Predicted mutation
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RA	NC_007793	903,315	C→T	intergenic (+22/‑168)	SAUSA300_RS04430 → / → SAUSA300_RS04435	Fe‑S cluster assembly protein SufB/hypothetical protein

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	seq id	position		ref	new	freq	score (cons/poly)	reads	annotation	genes	product
*	NC_007793	903,315	0	C	T	100.0%	65.7 / NA	22	intergenic (+22/‑168)	SAUSA300_RS04430/SAUSA300_RS04435	Fe‑S cluster assembly protein SufB/hypothetical protein
Reads supporting (aligned to +/- strand):  ref base C (0/0);  new base T (22/0);  total (22/0)

TCCAATGGAATACGCGGTCGAAATGAACCGTTTAATCAAGTTCGAAATGGAAGGTAGTATTGGATAGCTTTAAACCGCGTTGTTAAGCCATTCTTGACTTCCGAAAATGGCTATTGATACCATTTTGATACTGAATAT  >  NC_007793/903227‑903364                                                                                         |                                                  tCCAATGGAATACGCGGTCGAAATGAACCGTTTAATCAAGTTCGAAATGGAAGGTAGTATTGGATAGCTTTAAACCGCGTTGTTAAGCTATTCTTAACtg                                        >  1:3643046/1‑99 (MQ=255)  ccAATGGAATACGCGGTCGAAATGAACCGTTTAATCAAGTTCGAAATGGAAGGTAGTATTGGATAGCTTTAAACCGCGTTGTTAAGCTATTCTTAACtgt                                       >  1:5895512/1‑98 (MQ=255)  ccAATGGAATACGCGGTCGAAATGAACCGTTTAATCAAGTTCGAAATGGAAGGTAGTATTGGATAGCTTTAAACCGCGTTGTTAAGCTATTCTTAACtgt                                       >  1:1634794/1‑98 (MQ=255)  ccAATGGAATACGCGGTCGAAATGAACCGTTTAATCAAGTTCGAAATGGAAGGTAGTATTGGATAGCTTTAAACCGCGTTGTTAAGCTATTCTTAACtgt                                       >  1:1952025/1‑98 (MQ=255)         aaTACGCGGTCGAAATGAACCGTTTAATCAAGTTCGAAATGGAAGGTAGTATTGGATAGCTTTAAACCGCGTTGTTAAGCTATTCTTAACtgtcgacaac                                >  1:5220783/1‑91 (MQ=255)           tACGCGGTCGAAATGAACCGTTTAATCAAGTTCGAAATGGAAGGTAGTATTGGATAGCTTTAAACCGCGTTGTTAAGCTATTCTTAACTGTCGAAAACgg                              >  1:1439434/1‑100 (MQ=255)           tACGCGGTCGAAATGAACCGTTTAATCAAGTTCGAAATGGAAGGTAGTATTGGATAGCTTTAAACCGCGTTGTTAAGCTATTCTTAACTGTCGAAAACgg                              >  1:5041639/1‑100 (MQ=255)           tACGCGGTCGAAATGAACCGTTTAATCAAGTTCGAAATGGAAGGTAGTATTGGATAGCTTTAAACCGCGTTGTTAAGCTATCCTTAACTGTCGAAAACgg                              >  1:4588079/1‑100 (MQ=255)               cgGTCGAAATGAACCGTTTAATCAAGTTCGAAATGGAAGGTAGTATTGGATAGCTTTAAACCGCGTTGTTAAGCTATTCTTAACTGTCGAAAACGGTTAt                          >  1:4975881/1‑100 (MQ=255)                         gAACCGTTTAATCAAGTTCGAAATGGAAGGTAGTATTGGATAGCTTTAAACCGCGTTGTTAAGCTATTCTTAACTGTCGAAAACGGTTATTGATACCAtt                >  1:4082568/1‑100 (MQ=255)                         agaCCGTTTAATCAAGTTCGAAATGGAAGGTAGTATTGGATAGCTTTAAACCGCGTTGTTAAGCTATTCTTAACTGTCGAAAACGGTTATTGATACCAtt                >  1:3174432/3‑100 (MQ=255)                           tgggTTTAATCAAGTTCGAAATGGAAGGTAGTATTGGATAGCTTTAAACCGCGTTGTTAAGCTATTCTTAACTGTCGAAAACGGTTATTGATACCAtttt              >  1:3556371/4‑100 (MQ=255)                                 tAATCAAGTTCGAAATGGAAGGTAGTATTGGATAGCTTTAAACCGCGTTGTTAAGCTATTCTTAACTGTCGAAAACGGTTATTGATACCATTTTGATAcc        >  1:1218264/1‑99 (MQ=255)                                   tgcAAGTTCGAAATGGAAGGTAGTATTGGATAGCTTTAAACCGCGTTGTTAAGCTATTCTTAACTGTCGAAAACGGTTATTGATACCATTTTGATAccat      >  1:1443175/3‑97 (MQ=255)                                   aTCAAGTTCGAAATGGAAGGTAGTATTGGATAGCTTTAAACCGCGTTGTTAAGCTATTCTTAACTGTCGAAAACGGTTATTGATACCATTTTGATAccat      >  1:1724857/1‑97 (MQ=255)                                    acAAGTTCGAAATGGAAGGTAGTATTGGATAGCTTTAAACCGCGTTGTTAAGCTATTCTTAACTGTCGAAAACGGTTATTGATACCATTTTGATAccatt     >  1:399621/2‑96 (MQ=255)                                     cAAGTTCGAAATGGAAGGTAGTATTGGATAGCTTTAAACCGCGTTGTTAAGCTATTCTTAACTGTCGAAAACGGTTATTGATACCATTTTGATAccattt    >  1:3761859/1‑95 (MQ=255)                                     cAAGTTCGAAATGGAAGGTAGTATTGGATAGCTTTAAACCGCGTTGTTAAGCTATTCTTAACTGTCGAAAACGGTTATTGATACCATTTTGATAccattt    >  1:38147/1‑95 (MQ=255)                                     cAAGTTCGAAATGGAAGGTAGTATTGGATAGCTTTAAACCGCGTTGTTAAGCTATTCTTAACTGTCGAAAACGGTTATTGATACCATTTTGATAccattt    >  1:5878064/1‑95 (MQ=255)                                      caGTTCGAAATGGAAGGTAGTATTGGATAGCTTTAAACCGCGTTGTTAAGCTATTCTTAACTGTCGAAAACGGTTATTGATACCATTTTGATAccattta   >  1:1486312/2‑94 (MQ=255)                                       aGTTCGAAATGGAAGGTAGTATTGGATAGCTTTAAACCGCGTTGTTAAGCTATTCTTAACTGTCGAAAACGGTTATTGATACCATTTTGATAccatttac  >  1:1585063/1‑93 (MQ=255)                                       aGTTCGAAATGGAAGGTAGTATTGGATAGCTTTAAACCGCGTTGTTAAGCTATTCTTAACTGTCGAAAACGGTTATTGATACCATTTTGATAccatttac  >  1:5115941/1‑93 (MQ=255)                                                                                         |                                                  TCCAATGGAATACGCGGTCGAAATGAACCGTTTAATCAAGTTCGAAATGGAAGGTAGTATTGGATAGCTTTAAACCGCGTTGTTAAGCCATTCTTGACTTCCGAAAATGGCTATTGATACCATTTTGATACTGAATAT  >  NC_007793/903227‑903364

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 26 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑