Predicted mutation
evidence	seq id	position	mutation	annotation	gene	description
RA	NC_007790	249	A→G	intergenic (–/‑31)	– / → SAUSA300_RS14705	–/replication protein

Read alignment evidence...
	seq id	position		ref	new	freq	score (cons/poly)	reads	annotation	genes	product
*	NC_007790	249	0	A	G	100.0%	95.8 / NA	35	intergenic (–/‑31)	–/SAUSA300_RS14705	–/replication protein
Reads supporting (aligned to +/- strand):  ref base A (0/0);  new base G (35/0);  total (35/0)

GTTTTGTAAATCAAAATTATGTCCGGTTTGTAATTGGAGACGTGCTATGAAAAATAGTTATCAAGCTCAAAAAGTGATTGAAAAAGTAATTAAGGAAAAGCCAAA  >  NC_007790/234‑338                |                                                                                          cttctggtaaTCAAAGTTATGTCCAGTTTGTAATTGGAGACGTTCTATGAAAAATAGTTATCAATCCCAAAAAGTGATTGAAGAAGTGTTTAAAGAAAAg       >  1:4033750/9‑100 (MQ=255)   tctggtaaTCAAAGTTATGTCCAGTTTGTAATTGGAGACGTTCTATGAAAAATAGTTATCAATCCCAAAAAGTGATTGAAGAAGTGTTTAAAGAAAAGcc     >  1:99043/7‑100 (MQ=255)   tctggtaaTCAAAGTTATGTCCAGTTTGTAATTGGAGACGTTCTATGAAAAATAGTTATCAATCCCAAAAAGTGATTGAAGAAGTGTTTAAAGAAAAGcc     >  1:4033924/7‑100 (MQ=255)   tctggtaaTCAAAGTTATGTCCAGTTTGTAATTGGAGACGTTCTATGAAAAATAGTTATCAATCCCAAAAAGTGATTGAAGAAGTGTTTAAAGAAAAGcc     >  1:4453865/7‑100 (MQ=255)   tctggtaaTCAAAGTTATGTCCAGTTTGTAATTGGAGACGTTCTATGAAAAATAGTTATCAATCCCAAAAAGTGATTGAAGAAGTGTTTAAAGAAAAGcc     >  1:394625/7‑100 (MQ=255)   tctggtaaTCAAAGTTATGTCCAGTTTGTAATTGGAGACGTTCTATGAAAAATAGTTATCAATCCCAAAAAGTGATTGAAGAAGTGTTTAAAGAAAAGcc     >  1:3588118/7‑100 (MQ=255)   tctggtaaTCAAAGTTATGTCCAGTTTGTAATTGGAGACGTTCTATGAAAAATAGTTATCAATCCCAAAAAGTGATTGAAGAAGTGTTTAAAGAAAAGcc     >  1:2412437/7‑100 (MQ=255)   tctggtaaTCAAAGTTATGTCCAGTTTGTAATTGGAGACGTTCTATGAAAAATAGTTATCAATCCCAAAAAGTGATTGAAGAAGTGTTTAAAGAAAAGcc     >  1:1443954/7‑100 (MQ=255)   gctggtaaTCAAAGTTATGTCCAGTTTGTAATTGGAGACGTTCTATGAAAAATAGTTATCAATCCCAAAAAGTGATTGAAGAAGTGTTTAAAGAAAAGcc     >  1:3748665/7‑100 (MQ=255)    ctggtaaTCAAAGTTATGTCCAGTTTGTAATTGGAGACGTTCTATGAAAAATAGTTATCAATCCCAAAAAGTGATTGAAGAAGTGTTTAAAGAAAAGccg    >  1:5569875/6‑99 (MQ=255)    ctggtaaTCAAAGTTATGTCCAGTTTGTAATTGGAGACGTTCTATGAAAAATAGTTATCAATCCCAAAAAGTGATTGAAGAAGTGTTTAAAGAAAAGccg    >  1:3983070/6‑99 (MQ=255)    ctggtaaTCAAAGTTATGTCCAGTTTGTAATTGGAGACGTTCTATGAAAAATAGTTATCAATCCCAAAAAGTGATTGAAGAAGTGTTTAAAGAAAAGccg    >  1:1325676/6‑99 (MQ=255)      ggtaaTCAAAGTTATGTCCAGTTTGTAATTGGAGACGTTCTATGAAAAATAGTTATCAATCCCAAAAAGTGATTGAAGAAGTGTTTAAAGAAAAGccgca  >  1:4380953/4‑97 (MQ=255)      ggtaaTCAAAGTTATGTCCAGTTTGTAATTGGAGACGTTCTATGAAAAATAGTTATCAATCCCAAAAAGTGATTGAAGAAGTGTTTAAAGAAAAGCCgaa  >  1:704044/4‑100 (MQ=255)      ggtaaTCAAAGTTATGTCCAGTTTGTAATTGGAGACGTTCTATGAAAAATAGTTATCAATCCCAAAAAGTGATTGAAGAAGTGTTTAAAGAAAAGCCgaa  >  1:5832145/4‑100 (MQ=255)      ggtaaTCAAAGTTATGTCCAGTTTGTAATTGGAGACGTTCTATGAAAAATAGTTATCAATCCCAAAAAGTGATTGAAGAAGTGTTTAAAGAAAAGCCgaa  >  1:5812605/4‑100 (MQ=255)      ggtaaTCAAAGTTATGTCCAGTTTGTAATTGGAGACGTTCTATGAAAAATAGTTATCAATCCCAAAAAGTGATTGAAGAAGTGTTTAAAGAAAAGCCgaa  >  1:5329854/4‑100 (MQ=255)      ggtaaTCAAAGTTATGTCCAGTTTGTAATTGGAGACGTTCTATGAAAAATAGTTATCAATCCCAAAAAGTGATTGAAGAAGTGTTTAAAGAAAAGCCgaa  >  1:5165880/4‑100 (MQ=255)      ggtaaTCAAAGTTATGTCCAGTTTGTAATTGGAGACGTTCTATGAAAAATAGTTATCAATCCCAAAAAGTGATTGAAGAAGTGTTTAAAGAAAAGCCgaa  >  1:4844862/4‑100 (MQ=255)      ggtaaTCAAAGTTATGTCCAGTTTGTAATTGGAGACGTTCTATGAAAAATAGTTATCAATCCCAAAAAGTGATTGAAGAAGTGTTTAAAGAAAAGCCgaa  >  1:4598836/4‑100 (MQ=255)      ggtaaTCAAAGTTATGTCCAGTTTGTAATTGGAGACGTTCTATGAAAAATAGTTATCAATCCCAAAAAGTGATTGAAGAAGTGTTTAAAGAAAAGCCgaa  >  1:932323/4‑100 (MQ=255)      ggtaaTCAAAGTTATGTCCAGTTTGTAATTGGAGACGTTCTATGAAAAATAGTTATCAATCCCAAAAAGTGATTGAAGAAGTGTTTAAAGAAAAGCCgaa  >  1:3980831/4‑100 (MQ=255)      ggtaaTCAAAGTTATGTCCAGTTTGTAATTGGAGACGTTCTATGAAAAATAGTTATCAATCCCAAAAAGTGATTGAAGAAGTGTTTAAAGAAAAGCCgaa  >  1:1084863/4‑100 (MQ=255)      ggtaaTCAAAGTTATGTCCAGTTTGTAATTGGAGACGTTCTATGAAAAATAGTTATCAATCCCAAAAAGTGATTGAAGAAGTGTTTAAAGAAAAGCCgaa  >  1:37198/4‑100 (MQ=255)      ggtaaTCAAAGTTATGTCCAGTTTGTAATTGGAGACGTTCTATGAAAAATAGTTATCAATCCCAAAAAGTGATTGAAGAAGTGTTTAAAGAAAAGCCgaa  >  1:3717605/4‑100 (MQ=255)      ggtaaTCAAAGTTATGTCCAGTTTGTAATTGGAGACGTTCTATGAAAAATAGTTATCAATCCCAAAAAGTGATTGAAGAAGTGTTTAAAGAAAAGCCgaa  >  1:3616043/4‑100 (MQ=255)      ggtaaTCAAAGTTATGTCCAGTTTGTAATTGGAGACGTTCTATGAAAAATAGTTATCAATCCCAAAAAGTGATTGAAGAAGTGTTTAAAGAAAAGCCgaa  >  1:3361949/4‑100 (MQ=255)      ggtaaTCAAAGTTATGTCCAGTTTGTAATTGGAGACGTTCTATGAAAAATAGTTATCAATCCCAAAAAGTGATTGAAGAAGTGTTTAAAGAAAAGCCgaa  >  1:3208911/4‑100 (MQ=255)      ggtaaTCAAAGTTATGTCCAGTTTGTAATTGGAGACGTTCTATGAAAAATAGTTATCAATCCCAAAAAGTGATTGAAGAAGTGTTTAAAGAAAAGCCgaa  >  1:2633601/4‑100 (MQ=255)      ggtaaTCAAAGTTATGTCCAGTTTGTAATTGGAGACGTTCTATGAAAAATAGTTATCAATCCCAAAAAGTGATTGAAGAAGTGTTTAAAGAAAAGCCgaa  >  1:1884839/4‑100 (MQ=255)      ggtaaTCAAAGTTATGTCCAGTTTGTAATTGGAGACGTTCTATGAAAAATAGTTATCAATCCCAAAAAGTGATTGAAGAAGTGCTTAAAGAAAAGCCgaa  >  1:1282400/4‑100 (MQ=255)      ggtaaTCAAAGTTATGTCCAGTTTGTAATTGGAGACGTTCTATGAAAAATAGTTATCAATCCCAAAAAGTGATTGAAGAAGAGTTTAAAGAAAAGCCgaa  >  1:3745117/4‑100 (MQ=255)      ggtaaTCAAAGTTATGTCCAGTTTGTAATTGGAGACGTTCTATGAAAAATAGTTATCAATCCCAAAAAGTGAATGAAGAAGTGTTTAAAGAAAAGCCgaa  >  1:4018120/4‑100 (MQ=255)      ggcaaTCAAAGTTATGTCCAGTTTGTAATTGGAGACGCTCTATGAAAAATAGGTATCAATCCCAAAAAGTGATTGAAGAAGTGTTTAAAGAAAAGCCgaa  >  1:817120/4‑100 (MQ=255)      gataaTCAAAGTTATGTCCAGTTTGTAATTGGAGACGTTCTATGAAAAATAGTTATCAATCCCAAAAAGTGATTGAAGAAGTGTTTAAAGAAAAGCCgaa  >  1:2941922/4‑100 (MQ=255)                |                                                                                          GTTTTGTAAATCAAAATTATGTCCGGTTTGTAATTGGAGACGTGCTATGAAAAATAGTTATCAAGCTCAAAAAGTGATTGAAAAAGTAATTAAGGAAAAGCCAAA  >  NC_007790/234‑338

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 17 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑