| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | 1 | 276,001 | T→C | intergenic (‑7719/+198075) | unknown ← / ← unknown | SSU rRNA ## 16S rRNA, small subunit ribosomal RNA/tRNA‑SeC(p)‑TCA |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | 1 | 276,001 | 0 | T | C | 100.0% | 154.8 / NA | 45 | intergenic (‑7719/+198075) | unknown/unknown | SSU rRNA ## 16S rRNA, small subunit ribosomal RNA/tRNA‑SeC(p)‑TCA |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); new base C (27/18); total (27/18) | |||||||||||
CTTCCGTAAATGGCTTTTCTTCTATATTTCGGGGTGAAGACGATGTGATACTTACAGTTCCATTTGGTATGTGATAGACTTGAATCGTCATTGGCTTTACTTACCATTGACTTATCCTCCTATATCTTGAATTTGGGTTGTCAGCCTTATTCTTATATAGTGAGGATTTTTTATGTTGACCGCTTAAGTTCTTTGATTCCATACGCATAGCGTACGGTTTTGTTTATAGCTAGACGTTGTCTAGCTATAATAAAAAGGCTGAATAAATGTTATTCAGCCTTTTTAAATCTAACAGTTAACTAGTTTTTATTCCGCTGTAGCTTCTTTACTTGAAACTTCTGGACGATCTACTAACTCAATGTAAGCCATTGGAGCATTATCGCCAGCACGGAAACCACATTTAAGGATGCGGGTGTAGCCACCAGCACGT > 1/275813‑276242 | cTTCCGTAAATGGCTTTTCTTCTATATTTCGGGGTGAAGACGATGTGATACTTACAGTTCCATTTGGTATGTGATAGACTTGAATCGTCATTGGCTTTACTTACCATTGACTTATCCTCCTATATCTTGAATTTGGGTTGTCAGCCTTATTCTTATATAGTGAGGATTTTTTATGTTGACCGCTTAAGCTCTTTGATTCCATACGCATAGCGTACGGTTTTGTTTATAGCTAGACGTTGTCTAGCTataat < 1:175383/251‑1 (MQ=11) tatTTCGGGGTGAAGACGATGTGATACTTACAGTTCCATTTGGTATGTGATAGACTTGAATCGTCATTGGCTTTACTTACCATTGACTTATCCTCCTATATCTTGAATTTGGGTTGTCAGCCTTATTCTTATATAGTGAGGATTTTTTATGTTGACCGCTTAAGCTCTTTGATTCCATACGCATAGCGTACGGTTTTGTTTATAGCTAGACGTTGTCTAGCTATAATAAAAAGGCTGAATAAATGTTATTc < 1:740269/251‑1 (MQ=255) tatTTCGGGGTGAAGACGATGTGATACTTACAGTTCCATTTGGTATGTGATAGACTTGAATCGTCATTGGCTTTACTTACCATTGACTTATCCTCCTATATCTTGAATTTGGGTTGTCAGCCTTATTCTTATATAGTGAGGATTTTTTATGTTGACCGCTTAAGCTCTTTGATTCCATACGCATAGCGTACGGTTTTGTTTATAGCTAGACGTTGTCTAGCTATAATAAAAAGGCTGAATAAATGTTATTc < 1:311444/251‑1 (MQ=255) ggTGAAGACGATGTGATACTTACAGTTCCATTTGGTATGTGATAGACTTGAATCGTCATTGGCTTTACTTACCATTGACTTATCCTCCTATATCTTGAATTTGGGTTGTCAGCCTTATTCTTATATAGTGAGGATTTTTTATGTTGACCGCTTAAGCTCTTTGATTCCATACGCATAGCGTACGGTTTTGTTTATAGCTAGACGTTGTCTAGCTATAATAAAAAGGCTGAATAAATg > 1:576858/1‑237 (MQ=39) cGATGTGATACTTACAGTTCCATTTGGTATGTGATAGACTTGAATCGTCATTGGCTTTACTTACCATTGACTTATCCTCCTATATCTTGAATTTGGGTTGTCAGCCTTATTCTTATATAGTGAGGATTTTTTATGTTGACCGCTTAAGCTCTTTGATTCCATACGCATAGCGTACGGTTTTGTTTATAGCTAGACGTTGTCTAGCTATAATAAAAAGGCTGAATAAATGTTATTCAGCCTTTTTAAATCTa > 1:530057/1‑251 (MQ=255) 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aTCCTCCTATATCTTGAATTTGGGTTGTCAGCCTTATTCTTATATAGTGAGGATTTTTTATGTTGACCGCTTAAGCTCTTTGATTCCATACGCATAGCGTACGGTTTTGTTTATAGCTAGACGTTGTCTAGCTATAATAAAAAGGCTGAATAAATGTTATTCAGCCTTTTTAAATCTAACAGTTAACTAGTTTTTATTCCGCTGTAGCTTCTTTACTTGAAACTTCTGGACGATCTACTAACTCAATGTaa > 1:501669/1‑251 (MQ=255) ctcctATATCTTGAATTTGGGTTGTCAGCCTTATTCTTATATAGTGAGGATTTTTTATGTTGACCGCTTAAGCTCTTTGATTCCATACGCATAGCGTACGGTTTTGTTTATAGCTAGACGTTGTCTAGCTATAATAAAAAGGCTGAATAAATGTTATTCAGCCTTTTTAAATCTAACAGTTAACTAGTTTTTATTCCGCTGTAGCTTCTTTACTTGAAACTTCTGGACGATCTACTAAc < 1:745500/239‑1 (MQ=255) tCTTGAATTTGGGTTGTCAGCCTTATTCTTATATAGTGAGGATTTTTTATGTTGACCGCTTAAGCTCTTTGATTCCATACGCATAGCGTACGGTTTTGTTTATAGCTAGACGTTGTCTAGCTATAATAAAAAGGCTGAATAAATGTTATTCAGCCTTTTTAAATCTAACAGTTAACTAGTTTTTATTCCGCTGTAGCTTCTTTACTTGAAACTTCTGGACGATCTACTAACTCAATGTAAGCTATTGGAGc < 1:838272/251‑1 (MQ=255) 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(MQ=255) cTTATATAGTGAGGATTTTTTATGTTGACCGCTTAAGCTCTTTGATTCCATACGCATAGCGTACGGTTTTGTTTATAGCTAGACGTTGTCTAGCTATAATAAAAAGGCTGAATAAATGTTATTCAGCCTTTTTAAATCTAACAGTTAACTAGTTTTTATTCCGCTGTAGCTTCTTTACTTGAAACTTCTGGACGATCTACTAACTCAATGTAAGcc > 1:149676/1‑216 (MQ=255) cTTATATAGTGAGGATTTTTTATGTTGACCGCTTAAGCTCTTTGATTCCATACGCATAGCGTACGGTTTTGTTTATAGCTAGACGTTGTCTAGCTATAATAAAAAGGCTGAATAAATGTTATTCAGCCTTTTTAAATCTAACAGTTAACTAGTTTTTATTCCGCTGTAGCTTCTTTACTTGAAACTTCTGGACGATCTACTAACTCAATGTAAGCCATTGGAGCATTATCGCCAGCACGGAAAcc > 1:254774/1‑245 (MQ=255) ttATATAGTGAGGATTTTTTATGTTGACCGCTTAAGCTCTTTGATTCCATACGCATAGCGTACGGTTTTGTTTATAGCTAGACGTTGTCTAGCTATAATAAAAAGGCTGAATAAATGTTATTCAGCCTTTTTAAATCTAACAGTTAACTAGTTTTTATTCCGCTGTAGCTTCTTTACTTGAAACTTCTGGACGATCTACTAACTCAATGTAAGCCATTGGAGCATTATCGCCAGCACGGAAACCACATTTa < 1:231748/251‑1 (MQ=255) 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1:443071/1‑194 (MQ=255) aCCGCTTAAGCTCTTTGATTCCATACGCATAGCGTACGGTTTTGTTTATAGCTAGACGTTGTCTAGCTATAATAAAAAGGCTGAATAAATGTTATTCAGCCTTTTTAAATCTAACAGTTAACTAGTTTTTATTCCGCTGTAGCTTCTTTACTTGAAACTTCTGGACGATCTACTAACTCAATGTAAGCCATTGGAGCATTATCGCCAGCACGGAAACCACATTTAAGGATGCGGGTGTAGCCACCAGCAc < 1:69450/250‑1 (MQ=255) ccGCTTAAGCTCTTTGATTCCATACGCATAGCGTACGGTTTTGTTTATAGCTAGACGTTGTCTAGCTATAATAAAAAGGCTGAATAAATGTTATTCAGCCTTTTTAAATCTAACAGTTAACTAGTTTTTATTCCGCTGTAGCTTCTTTACTTGAAACTTCTGGACGATCTACTAACTCAATGTAAGCCATTGGAGCATTATCGCCAGCACGGAAACCACATTTAAGGATGCGGGTGTAGCCACCAGCACGt < 1:818114/251‑1 (MQ=255) gCTTAAGCTCTTTGATTCCATACGCATAGCGTACGGTTTTGTTTATAGCTAGACGTTGTCTAGCTATAATAAAAAGGCTGAATAAATGTTATTCAGCCTTTTTAAATCTAACAGTTAACTAGTTTTTATTCCGCTGTAGCTTCTTTACTTGAAACTTCTGGACGATCTACTAACTc > 1:710447/1‑176 (MQ=255) | CTTCCGTAAATGGCTTTTCTTCTATATTTCGGGGTGAAGACGATGTGATACTTACAGTTCCATTTGGTATGTGATAGACTTGAATCGTCATTGGCTTTACTTACCATTGACTTATCCTCCTATATCTTGAATTTGGGTTGTCAGCCTTATTCTTATATAGTGAGGATTTTTTATGTTGACCGCTTAAGTTCTTTGATTCCATACGCATAGCGTACGGTTTTGTTTATAGCTAGACGTTGTCTAGCTATAATAAAAAGGCTGAATAAATGTTATTCAGCCTTTTTAAATCTAACAGTTAACTAGTTTTTATTCCGCTGTAGCTTCTTTACTTGAAACTTCTGGACGATCTACTAACTCAATGTAAGCCATTGGAGCATTATCGCCAGCACGGAAACCACATTTAAGGATGCGGGTGTAGCCACCAGCACGT > 1/275813‑276242 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |