| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_007790 | 1,468 | C→A | intergenic (+472/‑111) | SAUSA300_RS14705 → / → SAUSA300_RS14710 | replication protein/membrane protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_007790 | 1,468 | 0 | C | A | 98.0% | 132.1 / NA | 49 | intergenic (+472/‑111) | SAUSA300_RS14705/SAUSA300_RS14710 | replication protein/membrane protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (1/0); new base A (47/1); total (48/1) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
TCACTGGTTTTGCTGAAATTTTTGTTTGTGAAATTACCATATATTTATTTGGCTCATATTTGCGTTTTAAGAGCTTGTATATATTTTTAAGTTAAAAACCTAT‑ATGA‑TAC‑CCCCTAAACCTTTAAAATACCCCCTTAAAACTCAAAATAAAGGTATTTATAATTTGAGTAAGTCTTGTGATAAAGTT > NC_007790/1370‑1556 | tgaCTGGTTTTGCTGAAATTTTTGTTTGTGAAATTACCATATATTTATTTGGCTCATATTTGCGTTTTAAGAGCTTGTATAGATTTTTAAGTAGAAAAct > 1:3922156/3‑99 (MQ=255) gaCTGGTTTTGCTGAAATTTTTGTTTGTGAAATTACCATATATTTATTTGGCTCATATTTGCGTTTTAAGAGCTTGTATAGATTTTTAAGTAGAAAActa > 1:5584677/2‑98 (MQ=255) cccTGGTTTTGCTGAAATTTTTGTTTGTGAAATTACCATATATTTATTTGGCTCATATTTGCGTTTTAAGAGCTTGTATAGATTTTTAAGTAGAAAActa > 1:5962046/3‑98 (MQ=255) cACTGGTTTTGCTGAAATTTTTGTTTGTGAAATTACCATATATTTATTTGGCTCATATTTGCGTTTTAAGAGCTTGTATAGATTTTTAAGTAGAAAActa > 1:1214567/1‑98 (MQ=255) cACTGGTTTTGCTGAAATTTTTGTTTGTGAAATTACCATATATTTATTTGGCTCATATTTGCGTTTTAAGAGCTTGTATAGATTTTTAAGTAGAAAActa > 1:4023402/1‑98 (MQ=255) cACTGGTTTTGCTGAAATTTTTGTTTGTGAAATTACCATATATTTATTTGGCTCATATTTGCGTTTTAAGAGCTTGTATAGATTTTTAAGTAGAAAActa > 1:1728540/1‑98 (MQ=255) 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1:3332494/95‑5 (MQ=255) cTGGTTTTGCTGAAATTTTTGTTTGTGAAATTACCATATATTTATTTGGCTCATATTTGCGTTTTAAGAGCTTGTATAGATTTTTAAGTAGAAAActata < 1:3299540/100‑5 (MQ=255) cTGGTTTTGCTGAAATTTTTGTTTGTGAAATTACCATATATTTATTTGGCTCATATTTGCGTTTTAAGAGCTTGTATAGATTTTTAAGTAGAAAActata > 1:2038748/1‑96 (MQ=255) cTGGTTTTGCTGAAATTTTTGTTTGTGAAATTACCATATATTTATTTGGCTCATATTTGCGTTTTAAGAGCTTGTATAGATTTTTAAGTAGAAAActata > 1:2792540/1‑96 (MQ=255) cTGGTTTTGCTGAAATTTTTGTTTGTGAAATTACCATATATTTATTTGGCTCATATTTGCGTTTTAAGAGCTTGTATAGATTTTTAAGTAGAAAActata > 1:5031868/1‑96 (MQ=255) atGGTTTTGCTGAAATTTTTGTTTGTGAAATTACCATATATTTATTTGGCTCATATTTGCGTTTTAAGCGCTTGTATAGATTTTTAAGTAGAAAActata > 1:4746804/2‑96 (MQ=255) ggTTTTGCTGAAATTTTTGTTTGTGAAATTACCATATATTTCTTTGGCTCATATTTGCGTTTTAAGAGCTTGTATAGATTTTTACGTAGAAAActataag > 1:6014535/1‑94 (MQ=255) ggTTTTGCTGAAATTTTTGTTTGTGAAATTACCATATATTTATTTGGCTCATATTTGCGTTTTAAGAGCTTGTATAGATTTTTAAGTAGAAAActataag > 1:339272/1‑94 (MQ=255) 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1:3012979/1‑96 (MQ=255) cTGAAATTTTTGTTTGTGAAATTACCATATATTTATTTGGCCCATATTTGCGTTTTAAGAGCTTGTATAGATTTTTAAG‑TAGAAAACTAT‑AAGA‑tttacc > 1:4451113/1‑95 (MQ=255) tgtgAAATTAGCATATATGTATTTGGCTCATATTTTCGTTTTAAAAGCGTATATA‑AGTTTTGGATAGAAAAAATAC‑ATGATTTA‑CCCCTAAACCTTTaaa > 1:4461602/1‑100 (MQ=255) tgtgAAATTACCATATATTTATTTGGCTCATATTTGCGTTTTAAGAGCTTGTATAGATTTTTAAG‑TAGAAAACTAT‑AAGATTTA‑CCTCTAAATCTTTaaa > 1:3871354/1‑100 (MQ=255) gtgAAATTAGCATATATGTATTTGGCTCATATTTTCGTTTTAAAAGCGTATATA‑AGTTTTGGATAGAAAAAATAT‑ATGATTTA‑CCCCTAAACCTTTaaaa > 1:3727713/1‑100 (MQ=255) gtgAAATTACCATATATTTATTTGGCTCATATTTGCGTTTTAAGAGCTTGTATAGATTTTTAAG‑TAGAAAACTAT‑AAGATTTA‑CCTCTAAATCTTTaaaa > 1:1984657/1‑100 (MQ=255) gtgAAATTACCATATATTTATTTGGCTCATATTTGCGTTTTAAGAGCTTGTATAGATTTTTAAG‑TAGAAAACTAT‑AAGATTTA‑CCTCTAAATCTTTaaaa > 1:3783862/1‑100 (MQ=255) aTTACCATATATTTATTTGGCTCATATTTGCGTTTTAAGAGCTTGTATAGATTTTTAAG‑TAGAAACCTAT‑AAGATTTA‑CCTCTAATTCTTTAAAATAccc > 1:890450/1‑100 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 17 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |