| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (53/8); new base C (0/52); total (53/60) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.77e-24 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
Only 100 of 113 total aligned reads displayed.
GATAATGTTTTACCAACAATTCGCTTAGTAACGAAATGGAATGCAACGCCTGAAAAAAGCGCTTCATCATGGCTTCCACGCCTTGATTGCCTTCCCCCTGGAAACCCAACAATTCGCTGACTTTCAGTTGGCGATCAAACAACAGGCGGTTGTCATAACGCTTTAAAATTAA‑GTGCAAA‑G‑CGTACCGCACTTTAAACAGAAA‑TTGCTGGC‑TTTTT‑AGTAACAAGGCG‑TGTTCTGCC‑GG‑ATGAATAAACCCCGCCTGTAAAATTTCCTGTAAATTTTTAGCCCCGTTATGGCGCAACGCGATCCAATACAACAAATGCAAATCGCGCAACCCGCCCGGACTGTATTTGATGTCCGGCTCAAGATTGTATGAGGTGTTGTTATAACGTTGATAACGTTCGATTTTCTCCTGAATTTTTGCCTGACAGAAATCCGTTTTCGACCAAAAATCCGATTGTTGCACCAAATTCACCAGCGCTTTAAACACATTACGGT > 1/1688208‑1688699 | tGTTTTACCAACAATTCGCTTAGTAACGAAATGGAATGCAACGCCTGAAAAAAGCGCTTCATCATGGCTTCCACGCCTTGATTGCCTTCCCCCTGGAAACCCAACAATTCGCTGACTTTCAGTTGGCGATCAAACAACAGGCGGTTGTCATAACGCTTTAAAATTAA‑GTGCAAA‑G‑CGTACCGCACTTTAAACAGAAA‑TTGCTGGC‑TTTTT‑AGTAACAAGGCG‑TGTTCTGCC‑GG‑ATGAATAAACCCCGCCTg < 1:83975/251‑1 (MQ=255) 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GATAATGTTTTACCAACAATTCGCTTAGTAACGAAATGGAATGCAACGCCTGAAAAAAGCGCTTCATCATGGCTTCCACGCCTTGATTGCCTTCCCCCTGGAAACCCAACAATTCGCTGACTTTCAGTTGGCGATCAAACAACAGGCGGTTGTCATAACGCTTTAAAATTAA‑GTGCAAA‑G‑CGTACCGCACTTTAAACAGAAA‑TTGCTGGC‑TTTTT‑AGTAACAAGGCG‑TGTTCTGCC‑GG‑ATGAATAAACCCCGCCTGTAAAATTTCCTGTAAATTTTTAGCCCCGTTATGGCGCAACGCGATCCAATACAACAAATGCAAATCGCGCAACCCGCCCGGACTGTATTTGATGTCCGGCTCAAGATTGTATGAGGTGTTGTTATAACGTTGATAACGTTCGATTTTCTCCTGAATTTTTGCCTGACAGAAATCCGTTTTCGACCAAAAATCCGATTGTTGCACCAAATTCACCAGCGCTTTAAACACATTACGGT > 1/1688208‑1688699 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |