| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | 1 | 1,226,987 | 0 | A | C | 40.3% | 103.8 / 13.9 | 72 | V449G (GTG→GGG) | unknown | Anthranilate synthase, aminase component (EC 4.1.3.27) |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (23/20); new base C (4/25); total (27/45) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.04e-03 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
AATCAAAGTTATCTAAAAATAAAATGGTTGCCATGAGTTAACTCCTATTGATTCGCTTTGTTGTTGGTTTGTACGATGGCGTTAATTACCGCGCGGGCTTTGTGGCGGGTTTCGTCGGCTTCCATTTGCAGGTCGGAATCCAACACCGTGCCACAGCCGGCTTGTACGTGGGCAATGCCGTTTTGCACGAAAGCGGAACGAATCACGATAC‑AGGTGTCAAAATTGCCGTCGGATTGCAGATA‑CCCCACCGCACCGCCGTAACTGTGGCGTTTTTCCTGTTCAAATTGATAAATCAGCTGCATGGCTTTAATTTTCGGCGAGCCGGTTAGTGTGCCCATGTTCATACAGGCTTGATAAGCGTGCAACGCATCCAGTTCAGGACGGAGTTTACCCACTACGCGGGAAACCAAATGCATAATGTGCGAATAGCGATCTACCTGCATCAAATCCTTCACATGACGGGTTTTGCTTTCACATACGCGGGCGATGTCGTTA > 1/1226741‑1227235 | aaTCAAAGTTATCTAAAAATAAAATGGTTGCCATGAGTTAACTCCTATTGATTCGCTTTGTTGTTGGTTTGTACGATGGCGTTAATTACCGCGCGGGCTTTGTGGCGGGTTTCGTCGGCTTCCATTTGCAGGTCGGAATCCAACACCGTGCCACAGCCGGCTTGTACGTGGGCAATGCCGTTTTGCACGAAAGCGGAACGAATCACGATAC‑AGGTGTCAAAATTGCCGTCGGATTGCAGATA‑CCCcaccgc < 1:382857/251‑1 (MQ=255) tCAAAGTTATCTAAAAATAAAATGGTTGCCATGAGTTAACTCCTATTGATTCGCTTTGTTGTTGGTTTGTACGATGGCGTTAATTACCGCGCGGGCTTTGTGGCGGGTTTCGTCGGCTTCCATTTGCAGGTCGGAATCCAACACCGTGCCACAGCCGGCTTGTACGTGGGCAATGCCGTTTTGCACGAAAGCGGAACGAATCACGATAC‑AGGTGTCAAAATTGCCGTCGGATTGCAGATA‑CCCcaccgcac < 1:406162/251‑1 (MQ=255) tCAAAGTTATCTAAAAATAAAATGGTTGCCATGAGTTAACTCCTATTGATTCGCTTTGTTGTTGGTTTGTACGATGGCGTTAATTACCGCGCGGGCTTTGTGGCGGGTTTCGTCGGCTTCCATTTGCAGGTCGGAATCCAACACCGTGCCACAGCCGGCTTGTACGTGGGCAATGCCGTTTTGCACGAAAGCGGAACGAATCACGATAC‑AGGTGTCAAAATTGCCGTCGGATTGCAGATA‑CCCcaccgcac < 1:514896/251‑1 (MQ=255) ttCGCTTTGTTGTTGTTTTTTACGTTGGCATTAATTACCGCGCGGGCTTGGTGGCGGGTTTCGTCGGCTTCCATTTGCAGGTCGGAATCCAACCCCGGGCCACAGCCGGCTTGTCCGGGGGAAATGCCGTTTTGCACGAAAGCGGAACGAATCACGATAC‑AGGTTTCAAAATTGCCGTCGGATTGCAGATA‑CCCCCCCGCACCGCCGTAACTGTGGCGTTTTTCCTGTTCAAATTGATAAATCAGCTGCAt < 1:554676/251‑1 (MQ=255) gttgttgGTTTGTACGATGGCGTTAATTACCGCGCGGGCTTTGTGGCGGGGTTTGTCGGCTTTCCTTTTCAGGGGGGGATCCAACAACCCGCCCCAGCCCGCCTGTTTGTTGGGAAAGCCGTTTTTCACGAAAACGGAAAGAAAAACCAAACAAGGGGTGAAAATT‑CCGTCGGGTTGCAGATA‑CCCCCCCCCACCCCCGCAAACGTGGCGGTTTTTCTGTTTAAAATTATAAAACAACTGccagggtttat > 1:305070/1‑241 (MQ=255) tgGTTTGTACGATGGCGTTAATTACCGCGCGGGCTTTGTGGCGGGTTTTGTCGGCTTCCCTTTTCCTGGCGGGATCCAACACCCTGCCCCAACCGGCTTGTACGTGGGCCATGCCGTTTTTCACGAAAACGGGAAGAAACACGAAAC‑AGGGGTCAAAAATTCCGTCGGGTTTCCGATA‑CCCCCCCCCCCCCCCCCCACTGTGGGGGTTTTTCTTTTTAAATTTATAAAACAGCCGCATGGGTTTTAttttt > 1:122606/1‑250 (MQ=255) gTTTGTACGAGGGCGTTAATTCCCGCGCGGGTTTTGTGGCGGGTTTCGTCGGCTTCCATTTGCAGGTCGGAATCCAACACCGTGCCACAGCCGGCTTGTACGTGGGAAATGCCGTTTTGCACGAAAGCGGAACGAATCACGATAC‑GGGTGTCAAAATTGCCGTCGGATTGCAGATC‑CCCCCCCGCACCGCCGTAACTGTGGCGTTTTTcc < 1:650874/210‑1 (MQ=255) gTTAATTACCGCGCGGGCTTTGTGGCGGGTTTTTTCGGCTTCCCTTTTCAGGGCGGGATCCAACACCCTGCCACAACCGGCTTGTACGTGGGGGATGCCGGTTTTCACGAAAACGGGACGAATCACGATAA‑AGGGGTCAAAAATTCCGTCGGGTTGCAGATACCCCCCCCCCCCCCCCCCAAC‑GTGGCGGTTTTTCTGTTTAAATTGATAAAACAGCTGCATGGCTTTAATTTTTTGCGGGCCGGTTAgtg > 1:124481/1‑251 (MQ=255) ttAATTCCCGCGCGGGCTTTGTGGCGGGTTTCGTCGGCTTCCATTTGCAGGTCGGAATCCAACACCGTGCCACAGCCGGCTTGTACGTGGGCAATGCCGTTTTGCACGAAAGCGGAACGAATCACGATAC‑AGGTGTCAAAATTGCCGTCGGATTGCAGATA‑CCCCCCCGCACCGCCGTAACTGTGGCGTTTTTCCTGTTCAAATTGATAAATCAGCTGCATGGCTTTAATTTTCGGCGAGCCGGTTAgtg < 1:191703/250‑1 (MQ=255) tAATTACCGCGCGGGCTTTGTGGCGGGTTTTTTCGGCTTCCCTTTTCAGGGCGGGAACCCACACCGTGCCACAGCCGGCTTGTACGTGGGGGATGCCGGTTTTCACGAAAGCGGGACGAAACACGATAC‑AGGGGGCAAAAATGCCGTCGGGGTGCAGATA‑ACCCCCCGCCCCGCCCTAACTGTGGGGGTTTTTCTGTTTAAATTGATAAAAAAGCTGCATGGGTTTTAttttttgcggggcgggttgtggg > 1:8615/1‑232 (MQ=255) tACCGCGCGGGCTTGGGGGCGGGTTTCGTCGGCTTCCATTTGCAGGTCGGAATCCAACACCGTGCCACAGCCGGCTTGTACGTGGGCAATGCCGTTTTGCACGAAAGCGGAACGAATCACGATAC‑AGGTGTCAAAATTGCCGTCGGATTGCAGATC‑CCCCCCCGCACCGCCGTAACTGTGGCGTTTTTCCTGTTCAAATTGATAAATCAGCTGCATGGCTTTAATTTTCGGCGAGCCGGTTAGTGTGCCCa < 1:40304/251‑1 (MQ=255) ccGCGCGGGCTTGGTGGGGGGTTTCGTCGGCTTCCATTTGCAGGTCGGAATCCAACACCGTGCCACAGCCGGCTTGTACGTGGGCAATGCCGTTTTGCACGAAAGCGGAACGAATCACGATAC‑AGGTGTCAAAATTGCCGTCGGATTGCAGATC‑CCCCACCGCACCGCCGTAACTGTGGCGTTTTTCCTGTTCAAATTGATAAATCAGCTGCATGGCTTTAATTTTCGGCGAGCCGGTTAGTGTGCCCATg < 1:468153/251‑1 (MQ=255) ggCTTTGTGGCGGTTTCCGTCGGCTTCCTTTTGCAGGTCGGAATCCAACACCGTGCCACAGCCGGCTTGTACGTGGGCAATGCCGTTTTGCACGAAAGCGGAACGAATCACGATAC‑AGGTGTAAAAATTGCCGTCGGATTGCAGATA‑CCCCACCGCACCGCCGTAACTGTGGCGTTTTTCCTGTTCAAATTGATAAATCAGCTGCATGGCTTTAAtt < 1:629128/217‑1 (MQ=255) 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gCTTGGTGGCGGGTTTCGTCGGCTTCCTTTTGCGGTTCGGAATCCAACCCCGTGCCACAGCCGGCTTGTACGTGGGCAATGCCGTTTTGCACGAAAGCGGAACGAATCACAATCC‑AGGGGTCAAAATTGCCGTCGGATTGCAGATC‑CCCCACCGCACCGCCGTAACTGTGGCGTTTTTCCTGTTCAAATTGATAAATCAGCTGCATGGCTTTAATTTTCGGCGAGCCGGTTAGTGTGCCCATGTTCAttc < 1:352779/250‑3 (MQ=255) ttGTGGCGGGTTTCGTCGGCTTCCATTTGCAGGTCGGAATCCAACACCGTGCCACAGCCGGCTTGTACGTGGGCAATGCCGTTTTGCACGAAAGCGGAACGAATCACGATAC‑AGGTGTCAAAATTGCCGTCGGATTGCAGATA‑CCCCCCCGCACCGCCGTAACTGTGGCGTTTTTCCTGTTCAAATTGATAAATCAGCTGCATGGCTTTAATTTTCGGCGAGCCGGTTAGTGTGCCCATGTTCATACAGGc < 1:279910/251‑1 (MQ=255) tggggCGGGTTTCGTCGGCTTCATTTTGCAGGTCGCAATCCAACTCCGGACCACAGCCGGCTTGTACGTGGGCAATGCCTTTTTGCACGAAGGCGGAACGTATCGCGATCC‑TGGTGTCAACATTCCCGTCGGATTGCAGATC‑CCCCCCCGCACCGCCGTAACTGTGGCGTTTTTCCTGTTCAAATTGATAAATCAGCTGCATGGCTTTAATTTTCGGCGAGCCGGTTAGTGTGCCCATGTTCATACAGGCt < 1:307325/248‑1 (MQ=255) gggTTTCGTCGGCTTCCATTTGCAGGTCGGAATCCAACCCCGTGCCACAGCCGGCTTGTACGTGGGCAATGCCTTTTTGCACGAAAGCGGAACGAATCACGATAC‑AGGTGTCAAAATTGCCGTCGGATTGCAGATC‑CCCCACCGCACCGCCGTAACTGTGGCGTTTTTCCTGTTCAAATTGATAAATCAGCTGCATGGCTTTAATTTTCGGCGAGCCGGTTAGTGTGCCCATGTTCATACAGGCTTGATa < 1:500077/250‑1 (MQ=255) gggTTTCGTCGGCTTCCATTTGCAGGTCGGAATCCAACCCCGTGCCACAGCCGGCTTGTACGTGGGCAATGCCGTTTTGCACGAAAGCGGAACGAATCACGATAC‑AGGTGTCAAAATTGCCGTCGGATTGCAGATC‑CCCCACCGCACCGCCGTAACTGTGGCGTTTTTCCTGTTCAAATTGATAAATCAGCTGCATGGCTTTAATTTTCGGCGAGCCGGTTAGTGTGCCCATGTTCATACAGGCTTGATa < 1:529215/250‑1 (MQ=255) gTTTCGTCGGCTTCCATTTGCAGGTCGGAATCCACCACCGTGCCACAGCCGGCTTGTACGTGGGCAATGCCGTTTTGCACGAAGGCGGAACGAATCACGATAC‑AGGTGTCAAAATTGCCGTCGGATTGCAGATC‑CCCCACCGCACCGCCGTAACTGTGGCGTTTTTCCTGTTCAAATTGATAAATCAGCTGCATGGCTTTAATTTTCGGCGAGCCGGTTAGTGTGCCCATGTTCATACAGGCTTGATAAg < 1:168627/250‑1 (MQ=255) gTTTCGTCGGCTTCCATTTGCAGGTCGGAATCCAACACCGTGCCACAGCCGGCTTGTACGTGGGCAATGCCGTTTTGCACGAAAGCGGAACGAATCACGATAC‑AGGTGTCAAAATTGCCGTCGGATTGCAGATA‑CCCCACCGCACCGCCGTAACTGTGGCGTTTTTCCTGTTCAAATTGATAAATCAGCTGCATGGCTTTAATTTTCGGCGAGCCGGTTAGTGTGCCCATGTTCATACAGGCTTGATAAg < 1:422784/250‑1 (MQ=255) ttCGTCGGCTTCCATTTGCAGGTCGGAATCCAACACCGTGCCACAGCCGGCTTGTACGTGGGCAATGCCGTTTTGCACGAAAGCGGAACGAATCACGATAC‑AGGTGTCAAAATTGCCGTCGGATTGCAGATA‑CCCCACCGCACCGCCGTAACTGTGGCGTTTTTCCTGTTCAAATTGATAAATCAGCTGCATGGCTTTAATTTTCGGCGAGCCGGTTAGTGTGCCCATGTTCATACAGGCTTGATAAGCGt > 1:269508/1‑251 (MQ=255) ggTCGGAATCCAACCCCGTGCCACAGCCGGCTTGTACGTGGGCAATGCCGTTTTGCACGAAAGCGGAACGAATCACGATAC‑AGGTGTCAAAATTGCCGTCGGATTGCAGATC‑CCCCACCGCACCGCCGTAACTGTGGCGTTTTTCCTGTTCAAATTGATAAATCAGCTGCATGGCTTTAATTTTCGGCGAGCCGGTTAGTGTGCCCATGTTCATACAGGCTTGATAAGCGTGCaa < 1:311084/235‑1 (MQ=255) 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aTCCAACCCCGTGCCACAGCCGGCTTGTACGTGGGCAATGCCGTTTTGCACGAAAGCGGAACGAATCACGATAC‑AGGTGTCAAAATTGCCGTCGGATTGCAGATA‑CCCCACCGCACCGCCGTAACTGTGGCGTTTTTCCTGTTCAAATTGATAAATCAGCTGCATGGCTTTAATTTTCGGCGAGCCGGTTAGTGTGCCCATGTTCATACAGGc < 1:110052/213‑1 (MQ=255) aTCCAACACCGTGCCACAGCCGGCTTGTACGTGGGCAATGCCGTTTTGCACGAAAGCGGAACGAATCACGATAC‑AGGTGTCAAAATTGCCGTCGGATTGCAGATC‑CCCCCCCGCACCGCCGTAACTGTGGCGTTTTTCCTGTTCAAATTGATAAATCAGCTGCATGGCTTTAATTTTCGGCGAGCCGGTTAGTGTGCCCATGTTCATAc < 1:38839/209‑1 (MQ=255) aTCCAACACCGTGCCACAGCCGGCTTGTACGTGGGCAATGCCGTTTTGCACGAAAGCGGAACGAATCACGATAC‑AGGTGTCAAAATTGCCGTCGGATTGCAGATA‑CCCCACCGCACCGCCGTAACTGTGGCGTTTTTCCTGTTCAAATTGATAAATCAGCTGCATGGCTTTAATTTTCGGCGAGCCGGTTAGTGTGCCCATGTTCATACAGGCTTGATAAGCGTGCAACGCATCCAGt > 1:551241/1‑238 (MQ=255) aTCCAACACCGTGCCACAGCCGGCTTGTACGTGGGCAATGCCGTTTTGCACGAAAGCGGAACGAATCACGATAC‑AGGTGTCAAAATTGCCGTCGGATTGCAGATA‑CCCCACCGCACCGCCGTAACTGTGGCGTTTTTCCTGTTCAAATTGATAAATCAGCTGCATGGCTTTAATTTTCGGCGAGCCGGTTAGTGTGCCCATGTTCATACAGGCTTGATAAGCGTGCAACGCATCCAGTTCAGGACGGAGtt > 1:24282/1‑251 (MQ=255) aTCCAACACCGTGCCACAGCCGGCTTGTACGTGGGCAATGCCGTTTTGCACGAAAGCGGAACGAATCACGATAC‑AGGTGTCAAAATTGCCGTCGGATTGCAGATA‑CCCCACCGCACCGCCGTAACTGTGGCGTTTTTCCTGTTCAAATTGATAAATCAGCTGCATGGCTTTAATTTTCGGCGAGCCGGTTAGTGTGCCCATGTTCATACAGGCTTGATAAGCGTGCAACGCATCCAGTTCAGGACGGAGtt > 1:429122/1‑251 (MQ=255) acacCGTGCCACAGCGGGCTTGTACGTGGGCAATGCCGTTTTGCACGAAAGCGGAACGAATCACGATAC‑AGGTGTCAAAATTGCCGTCGGATTGCAGATC‑CCCCACCGCACCGCCGTAACTGTGGCGTTTTTCCTGTTCAAATTGATAAATCAGCTGCATGGCTTTAATTTTCGGCGAGCCGGTTAGTGTGCCCATGTTCATACAGGCTTGATAAGCGTGCAACGCATCCAGTTCAGGACGGAGTTTAccc < 1:224460/251‑1 (MQ=255) acacCGTGCCACAGCCGGCTTGTACGTGGGCAATGCCGTTTTGCACGAAAGCGGAACGAATCACGATAC‑AGGTGTCAAAATTGCCGTCGGATTGCAGATC‑CCCCCCCGCACCGCCGTAACTGTGGCGTTTTTCCTGTTCAAATTGATAAATCAGCTGCATGGCTTTAATTTTCGGCGAGCCGGTTAGTGTGCCCATGTTCATACAGGCTTGATAAGCGTGCAACGCATCCAGTTCAGGACGGAGTTTAccc < 1:437603/251‑1 (MQ=255) acacCGTGCCACAGCCGGCTTGTACGTGGGCAATGCCGTTTTGCACGAAAGCGGAACGAATCACGATAC‑AGGTGTCAAAATTGCCGTCGGATTGCAGATC‑CCCCCCCGCACCGCCGTAACTGTGGCGTTTTTCCTGTTCAAATTGATAAATCAGCTGCATGGCTTTAATTTTCGGCGAGCCGGTTAGTGTGCCCATGTTCATACAGGCTTGATAAGCGTGCAACGCATCCAGTTCAGGACGGAGTTTAccc < 1:634725/251‑1 (MQ=255) tGCCACAGCCGGCTTGTACGTGGGCAATGCCGTTTTGCACGAAAGCGGAACGAATCACGATAC‑AGGTGTCAAAATTGCCGTCGGATTGCAGATA‑CCCCACCGCACCGCCGTAACTGTGGCGTTTTTCCTGTTCAAATTGATAAATCAGCTGCATGGCTTTAATTTTCGGCGAGCCGGTTAGTGTGCCCATGTTCATACAGGCTTGATAAg > 1:222358/1‑210 (MQ=255) tGCCACAGCCGGCTTGTACGTGGGCAATGCCGTTTTGCACGAAAGCGGAACGAATCACGATAC‑AGGTGTCAAAATTGCCGTCGGATTGCAGATA‑CCCCACCGCACCGCCGTAACTGTGGCGTTTTTCCTGTTCAAATTGATAAATCAGCTGCATGGCTTTAATTTTCGGCGAGCCGGTTAGTGTGCCCATGTTCATACAGGCTTGATAAGCGTGCAACGCATCCAGTTCAGGACGGAGTTTTCCCACTAcg > 1:552945/1‑251 (MQ=255) 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gTTTTGCACGAAAGCGGAACGAATCACGATAC‑AGGTGTCAAAATTGCCGTCGGATTGCAGATA‑CCCCACCGCACCGCCGTAACTGTGGCGTTTTTCCTGTTCAAATTGATAAATCAGCTGCATGGCTTTAATTTTCGGCGAGCCGGTTAGTGTGCCCATGTTCATACAGGCTTGATAAGCGTGCAACGCATCCAGTTCAGGACGGAGTTTACCCACTACGCGGGAAACCAAATGCAt > 1:635645/1‑237 (MQ=255) gTTTTGCACGAAAGCGGAACGAATCACGATAC‑AGGTGTCAAAATTGCCGTCGGATTGCAGATA‑CCCCACCGCACCGCCGTAACTGTGGCGTTTTTCCTGTTCAAATTGATAAATCAGCTGCATGGCTTTAATTTTCGGCGAGCCGGTTAGTGTGCCCATGTTCATACAGGCTTGATAAGCGTGCAACGCATCCAGTTCAGGACGGAGTTTACCCACTACGCGGGAAACCAAATGCATAATGTGCGAATAg > 1:352455/1‑250 (MQ=255) ttGCACGAAAGCGGAACGAATCACGATAC‑AGGTGTCAAAATTGCCGTCGGATTGCAGATC‑CCCCCCCGCACCGCCGTAACTGTGGCGTTTTTCCTGTTCAAATTGATAAATCAGCTGCATGGCTTTAATTTTCGGCGAGCCGGTTAGTGTGCCCATGTTCATACAGGCTTGATAAGCGTGCAACGCATCCAGTTCAGGACGGAGTTTACCCACTACGCGGGAAACCAAATGCATAATGTGCGAATAGCGAt < 1:207691/251‑1 (MQ=255) ccGAAAGCGGAACGAATCACGATAC‑AGGTGTCAAAATTGCCGTCGGATTGCAGATA‑CCCCCCCGCACCGCCGTAACTGTGGCGTTTTTCCTGTTCAAATTGATAAATCAGCTGCATGGCTTTAATTTTCGGCGAGCCGGTTAGTGTGCCCATGTTCATACAGGCTTGATAAGCGTGCAACGCATCCAGTTCAGGACGGAGTTTACCCACTACGCGGGAAACCAAATGCATAATGTGCGAATAGCGATCTAc < 1:485481/250‑1 (MQ=255) cGAAAGCGGAACGAATCACGATAC‑AGGTGTCAAAATTGCCGTCGGATTGAAGATA‑CCCCCCCGCACCGCCGTAACTGTGGCGTTTTTCCTGTTCAAATTGATAAATCAGCTGCATGGCTTTAATTTTCGGCGAGCCGGTTAGTGTGCCCATGTTCATACAGGCTTGATAAGCGTGCAACGCATCCAGTTCAGGACGGAGTTTACCCACTACGCGGGAAACCAAATGCATAATGTGCGAATAGCGATCTAcc < 1:215651/251‑1 (MQ=255) aaaGCGGAACGAATCACGATAC‑AGGTGTTAAAATTGCCGTCGGATTGCAGATC‑CCCCACCGCACCGCCGTAACTGTGGCGTTTTTCCTGTTCAAATTGATAAATCAGCTGCATGGCTTTAATTTTCGGCGAGCCGGTTAGTGTGCCCATGTTCATACAGGCTTGATAAGCGTGCAACGCATCCAGTTCAGGACGGAGTTTACCCACTACGCGGGAAACCAAATGCATAATGTGCGAATAGCGAGCTACCTg < 1:304174/251‑1 (MQ=255) cGGAACGAATCCCGATAC‑AGGTGTCAAAATTGCCGTCGGATTGCAGATC‑CCCCCCCGCACCGCCGTAACTGTGGCGTTTTTCCTGTTCAAATTGATAAATCAGCTGCATGGCTTTAATTTTCGGCGAGCCGGTTAGTGTGCCCATGTTCATACAGGCTTGATAAGCGTGCAACGCATCCAGTTCAGGACGGAGTTTACCCACTACGCGGGAAACCAAATGCATAATGTGCGAATAGCGATCTACCTGCATc < 1:143137/251‑1 (MQ=255) tCACGATAC‑AGGTGTCAAAATTGCCGTCGGATTGCAGATC‑CCCCCCCGCACCGCCGTAACTGTGGCGTTTTTCCTGTTCAAATTGATAAATCAGCTGCATGGCTTTAATTTTCGGCGAGCCGGTTAGTGTGCCCATGTTCATACAGGCTTGATAAGCGTGCAACGCATCCAGTTCAGGACGGAGTTTACCCACTACGCGGGAAACCAAATGCATAATGTGCGAATAg < 1:447264/227‑1 (MQ=255) tCACGATAC‑AGGTGTCAAAATTGCCGTCGGATTGCAGATA‑CCCCACCGCACCGCCGTAACTGTGGCGTTTTTCCTGTTCAAATTGATAAATCAGCTGCATGGCTTTAATTTTCGGCGAGCCGGTTAGTGTGCCCATGTTCATACAGGCTTGATAAGCGTGCAACGCATCCAGTTCAGGACGGAGTTTACCCACTACGCGGGAAACCAAATGCATAATGTGCGAATAGCGATCTACCTGCATCAAATCCtt > 1:293827/1‑250 (MQ=255) aTAC‑AGGTGTCAAAATTGCCGTCGGATTGCAGATA‑CCCCACCGCACCGCCGTAACTGTGGCGTTTTTCCTGTTCAAATTGATAAATCAGCTGCATGGCTTTAATTTTCGGCGAGCCGGTTAGTGTGCCCATGTTCATACAGGCTTGATAAGCGTGCAACGCATCCAGTTCAGGACGGAGTTTACCCACTACGCGGGAAACCAAATGCATAATGTGCGAATAGCGATCTACCTGCATCAAATCCTTCACATg > 1:128577/1‑251 (MQ=255) aTAC‑AGGTGTCAAAATTGCCGTCGGATTGCAGATA‑CCCCACCGCACCGCCGTAACTGTGGCGTTTTTCCTGTTCAAATTGATAAATCAGCTGCATGGCTTTAATTTTCGGCGAGCCGGTTAGTGTGCCCATGTTCATACAGGCTTGATAAGCGTGCAACGCATCCAGTTCAGGACGGAGTTTACCCACTACGCGGGAAACCAAATGCATAATGTGCGAATAGCGATCTACCTGCATCAAATCCTTCACATg > 1:40103/1‑251 (MQ=255) aTAC‑AGGTGTCAAAATTGCCGTCGGATTGCAGATA‑CCCCACCGCACCGCCGTAACTGTGGCGTTTTTCCTGTTCAAATTGATAAATCAGCTGCATGGCTTTAATTTTCGGCGAGCCGGTTAGTGTGCCCATGTTCATACAGGCTTGATAAGCGTGCAACGCATCCAGTTCAGGACGGAGTTTACCCACTACGCGGGAAACCAAATGCATAATGTGCGAATAGCGATCTACCTGCATCAAATCCTTCACATg > 1:182708/1‑251 (MQ=255) gATTGCAGATA‑CCCCCCCGCACCGCCGTAACTGTGGCGTTTTTCCTGTTCAAATTGATAAATCAGCTGCATGGCTTTAATTTTCGGCGAGCCGGTTAGTGTGCCCATGTTCATACAGGCTTGATAAGCGTGCAACGCATCCAGTTCAGGACGGAGTTTACCCACTACGCGGGAAACCAAATGCATAATGTGCGAATAGCGATCTACCTGCATCAAATCCTTCACATGACGGGTTTTGCTTTCACATAcgc < 1:68661/250‑1 (MQ=255) cAGATA‑CCCCACCGCACCGCCGTAACTGTGGCGTTTTTCCTGTTCAAATTGATAAATCAGCTGCATGGCTTTAATTTTCGGCGAGCCGGTTAGTGTGCCCATGTTCATACAGGCTTGATAAGCGTGCAACGCATCCAGTTCAGGACGGAGTTTACCCACTACGCGGGAAACCAAATGCATAATGTGCGAATAGCGATCTACCTGCATCAAATCCTTCACATGACGGGTTTTGCTTTCACATACGCGGGCGa > 1:29810/1‑251 (MQ=255) cAGACA‑CCCCCCCGCACCGCCGTAACTGTGGCGTTTTTCCTGTTCAAATTGATAAATCAGCTGCATGGCTTTAATTTTCGGCGAGCCGGTTAGTGTGCCCATGTTCATACAGGCTTGATAAGCGTGCAACGCATCCAGTTCAGGACGGAGTTTA‑CCACTACGCGGGAAACCAAATGCATAATGTGCGAATAGCGATCTACCTGCATCAAATCCTTCACATGACGGGTTTTGCTTTCACATACGCGGGCGa < 1:644330/250‑1 (MQ=255) gATA‑CCCCACCGCACCGCCGTAACTGTGGCGTTTTTCCTGTTCAAATTGATAAATCAGCTGCATGGCTTTAATTTTCGGCGAGCCGGTTAGTGTGCCCATGTTCATACAGGCTTGATAAGCGTGCAACGCATCCAGTTCAGGAc > 1:236252/1‑144 (MQ=255) ccccACCGCACCGCCGTAACTGTGGCGTTTTTCCTGTTCAAATTGATAAATCAGCTGCATGGCTTTAATTTTCGGCGAGCCGGTTAGTGTGCCCATGTTCATACAGGCTTGATAAGCGTGCAACGCATCCAGTTCAGGACGGAGTTTACCCACTACGCGGGAAACCAAATGCATAATGTGCGAATAGCGATCTACCTGCATCAAATCCTTCACATGACGGGTTTTGCTTTCACATACGCGGGCGATGTCGt > 1:555929/1‑251 (MQ=255) ccACCGCACCGCCGTAACTGTGGCGTTTTTCCTGTTCAAATTGATAAATCAGCTGCATGGCTTTAATTTTCGGCGAGCCGGTTAGTGTGCCCATGTTCATACAGGCTTGATAAGCGTGCAACGCATCCAGTTCAGGACGGAGTTTACCCACTACGCGGGAAACCAAATGCATAATGTGCGAATAGCGATCTACCTGCATCAAATCCTTCACATGACGGGTTTTGCTTTCACATACGCGGGCGATGTCGTTa < 1:20670/251‑1 (MQ=255) | AATCAAAGTTATCTAAAAATAAAATGGTTGCCATGAGTTAACTCCTATTGATTCGCTTTGTTGTTGGTTTGTACGATGGCGTTAATTACCGCGCGGGCTTTGTGGCGGGTTTCGTCGGCTTCCATTTGCAGGTCGGAATCCAACACCGTGCCACAGCCGGCTTGTACGTGGGCAATGCCGTTTTGCACGAAAGCGGAACGAATCACGATAC‑AGGTGTCAAAATTGCCGTCGGATTGCAGATA‑CCCCACCGCACCGCCGTAACTGTGGCGTTTTTCCTGTTCAAATTGATAAATCAGCTGCATGGCTTTAATTTTCGGCGAGCCGGTTAGTGTGCCCATGTTCATACAGGCTTGATAAGCGTGCAACGCATCCAGTTCAGGACGGAGTTTACCCACTACGCGGGAAACCAAATGCATAATGTGCGAATAGCGATCTACCTGCATCAAATCCTTCACATGACGGGTTTTGCTTTCACATACGCGGGCGATGTCGTTA > 1/1226741‑1227235 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |