| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_007790 | 1,357 | 1 | . | T | 28.3% | 62.4 / 49.5 | 46 | intergenic (+361/‑222) | SAUSA300_RS14705/SAUSA300_RS14710 | replication protein/membrane protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (20/13); new base T (9/4); total (29/17) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.39e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.14e-01 | |||||||||||
CGATTTTTGATAAAAAACGCCCTGCAGGAATTTAGAAAAACA‑T‑GT‑GGAAGTTTTAAAGGATTTTATGCTAATTTTTAATTTGCA‑TG‑TAAATGGGCAGTG‑TTAAAAAATTAGTCACTGGTTTTGCTGAAATTTTTGTTTGTGAAATTACCATATATTTATTTGGCTCATATTTGCGTTTTAAGAGCTTGTATATA > NC_007790/1259‑1452 | tcgattttGATAAAAAATGTCTTGCAGGAATTTAGAAAAACA‑TGGG‑GGAAGTTTTAAAGGATTTTATGCTAACTTTTAATTTGCA‑TG‑TAAATGGGCAgtg < 1:3352581/96‑1 (MQ=255) cgattttGATAAAAAATGTCTTGCAGGAATTTAGAAAAACA‑TGGG‑GGAAGTTTTAATGGATTTTATGCTAACTTTTAATTTGCA‑TG‑TAAATGGGCAgtgg < 1:4507874/97‑2 (MQ=255) aaaaaaTGTCTTGCAGGAATTTAGAAAAACAGG‑GG‑GGAAGTTTTAAAGGATTTTATGCTAACTTTTAATTTGCA‑TG‑TAAATGGGCAGTG‑TTtaaaaaaat < 1:5734429/100‑4 (MQ=255) aaaCGCTCTGCAGGAATTTAGAAAAACA‑C‑GG‑GAAAGTTTTAAAGGATTTTATGCTAATTTTTAATTTGCA‑TG‑TAAATGGACAGTG‑TTACAAAA‑TAGTCat > 1:2282828/1‑99 (MQ=255) tcttGCAGGAATTTAGAAAAACA‑TGGG‑GGCAGTTTTAAAGGATTTTATGCTAACTTTTAATTTGCA‑TG‑TAAATGGGCAGTGTTTAAAAAAATAGTCATTg < 1:4595035/97‑1 (MQ=255) tGCAGGAATTTAGAAAAACA‑TGGG‑GGAAGTTTTAAAGGATTTTATGCTAACTTTTAATTTGCA‑TG‑TAAATGGGCAGTGTTTAAAAAAATAGTCATTgggt < 1:3712836/100‑3 (MQ=255) gCAGGAATTTAGAAAAACA‑C‑GG‑GAAAGTTTTAAAGGATTTTATGCTAATTTTTAATTTGCA‑TG‑TAAATGGACAGTG‑TTACAAAA‑TAGTCATTGTTTTTGc > 1:70742/1‑100 (MQ=255) gCAGGAATTTAGAAAAACA‑C‑GG‑GAAAGTTTTAAAGGATTTTATGCTAATTTTTAATTTGCA‑TG‑TAAATGGACAGTG‑TTACAAAA‑TAGTCATTGTTTTTGc > 1:2361151/1‑100 (MQ=255) cAGGAATTTAGAAAAACA‑TGGG‑GGAAGTTTTAAAGGATTTTATGCTAACTTTTAATTTGCA‑TG‑TAAATGGGCAGTGTTTAAAAAAATAGTCATTGGtttt < 1:112024/100‑1 (MQ=255) cAGGAATTTAGAAAAACA‑TGGG‑GGAAGTTTTAAAGGATTTTAAGCTAACTTTTAATTTGCA‑TG‑TAAATGGGCAGTGTTTAAAAAAATAGTCATTGGtttt < 1:5889750/100‑1 (MQ=255) aGGAATTTAGAAAAACA‑C‑GG‑GAAAGTTTTAAAGGATTTTATGCTAATTTTTAATTTGCA‑TG‑TAAATGGACAGTG‑TTACAAAA‑TAGTCATTGTTTTTGCTg < 1:1402395/100‑1 (MQ=255) gtgttAGAAAAACA‑TGGG‑GGAAGTTTTAAAGGATTTTATGCTAACTTTTAATTTGCA‑TG‑TAAATGGGCAGTGTTTAAAAAAATAGTCATTGGttttattt > 1:5273308/4‑96 (MQ=255) aaaCA‑T‑GGGGGAAGTTTTAAAGGATTTTATGCTAACTTTTAATTTGCA‑TG‑TAAATGGGCAGTGTTTAAAAAAATAGTCATTGGTTTTATTTAAAATtttg > 1:1910627/1‑100 (MQ=255) aacacgggaaaGTTTTAAAGGATTTTATGCTAATTTTTAATTTGCA‑TG‑TAAATTGACAGTG‑TTACAAAA‑TAGTCATTGTTTTTGCTGAAATTtttgtttg > 1:3904576/10‑100 (MQ=255) ccacgggaaaGTTTTAAAGGATTTTATGCTAATTTTTAATTTGCA‑TG‑TAAATGGACAGTG‑TTACAAAA‑TAGTCATTGTTTTTGCTGAAATTTttgtttgt > 1:1200553/9‑100 (MQ=255) acccgggaaaGTTTTAAAGGATTTTATGCTAATTTTTAATTTGCA‑TG‑TAAATGGACAGTG‑TTACAAAA‑TAGTCATTGTTTTTGCTGAAATTTttgtttgt > 1:5161703/9‑100 (MQ=255) cgggaaaGTTTTAAAGGATTTTATGCTAATTTTTAATTTGCA‑TG‑TAAATGGACAGTG‑TTACAAAA‑TAGTCATTGTTTTTGCTGAAATTTTTGTTtgtggg < 1:4447524/95‑3 (MQ=255) tttATGCTAATTTTTAATTTGCA‑TG‑TAAATGGACAGTG‑TTACAAAA‑TAGTCATTGTTTTTGCTGAAATTTTTGTTTGTGAAATTAGCATATatgtatttt < 1:3138321/100‑2 (MQ=255) cTAATTTTTAATTTGCA‑TG‑TAAATGGACAGTG‑TTACAAAA‑TAGTCATTGTTTTTGCTGAAATTTTTGTTTGTGAAATTAGCATATATGTATTTGGCTCat < 1:1320434/100‑1 (MQ=255) aacttttAATTTGCA‑TG‑TAAATGGGCAGTGTTTAAAAAAATAGTCATTGGATTTATTTAAAATTTTGTTTTTGCAAATAGCATATATGTATTTGGCTCat > 1:5299883/4‑100 (MQ=255) aTTTGCATTT‑TAAATGGGCAGTG‑TTAAAAAATTAGTCACTGGTTTTGCTGAAATTTTTGTTTGTGAAATTACCATATATTTATTTGGCTCATATTTGCGt < 1:1916742/100‑1 (MQ=255) aTTTGCATTT‑TAAATGGGCAGTG‑TTAAAAAATTAGTCACTGGTTTTGCTGAAATTTTTGTTTGTGAAATTACCATATATTTATTTGGCTCATATTTGCGt > 1:234257/1‑100 (MQ=255) tttGCA‑TTTTAAATAGGCAGTG‑TTAAAAAATTAGTCACTGGTTTTGCTGAAATTTTTGTTTGTGAAATTGCCATATATTTATTTGGCTCATATTTGCGtt < 1:4403878/100‑1 (MQ=255) ttGCA‑TG‑TAAATGGGCAGTGTTTAAAAAAATAGTCATTGGTTTTATTTAAAATTTTGTTTTTGAAAATAGCATATATGTATTTGGCTCATATTTGCGttt > 1:2790242/1‑100 (MQ=255) ttGCA‑TG‑TAAATGGACAGTG‑TTACAAAA‑TAGTCATTGTTTTTGCTGAAATTTTTGTTTGTGAAATTAGCATATATGTATTTGGCTCATATTTTCGTTTTa > 1:1089256/1‑100 (MQ=255) gttgcattttAAATGGGCAGTG‑TTAAAAAATTAGTCACTGGTTTTGCTGAAATTTTTGTTTGTGAAATTACCATATATTTATTTGGCTCATATTTGCGtt > 1:2555550/10‑100 (MQ=255) ttgcattttAAATGGGCAGTG‑TTAAAAAATTAGTCACTGGTTTTGCTGAAA‑TTTTGTTTGTGAAATTACCATATATTTATTTGGCTCATATTTGCGtttg < 1:569313/92‑2 (MQ=255) ttgcattttAAATGGGCAGTG‑TTAAAAAATTAGTCACTGATTTTGCTGAAATTTTTGTTTGTGAAATTACCATATATTTATTTGGCTCATATTTGCGttt > 1:6071017/9‑100 (MQ=255) tGCA‑TG‑TAAATGGGCAGTGTTTAAAAAAATAGTCATTGGTTTTATTTAAAATTTTGTTTTTGAAAATAGCATATATGTATTTGGCTCATATTTGCGtttt > 1:5506777/1‑100 (MQ=255) tGCA‑TG‑TAAATGGACAGTG‑TTACAAAA‑TAGTCATTGTTTTTGCTGAAATTTTTGTTTGTGAAATTAGCATATATGTATTTGGCTCATATTTTCGTTTTaa > 1:4598084/1‑100 (MQ=255) tgcattttAAATGGGCAGTG‑TTAGAAAATTAGTCACTGGTTTTGCTGAAATTTTTGTTTGTGAAATTACCATATATTTATTTGGCTCATATTTGCGtttt > 1:5363952/8‑100 (MQ=255) gCA‑TG‑TAAATGGGCAGTGTTTAAAAAGATAGTCATTGGTTTTATTTAAAATTTTGTTTTTGAAAATAGCATATATGTATTTGGCTCATATTTGCGTTTTa > 1:4644893/1‑100 (MQ=255) gtgttttAAATGGGCAGTG‑TTAAAAAATTAGTCACTGGTTTTGCTGAAATTTTTGTTTGTGAAATTACCATATATTTATTTGGCTCATATTTGCGTTTTa < 1:3475517/94‑1 (MQ=255) gcattttAAATGGGCAGTG‑TTAAAAAATTAGTCACTGGTTTTGCTGAAATTTTTGTTTGTGAAATTACCATATATTTATTTGGCTCATATTTGCGTTTTa > 1:6050060/7‑100 (MQ=255) gcattttAAATGGGCAGTG‑TTAAAAAATTAGCCACTGGTTTTGCTGAAATTTTTGTTTGTGAAATTACCATATATTTATTTGGCTCATATTTGCGTTTTa > 1:3277223/7‑100 (MQ=255) gtgtgaaaTGGGCAGTG‑TTAAAAAATTAGTCACTGGTTTTGCTGAAATTTTTGTTTGTGAAATTACCATATATTTATTTGGCTCATATTTGCGTTTTAag > 1:2430268/6‑100 (MQ=255) g‑TAAATGGGCAGTGTTTAAAAAAATAGTCATTGGTTTTATTTAAAATTTTGTTTTTGAAAATAGCATATATGTATTTGGCTCATATTTGCGTTTTAagag > 1:3561516/1‑100 (MQ=255) tAAATGGGCAGTG‑TTAAAAAATTAGTCACTGGTTTTGCTGAAATTTTTGTTTGTGAAATTACCATATATTTATTTGGCTCATATTTGCGTTTTAAGAGCt < 1:5835355/100‑1 (MQ=255) tAAATGGGCAGTG‑TTAAAAAATTAGTCACTGGTTTTGCTGAAATTTTTGTTTGTGAAATTACCATATATTTATTTGGCTCATATTTGCGTTTTAAGAGCt > 1:4724165/1‑100 (MQ=255) atctGGGCAGTG‑TTAAAAAATTAGTCACTGGTTTTGCTGAAATTTTTGTTTGTGAAATTACCATATATTTATTTGGCTTATATTTGCGTTTTAAGAGCta < 1:1543543/97‑2 (MQ=255) tctGGGCAGTG‑TTAAAAAATTAGTCACTGGTTTTGCTGAAATTTTTGTTTGTGAAATTACCATATATTTATTTGGCTCATATTTGCGTTTTAAGAGCTTg > 1:884219/3‑100 (MQ=255) ctGGGCAGTGTTTAAAAAAATAGTCATTGGTTTTATTTAAAATTTTGTTTTTGAAAATAGCATATATGTATTTGGCTCATATTTGCGTTTTAAGAGAtta > 1:1910248/2‑99 (MQ=255) tGGGCAGTG‑TTAAAAAATTAGTCACTGGTTTTGCTGAAA‑TTTTGTTTGTGAAATTACCATATATTTATTCGGCTCATATTTGCGTTTTAAGAGCTTGtat < 1:1798132/100‑1 (MQ=255) tGGACAGTG‑TTACAAAA‑TAGTCATTGTTTTTGCTGAAATTTTTGTTTGTGAAATTCGCATATATGTATTTGGCTCATATTTTCGTTTTAAAAGcgtaaga > 1:997240/1‑94 (MQ=255) gggCAGTGTTTAAAAAAATAGTCATTGGTTTTATTTAAAATTTTGTTTTTGAAAATAGCATATATGTATTTGGCTCATATTTGCGTTTTAAGAGAttatg > 1:2267324/1‑97 (MQ=255) gggCAGTG‑TTAAAAAATTAGTCACTGGTTTTGCTGAAATTTTTGTTTGTGAAATTACCATATATTTATTTGGCTCATATTTGCGTTTTAAGAGCTTGtat > 1:4994953/1‑100 (MQ=255) gggCAGTG‑TTAAAAAATTAGTCACTGGTTTTGCTGAAATTTTTGTTTGTGAAATTACCATATATTTATTTGGCTCATATTTGCGTTTTAAGAGCTTGtat < 1:1481097/100‑1 (MQ=255) accctgtg‑tTAAAAAATTAGTCACTGGATTTGCTGAAATTATTGTTTGTGAAATTACCATATATTTATTTGGCTCATATTTGCGTTTTAAGAGATTGtat > 1:2951936/6‑100 (MQ=255) atcAGTG‑TTACAAAA‑TAGTCATTGTTTTTGCTGAAATTTTTGTTTGTGAAATTAGCATATCTGTATTTGGCTCATATTTTCGTTTTAAAAGCGtatataa > 1:3463792/3‑99 (MQ=255) ttgtg‑tTAAAAAATTAGTCACTGGTTTTGCTGAAATTTTTGTTTGTGAAATTACCATATATTTATTTGGCTCATATTTGCGTTTTAAGAGCTTGtataga > 1:5431635/3‑98 (MQ=255) | CGATTTTTGATAAAAAACGCCCTGCAGGAATTTAGAAAAACA‑T‑GT‑GGAAGTTTTAAAGGATTTTATGCTAATTTTTAATTTGCA‑TG‑TAAATGGGCAGTG‑TTAAAAAATTAGTCACTGGTTTTGCTGAAATTTTTGTTTGTGAAATTACCATATATTTATTTGGCTCATATTTGCGTTTTAAGAGCTTGTATATA > NC_007790/1259‑1452 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 16 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |