| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | 1 | 1,728,961 | 0 | A | C | 40.3% | 150.3 / 14.9 | 77 | intergenic (‑4626/‑45316) | unknown/unknown | tRNA‑Arg‑CCG/tRNA‑Asn‑GTT |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (36/10); new base C (0/31); total (36/41) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.74e-13 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
CTGATAATGTTTTACCAACAATTCGCTTAGTAACGAAATGGAATGCAACGCCTGAAAAAAGCGCTTCATCATGGCTTCCACGCCTTGATTGCCTTCCCCCTGGAAA‑CCCAACAATTCGCTGACTTTCAGTTGGCGATCAAACAACAGGCGGTTGTCATAACGCTTTAAAATTAAGTGCAAAGCGTACCGCACTTT‑AAACAGAAATTG‑CTGGCTTTTT‑AGTAACAAGGCGTGTTCTGCCGGATGAATAAACCCCGCCTGTAAAATTTCCTGTAAATTTTTAGCCCCGTTATGGCGCAACGCGATCCAATACAACAAATGCAAATCGCGCAACCCGCCCGGATTGTATTTGATGTCCGGCTCAAGATTGTATGAGGTGTTGTTATAACGTTGATAACGTTCGATTTTCTCCTGAATTTTTGCCTGACAGAAATCCGTTTTCGACCAAAAATCCGATTGTTGCACCAAATTCACCAGCGCTTTAAACACATTACGG > 1/1728713‑1729205 | cTGATAATGTTTTACCAACAATTCGCTTAGTAACGAAATGGAATGCAACGCCTGAAAAAAGCGCTTCATCATGGCTTCCACGCCTTGATTGCCTTCCCCCTGGAAA‑CCCAACAATTCGCTGACTTTCAGTTGGCGATCAAACAACAGGCGGTTGTCATAACGCTTTAAAATTAAGTGCAAAGCGTACCGCACTTT‑AAACAGAAATTG‑CTGGCTTTTT‑AGTAACAAGGCGTGTTCTGCCGGATGAATAAAcc < 1:82062/251‑1 (MQ=255)cTGATAATGTTTTACCAACAATTCGCTTAGTAACGAAATGGAATGCAACGCCTGAAAAAAGCGCTTCATCATGGCTTCCACGCCTTGATTGCCTTCCCCCTGGAAA‑CCCAACAATTCGCTGACTTTCAGTTGGCGATCAAACAACAGGCGGTTGTCATAACGCTTTAAAATTAAGTGCAAAGCGTACCGCACTTT‑AAACAGAAATTG‑CTGGCTTTTT‑AGTAACAAGGCGTGTTCTGCCGGATGAATAAAcc < 1:602613/251‑1 (MQ=255) tGATAATGTTTTACCAACAATTCGCTTAGTAACGAAATGGAATGCAACGCCTGAAAAAAGCGCTTCATCATGGCTTCCACGCCTTGATTGCCTTCCCCCTGGAAA‑CCCAACAATTCGCTGACTTTCAGTTGGCGATCAAACAACAGGCGGTTGTCATAACGCTTTAAAATTAAGTGCAAAGCGTACCGCACTTT‑AAACAGAAATTG‑CTGGCTTTTT‑AGTAACAAGGCGTGTTCTGCCGGATGAATAAAccc < 1:364707/251‑1 (MQ=255) aaTGTTTTACCAACAATTCGCTTAGTAACGAAATGGAATGCAACGCCTGAAAAAAGCGCTTCATCATGGCTTCCACGCCTTGATTGCCTTCCCCCTGGAAA‑CCCAACAATTCGCTGACTTTCAGTTGGCGATCAAACAACAGGCGGTTGTCATAACGCTTTAAAATTAAGTGCAAAGCGTACCGCACTTT‑AAACAGAAATTG‑CTGGCTTTTT‑AGTAACAAGGCGTGTTCTGCCGGATGAATAAACCCCGcc < 1:517006/251‑1 (MQ=255) aaCCAACATTTCGCTTAGTAACAAAATGAAATGCACCGCCTGAAAAAAGCGCTTCATCATGGCTTCCCCGCCTTGATTGCCTTCCCCCGGGAAA‑CCCAAAAATTCGCTGACTTGCAGTTGGCAATAAAACAACAGGGGGTTGTCATAACGTTTTAAAATTAGGGGCAAAGCGTCCCGC‑CTTTAAAACAGAATTTG‑CGGGTTTTTG‑AGTAACAAGGCGTGTTCGGCCGGATGAATAAACCCCGCCTGTaaaa < 1:38491/250‑1 (MQ=255) aTGGAATGCAACGCCTGAAAAAAGCGCTTCATCATGGCTTCCACGCCTTGATTGCCTTCCCCCTGGAAA‑CCCAACAATTCGCTGACTTTCAGTTGGCGATCAAACAACAGGCGGTTGTCATAACGCTTTAAAATTAAGTGCAAAGCGTACCGCACTTT‑AAACAGAAATTG‑CTGGCTTTTT‑AGTAACAAGGCGTGTTCTGCCGGATGAATAAAccc < 1:473068/215‑1 (MQ=255) gAATGCACCGCCTAAAAAAAGCGCTTCATCATGGCTCCCACGCCTTAATGCCCTCCCCCCTGAAAA‑CCCAACAATCCGTTGACTTTCAGTTGGCGATCAAACAACGGGCGTTTGTCATAACGCTTTAAAATTAGGTGCAAAGCGTCCCGCCCTTA‑AAACAAAAATTG‑CTGGCTTTTT‑AGTAACAAGGCGTGTTCTGCCGGATAAATAACCCCCGCCTGTAAAATTTCCTGTAAATTTTTAGCCCCGTTAt < 1:454839/250‑1 (MQ=255) 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1:291545/1‑251 (MQ=255) tt‑AGTAACAAGGCGTGTTCTGCCGGATGAATAAACCCCGCCTGTAAAATTTCCTGTAAATTTTTAGCCCCGTTATGGCGCAACGCGATCCAATACAACAAATGCAAATCGCGCAACCCGCCCGGATTGTATTTGATGTCCGGCTCAAGATTGTATGAGGTGTTGTTATAACGTTGATAACGTTCGATTTTCTCCTGAATTTTTGCCTGACAGAAATCCGTTTTCGACCAAAAATCCGATTGTTGCACCaaa > 1:368809/1‑251 (MQ=255) aaCAAGGCGTGTTCTGCCGGATGAATAAACCCCGCCTGTAAAATTTCCTGTAAATTTTTAGCCCCGTTATGGCGCAACGCGATCCAATACAACAAATGCAAATCGCGCAACCCGCCCGGATTGTATTTGATGTCCGGCTCAAGATTGTATGAGGTGTTGTTATAACGTTGATAACGTTCGATTTTCTCCTGAATTTTTGCCTGACAGAAATCCGTTTTCGACCAAAAATCCGATTGTTGCACCAAATTCa > 1:13136/1‑250 (MQ=255) tttataagaaactgacgggATGAATAACCCCCGCCTGTAAAATTTCCTGTAAATTTTTAGCCCCGTTATGGCGCAACGCGATCCAATACAACAAATGCAAATCGCGCAACCCGCCCGGATTGTATTTGATGTCCGGCTCAAGATTGTATGAGGTGTTGTTATAACGTTGATAACGTTCGATTTTCTCCTGAATTTTTGCCTGACAGAAATCCGTTTTCGACCAAAAATCCGATTGTTGCACCAAATTCAcc < 1:595280/234‑1 (MQ=255) 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CTGATAATGTTTTACCAACAATTCGCTTAGTAACGAAATGGAATGCAACGCCTGAAAAAAGCGCTTCATCATGGCTTCCACGCCTTGATTGCCTTCCCCCTGGAAA‑CCCAACAATTCGCTGACTTTCAGTTGGCGATCAAACAACAGGCGGTTGTCATAACGCTTTAAAATTAAGTGCAAAGCGTACCGCACTTT‑AAACAGAAATTG‑CTGGCTTTTT‑AGTAACAAGGCGTGTTCTGCCGGATGAATAAACCCCGCCTGTAAAATTTCCTGTAAATTTTTAGCCCCGTTATGGCGCAACGCGATCCAATACAACAAATGCAAATCGCGCAACCCGCCCGGATTGTATTTGATGTCCGGCTCAAGATTGTATGAGGTGTTGTTATAACGTTGATAACGTTCGATTTTCTCCTGAATTTTTGCCTGACAGAAATCCGTTTTCGACCAAAAATCCGATTGTTGCACCAAATTCACCAGCGCTTTAAACACATTACGG > 1/1728713‑1729205 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |