Predicted mutation
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RA	NC_007793	240,358	T→A	N358K (AAT→AAA)	SAUSA300_RS01070 →	peptide ABC transporter substrate‑binding protein

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*	NC_007793	240,358	0	T	A	100.0%	94.5 / NA	31	N358K (AAT→AAA)	SAUSA300_RS01070	peptide ABC transporter substrate‑binding protein
Reads supporting (aligned to +/- strand):  ref base T (0/0);  new base A (29/2);  total (29/2)

ATGAGGACATCGATCAGTTGCGTAAAGAGAAAGACAAGGACGATAAATCAATCTATGATAAGTTGATTAAAGCTTATAACGTCAATTCGTTAACGACAGATGGTCAAAAAGTAAATAATAAAGACGGTATTTATCAAATTGTTAAAATTACGACAGATCAATCGATGCCTCG  >  NC_007793/240273‑240444                                                                                      |                                                                                       ctGAGGACATCGATCAGTTGCGTAAAGAGAAAGACAAGGACGATAAATCAATCTATGATAAGTTGATTAAAGCTTATAACGTCAAATCGTTAACGACAGa                                                                          >  1:436678/2‑100 (MQ=255)             aTCAGTTGCGTAAAGAGAAAGACAAGGACGATAAATCAATCTATGATAAGTTGATTAAAGCTTATAACGTCAAATCGTTAACGACAGATGGTCAAAAAGt                                                              >  1:1155927/1‑100 (MQ=255)               cAGTTGCGTAAAGAGAAAGACAAGGACGATAAATCAATCTATGATAAGTTGATTAAAGCTTATAACGTCAAATCGTTAACGACAGATGGTCAAAAAGTaa                                                            >  1:2787553/1‑100 (MQ=255)                 gTTGCGTAAAGAGAAAGACAAGGACGATAAATCAATCTATGATAAGTTGATTAAAGCTTATAACGTCAAATCGTTAACGACAGATGGTCAAAAAGTAaat                                                          >  1:2177400/1‑100 (MQ=255)                               aaGACAAGGACGATAAATCAATCTATGATAAGTTGATTAAAGCTTATAACGTCAAATCGTTAACGACAGATGGTCAAAAAGTAAATAATAAAGACGGTac                                            <  1:2596220/100‑2 (MQ=255)                                  tcAAGGACGATAAATCAATCTATGATAAGTTGATTAAAGCTTATAACGTCAAATCGTTAACGACAGATGGTCAAAAAGTAAATAATAAAGatcggaagag                                         >  1:5273505/2‑91 (MQ=255)                                  aCAAGGACGATAAATCAATCTATGATAAGTTGATTAAAGCTTATAACGTCAAATCGTTAACGACAGATGGTCAAAAAGTAAATAATAAAGACGGTATTTa                                         >  1:1226314/1‑100 (MQ=255)                                   taaGGACGATAAATCAATCTATGATAAGTTGATTAAAGCTTATAACGTCAAATCGTTAACGACAGATGGTCAAAAAGTAAATAATAAAGACGGTATTTAt                                        >  1:2729220/2‑100 (MQ=255)                                          caTAAATCAATCTATGATAAGTTGATTAAAGCTTATAACGTCAAATCGTTAACGACAGATGGTCAAAAAGTAAATAATAAAGACGGTATTTATCAAATTg                                 >  1:5701866/2‑100 (MQ=255)                                                       aTGATAAGTTGATTAAAGCTTATAGCGTCAAATCGTTAACGACAGATGGTCAAAAAGTAAATAATAAAGACGGTATTTATCAAATTGTTAAAATTATGAc                    >  1:1299289/1‑100 (MQ=255)                                                       aTGATAAGTTGATTAAAGCTTATAACGTCAAATCGTTAACGGCAGATGGTCAAAAAGTAAATAATAAAGACGGTATTTATCAAATTGTTAAAATTACGAc                    >  1:4093984/1‑100 (MQ=255)                                                       aTGATAAGTTGATTAAAGCTTATAACGTCAAATCGTTAACGACAGATGGTCAAAAAGTAAATAATAAAGACGGTATTTATCAAATTGTTAAAATTATGAc                    >  1:2534863/1‑100 (MQ=255)                                                       aTGATAAGTTGATTAAAGCTTATAACGTCAAATCGTTAACGACAGATGGTCAAAAAGTAAATAATAAAGACGGTATTTATCAAATTGTTAAAATTACgcc                    >  1:1439720/1‑98 (MQ=255)                                                       aTGATAAGTTGATTAAAGCTTATAACGTCAAATCGTTAACGACAGATGGTCAAAAAGTAAATAATAAAGACGGTATTTATCAAATTGTTAAAATTACGAc                    >  1:2036969/1‑100 (MQ=255)                                                       aTGATAAGTTGATTAAAGCTTATAACGTCAAATCGTTAACGACAGATGGTCAAAAAGTAAATAATAAAGACGGTATTTATCAAATTGTTAAAATTACGAc                    >  1:5661688/1‑100 (MQ=255)                                                       aTGATAAGTTGATTAAAGCTTATAACGTCAAATCGTTAACGACAGATGGTCAAAAAGTAAATAATAAAGACGGTATTTATCAAATTGTTAAAATTACGAc                    >  1:5614830/1‑100 (MQ=255)                                                       aTGATAAGTTGATTAAAGCTTATAACGTCAAATCGTTAACGACAGATGGTCAAAAAGTAAATAATAAAGACGGTATTTATCAAATTGTTAAAATTACGAc                    >  1:477548/1‑100 (MQ=255)                                                       aTGATAAGTTGATTAAAGCTTATAACGTCAAATCGTTAACGACAGATGGTCAAAAAGTAAATAATAAAGACGGTATTTATCAAATTGTTAAAATTACGAc                    >  1:1338960/1‑100 (MQ=255)                                                       aTGATAAGTTGATTAAAGCTTATAACGTCAAATCGTTAACGACAGATGGTCAAAAAGTAAATAATAAAGACGGTATTTATCAAATTGTTAAAATTACGAc                    >  1:4351836/1‑100 (MQ=255)                                                       aTGATAAGTTGATTAAAGCTTATAACGTCAAATCGTTAACGACAGATGGTCAAAAAGTAAATAATAAAGACGGTATTTATCAAATTGTTAAAATTACGAc                    >  1:3502078/1‑100 (MQ=255)                                                       aTGATAAGTTGATTAAAGCTTATAACGTCAAATCGTTAACGACAGATGGTCAAAAAGTAAATAATAAAGACGGTATTTATCAAATTGTTAAAATTACGAc                    >  1:3465813/1‑100 (MQ=255)                                                       aTGATAAGTTGATTAAAGCTTATAACGTCAAATCGTTAACGACAGATGGTCAAAAAGTAAATAATAAAGACGGTATTTATCAAATTGTTAAAATTACGAc                    >  1:3202575/1‑100 (MQ=255)                                                       aTGATAAGTTGATTAAAGCTTATAACGTCAAATCGTTAACGACAGATGGTCAAAAAGTAAATAATAAAGACGGTATTTATCAAATTGTTAAAATTACGAc                    >  1:3156371/1‑100 (MQ=255)                                                       aTGATAAGTTGATTAAAGCTTATAACGTCAAATCGTTAACGACAGATGGTCAAAAAGTAAATAATAAAGACGGTATTTATCAAATTGTTAAAATTACGAc                    >  1:2880354/1‑100 (MQ=255)                                                       aTGATAAGTTGATTAAAGCTTATAACGTCAAATCGTTAACGACAGATGGTCAAAAAGTAAATAATAAAGACGGTATTTATCAAATTGTTAAAATTACGAc                    >  1:2030355/1‑100 (MQ=255)                                                       aTGATAAGTTGATTAAAGCTTATAACGTCAAATCGTTAACGACAGATGGTCAAAAAGTAAATAATAAAGACGGTATTTATCAAATTGTTAAAATTACGAc                    >  1:2202764/1‑100 (MQ=255)                                                       aTGATAAGTTGATTAAAGCTTATAACGTCAAATCGTTAACGACAGATGGTCAAAAAGTAAATAATAAAGACGGTATTTATCAAATTGTTAAAATTACAAc                    >  1:2086904/1‑100 (MQ=255)                                                       aTGATAAGTTGATTAAAGCTTATAACGTCAAATCGTTAACGACAGATGGTCAAAAAGTAAATAATAAAGACGGTATTTATCAAATTGTTAAAATCACgcc                    >  1:5093836/1‑98 (MQ=255)                                                         gATAAGTTGATTAAAGCTTATAACGTCAAATCGTTAACGACAGATGGTCAAAAAGTAAATAATAAAGACGGTATTTATCAAATTGTTAAAATTACGACAg                  >  1:2575581/1‑100 (MQ=255)                                                                     aaaGCTTATAACGTCAAATCGTTAACGACAGATGGTCAAAAAGTAAATAATAAAGACGGTATTTATCAAATTGTTAAAATTACGACAGATCAATCGATGc      >  1:2279316/1‑100 (MQ=255)                                                                         cTTATAACGTCAAATCGTTAACGACAGATGGTCAAAAAGTAAATAATAAAGACGGTATTTATCAAATTGTTAAAATTACGACAGATCAATCGATGCCTCg  <  1:339662/100‑1 (MQ=255)                                                                                      |                                                                                       ATGAGGACATCGATCAGTTGCGTAAAGAGAAAGACAAGGACGATAAATCAATCTATGATAAGTTGATTAAAGCTTATAACGTCAATTCGTTAACGACAGATGGTCAAAAAGTAAATAATAAAGACGGTATTTATCAAATTGTTAAAATTACGACAGATCAATCGATGCCTCG  >  NC_007793/240273‑240444

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 28 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑