| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_007790 | 1,451 | T→G | intergenic (+455/‑128) | SAUSA300_RS14705 → / → SAUSA300_RS14710 | replication protein/membrane protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_007790 | 1,451 | 0 | T | G | 88.6% | 193.1 / 24.4 | 80 | intergenic (+455/‑128) | SAUSA300_RS14705/SAUSA300_RS14710 | replication protein/membrane protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base G (66/4); minor base . (8/1); total (74/6) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.63e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.25e-01 | |||||||||||
AAAAATTAGTCACTGGTTTTGCTGAAATTTTTGTTTGTGAAATTACCATATATTTATTTGGCTCATATTTGCGTTTTAAGAGCTTGTATATATTTTTAAGTTAAAAACCTAT‑ATGA‑TAC‑CCCCTAAACCTTTAAAATACCCCCTTAAAACTCAAAATAAAGGTATT > NC_007790/1361‑1526 | acaaaaTAGTCATTGTTTTTGCTGAAATTTTTGTTTGTGAAATTAGCATATATGTATTTGGCTCATATTTTCGTTTTAAAAGCGTATATAAGttttggat < 1:2729505/98‑5 (MQ=255) aaaaTTAGTCACTGTTTTTGCTGAAATTTTTGTTTGTGAAATTACCATATATTTATTTGGCTCATATTTGCGTTTTAAGAGCTTGTATAGATTTTTAAGt < 1:3054418/100‑1 (MQ=255) aaaaTTAGTCACTGGTTTTGCTGAAATTTTTGTTTGTGAAATTACCATATATTTATTTGGCTCATATTTGCGTTTTAAGAGCTTGTATAGATTTTTAAGt < 1:2777634/100‑1 (MQ=255) ctAGTCACTGGTTTTGCTGAAATTTTTGATTGTGAAATTACCATTTATTTATTTGGCTCATATTTGCGTTTTAAGAGCTTGTATAGATTTTTAAgcagaa > 1:5080547/2‑95 (MQ=255) tAGTCACTGGTTTTGCTGAAATTTTTGTTTGTGAAATTACCATATATTTATTTGGCTCATATTTGCGTTTTAAGAGCTTGTATAGATTTTTAAGtagaaa > 1:1076036/1‑95 (MQ=255) tgaCTGGTTTTGCTGAAATTTTTGTTTGTGAAATTACCATATATTTATTTGGCTCATATTTGCGTTTTAAGAGCTTGTATAGATTTTTAAGTAGAAAAct > 1:3922156/3‑99 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 16 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |