| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | 1 | 560,529 | 0 | T | G | 37.5% | 228.0 / 18.0 | 96 | intergenic (+197112/‑11490) | unknown/unknown | tRNA‑SeC(p)‑TCA/SSU rRNA ## 16S rRNA, small subunit ribosomal RNA |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (1/59); new base G (36/0); total (37/59) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.15e-25 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
ATTTTTGCGGGGATTGTGGCCGGCTTGCCTGCAGCTGTAGGTCAAACGATTGAGCAAGCTCGTCTTGGTCAAATGCATTTCCTTGTTCTTCTATTAATTGCTGTAATTGTTTTAGCAGTTACTTACTTTGTGGTCTTTGTAGAAAGAGGGCAGAGAAGAATAAAGGTTGAGTATGCTAAACGTCAACAAGGCAGACAAATCTTGGGTGGCCACTCTACTCACCTTCCACTGAAAGTGAATATGGCGGGGGTTA‑TTCCAGCGATTTTTGCATCAAGTATAATTCTTTTCCCTGCGACATTAACCCAATGGGTAGGTCAGGGTTCTAGTCTAGAATGGTTAACTGATTTATCAATGTTATTACATCCTGGACAGCCTTTATACTTAGTCGTTTATGCTAGTGCCATCATCTTCTTTAGTTTTTTCTATACTGCTATGCAATATAATCCTAGAGATACAGCAGATAATTTGAAAAAATCAGGTGCATTTATACCTGGAATT > 1/560279‑560776 | attTTTGCGGGGATTGTGGCCGGCTTGCCTGCAGCTGTAGGTCAAACGATTGAGCAAGCTCGTCTTGGTCAAATGCATTTCCTTGTTCTTCTATTAATTGCTGTAATTGTTTTAGCAGTTACTTACTTTGTGGTCTTTGTAGAAAGAGGGCAGAGAAGAATAAAGGTTGAGTATGCTAAACGTCAACAAGGCAGACAAATCTTGGGTGGCCACTCTACTCACCTTCCACTGAAAGTGAATATGGCGGGGGt < 1:207662/251‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |