| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | 1 | 468,489 | C→T | intergenic (‑200207/+5587) | unknown ← / ← unknown | SSU rRNA ## 16S rRNA, small subunit ribosomal RNA/tRNA‑SeC(p)‑TCA |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | 1 | 468,489 | 0 | C | T | 99.2% | 452.1 / ‑4.8 | 131 | intergenic (‑200207/+5587) | unknown/unknown | SSU rRNA ## 16S rRNA, small subunit ribosomal RNA/tRNA‑SeC(p)‑TCA |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/1); new base T (74/56); total (74/57) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.35e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.93e-01 | |||||||||||
Only 100 of 131 total aligned reads displayed.
CAAGTAATGGGCCGGCACAGGCAATCGGGGCGAATTCGGCAACGCCGTAAGTGGACGCTTGGGCGCGGTGAGCCGTACCGAACGCATCCATCACGAATACATCACAAAGTGCGGCGTATTTTTTGCCTAATTCAGGATCGTTTTTCTTTTCGCCTTTGTTCATGCGAACGTTTTCCAATACAACGATTTCGCCGGGTTTAACATCTACGCCGTCGAGGTAATCACGTACTAAACGTACCGGCACATCAAGATGTTCGTTTAAATAATCAACAACGGGTTGGAGGGAATCTTCAGGTTTGAATTCACCTTCGGTCGGACGACCTAAGTGGGAGGTAACCATCACTTTGGCGCCTTTTTCCAAGGCTAATTTTAAGGTTGGGATGGTGGCACGAATACGCGCATCGGAAGTGATTTTACCGTCTTTTACCGGCACATTCAGGTCGGCTCGGATAAATACGCGTTTACCGTTCAAATCTAAA > 1/468251‑468729 | cAAGTAATGGGCCGGCACAGGCAATCGGGGCGAATTCGGCAACGCCGTAAGTGGACGCTTGGGCGCGGTGAGCCGTACCGAACGCATCCATCACGAATACATCACAAAGTGCGGCGTATTTTTTGCCTAATTCAGGATCGTTTTTCTTTTCGCCTTTGTTCATGCGAACGTTTTCCAATACAACGATTTCGCCGGGTTTAACATCTACGCCGTCGAGGTAATCACGTACTAAACGTACTGGCACATCAAGa > 1:326586/1‑251 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |