| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | 1 | 1,520,748 | 0 | A | C | 46.8% | 168.5 / 37.4 | 109 | intergenic (‑4626/‑45316) | unknown/unknown | tRNA‑Arg‑CCG/tRNA‑Asn‑GTT |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (43/15); new base C (0/51); total (43/66) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.16e-17 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
Only 100 of 112 total aligned reads displayed.
CTGATAATGTTTTACCAACAATTCGCTTAGTAACGAAATGGAATGCAACGCCTGAAAAAAGCGCTTCATCATGGCTTCCACGCCTTGATTGCCTT‑CCCCCTGGAAA‑CCC‑AAC‑AATTCGCTGACTTTC‑AGTTGGCGATCAAA‑CAACAGGCGGTTGTCATAACGCTTTAAAATTAAGTGCAAA‑GCGTACCGCACTTTAAACAGAAATTGCTGGCTTTT‑TAGTAACAAGG‑CGTGTTCTGCCGGATGAATAAACCCCGCCTGTAAAATTTCCTGTAAATTTTTAGCCCCGTTATGGCGCAACGCGATCCAATACAACAAATGCAAATCGCGCAACCCGCCCGGACTGTATTTGATGTCCGGCTCAAGATTGTATGAGGTGTTGTTATAACGTTGATAACGTTCGATTTTCTCCTGAATTTTTGCCTGACAGAAATCCGTTTTCGACCAAAAATCCGATTGTTGCACCAAATTCACCAGCGCTTTAAACACATTACGGTTGC > 1/1520500‑1520996 | cTGATAATGTTTTACCAACAATTCGCTTAGTAACGAAATGGAATGCAACGCCTGAAAAAAGCGCTTCATCATGGCTTCCACGCCTTGATTGCCTT‑CCCCCTGGAAA‑CCC‑AAC‑AATTCGCTGACTTTC‑AGTTGGCGATCAAA‑CAACAGGCGGTTGTCATAACGCTTTAAAATTAAGTGCAAA‑GCGTACCGCACTTTAAACAGAAATTGCTGGCTTTT‑TAGTAACAAGG‑CGTGTTCTGCCGGATGAATAAAcc < 1:584829/251‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 31 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |