Predicted mutation
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RA	1	861,599	+T	intergenic (‑110/‑638)	unknown ← / → unknown	Flp pilus assembly protein, pilin Flp/Metal‑dependent hydrolase YbeY, involved in rRNA and/or ribosome maturation and assembly

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*	1	861,598	1	.	T	100.0%	128.7 / NA	33	intergenic (‑109/‑639)	unknown/unknown	Flp pilus assembly protein, pilin Flp/Metal‑dependent hydrolase YbeY, involved in rRNA and/or ribosome maturation and assembly
Reads supporting (aligned to +/- strand):  ref base . (0/0);  new base T (11/22);  total (11/22)

CAACGATTAACACGGCAACAGCAATGGCGATCAAACCGTATTCAATTGCAGTCACACCTGCTTGATTTTTTTTGAAAGAACGGATTGCTTCGGTTGCTTTGATGTATGCTTTCGTAATTAAGGTATTTAACATTGTCTTAATGCTCCTTTGTTGTTTATAGAAAATAAAATTCAAGAATCCTTGAGTTTGAACTTAATGTCATTTATTTAATAATCTTGTGGAATTAAATAAACGAGTGGCA‑TATAGTCCTGAAAAATTAAAATGCAAGTTTTTTAGAATAATAAATTCACTACGTATATGTATGTATTGTGATTGCGAAAATTTTTAATTAACAGTATGTTAAGGGTTATTGTAAATGAGCTATTTCTACTTTCCCTATTGATTTTACAGTAAATTTACAACTTTTAACTTTAATTACAAAAAATACTTAAATATGTG  >  1/861357‑861795                                                                                                                                                                                                                                                   |                                                                                                                                                                                                      cAACGATTAACACGGCAACAGCAATGGCGATCAAACCGTATTCAATTGCAGTCACACCTGCTTGATTTTTTTTGAAAGAACGGATTGCTTCGGTTGCTTTGATGTATGCTTTCGTAATTAAGGTATTTAACATTGTCTTAATGCTCCTTTGTTGTTTATAGAAAATAAAATTCAAGAATCCTTGAGTTTGAACTTAATGTCATTTATTTAATAATCTTGTGGAATTAAATAAACGAGTGGCa‑ttatag                                                                                                                                                                                                 <  1:213563/248‑6 (MQ=255) cAACGATTAACACGGCAACAGCAATGGCGATCAAACCGTATTCAATTGCAGTCACACCTGCTTGATTTTTTTTGAAAGAACGGATTGCTTCGGTTGCTTTGATGTATGCTTTCGTAATTAAGGTATTTAACATTGTCTTAATGCTCCTTTGTTGTTTATAGAAAATAAAATTCAAGAATCCTTGAGTTTGAACTTAATGTCATTTATTTAATAATCTTGTGGAATTAAATAAACGAGTGGCa‑ttatag                                                                                                                                                                                                 <  1:360717/248‑6 (MQ=255)      aTTAACACGGCAACAGCAATGGCGATCAAACCGTATTCAATTGCAGTCACACCTGCTTGATTTTTTTTGAAAGAACGGATTGCTTCGGTTGCTTTGATGTATGCTTTCGTAATTAAGGTATTTAACATTGTCTTAATGCTCCTTTGTTGTTTATAGAAAATAAAATTCAAGAATCCTTGAGTTTGAACTTAATGTCATTTATTTAATAATCTTGTGGAATTAAATAAACGAGTGGCATTATAGTCCTGaaa                                                                                                                                                                                          <  1:578340/251‑1 (MQ=255)                                      gTATTCAATTGCAGTCACACCTGCTTGATTTTTTTTGAAAGAACGGATTGCTTCGGTTGCTTTGATGTATGCTTTCGTAATTAAGGTATTTAACATTGTCTTAATGCTCCTTTGTTGTTTATAGAAAATAAAATTCAAGAATCCTTGAGTTTGAACTTAATGTCATTTATTTAATAATCTTGTGGAATTAAATAAACGAGTGGCATTATAGTCCTGAAAAATTAAAATGCAAGTTTTTTAGAATAATAAAt                                                                                                                                                          >  1:403241/1‑251 (MQ=255)                                        aTTCAATTGCAGTCACACCTGCTTGATTTTTTTTGAAAGAACGGATTGCTTCGGTTGCTTTGATGTATGCTTTCGTAATTAAGGTATTTAACATTGTCTTAATGCTCCTTTGTTGTTTATAGAAAATAAAATTCAAGAATCCTTGAGTTTGAACTTAATGTCATTTATTTAATAATCTTGTGGAATTAAATAAACGAGTGGCATTATAGTCCTGAAAAATTAAAATGCAAGTTTTTTAGAATAATAAAtt                                                                                                                                                         >  1:383317/1‑250 (MQ=255)                                           cAATTGCAGTCACACCTGCTTGATTTTTTTTGAAAGAACGGATTGCTTCGGTTGCTTTGATGTATGCTTTCGTAATTAAGGTATTTAACATTGTCTTAATGCTCCTTTGTTGTTTATAGAAAATAAAATTCAAGAATCCTTGAGTTTGAACTTAATGTCATTTATTTAATAATCTTGTGGAATTAAATAAACGAGTGGCATTATAGTCCTGAAAAATTAAAATGCAAGTTTTTTAGAATAATAAATTCa                                                                                                                                                       >  1:108289/1‑249 (MQ=255)                                                 cAGTCACACCTGCTTGATTTTTTTTGAAAGAACGGATTGCTTCGGTTGCTTTGATGTATGCTTTCGTAATTAAGGTATTTAACATTGTCTTAATGCTCCTTTGTTGTTTATAGAAAATAAAATTCAAGAATCCTTGAGTTTGAACTTAATGTCATTTATTTAATAATCTTGTGGAATTAAATAAACGAGTGGCATTATAGTCCTGAAAAATTAAAATGCAAGTTTTTTAGAATAATAAATTCACTACGtat                                                                                                                                               >  1:500788/1‑251 (MQ=255)                                                  aGTCACACCTGCTTGATTTTTTTTGAAAGAACGGATTGCTTCGGTTGCTTTGATGTATGCTTTCGTAATTAAGGTATTTAACATTGTCTTAATGCTCCTTTGTTGTTTATAGAAAATAAAATTCAAGAATCCTTGAGTTTGAACTTAATGTCATTTATTTAATAATCTTGTGGAATTAAATAAACGAGTGGCATTATAGTCCTGAAAAATTAAAATGCAAGTTTTTTAGAATAATAAATTCACTACGtata                                                                                                                                              >  1:330745/1‑251 (MQ=255)                                                    tCACACCTGCTTGATTTTTTTTGAAAGAACGGATTGCTTCGGTTGCTTTGATGTATGCTTTCGTAATTAAGGTATTTAACATTGTCTTAATGCTCCTTTGTTGTTTATAGAAAATAAAATTCAAGAATCCTTGAGTTTGAACTTAATGTCATTTATTTAATAATCTTGTGGAATTAAATAAACGAGTGGCATTATAGTCCTGAAAAATTAAAATGCAAGTTTTTTAGAATAATAAATTCACTACGtata                                                                                                                                              <  1:234399/249‑1 (MQ=255)                                                    tCACACCTGCTTGATTTTTTTTGAAAGAACGGATTGCTTCGGTTGCTTTGATGTATGCTTTCGTAATTAAGGTATTTAACATTGTCTTAATGCTCCTTTGTTGTTTATAGAAAATAAAATTCAAGAATCCTTGAGTTTGAACTTAATGTCATTTATTTAATAATCTTGTGGAATTAAATAAACGAGTGGCATTATAGTCCTGAAAAATTAAAATGCAAGTTTTTTAGAATAATAAATTCACTACGTAtatg                                                                                                                                            <  1:417694/251‑1 (MQ=255)                                                    tCACACCTGCTTGATTTTTTTTGAAAGAACGGATTGCTTCGGTTGCTTTGATGTATGCTTTCGTAATTAAGGTATTTAACATTGTCTTAATGCTCCTTTGTTGTTTATAGAAAATAAAATTCAAGAATCCTTGAGTTTGAACTTAATGTCATTTATTTAATAATCTTGTGGAATTAAATAAACGAGTGGCATTATAGTCCTGAAAAATTAAAATGCAAGTTTTTTAGAATAATAAATTCACTACGTAtatg                                                                                                                                            <  1:376455/251‑1 (MQ=255)                                                      acacCTGCTTGATTTTTTTTGAAAGAACGGATTGCTTCGGTTGCTTTGATGTATGCTTTCGTAATTAAGGTATTTAACATTGTCTTAATGCTCCTTTGTTGTTTATAGAAAATAAAATTCAAGAATCCTTGAGTTTGAACTTAATGTCATTTATTTAATAATCTTGTGGAATTAAATAAACGAGTGGCATTATAGTCCTGAAAAATTAAAATGCAAGTTTTTTAGAATAATAAATTCACTACGTAtatgta                                                                                                                                          <  1:86404/251‑1 (MQ=255)                                                      acacCTGCTTGATTTTTTTTGAAAGAACGGATTGCTTCGGTTGCTTTGATGTATGCTTTCGTAATTAAGGTATTTAACATTGTCTTAATGCTCCTTTGTTGTTTATAGAAAATAAAATTCAAGAATCCTTGAGTTTGAACTTAATGTCATTTATTTAATAATCTTGTGGAATTAAATAAACGAGTGGCATTATAGTCCTGAAAAATTAAAATGCAAGTTTTTTAGAATAATAAATTCACTACGTAtatgta                                                                                                                                          <  1:170170/251‑1 (MQ=255)                                                             cTTGATTTTTTTTGAAAGAACGGATTGCTTCTGTTGCTTTGATGTATGCTTTCGTAATTAAGGTATTTAACATTGTCTTAATGCTCCTTTGTTGTTTATAGAAAATAAAATTCAAGAATCCTTGAGTTTGAACTTAATGTCATTTATTTAATAATCTTGTGGAATTAAATAAACGAGTGGCATTATAGTCCTGAAAAATTAAAATGCAAGTTTTTTAGAATAATAAATTCACTACGTATATGTATGTATtg                                                                                                                                   <  1:309776/251‑1 (MQ=255)                                                             cTTGATTTTTTTTGAAAGAACGGATTGCTTCGGTTGCTTTGATGTATGCTTTCGTAATTAAGGTATTTAACATTGTCTTAATGCTCCTTTGTTGTTTATAGAAAATAAAATTCAAGAATCCTTGAGTTTGAACTTAATGTCATTTATTTAATAATCTTGTGGAATTAAATAAACGAGTGGCATTATAGTCCTGAAAAATTAAAATGCAAGTTTTTTAGAATAATAAATTCACTACGTATATGTATGTATtg                                                                                                                                   <  1:143600/251‑1 (MQ=255)                                                                 aTTTTTTTTGAAAGAACGGATTGCTTCGGTTGCTTTGATGTATGCTTTCGTAATTAAGGTATTTAACATTGTCTTAATGCTCCTTTGTTGTTTATAGAAAATAAAATTCAAGAATCCTTGAGTTTGAACTTAATGTCATTTATTTAATAATCTTGTGGAATTAAATAAACGAGTGGCATTATAGTCCTGAAAAATTAAAATGCAAGTTTTTTAGAATAATAAATTCACTACGTATATGTATGTATTGTGAt                                                                                                                               <  1:649215/251‑1 (MQ=255)                                                                                             gTTGCTTTGATGTATGCTTTCGTAATTAAGGTATTTAACATTGTCTTAATGCTCCTTTGTTGTTTATAGAAAATAAAATTCAAGAATCCTTGAGTTTGAACTTAATGTCATTTATTTAATAATCTTGTGGAATTAAATAAACGAGTGGCATTATAGTCCTGAAAAATTAAAATGCAAGTTTTTTAGAATAATAAATTCACTACGTATATGTATGTATTGTGATTGCGAAAATTTTTAATTAACAGTATGt                                                                                                    <  1:374795/250‑1 (MQ=255)                                                                                              ttGCTTTGATGTATGCTTTCGTAATTAAGGTATTTAACATTGTCTTAATGCTCCTTTGTTGTTTATAGAAAATAAAATTCAAGAATCCTTGAGTTTGAACTTAATGTCATTTATTTAATAATCTTGTGGAATTAAATAAACGAGTGGCATTATAGTCCTGAAAAATTAAAATGCAAGTTTTTTAGAATAATAAATTCACTACGTATATGTATGTATTGTGATTGCGAAAATTTTTAATTAACAGTATGtt                                                                                                   <  1:468043/250‑1 (MQ=255)                                                                                                gCTTTGATGTATGCTTTCGTAATTAAGGTATTTAACATTGTCTTAATGCTCCTTTGTTGTTTATAGAAAATAAAATTCAAGAATCCTTGAGTTTGAACTTAATGTCATTTATTTAATAATCTTGTGGAATTAAATAAACGAGTGGCa‑ttatag                                                                                                                                                                                                 >  1:25166/1‑148 (MQ=255)                                                                                                   ttGATGTATGCTTTCGTAATTAAGGTATTTAACATTGTCTTAATGCTCCTTTGTTGTTTATAGAAAATAAAATTCAAGAATCCTTGAGTTTGAACTTAATGTCATTTATTTAATAATCTTGTGGAATTAAATAAACGAGTGGCATTATAGTCCTGAAAAATTAAAATGCAAGTTTTTTAGAATAATAAATTCACTACGTATATGTATGTATTGTGATTGCGAAAATTTTTAATTAACAGTATGTTAAGGGt                                                                                             <  1:645405/251‑1 (MQ=255)                                                                                                     gATGTATGCTTTCGTAATTAAGGTATTTAACATTGTCTTAATGCTCCTTTGTTGTTTATAGAAAATAAAATTCAAGAATCCTTGAGTTTGAACTTAATGTCATTTATTTAATAATCTTGTGGAATTAAATAAACGAGTGGCATTATAGTCCTGAAAAATTAAAATGCAAGTTTTTTAGAATAATAAATTCACTACGTATATGTATGTATTGTGATTGCGAAAATTTTTAATTAACAGTATGTTAAGGGTTa                                                                                           >  1:235810/1‑251 (MQ=255)                                                                                                      aTGTATGCTTTCGTAATTAAGGTATTTAACATTGTCTTAATGCTCCTTTGTTGTTTATAGAAAATAAAATTCAAGAATCCTTGAGTTTGAACTTAATGTCATTTATTTAATAATCTTGTGGAATTAAATAAACGAGTGGCATTATAGTCCTGAAAAATTAAAATGCAAGTTTTTTAGAATAATAAATTCACTACGTATatgtatgt                                                                                                                                       >  1:451802/1‑206 (MQ=255)                                                                                                          aTGCTTTCGTAATTAAGGTATTTAACATTGTCTTAATGCTCCTTTGTTGTTTATAGAAAATAAAATTCAAGAATCCTTGAGTTTGAACTTAATGTCATTTATTTAATAATCTTGTGGAATTAAATAAACGAGTGGCATTATAGTCCTGAAAAATTAAAATGCAAGTTTTTTAGAATAATAAATTCACTACGTATATGTATGTATTGTGATTGCGAAAATTTTTAATTAACAGTATGTTAAGGGTTATTGTa                                                                                      <  1:616954/251‑1 (MQ=255)                                                                                                                   tAATTAAGGTATTTAACATTGTCTTAATGCTCCTTTGTTGTTTATAGAAAATAAAATTCAAGAATCCTTGAGTTTGAACTTAATGTCATTTATTTAATAATCTTGTGGAATTAAATAAACGAGTGGCATTATAGTCCTGAAAAATTAAAATGCAAGTTTTTTAGAATAATAAATTCACTACGTATATgtatgtat                                                                                                                                     <  1:307841/195‑1 (MQ=255)                                                                                                                          ggTATTTAACATTGTCTTAATGCTCCTTTGTTGTTTATAGAAAATAAAATTCAAGAATCCTTGAGTTTGAACTTAATGTCATTTATTTAATAATCTTGTGGAATTAAATAAACGAGTGGCATTATAGTCCTGAAAAATTAAAATGCAAGTTTTTTAGAATAATAAATTCACTACGTATATGTATGTATTGTGATTGCGAAAATTTTTAATTAACAGTATGTTAAGGGTTATTGTAAATGaaacgtaaaa                                                                        >  1:110540/1‑240 (MQ=255)                                                                                                                          ggTATTTAACATTGTCTTAATGCTCCTTTGTTGTTTATAGAAAATAAAATTCAAGAATCCTTGAGTTTGAACTTAATGTCATTTATTTAATAATCTTGTGGAATTAAATAAACGAGTGGCATTATAGTCCCGAAAAATTAAAATGCAAGTTTTTTAGAATAATAAATTCACTACGTAtatgta                                                                                                                                          <  1:188479/183‑1 (MQ=255)                                                                                                                           gTATTTAACATTGTCTTAATGCTCCTTTGTTGTTTATAGAAAATAAAATTCAAGAATCCTTGAGTTTGAACTTAATGTCATTTATTTAATAATCTTGTGGAATTAAATAAACGAGTGGCATTATAGTCCTGAAAAATTAAAATGCAAGTTTTTTAGAATAATAAATTCACTACGTATATGTATGTATTGTGATTGCGAAAATTTTTAATTAACAGTATGTTaa                                                                                                 <  1:46632/223‑1 (MQ=255)                                                                                                                             aTTTAACATTGTCTTAATGCTCCTTTGTTGTTTATAGAAAATAAAATTCAAGAATCCTTGAGTTTGAACTTAATGTCATTTATTTAATAATCTTGTGGAATTAAATAAACGAGTGGCATTATAGTCCTGAAAAATTAAAATGCAAGTTTTTTAGAATAATAAATTCACTACGTATATGTATGTATtg                                                                                                                                   >  1:54969/1‑187 (MQ=255)                                                                                                                             aTTTAACATTGTCTTAATGCTCCTTTGTTGTTTATAGAAAATAAAATTCAAGAATCCTTGAGTTTGAACTTAATGTCATTTATTTAATAATCTTGTGGAATTAAATAAACGAGTGGCATTATAGTCCTGAAAAATTAAAATGCAAGTTTTTTAGAATAATAAATTCACTACGTATATGTATGTATTGTGATTGCGAAAATTTTTAATTAACAGTATGTTAAGGGTTATTg                                                                                        <  1:112370/230‑1 (MQ=255)                                                                                                                                       gTCTTAATGCTCCTTTGTTGTTTATAGAAAATAAAATTCAAGAATCCTTGAGTTTGAACTTAATGTCATTTATTTAATAATCTTGTGGAATTAAATAAACGAGTGGCATTATAGTCCTGAAAAATTAAAATGCAAGTTTTTTAGAATAATAAATTCACTACGTATATgtatgtat                                                                                                                                     <  1:637421/175‑1 (MQ=255)                                                                                                                                                                  aaaataaaatTCAAGAATCCTTGAGTTTGAACTTAATGTCATTTATTTAATAATCTTGTGGAATTAAATAAACGAGTGGCATTATAGTCCTGAAAAATTAAAATGCAAGTTTTTTAGAATAATAAATTCACTACGTATATGTATGTATTGTGATTGCGAAAATTTTTAATTAACAGTATGTTAAGGGTTATTGTAAATGAGCTATTTCTACTTTCCCTATTGATTTTACAGTAAATTTACAACTTTTAAc                               <  1:173912/250‑1 (MQ=255)                                                                                                                                                                                  aTCCTTGAGTTTGAACTTAATGTCATTTATTTAATAATCTTGTGGAATTAAATAAACGAGTGGCATTATAGTCCTGAAAAATTAAAATGCAAGTTTTTTAGAATAATAAATTCACTACGTATATGTATGTATTGTGATTGCGAAAATTTTTAATTAACAGTATGTTAAGGGTTATTGTAAATGAGCTATTTCTACTTTCCCTATTGATTTTACAGTAAATTTACAACTTTTAACTTTAATTACAAAAAATa              >  1:423919/1‑251 (MQ=255)                                                                                                                                                                                               aaCTTAATGTCATTTATTTAATAATCTTGTGGAATTAAATAAACGAGTGGCATTATAGTCCTGAAAAATTAAAATGCAAGTTTTTTAGAATAATAAATTCACTACGTATATGTATGTATTGTGATTGCGAAAATTTTTAATTAACAGTATGTTAAg                                                                                                <  1:381248/156‑1 (MQ=255)                                                                                                                                                                                               aaCTTAATGTCATTTATTTAATAATCTTGTGGAATTAAATAAACGAGTGGCATTATAGTCCTGAAAAATTAAAATGCAAGTTTTTTAGAATAATAAATTCACTACGTATATGTATGTATTGTGATTGCGAAAATTTTTAATTAACAGTATGTTAAGGGTTATTGTAAATGAGCTATTTCTACTTTCCCTATTGATTTTACAGTAAATTTACAACTTTTAACTTTAATTACAAAAAATACTTAAATAtgtg  <  1:198075/250‑1 (MQ=255)                                                                                                                                                                                                                              gAATTAAATAAACGAGTGGCATTATAGTCCTGAAAAATTAAAATGCAAGTTTTTTAGAATAATAAATTCACTACGTATATGTATGTATTGTGATTGCGAAAATTTTTAATTAACAGTATGTTAAGGGTTATTGTAAATGAGCTATTTCTACTTTCCCTATTGATTTTACAGTAAATTTACAACTTTTAACTTTAATTACAAAAAATACTTAAata      <  1:464181/215‑1 (MQ=255)                                                                                                                                                                                                                                   aaataaaCGAGTGGCATTATAGTCCTGAAAAATTAAAATGCAAGTTTTTTAGAATAATAAATTCACTACGTATATGTATGTATTGTGATTGCGAAAATTTTTAATTAACAGTATGTTAAGGGTTATTGTAAATGAGCTATTTCTACTTTCCCTATTGATTTTACAGTAAATTTACAACTTTTAACTTTAATTACAAAAAATACTTAAata      >  1:26019/1‑210 (MQ=255)                                                                                                                                                                                                                                                   |                                                                                                                                                                                                      CAACGATTAACACGGCAACAGCAATGGCGATCAAACCGTATTCAATTGCAGTCACACCTGCTTGATTTTTTTTGAAAGAACGGATTGCTTCGGTTGCTTTGATGTATGCTTTCGTAATTAAGGTATTTAACATTGTCTTAATGCTCCTTTGTTGTTTATAGAAAATAAAATTCAAGAATCCTTGAGTTTGAACTTAATGTCATTTATTTAATAATCTTGTGGAATTAAATAAACGAGTGGCA‑TATAGTCCTGAAAAATTAAAATGCAAGTTTTTTAGAATAATAAATTCACTACGTATATGTATGTATTGTGATTGCGAAAATTTTTAATTAACAGTATGTTAAGGGTTATTGTAAATGAGCTATTTCTACTTTCCCTATTGATTTTACAGTAAATTTACAACTTTTAACTTTAATTACAAAAAATACTTAAATATGTG  >  1/861357‑861795

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑