| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_007790 | 1,276 | C→T | intergenic (+280/‑303) | SAUSA300_RS14705 → / → SAUSA300_RS14710 | replication protein/membrane protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_007790 | 1,276 | 0 | C | T | 82.6% | 39.3 / 1.3 | 23 | intergenic (+280/‑303) | SAUSA300_RS14705/SAUSA300_RS14710 | replication protein/membrane protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (4/0); new base T (6/13); total (10/13) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.37e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
TTGCCAGACCTATCATTTTTGAATGATAGCAAATTCTCCTTATGCTCTTACGGAGTTTTTAGAGAAAAATTAAAAATTCTCGATTTTTGATAAAAAACGCCCTGCAGGAATTTAGAAAAACA‑T‑GTGGAAGTTTTAAAGGATTTTATGCTAATTTTTAATTTGCATGTAAATGGGCAGTGTTAAAAAATTAGTCAC > NC_007790/1179‑1373 | ttGCCAGACCTATCATTTTTGAATGATAGCAAATTCTCCTTATGCTCTTACAGAGTTCTTAGAGATAAATTAAAAATTCTCGATTTTTGATAAAAAACGc > 1:431147/1‑100 (MQ=255) tGCCAGACCTATCATTTTTGAATGATAGCAAATTCTCCTTATGCTCTTACAGAGTTCTTAGAGATAAATTAAAAATTCTCGATTTTTGATAAAAAACGct > 1:5751880/1‑99 (MQ=255) acgtagttACGGAGTTCTTAGAGAAAAAATAAAAATTCTCGA‑TTTTGATAAAAAATGTCTTGCAGGAATTTAGAAAAACA‑TGGGGGAAGTTTTAAAGGAt > 1:4691524/7‑100 (MQ=255) gtagttACGGAGTTCTTAGAGAAAAAATAAAAATTCTCGA‑TTTTGATAAAAAATGTCTTGCAGGAATTTAGAAAAACA‑TGGGGGCAGTTTTACAGGAttt > 1:647344/5‑100 (MQ=255) agttACGGAGTTCTTAGAGAAAAAATAAAACTTCTCGA‑TTTTGATAAAAAATGTCTTGCAGGAATTTAGAAAAACA‑TGGGGGAAGTTTTAAAGGATTTTa > 1:5871432/3‑100 (MQ=255) gttgcGGAGTTCTTAGAGAAAAAATAAAAATTCTCGA‑TTTTGATAAAAAATGTCTTGCAGGAATTTAGAAAAACA‑TGGGGGAAGTTTTAAAGGATTTTAt > 1:1958292/5‑100 (MQ=255) tACAGAGTTCTTAGAGATAAATTAAAAATTCTCGATTTTTGATAAAAACCGCTCTGCAGGAATTTAGAAAAACA‑C‑GGGAAAGTTTTAAAGGATTTTATGc > 1:4018663/1‑100 (MQ=255) caCGGAGTTCTTAGAGAAAAAATAAAAATTCTCGA‑TTTTGATAAAAAATGTCTTGCAGGAATTTAGAAAAACA‑TGGGGGAAGTTTTAAAGGATTTTATGc > 1:4617800/2‑100 (MQ=255) attCTCGA‑TTTTGATAAAAAATGTCTTGCAGGAATTTAGAAAAACA‑TGGGGGAAGTTTTAAAGGATTTTATGCTAACTTTTAATTTGCATGTAAATGGGc < 1:3226450/100‑1 (MQ=255) attCTCGA‑TTTTGATAAAAAATGTCTTGCAGGAATTTAGAAAAACA‑TGGGGGAAGTTTTAAAGGATTTTATGCTAACTTTTAATTTGCATGTAAATGGGc < 1:3865303/100‑1 (MQ=255) attCTCGA‑TTTTGATAAAAAATGTCTTGCAGGAATTTAGAAAAACA‑TGGGGGAAGTTTTAAAGGATTTTATGCTAACTTTTAATTTGCATGTAAATGGGc < 1:4980665/100‑1 (MQ=255) attCTCGA‑TTTTGATAAAAAATGTCTTGCAGGAATTTAGAAAAACA‑TGGGGGAAGTTTTAAAGGATTTTATGCTAACTTTTAATTTGCATGTAAATGGGc < 1:5422463/100‑1 (MQ=255) attCTCGA‑TTTTGATAAAAAATGTCTTGCAGGAATTTAGAAAAACA‑TGGGGGAAGTTTTAAAGGATTTTATGCTAACTTTTAATTTGCATGTAAATGGGc < 1:5725020/100‑1 (MQ=255) attCTCGA‑TTTTGATAAAAAATGTCTTGCAGGAATTTAGAAAAACA‑TGGGGGAAGTTTTAAAGGATTTTATGCTAACTTTTAATTTGCATGTAAACGGGc < 1:2249750/100‑1 (MQ=255) attCTCGA‑TTTTGATAAAAAATGTCTTGCAGGAATTTAGAAAAACA‑TGGGGGAAGTTTTAAAGGATTTTATGCTAACTTTTAATTTGCAGGGAAATGGGc < 1:1760247/100‑1 (MQ=255) ttCTCGA‑TTTTGATAAAAAATGTCTTGCAGGAATTTAGAAAAACA‑TGGGGGAAGTTTTAAAGGATTTTATGCTAACTTTTAATTTGCATGTAAATGGGCa < 1:1630375/100‑1 (MQ=255) ttCTCGA‑TTTTGATAAAAAATGTCTTGCAGGAATTTAGAAAAACA‑TGGGGGAAGTTTTAAAGGATTTTATGCTAACTTTTAATTTGCATGTAAATGGGCa < 1:2036675/100‑1 (MQ=255) tcgattttGATAAAAAATGTCTTGCAGGAATTTAGAAAAACA‑TGGGGGAAGTTTTAAAGGATTTTATGCTAACTTTTAATTTGCATGTAAATGGGCAgtg < 1:3352581/96‑1 (MQ=255) tcgattttGATAAAAAATGTCTTGCAGGAATTTAGAAAAACA‑TGGGGGAAGTTTTAAAGGATTTTATGCTAACTTTTAATTTGCATGTAAAGGGGCAgat < 1:3152989/96‑3 (MQ=255) cgattttGATAAAAAATGTCTTGCAGGAATTTAGAAAAACA‑TGGGGGAAGTTTTAATGGATTTTATGCTAACTTTTAATTTGCATGTAAATGGGCAgtgg < 1:4507874/97‑2 (MQ=255) cgattttGATAAAAAATGTCTTGCAGGAATTTAGAAAAACA‑TGGGGGAAGTTTTAAAGGATTTTATGCTAACTTTTAATTTGCATGTAAATGGGCAgcag > 1:3220985/4‑97 (MQ=255) aaaaaaTGTCTTGCAGGAATTTAGAAAAACAGG‑GGGGAAGTTTTAAAGGATTTTATGCTAACTTTTAATTTGCATGTAAATGGGCAGTGTTtaaaaaaat < 1:5734429/100‑4 (MQ=255) aaaCGCTCTGCAGGAATTTAGAAAAACA‑C‑GGGAAAGTTTTAAAGGATTTTATGCTAATTTTTAATTTGCATGTAAATGGACAGTGTTACAAAA‑TAGTCat > 1:2282828/1‑99 (MQ=255) | TTGCCAGACCTATCATTTTTGAATGATAGCAAATTCTCCTTATGCTCTTACGGAGTTTTTAGAGAAAAATTAAAAATTCTCGATTTTTGATAAAAAACGCCCTGCAGGAATTTAGAAAAACA‑T‑GTGGAAGTTTTAAAGGATTTTATGCTAATTTTTAATTTGCATGTAAATGGGCAGTGTTAAAAAATTAGTCAC > NC_007790/1179‑1373 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 17 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |