATAAATGCtattta                                        >  1:5333523/1‑100 (MQ=255)                                                        ttttACTTGGATTAATTTTTATATCTCATTTTGAAAATTTATATATATTAATTCTGTATGTTATTTTGATGGGAATAAATGCTGTTTATTTGGTTGTTaa                            >  1:6101004/1‑100 (MQ=255)                                                        ttttACTTGGATTAATTTTTATATCTCATTTTGAAAATTTATATATATTAATTCTGTATGTTATTTTGATGGGAATAAATGCTCTTTATTTGGTTGTTaa                            >  1:5070035/1‑100 (MQ=255)                                                        ttttACTTGGATTAATTTTTATATCTCATTTTGAAAATTTATATATATTAATTCTGTATGTTATTTTGATGGGAATAAATGCTATTTATTTGGTTGTTaa                            >  1:33773/1‑100 (MQ=255)                                                        ttttACTTGGATTAATTTTTATATCTCATTTTGAAAATTTATATATATTAATTCTGTATGTTATTTTGATGGGAATAAATGCTATTTATTTGGTTGTTaa                            >  1:5807016/1‑100 (MQ=255)                                                            aCTTGGATTAATTTTTATATCTCATTTTGAAAATTTATATATATTAATTCTGTATGTTATTTTGATGGGAATAAATGCTATTTATTTGGTTGTTAAGGtt                        >  1:6068584/1‑100 (MQ=255)                                                             attGTATTAATTTTTATATCTCATTTTGAAAATTTATATATATTAATTCTGTATGTTATTTTGATGGGAATAAATGCTATTTATTTGGTTGTTAAGGttt                       >  1:5295705/2‑99 (MQ=255)                                                              ctGGCTTAATTTTTATATCCCATTTTGAAAATTTATATATATTAATTCTGTATGTTATTTTGATGGGAATAAATGCTATTTATTTGGTTGTTAAGGtttt                      >  1:4562190/2‑98 (MQ=255)                                                                                  cATTTTGAAAATTTATATATATTATTTCTGTATGATATTTTGATGGGAATAAATGCTATTTATTTGGTTGCTAAGGTTTTGAATTTCAAAAAGAATAAtt  >  1:4843714/1‑100 (MQ=255)                                                                                  cATTTTGAAAATTTATATATATTAATTCTGTATGTTATTTTGATGGGCATAAATGCTATCTATTTGGTTGTTAAGGTTTTGAATTTCAAAATGAATAAtt  >  1:3312728/1‑100 (MQ=255)                                                                                  cATTTTGAAAATTTATATATATTAATTCTGTATGTTATTTTGATGGGAATAAATGCTATTTATTTGGTTGTTAAGGTTTTGAATTTCAAAAAGAATAAtt  >  1:1118785/1‑100 (MQ=255)                                                                                  cATTTTGAAAATTTATATATATTAATTCTGTATGTTATTTTGATGGGAATAAATGCTATTTATTTGGTTGTTAAGGTTTTGAATTTCAAAAAGAATAAtt  >  1:841823/1‑100 (MQ=255)                                                                                  cATTTTGAAAATTTATATATATTAATTCTGTATGTTATTTTGATGGGAATAAATGCTATTTATTTGGTTGTTAAGGTTTTGAATTTCAAAAAGAATAAtt  >  1:163201/1‑100 (MQ=255)                                                                                  cATTTTGAAAATTTATATATATTAATTCTGTATGTTATTTTGATGGGAATAAATGCTATTTATTTGGTTGTTAAGGTTTTGAATTTCAAAAAGAATAAtt  >  1:6099051/1‑100 (MQ=255)                                                                                  cATTTTGAAAATTTATATATATTAATTCTGTATGTTATTTTGATGGGAATAAATGCTATTTATTTGGTTGTTAAGGTTTTGAATTTCAAAAAGAATAAtt  >  1:2622522/1‑100 (MQ=255)                                                                                  cATTTTGAAAATTTATATATATTAATTCTGTATGTTATTTTGATGGGAATAAATGCTATTTATTTGGTTGTTAAGGTTTTGAATTTCAAAAAGAATAAtt  >  1:5483431/1‑100 (MQ=255)                                                                                  cATTTTGAAAATTTATATATATTAATTCTGTATGTTATTTTGATGGGAATAAATGCTATTTATTTGGTTGTTAAGGTTTTGAATTTCAAAAAGAATAAtt  >  1:3981421/1‑100 (MQ=255) 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Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 17 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑