| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| * | 1 | 1,370,973 | 0 | T | G | 37.5% | 96.5 / 13.4 | 67 | intergenic (+64184/+190038) | unknown/unknown | tRNA‑Met‑CAT/tRNA‑Val‑GAC |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (20/20); new base G (24/0); total (47/20) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.06e-05 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
CCAAAGAATTGCCGCGTCGCTTAATGACGTCCAAGCGCAAAACCATCGGCATTCGCGTGCCGGATAACCAAATTGCGTTGGATTTACTAAAAGCCCTTGGTGAACCGATTTTATCCTGCTCGTTGATGCTACCGAATGAAGAACATTTGACGCAATCGGATCCGGAAGAGATCCGTGATCGTTTGGAACATCAGGTGGATTTAATTATTCACGGCGGTTATTTGGGACAAGAACCGACAAC‑GGTGGTGGATTTAACCGGAGACACGCCGGTGATCTTGCGTGAAGGCAGCGGCGC‑GGTTACGCCATTTATTTAGATTAGATACTTAGTTAAATTAACACAGACGCTTGGGAAAGCGACACGAGGATTTATGAAACCCACAACAAAACGCACTCAAAATCGACCGCACTTTTCGTCGAACAAAGATAAAAATGCGACGGCGAAGCCGCGTCCGATCAGCAGCGCAAGCAAAACCTCCGCGGCAGAAGGCGAAAA > 1/1370730‑1371222 | ccAAAGAATTGCCGCGTCGCTTAATGACGTCCAAGCGCAAAACCATCGGCATTCGCGTGCCGGATAACCAAATTGCGTTGGATTTACTAAAAGCCCTTGGTGAACCGATTTTATCCTGCTCGTTGATGCTACCGAATGAAGAACATTTGACGCAATCGGATCCGGAAGAGATCCGTGATCGTTTGGAACATCAGGTGGATTTAATTATTCACGGCGGTTTTTTGGGACAAGAACCGACAAC‑GGgggtgggt > 1:763867/1‑249 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tAATTATTCACGGCGGTTATTTGGGACAAGAACCGACAAC‑GGTGGTGGGTTTAACCGGAGACACGCCGGTGATCTTGCGTGAAGGCAGCGGCGC‑GGGTACGCCCTTTTTTTTGATTAGATACTTAGTTAAATTAAAACAGACGCTTGGGAAAGCGACACGAGGATTTATGAAAACCACAACAAAACGCACTCAAAAACGACCGCACCTTTCGTCGAACAAAGATAAAAAAGCGACGGCGAAACCGCGTCCg > 1:1114187/1‑251 (MQ=255) ttattCACGGCGGTTATTTGGGACAAGAACCGACAAC‑GGTGGTGGATTTAACCGGAGACACGCCGGTGATCTTGCGTGAAGGCAGCGGCGC‑GGTTACGCCATTTATTTAGATTAGATACTTAGTTAAATTAACACAGACGCTTGGGAAAGCGACACGAGGATTTATGAAACCCACAACAAAACGCACTCAAAATCGACCGCACTTTTCGTCGAACAAAGATAAAAATGCGACGGCGAAGCCGCGTCCGATc < 1:591809/251‑1 (MQ=255) ttCACGGCGGTTATTTGGGACAAGAACCGACAAC‑GGTGGTGGATTTAACCGGAGACACGCCGGTGATCTTGCGTGAAGGCAGCGGCGC‑GGTTACGCCATTTATTTAGATTAGATACTTAGTTAAATTAACACAGACGCTTGGGAAAGCGACACGAGGATTTATGAAACCCACAACAAAACGCACTCAAAATCGACCGCACTTTTCGTCGAACAAAGATAAAAATGCGACGGCGAAGCCGCGTCCGATcagc < 1:116651/251‑1 (MQ=255) cACGGCGGTTATTTGGGACAAGAACCGACAAC‑GGTGGTGGATTTAACCGGAGACACGCCGGTGATCTTGCGTGAAGGCAGCGGCGC‑GGTTACGCCATTTATTTAGATTAGATACTTAGTTAAATTAACACAGACGCTTGGGAAAGCGACACGAGGATTTATGAAACCCACAACAAAACGCACTCAAAATCGACCGCACTTTTCGTCGAACAAAGATAAAAATGCGACGGCGAAGCCGCGTCCGATcagcag < 1:238720/251‑1 (MQ=255) gcggTTATTTGGGACAAGAACCGACAAC‑GGTGGTGGATTTAACCGGAGACACGCCGGTGATCTTGCGTGAAGGCAGCGGCGC‑GGTTACGCCATTTATTTAGATTAGATACTTAGTTAAATTAACACAGACGCTTGGGAAAGCGACACGAGGATTTATGAAACCCACAACAAAACGCACTCAAAATCGACCGCACTTTTCGTCGAACAAAGATAAAAATGCGACGGCGAAGCCGCGTCCGATCAGCAgcgc < 1:717639/250‑1 (MQ=255) gTTATTTGGGACAAGAACCGACAAC‑GGTGGTGGATTTAACCGGAGACACGCCGGTGATCTTGCGTGAAGGCAGCGGCGC‑GGTTACGCCATTTATTTAGATTAGATACTTAGTTAAATTAACACAGACGCTTGGGAAAGCGACACGAGGATTTATGAAACCCACAACAAAACGCACTCAAAATCGACCGCACTTTTCGTCGAACAAAGATAAAAATGCGACGGCGAAGCCGCGTCCGATCAGCAGCgcaag > 1:342527/1‑250 (MQ=255) ggACAAGAACCGACAAC‑GGTGGTGGATTTAACCGGAGACACGCCGGTGATCTTGCGTGAAGGCAGCGGCGC‑GGTTACGCCATTTATTTAGATTAGATACTTAGt > 1:290845/1‑104 (MQ=255) gACAAGAACCGACAAC‑GGTGGTGGATTTAACCGGAGACACGCCGGTGATCTTGCGTGAAGGCAGCGGCGC‑GGTTACGCCATTTATTTAGATTAGATACTTAGTTAAATTAACACAGACGCTTGGGAAAGCGACACGAGGATTTATGAAACCCACAACAAAACGCACTCAAAATCGACCGCACTTTTCGTCGAACAAAGATAAAAATGCGACGGCGAAGCCGCGTCCGATCAGCAGCGCAAGCAAAACCTc > 1:87232/1‑250 (MQ=255) cGACAAC‑GGTGGTGGATTTAACCGGAGACACGCCGGCGATCTTGCGTGCAGGCACCGGCGC‑GGTTACGCCATTTATTTAGATTAGATACTTAGTTAGATTAACACAGACGCTTGGGAAAGCGCCACGAGGATTTATGAAACCCACAACAAAACGCACTCAAAATCGACCGCACTTTTCGTCGAACAAAGATAAAAATGCGACGGCGAAGCCGCGTCCGATCAGCAGCGCACGCAAAACCTCCGTGGCAgca > 1:1147921/1‑249 (MQ=255) gtggtgGATTTAACCGGAGACACGCCGGTGATCTTGCGTGAAGGCAGCGGCGC‑GGTTACGCCATTTATTTAGATTAGATAc > 1:220080/1‑81 (MQ=255) gtggtgGATTTAACCGGAGACACGCCGGTGATCTTGCGTGAAGGCAGCGGCGC‑GGTTACGCCATTTATTTAGATTAGATACTTAGTTAAATTAACACAGACGCTTGGGAAAGCGACACGAGGATTTATGAAACCCACAACAAAACGCACTCAAAATCGACCGCACTTTTCGTCGAACAAAGATAAAAATGCGACGGCGAAGCCGCGTCCGATCAGCAGCGCAAGCAAAACCTCCGCGGCAGAAGGCGaaaa > 1:292880/1‑251 (MQ=255) | CCAAAGAATTGCCGCGTCGCTTAATGACGTCCAAGCGCAAAACCATCGGCATTCGCGTGCCGGATAACCAAATTGCGTTGGATTTACTAAAAGCCCTTGGTGAACCGATTTTATCCTGCTCGTTGATGCTACCGAATGAAGAACATTTGACGCAATCGGATCCGGAAGAGATCCGTGATCGTTTGGAACATCAGGTGGATTTAATTATTCACGGCGGTTATTTGGGACAAGAACCGACAAC‑GGTGGTGGATTTAACCGGAGACACGCCGGTGATCTTGCGTGAAGGCAGCGGCGC‑GGTTACGCCATTTATTTAGATTAGATACTTAGTTAAATTAACACAGACGCTTGGGAAAGCGACACGAGGATTTATGAAACCCACAACAAAACGCACTCAAAATCGACCGCACTTTTCGTCGAACAAAGATAAAAATGCGACGGCGAAGCCGCGTCCGATCAGCAGCGCAAGCAAAACCTCCGCGGCAGAAGGCGAAAA > 1/1370730‑1371222 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 31 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |