| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | 1 | 820,354 | 0 | G | A | 38.6% | 144.1 / 43.4 | 88 | intergenic (+50623/+32560) | unknown/unknown | tRNA‑Asn‑GTT/tRNA‑Thr‑GGT |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (6/48); new base A (34/0); total (40/48) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.41e-18 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
TATTTGATGTTTAAACCGGCAAGGTCTGCAGCCCACGCGGCGGGAAAGTAAAGTAAAGCGACAAGTAAAAAGGTTTTGCGTAATTTCATGCTATTCCTTCCGGGTGGTTGATCATTGTGTTACTTAGAACGGGCGCTAAATCATAAGTTCCCATTGAAAGTGCGGTGGTTTTTTGCGTTACTTTTAATAGAGCGAAAATGCTTCTCAAATCGGC‑GGGTAAATTTACC‑TAAAATGCAATAAAAAATAAAGCAATGTTCAAATATTTGATCAAGC‑T‑AAC‑AGTTTTTAGGGAGAAATTTTCATAGAATGTTG‑TCCAA‑TTTTTAACTTTTAACACAATGAGGTGAAGTATATGACAGATGTAAACGACGTAGTTAAAGAACTTGAGGCAATTGGTATTCATAATGTAAAAGAAGTGGTTTATAACCCAAGTTATGAACAACTTTTTGAAGAAGAAACCAAACCGGGCTTGGAAGGTTTCGAAAAAGGCACCGTCACC > 1/820106‑820598 | tATTTGATGTTTAAACCGGCAAGGTCTGCAGCCCACGCGGCGGGAAAGTAAAGTAAAGCGACAAGTAAAAAGGTTTTGCGTAATTTCATGCTATTCCTTCCGGGTGGTTGATCATTGTGTTACTTAGAACGGGCGCTAAATCATAAGTTCCCATTGAAAGTGCGGTGGTTTTTTGCGTTACTTTTAATAGAGCGAAAATGCTTCTCAAATCGGC‑GGGTAAATTTACC‑TAAAATGCAATAAAAAATAAAGc < 1:1008857/250‑1 (MQ=255) aTTTGATGTTTAAACCGGCAAGGTCTGCAGCCCACGCGGCGGGAAAGTAAAGTAAAGCGACAAGTAAAAAGGTTTTGCGTAATTTCATGCTATTCCTTCCGGGTGGTTGATCATTGTGTTACTTAGAACGGGCGCTAAATCATAAGTTCCCATTGAAAGTGCGGTGGTTTTTTGCGTTACTTTTAATAGAGCGAAAATGCTTCTCAAATCGGC‑GGGTAAATTTACC‑TAAAATGCAATAAAAAATAAAGCaa < 1:96449/251‑1 (MQ=255) gTTTAAACCGGCAAGGTCTGCAGCCCACGCGGCGGGAAAGTAAAGTAAAGCGACAAGTAAAAAGGTTTTGCGTAATTTCATGCTATTCCTTCCGGGTGGTTGATCATTGTGTTACTTAGAACGGGCGCTAAATCATAAGTTCCCATTGAAAGTGCGGTGGTTTTTTGCGTTACTTTTAATAGAGCGAAAATGCTTCTCAAATCGGC‑GGGGAAAATTTTC‑TTAAATGCAAAAAAAAAAAAAACaaaggttaa > 1:932345/1‑244 (MQ=255) tAAACCGGCAAGGTCTGCAGCCCACGCGGCGGGAAAGTAAAGTAAAGCGACAAGTAAAAAGGTTTTGCGTAATTTCATGCTATTCCTTCCGGGTGGTTGATCATTGTGTTACTTAGAACGGGCGCTAAATCATAAGTTCCCATTGAAAGTGCGGTGGTTTTTTGCGTTACTTTTAATAGAGCGAAAATGCTTCTCAAATCGGC‑GGGTAAATTTACC‑TAAAATGCAATAAAAAATAAAGCAATGTTCAAata < 1:1092252/251‑1 (MQ=255) tAAACCGGCAAGGTCTGCAGCCCACGCGGCGGGAAAGTAAAGTAAAGCGACAAGTAAAAAGGTTTTGCGTAATTTCATGCTATTCCTTCCGGGTGGTTGATCATTGTGTTACTTAGAACGGGCGCTAAATCATAAGTTCCCATTGAAAGTGCGGTGGTTTTTTGCGTTACTTTTAATAGAGCGAAAATGCTTCTCAAATCGGC‑GGGTAAATTTACC‑TAAAATGCAATAAAAAATAAAGCAATGTTCAAata < 1:685224/251‑1 (MQ=255) ccGGCAAGGTCTGCAGCCCACGCGGCGGGAAAGTAAAGTAAAGCGACAAGTAAAAAGGTTTTGCGTAATTTCATGCTATTCCTTCCGGGTGGTTGATCATTGTGTTACTTAGAACGGGCGCTAAATCATAAGTTCCCATTGAAAGTGCGGTGGTTTTTTGCGTTACTTTTAATAGAGCGAAAATGCTTCTCAAATCGGC‑GGGGAAATTTTCC‑TAAAAAGCAAAAAAAAAAAAAACAAAGTTTaaaaaattt > 1:287499/1‑245 (MQ=255) cAAGGTCTGCAGCCCACGCGGCGGGAAAGTAAAGTAAAGCGACAAGTAAAAAGGTTTTGCGTAATTTCATGCTATTCCTTCCGGGTGGTTGATCATTGTGTTACTTAGAACGGGCGCTAAATCATAAGTTCCCATTGAAAGTGCGGTGGTTTTTTGCGTTACTTTTAATAGAGCGAAAATGCTTCTCAAATCGGC‑GGGTAAATTTACC‑TAAAATGCAATAAAAAATAAAGCAATGTTCAAATATTTGATc < 1:1121550/250‑1 (MQ=255) 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aaaGTGCGGTGGTTTTTTGCGTTACTTTTAATAGAGCGAAAATGCTTCTCAAATCGGC‑GGGGAAATTTTCC‑TTAAATGCAATAAAAAAAAAAACAAAGTTCAAAAATTTTATCAAGC‑T‑AAC‑AGTTTTTTGGGAGAAAATTTTATAGAATGTTT‑TCCAA‑TTTTTTACTTTTAACACAATGAGGGGAAGTATATGACAGATGGAAACGACGTAGTTAAAGAAATTTAGGCAATTTGGATTCATAATGTaaaaa > 1:627717/1‑250 (MQ=255) tGCGGTGGTTTTTTGCGTTACTTTTAATAGAGCGAAAATGCTTCTCAAATCGGC‑GGGTAAATTTACC‑TAAAATGCAATAAAAAATAAAGCAATGTTCAAATATTTGATCAAGC‑T‑AAC‑AGTTTTTAGGGAGAAATTTTCATAGAATGTTG‑TCCAA‑TTTTTAACTTTTAACACAATGAGGTGAAGTATATGACAGATGTAAACGACGTAGTTAAAGAACTTGAGGCAATTGGTATTCATAATGTAAaagaag < 1:243044/250‑1 (MQ=255) aCTTTTAATAGAGCGAAAATGCTTCTCAAATCGGC‑GGGTAAATTTACC‑TAAAATGAAAAAAAAAAAAAAAGAATGTTCAAATATTTTTTAAAAC‑T‑AAA‑AGTTTTTTGGGAGAAATTTTAATAGAATGTTG‑TCCCA‑TTTTTAACATTTAACACAATAAGGTGAAGCATATGACAGATGTAAACGAAGTAGTTAAAAAACTTTAGGCAATAGGTATTCATTATGTAAaaaaagatgtttcttattaacattt > 1:45531/1‑231 (MQ=255) 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(MQ=255) aTAAAAAATAAAGCAATGTTCAAATATTTGATCAAGC‑T‑AAC‑AGTTTTTAGGGAGAAATTTTCATAGAATGTTG‑TCCAA‑TTTTTAACTTTTAACACAATGAGGTGAAGTATATGACAGATGTAAACGACGTAGTTAAAGAACTTGAGGCAATTGGTATTc > 1:575729/1‑159 (MQ=255) aTAAAAAATAAAGCAATGTTCAAATATTTGATCAAGC‑T‑AAC‑AGTTTTTAGGGAGAAATTTTCATAGAATGTTG‑TCCAA‑TTTTTAACTTTTAACACAATGAGGTGAAGTATATGACAGATGTAAACGACGTAGTTAAAGAACTTGAGGCAATTGGTATTCATAATGTAAAAGAAGTGGTTTATAACCCAAGTTATGAACAACTTTTTGAAGAAGAAACCAAACCGGGCTTGGAAGGTTTCGAAAAAGGCAc > 1:446862/1‑250 (MQ=255) aaaaaaTAAAGCAATGTTCAAATATTTGATCAAGC‑T‑AAC‑AGTTTTTAGGGAGAAATTTTCATAGAATGTTG‑TCCAA‑TTTTTAACTTTTAACACAATGAGGTGAAGTATATGACAGATGTAAACGACGTAGTTAAAGAACTTGAGGCAATTGGTATTCATAATGTAAaagaag < 1:436768/172‑1 (MQ=255) aaaTAAAGCAATGTTCAAATATTTGATCAAGC‑T‑AAC‑AGTTTTTAGGGAGAAATTTTCATAGAATGTTG‑TCCAA‑TTTTTAACTTTTAACACAATGAGGTGAAGTATATGACAGATGTAAACGACGTAGTTAAAGAACTTGAGGCAATTGGTATTCATAATGTAAAAGAAGTGGTTTATAACCCAAGTTATGAACAACTTTTTGAAGAAGAAACCAAACCGGGCTTGGa < 1:607953/227‑1 (MQ=255) aaTAAAGCAATGTTCAAATATTTGATCAAGC‑T‑AAC‑AGTTTTTAGGGAGAAATTTTCATAGAATGTTG‑TCCAA‑TTTTTAACTTTTAACACAATGAGGTGAAGTATATGACAGATGTAAACGACGTAGTTAAAGAACTTGAGGCAATTGGTATTCATAATGTAAAAGAAGTGGTTTATAACCCAAGTTATGAACAACTTTTTGAAGAAGAAACCAAACCGGGCTTGGAAGGTTTCGAAAAAGGCACCGTcacc < 1:978181/251‑1 (MQ=255) aTAAAGCAATGTTCAAATATTTGATCAAGC‑T‑AAC‑AGTTTTTAGGGAGAAATTTTCATAGAATGTTG‑TCCAA‑TTTTTAACTTTTAACACAATGAGGTGAAGTATATGACAGATGTAAACGACGTAGTTAAAGAACTTGAGGCAATTGGTATTCATAATGTAAaag < 1:762836/164‑1 (MQ=255) aTAAAGCAATGTTCAAATATTTGATCAAGC‑T‑AAC‑AGTTTTTAGGGAGAAATTTTCATAGAATGTTG‑TCCAA‑TTTTTAACTTTTAACACAATGAGGTGAAGTATATGACAGATGTAAACGACGTAGTTAAAGAACTTGAGGCAATTGGTATTCATAATGTAAAAGAAGTGGTTTATAAc < 1:921397/178‑1 (MQ=255) | TATTTGATGTTTAAACCGGCAAGGTCTGCAGCCCACGCGGCGGGAAAGTAAAGTAAAGCGACAAGTAAAAAGGTTTTGCGTAATTTCATGCTATTCCTTCCGGGTGGTTGATCATTGTGTTACTTAGAACGGGCGCTAAATCATAAGTTCCCATTGAAAGTGCGGTGGTTTTTTGCGTTACTTTTAATAGAGCGAAAATGCTTCTCAAATCGGC‑GGGTAAATTTACC‑TAAAATGCAATAAAAAATAAAGCAATGTTCAAATATTTGATCAAGC‑T‑AAC‑AGTTTTTAGGGAGAAATTTTCATAGAATGTTG‑TCCAA‑TTTTTAACTTTTAACACAATGAGGTGAAGTATATGACAGATGTAAACGACGTAGTTAAAGAACTTGAGGCAATTGGTATTCATAATGTAAAAGAAGTGGTTTATAACCCAAGTTATGAACAACTTTTTGAAGAAGAAACCAAACCGGGCTTGGAAGGTTTCGAAAAAGGCACCGTCACC > 1/820106‑820598 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 17 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |