| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | 1 | 1,640,988 | T→C | intergenic (‑29518/‑43631) | unknown ← / → unknown | SSU rRNA ## 16S rRNA, small subunit ribosomal RNA/tRNA‑Ser‑GGA |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | 1 | 1,640,988 | 0 | T | C | 98.5% | 215.8 / NA | 68 | intergenic (‑29518/‑43631) | unknown/unknown | SSU rRNA ## 16S rRNA, small subunit ribosomal RNA/tRNA‑Ser‑GGA |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base C (34/33); minor base A (0/1); total (34/34) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
AACCTGCAACAGCCGGAATATCTTTTAATTCTTCCGGCGGTAAATCGTACAGATTTTTATCCATGGCATCACCCGGATGAATTTTATTTATGACACCATCCAAACCTGCCATTAATAATGCGGCAAATGCCAAATACGGGTTAGCAAGCGGATCAGGAAAGCGGGCTTCAATACGAATGGCTTTAGGGCTAGTCACCGCCGGAATACGAATGGAAGCGGAACGGTTACTAGCGGAATAGGCCAATAATACCGGTGCTTCAAAGCCCGGTACCAAACGCTTATAAGAGTTGGTACTTGGGTTGGTAAAGGCGTTTAAGGCTTTGGCGTGTTTAATAATACCGCCGATGTAATAAAGTGCCGTTTCGGAAAGACCGGCATATTTATCCCCTTGGAAAATATTTTTGCCGTCTTTGCTTAAAGACATATTGCAGTGCATACCTGAACCGTTATCACCAGTAATCGGTTTCGGCATAAAACAAGCGGTTTTGCCG > 1/1640744‑1641234 | aaCCTGCAACAGCCGGAATATCTTTTAATTCTTCCGGCGGTAAATCGTACAGATTTTTATCCATGGCATCACCCGGATGAATTTTATTTATGACACCATCCAAACCTGCCATTAATAATGCGGCAAATGCCAAATACGGGTTAGCAAGCGGATCAGGAAAGCGGGCTTCAATACGAATGGCTTTAGGGCTAGTCACCGCCGGAATACGAATGGAAGCGGAACGGTTACTAGCGGAATAGGCCAACAATAc < 1:227384/250‑1 (MQ=255) 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aaaTACGAATGGAAGCGGAACGTTTACTAGCGGAATAGGCCAACAATACCGGTGCTTCAAAGCCCGGTACCAAACGCTTATAAGAGTGGGTACTTGGGTTGGTAAAGGCGTTTAAGGCTTTGGCGTGTTTAATAATACCGCCGATGTAATAAAGTGCCGTTTCGGAAAGACCGGCATATTTATCCCCTTGGAAAATATTTTTGCCGTCTTTGCTTAAAGACATATTGCAGTGCATACCTGAACCGTTATCa < 1:3879/250‑1 (MQ=255) aTACGAATGGAAGCGGAACGGTTACTAGCGGAATAGGCCAACAATACCGGTGCTTCAAAGCCCGGTACCAAACGCTTATAAGAGTTGGTACTTGGGTTGGTAAAGGCGTTTAAGGTTTTGGCGTGTTTAATAATACCGCCGATGTAATAAAGTGCCGTTTCGGAAAGACCGGCATATTTATCCCCTTGGAAAATATTTTTGCCGTCTTTGCTTAAAGACATATTGCAGTGCATACCTGAACCGTTATCAcc < 1:578250/251‑1 (MQ=255) aaTGGAAGCGGAACGGTTACTAGCGGAATAGGCCAACAATACCGGTGCTTCAAAGCCCGGTACCAAACGCTTATAAGAGTTGGTACTTGGGTTGGTAAAGGCGTTTAAGGCTTTGGCGTGTTTAATAATACCGCCGA‑GTAATAAAGTGCCGTTT‑GGAAAGACCGGCATATTTATCCCCTTGGAAAATATTTTTGCCGTCTTTGCTTAAAGACATATTGc < 1:633154/219‑1 (MQ=255) gCGGAACGGTTACTAGCGGAATAGGCCAACAATACCGGTGCTTCAAAGCCCGGTACCAAACGCTTATAAGAGTTGGTACTTGGGTTGGTAAAGGCGTTTAAGGCTTTGGCGTGTTTAATAATACCGCCGATGTAATAAAGTGCCGTTTCGGAAAGACCGGCATATTTATCCCCTTGGAAAATATTTTTGCCGTCTTTGCTTAAAGACATATTGCAGTGCATACCTGAACCGTTATCACCAGTAATCGGttt > 1:158144/1‑251 (MQ=255) ggTTACTAGCGGAATAGGCCAACAATACCGGTGCTTCAAAGCCCGGTACCAAACGCTTATAAGAGTTGGTACTTGGGTTGGTAAAGGCGTTTAAGGCTTTGGCGTGTTtaataa > 1:769674/1‑114 (MQ=255) gTTACTAGCGGAATAGGCCAACAATACCGGTGCTTCAAAGCCCGGTACCAAACGCTTATAAGAGTTGGTACTTGGGTTGGTAAAGGCGTTTAAGGCTTTGGCGTGTTtaataa > 1:161862/1‑113 (MQ=255) tACTAGCGGAATAGGCCAACAATACCGGTGCTTCAAAGCCCGGTACCAAACGCTTATAAGAGTTGGTACTTGGGTTGGTAAAGGCGTTTAAGGCTTTGGCGTGTTTAATAATACCGCCGATGTAATAAAGTGCCGTTTCGGAAAGACCGGCATATTTATCCCCTTGGAAAATATTTTTGCCGTCTTTGCTTAAAGACATATTGc > 1:193072/1‑204 (MQ=255) 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AACCTGCAACAGCCGGAATATCTTTTAATTCTTCCGGCGGTAAATCGTACAGATTTTTATCCATGGCATCACCCGGATGAATTTTATTTATGACACCATCCAAACCTGCCATTAATAATGCGGCAAATGCCAAATACGGGTTAGCAAGCGGATCAGGAAAGCGGGCTTCAATACGAATGGCTTTAGGGCTAGTCACCGCCGGAATACGAATGGAAGCGGAACGGTTACTAGCGGAATAGGCCAATAATACCGGTGCTTCAAAGCCCGGTACCAAACGCTTATAAGAGTTGGTACTTGGGTTGGTAAAGGCGTTTAAGGCTTTGGCGTGTTTAATAATACCGCCGATGTAATAAAGTGCCGTTTCGGAAAGACCGGCATATTTATCCCCTTGGAAAATATTTTTGCCGTCTTTGCTTAAAGACATATTGCAGTGCATACCTGAACCGTTATCACCAGTAATCGGTTTCGGCATAAAACAAGCGGTTTTGCCG > 1/1640744‑1641234 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |