| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | 1 | 539,681 | 0 | T | A | 40.2% | 154.3 / 51.5 | 97 | intergenic (‑65515/‑11012) | unknown/unknown | tRNA‑SeC(p)‑TCA/SSU rRNA ## 16S rRNA, small subunit ribosomal RNA |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (48/10); new base A (0/39); total (48/49) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.93e-18 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
ACTCTTACCAATTTCGTTTAAAAATTATCAAGCCGGTCACCGAGCAGGATTTCGGTATATGAGCGGTAGCTAAATTTCATCAGATTTCTCGTTCTCAAGTCATTTATTGGAAAAGCC‑TTTCGTGAAAGAGGGCTTGATGGCGTAAAATCGCCTTATACAAACCTAAAA‑CCTCC‑AAAATTCTGAAA‑CCCC‑AAATG‑AAAAGAA‑CGCAGATTGAAGTGGCTGAAAC‑AA‑GTGACTTTT‑CACCACAAGCCTTT‑AAAAAA‑CT‑GAAAC‑GGGAAACCGCCATAACTTAGCCCCATTGGGTTTAACCAACAGATAAAGCCCTTTGCCATCGGATAGGGTAAATTCCTTTTCCTGCGGCTTGGCTTTGTCTATTTTCGTGCTGTTTAGCGGTGTGATTGTGCGTGCCATATCGCTTAGTTCTGAGAGTTGAAAATTATTCTGAATAACTCTGACGGCAATTCAGACTTTTAAAAAATCAGGTATAGCTAAAA > 1/539434‑539915 | actcttacCAATTTCGTTTAAAAATTATCAAGCCGGTCACCGAGCAGGATTTCGGTATATGAGCGGTAGCTAAATTTCATCAGATTTCTCGTTCTCAAGTCATTTATTGGAAAAGCC‑TTTCGTGAAAGAGGGCTTGATGGCGTAAAATCGCCTTATACAAACCTAAAA‑CCTCC‑AAAATTCTGAAA‑CCCC‑AAATG‑AAAAGAA‑CGCAGATTGAAGTGGCTGAAAC‑AA‑GTGACTTTT‑CACCACAAGCCTTT‑aaa > 1:116231/1‑251 (MQ=255)actcttacCAATTTCGTTTAAAAATTATCAAGCCGGTCACCGAGCAGGATTTCGGTATATGAGCGGTAGCTAAATTTCATCAGATTTCACGTTCTCAAGTCATTTATTGGAAAAGCC‑TTTCGTGAAAGAGGGCTTGATGGCGTAAAATCGCCTTATACAAACCTAAAA‑CCTCC‑AAAATTCTGAAA‑CCCC‑AAATG‑AAAAGAA‑CGCAGATTGAAGTGGCTGAAAC‑AA‑GTGACTTTT‑CACCACAAGCCTTT‑aaa > 1:437875/1‑251 (MQ=255) tcttacCAATTTCGTTTAAAAATTATCAAGCCGGTCACCGAGCAGGATTTCGGTATATGAGCGGTAGCTAAATTTCATCAGATTTCTCGTTCTCAAGTCATTTATTGGAAAAGCC‑TTTCGTGAAAGAGGGCTTGATGGCGTAAAATCGCCTTATACAAACCTAAAA‑CCTCC‑AAAATTCTGAAA‑CCCC‑AAATG‑AAAAGAA‑CGCAGATTGAAGTGGCTGAAAC‑AA‑GTGACTTTT‑CACCACAAGCCTTT‑aaaaa < 1:85498/251‑1 (MQ=255) tacCAATTTCGTTTAAAAATTATCAAGCCGGTCACCGAGCAGGATTTCGGTATATGAGCGGTAGCTAAATTTCATCAGATTTCTCGTTCTCAAGTCATTTATTGGAAAAGCC‑TTTCGTGAAAGAGGGCTTGATGGCGTAAAATCGCCTTATACAAACCTAAAA‑CCTCC‑AAAATTCTGAAA‑CCCC‑AAATG‑AAAAGAA‑CGCAGATTGAAGTGGCTGAAAC‑AA‑GTGACTTTT‑CACCACAAGCCTTT‑aaaaaa > 1:582623/1‑249 (MQ=255) tacCAATTTCGTTTAAAAATTATCAAGCCGGTCACCGAGCAGGATTTCGGTATATGAGCGGTAGCTAAATTTCATCAGATTTCTCGTTCTCAAGTCATTTATTGGAAAAGCC‑TTTCGTGAAAGAGGGCTTGATGGCGTAAAATCGCCTTATACAAACCTAAAA‑CCTCC‑AAAATTCTGAAA‑CCCC‑AAATG‑AAAAGAA‑CGCAGATTGAAGTGGCTGAAAC‑AA‑GTGACTTTT‑CACCACAAGCCTTT‑aaaaaa > 1:723549/1‑249 (MQ=255) tacCAATTTCGTTTAAAAATTATCAAGCCGGTCACCGAGCAGGATTTCGGTATATGAGCGGTAGCTAAATTTCATCAGATTTCTCGTTCTCAAGTCATTTATTGGAAAAGCC‑TTTCGTGAAAGAGGGCTTGATGGCGTAAAATCGCCTTATACAAACCTAAAA‑CCTCC‑AAAATTCTGAAA‑CCCC‑AAATG‑AAAAGAA‑CGCAGATTGAAGTGGCTGAAAC‑AA‑GTGACTTTT‑CACCACAAGCCTTT‑aaaaaa > 1:679936/1‑249 (MQ=255) aaaaaTTATCAAGCCGGTCACCGAGCAGGATTTCGGTATATGAGCGGTAGCTAAATTTCATCAGATTTCTCGTTCTCAAGTCATTTATTGGAAAAGCC‑TTTCGTGAAAGAGGGCTTGATGGCGTAAAATCGCCTTATACAAACCTAAAA‑CCTCC‑AAAATTCTGAAA‑CCCC‑AAATG‑AAAAGAA‑CGCAGATTGAAGTGGCTGAAAC‑AA‑GTGACTTTT‑CACCACAAGCCTTT‑AAAAAA‑CT‑GAAAC‑GGGAAACCg < 1:632998/251‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |