| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | 1 | 1,714,036 | 0 | A | C | 39.7% | 148.1 / 12.5 | 73 | intergenic (‑4626/‑45316) | unknown/unknown | tRNA‑Arg‑CCG/tRNA‑Asn‑GTT |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (36/8); new base C (0/29); total (36/37) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.47e-13 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
TGATAATGTTTTACCAACAATTCGCTTAGTAACGAAATGGAATGCAACGCCTGAAAAAAGCGCTTCATCATGGCTTCCACGCCTTGATTGCCTTCCCCCTGGAAA‑CCC‑AACAATTCGCTGACTTTCAGTTGGCGATCAAACAACAGGCGGTTGTCATAACGCTTTAAAATTAAGTGCAAAGCGTACCGCACTTT‑AAACAGAAATT‑GCTGGCTTTTTAGTAACAAGGCGTGTTCTGCCGGATGAATAAA‑CCCCGCCTGTAAAATTTCCTGTAAATTTTTAGCCCCGTTATGGCGCAACGCGATCCAATACAACAAATGCAAATCGCGCAACCCGCCCGGACTGTATTTGATGTCCGGCTCAAGATTGTATGAGGTGTTGTTATAACGTTGATAACGTTCGATTTTCTCCTGAATTTTTGCCTGACAGAAATCCGTTTTCGACCAAAAATCCGATTGTTGCACCAAATTCACCAGCGCTTTAAACACATTACGGTTGC > 1/1713789‑1714284 | tGATAATGTTTTACCAACAATTCGCTTAGTAACGAAATGGAATGCAACGCCTGAAAAAAGCGCTTCATCATGGCTTCCACGCCTTGATTGCCTTCCCCCTGGAAA‑CCC‑AACAATTCGCTGACTTTCAGTTGGCGATCAAACAACAGGCGGTTGTCATAACGCTTTAAAATTAAGTGCAAAGCGTACCGCACTTT‑AAACAGAAATT‑GCTGGCTTTTTAGTAACAAGGCGTGTTCTGCCGGATGAATAAA‑ccc < 1:831769/251‑1 (MQ=255) tttACCAACAATTCGCTTAGTAACGAAATGGAATGCAACGCCTGAAAAAAGCGCTTCATCATGGCTTCCACGCCTTGATTGCCTTCCCCCTGGAAA‑CCC‑AACAATTCGCTGACTTTCAGTTGGCGATCAAACAACAGGCGGTTGTCATAACGCTTTAAAATTAAGTGCAAAGCGTACCGCACTTT‑AAACAGAAATT‑GCTGGCTTTTTAGTAACAAGGCGTGTTCTGCCGGATGAATAAA‑CCCCGCCTGTaa > 1:669592/1‑251 (MQ=255) aacaaTTCGCTTAGTAACGAAATGGAATGCAACGCCTGAAAAAAGCGCTTCATCATGGCTTCCACGCCTTGATTGCCTTCCCCCTGGAAA‑CCC‑AACAATTCGCTGACTTTCAGTTGGCGATCAAACAACAGGCGGTTGTCATAACGCTTTAAAATTAAGTGCAAAGCGTACCGCACTTT‑AAACAGAAATT‑GCTGGCTTTTTAGTAACAAGGCGTGTTCTGCCGGATGAATAAA‑CCCCGCCTGTAAAAttt > 1:197947/1‑250 (MQ=255) caaTTCGCTTAGTAACGAAATGGAATGCAACGCCTGAAAAAAGCGCTTCATCATGGCTTCCACGCCTTGATTGCCTTCCCCCTGGAAA‑CCC‑AACAATTCGCTGACTTTCAGTTGGCGATCAAACAACAGGCGGTTGTCATAACGCTTTAAAATTAAGTGCAAAGCGTACCGCACTTT‑AAACAGAAATT‑GCTGGCTTTTTAGTAACAAGGCGTGTTCTGCCGGATGAATAAA‑CCCCGCCTGTAAAATTTc > 1:40755/1‑249 (MQ=255) 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aCGAAATGGAATGCAACGCCTGAAAAAAGCGCTTCATCATGGCTTCCACGCCTTGATTGCCTTCCCCCTGGAAA‑CCC‑AACAATTCGCTGACTTTCAGTTGGCGATCAAACAACAGGCGGTTGTCATAACGCTTTAAAATTAAGTGCAAAGCGTACCGCACTTT‑AAACAGAAATT‑GCTGGCTTTTTAGTAACAAGGCGTGTTCTGCCGGATGAATAAA‑CCCCGCCTGTAAAATTTCCTGTAAATTTTTAGc > 1:355550/1‑250 (MQ=255) gAAATGGAATGCAACGCCTGAAAAAAGCGCTTCATCATGGCTTCCACGCCTTGATTGCCTTCCCCCTGGAAA‑CCC‑AACAATTCGCTGACTTTCAGTTGGCGATCAAACAACAGGCGGTTGTCATAACGCTTTAAAATTAAGTGCAAAGCGTACCGCACTTT‑AAACAGAAATT‑GCTGGCTTTTTAGTAACAAGGCGTGTTCTGCCGGATGAATAAA‑CCCCGCCTGTAAAATTTCCTGTAAATTTTTAGccc > 1:718476/1‑250 (MQ=255) aTGGAATGCAACGCCTGAAAAAAGCGCTTCATCATGGCTTCCACGCCTTGATTGCCTTCCCCCTGGAAA‑CCC‑AACAATTCGCTGACTTTCAGTTGGCGATCAAACAACAGGCGGTTGTCATAACGCTTTAAAATTAAGTGCAAAGCGTACCGCACTTT‑AAACAGAAATT‑GCTGGCTTTTTAGTAACAAGGCGTGTTCTGCCGGATGAATAAA‑CCCCGCCTGTAAAATTTCCTGTAAATTTTTAGCCCCGtt > 1:679338/1‑251 (MQ=255) 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gCTTCCACGCCTTGATTGCCTTCCCCCTGGAAA‑CCC‑AACAATTCGCTGCCTTTCAGTGGGCGATCAAACAACGGGGGGTTGTCATAACGCTTAAAAATAAAGTGCAAAGCGTACGGCACTTA‑AAACAGAATTT‑GCTGGTTTTTTAGAAACAAGGCTTGTGCGGCGGGATGAAAAAA‑CCCCGCCTGTAAAATTTCCTGTAAATTTTTAGCCCCGTTATGGCGCAACGCGATCCAATACAACAAATGCAAAt < 1:762677/250‑1 (MQ=255) cTTCCACGCCTTGATTGCCTTCCCCCTGGAAA‑CCC‑AACAATTCGCTGACTTTCAGTTGGCGATCAAACAACAGGCGGTTGTCATAACGCTTTAAAATTAAGTGCAAAGCGTACCGCACTTT‑AAACAGAAATT‑GCTGGCTTTTTAGTAACAAGGCGTGTTCTGCCGGATGAATAAA‑CCCCGCCTGTAAAATTTCCTGTAAATTTTTAGCCCCGTTATGGCGCAACGCGATCCAATACAACAAATGCAAATcg > 1:775069/1‑251 (MQ=255) cTTCCACGCCTTGATTGCCTTCCCCCTGGAAA‑CCC‑AACAATTCGCTGACTTTCAGTTGGCGATCAAACAACAGGCGGTTGTCATAACGCTTTAAAATTAAGTGCAAAGCGTACCGCACTTT‑AAACAGAAATT‑GCTGGCTTTTTAGTAACAAGGCGTGTTCTGCCGGATGAATAAA‑CCCCGCCTGTAAAATTTCCTGTAAATTTTTAGCCCCGTTATGGCGCAACGCGATCCAATACAACAAATGCAAATcg > 1:789072/1‑251 (MQ=255) 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aaacccc‑AACAATTCGCTGCCTTTCAGTTGGCGATCAAACAACAGGCGGTTGTCATAACGTTTTAAAATTAAGTACAAAGCGTCCCGCACTTA‑AAACAGAAATT‑GCTGGTTTTTTAGTAACAAGGCGTGTTCTGCCGGATGAATAAC‑CCCCGCCTGTAAAATTTCCTGTAAATTTTTAGCCCCGTTATGGCGCAACGCGATCCAATACAACAAATGCAAATCGCGCAACCCGCCCGGACTGTATTTGATg < 1:782118/246‑1 (MQ=255) aacaaTTCGCTGTTTTTCAGTGGGAGACCAAACAACAGGGGTTTTTCATAACGTTTTAAATTAAAGTGAAATGCTTCCCGC‑CTTTAAAACAAAATTT‑GCTGGTTTTTTAGTAAAAGGGGGTGTTCTGCCGGATAAATAAC‑CCCCGCCTGTAAAATTTCCTGTAAATTTTTAGCCCCGTTATGGCGCAACGCGATCCAATACAACAAATGCAAATCGCGCAACCCGCCCGGACTGTATTTGATGTCCGGCTc < 1:146768/251‑1 (MQ=255) ttCGCTGTCTTTCAGTTGGCGATCAAACAACGGGCGGTTGTCATAACGATTTAAAATTAAGTGCAAAGCGTCCCGCACTTT‑AAACAGAAATT‑GCTGGCTTTTTAGAAACAAGGCGTGTTCTGCCGGAGAAATAAC‑CCCCGCCTGTAAAATTTCCTGTAAATTTTTAGCCCCGTTATGGCGCAACGCGATCCAATACAACAAATGCAAATCGCGCAACCCGCCCGGACTGTATTTGATGTCCGGCTCAAGAt < 1:437361/251‑1 (MQ=255) 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TGATAATGTTTTACCAACAATTCGCTTAGTAACGAAATGGAATGCAACGCCTGAAAAAAGCGCTTCATCATGGCTTCCACGCCTTGATTGCCTTCCCCCTGGAAA‑CCC‑AACAATTCGCTGACTTTCAGTTGGCGATCAAACAACAGGCGGTTGTCATAACGCTTTAAAATTAAGTGCAAAGCGTACCGCACTTT‑AAACAGAAATT‑GCTGGCTTTTTAGTAACAAGGCGTGTTCTGCCGGATGAATAAA‑CCCCGCCTGTAAAATTTCCTGTAAATTTTTAGCCCCGTTATGGCGCAACGCGATCCAATACAACAAATGCAAATCGCGCAACCCGCCCGGACTGTATTTGATGTCCGGCTCAAGATTGTATGAGGTGTTGTTATAACGTTGATAACGTTCGATTTTCTCCTGAATTTTTGCCTGACAGAAATCCGTTTTCGACCAAAAATCCGATTGTTGCACCAAATTCACCAGCGCTTTAAACACATTACGGTTGC > 1/1713789‑1714284 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |