| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | 1 | 1,481,425 | C→T | intergenic (+148807/+105708) | unknown → / ← unknown | tRNA‑Met‑CAT/tRNA‑Val‑GAC |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | 1 | 1,481,425 | 0 | C | T | 85.5% | 125.4 / 14.6 | 55 | intergenic (+148807/+105708) | unknown/unknown | tRNA‑Met‑CAT/tRNA‑Val‑GAC |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (5/3); new base T (24/23); total (29/26) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.08e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.76e-01 | |||||||||||
ATTTTCCCGACTAATGAAATTAAATCCAATCATCGGTCTTTTATTGCCGAACATCGTCATTTTACCGATGAAGAAACGGGCGTTTGTTGTGATTTAGTTGTTATTAATCAGTCTGTTGCAGGCATTCCTCGGTTTGTCAAAGACCGTATACAGGTGTTAATCAATCTCCGACACTTAT‑AAAACGCGACATTGTCACAGATGTAAGTGTAAAAAATGGAGATGTGATAGTTTTGGGTGGACTGGCCGAAAACAAGATAACTGAAGGCGAAACAGGTTTTTCATTTCTTCCTAAAGGTTTTTTAACGGGAAAATCCAAAAATGATACTAAGACAGATATAGTGATTTTACTCCAAGTGAAACTTGTCTAACTA‑TTTTCCGCTTGC‑GGAAAATGCAGGGCGAAGGCTTGCAGCCCGGTAAATAATGCTCGATGTTATTCGGGCATTTTTATTTGTTGCGCGCTGATGATTTTAATCGAGAAATGAAAAT > 1/1481175‑1481660 | aTTTTCCCGACTAATGAAATTAAATCCAATCATCGGTCTTTTATTGCCGAACATCGTCATTTTACCGATGAAGAAACGGGCGTTTGTTGTGATTTAGTTGTTATTAATCAGTCTGTTGCAGGCATTCCTCGGTTTGTCAAAGACCGTATACAGGTGTTAATCAATCTCCGACACTTAT‑AAAACGCGACATTGTCACAGATGTAAGTGTAAAAAATGGCGATGTGATAGTTTTGGGTGGACTGGCCGAAAAc < 1:744671/251‑1 (MQ=255) ttttCCCGACTAATGAAATTAAATCCAATCATCGGTCTTTTATTGCCGAACATCGTCATTTTACCGATGAAGAAACGGGCGTTTGTTGTGATTTAGTTGTTATTAATCAGTCTGTTGCAGGCATTCCTCGGTTTGTCAAAGACCGTATACAGGTGTTAATCAATCTCCGACACTTATAAAAACGCGACATTGTCACAGATGTAAGTGTAAAAAATGGCGATGTGATAGTTTTGGGTGGACTGGCCGAAAAc < 1:342888/251‑1 (MQ=255) gTCTTTTATTGCCGAACATCGTCATTTTACCGATGAAGAAACGGGCGTTTGTTGTGATTTAGTTGTTATTAATCAGTCTGTTGCAGGCATTCCTCGGTTTGTCAAAGACCGTATACAGGTGTTAATCAATCTCCGACACTTAT‑AAAACGCGACATTGTCACAGATGTAAGTGTAAAAAATGGCGATGTGATAGTTTTGGGTGGACTGGCCGAAAACAAGATAACTGAAGGCGAAACAGGtttcacgttgta > 1:492024/1‑242 (MQ=255) tttATTGCCGAACATCGTCATTTTACCGATGAAGAAACGGGCGTTTGTTGTGATTTAGTTGTTATTAATCAGTCTGTTGCAGGCATTCCTCGGTTTGTCAAAGACCGTATACAGGTGTTAATCAATCTCCGACACTTAT‑AAAACGCGACATTGTCACAGATGTAAGTGTAAAAAATGGCGATGTGATAGTTTTGGGTGGACTGGCCGAAAACAAGATAACTGAAGGCGAAACAGGtttcacgttgtaagct < 1:796360/251‑14 (MQ=255) 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> 1:897988/21‑248 (MQ=255) attttgttaagacggataCAGGTGTTAATCAATCTCCGACACTTAT‑AAAACGCGACATTGTCACAGATGTAAGTGTAAAAAATGGCGATGTGATTGTTCTTGGTGGTCTGGCTGAAAATAAAATAACGGAAGGTGAAACAGGTTTTTCATTTCTTCCTAAAGGTTTTTTAACGGGAAAATCCAAAAATGATACTAAGACAGATATAGTGATTTTACTCCAAGTGAAACTTGTCTAACTA‑tttttgagcaag > 1:47361/16‑243 (MQ=255) gacggataCAGGTGTTAATCAATCTCCGACACTTAT‑AAAACGCGACATTGTCACAGATGTAAGTGTAAAAAATGGCGATGTGATTGTTCTTGGTGGTCTGGCTGAAAATAAAATAACGGAAGGTGAAACAGGTTTTTCATTTCTTCCTAAAGGTTTTTTAAc < 1:598161/157‑1 (MQ=255) gacggataCAGGTGTTAATCAATCTCCGACACTTAT‑AAAACGCGACATTGTCACAGATGTAAGTGTAAAAAATGGCGATGTGATTGTTCTTGGTGGTCTGGCTGAAAATAAAATAACGGAAGGTGAAACAGGTTTTTCATTTCTTCCTAAAGGTTTTTTAACGGGAAAATCCAAAAATGATACTAAGAc < 1:356024/184‑1 (MQ=255) gacggataCAGGTGTTAATCAATCTCCGACACTTAT‑AAAACGCGACATTGTCACAGATGTAAGTGTAAAAAATGGCGATGTGATTGTTCTTGGTGGTCTGGCTGAAAATAAAATAACGGAAGGTGAAACAGGTTTTTCATTTCTTCCTAAAGGTTTTTTAACGGGAAAATCCAAAAATGATACTAAGACAGATATAGTGATTTTACTCCAAGTGAAACTTGTCTa < 1:645917/220‑1 (MQ=255) 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1:700016/158‑1 (MQ=255) t‑aAAACGCGACATTGTCACAGATGTAAGTGTAAAAAATGGCGATGTGATTGTTCTTGGTGGTCTGGCTGAAAATAAAATAACGGAAGGTGAAACAGGTTTTTCATTTCTTCCTAAAGGTTTTTTAACGGGAAAATCCAAAAATGATACTAAGACAGATATAGTGATTTTACTCCAAGTGAAACTTGTCTAACTATTTTTGAGCAAGCTCAAAAATGTAGGGCGAAGGCTTGCAGCCCGGTAAACCATGCTc < 1:21991/251‑1 (MQ=255) aaaCGCGACATTGTCACAGATGTAAGTGTAAAAAATGGCGATGTGATTGTTCTTGGTGGTCTGGCTGAAAATAAAATAACGGAAGGTGAAACAGGTTTTTCATTTCTTCCTAAAGGTTTTTTAACGGGAAAATCCAAAAATGATACTAAGACAGATATAGTGATTTTACTCCAAGTGAAACTTGTCTAACTATTTTTGAGCAAGCTCAAAAATGTAGGGCGAAGGCTTGCAGCCCGGTaaac > 1:882242/1‑241 (MQ=255) aCGCGACATTGTCACAGATGTAAGTGTAAAAAATGGCGATGTGATTGTTCTTGGTGGTCTGGCTGAAAATAAAATAACGGAAGGTGAAACAGGTTTTTCATTTCTTCCTAAAGGTTTTTTAACGGGAAAATCCAAAAATGATACTAAGACAGATATAGTGATTTTACTCCAAGTGAAACTTGTCTAACTATTTTTGAGCAAGCTCAAAAATGTAGGGCGAAGGCTTGCAGCCCGGTAAACCATGCTCGATg < 1:871823/251‑1 (MQ=255) 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(MQ=255) tCACAGATGTAAGTGTAAAAAATGGCGATGTGATTGTTCTTGGTGGTCTGGCTGAAAATAAAATAACGGAAGGTGAAACAGGTTTTTCATTTCTTCCTAAAGGTTTTTTAACGGGAAAATCCAAAAATGATACTAAGACAGATATAGTGATTTTACTCCAAGTGAAACTTGTCTAACTATTTTTGAGCAAGCTCAAAAATGTAGGGCGAAGGCTTGCAGCCCGGTAAACCATGCTCGATGt < 1:92661/241‑1 (MQ=255) tCACAGATGTAAGTGTAAAAAATGGCGATGTGATTGTTCTTGGTGGTCTGGCTGAAAATAAAATAACGGAAGGTGAAACAGGTTTTTCATTTCTTCCTAAAGGTTTTTTAACGGGAAAATCCAAAAATGATACTAAGACAGATATAGTGATTTTACTCCAAGTGAAACTTGTCTAACTATTTTTGAGCAAGCTCAAAAATGTAGGGCGAAGGCTTGCAGCCCGGTAAACCATGCTCGATGTTATTCGGGc < 1:251811/250‑1 (MQ=255) tCACAGATGTAAGTGTAAAAAATGGCGATGTGATTGTTCTTGGTGGTCTGGCTGAAAATAAAATAACGGAAGGTGAAACAGGTTTTTCATTTCTTCCTAAAGGTTTTTTAACGGGAAAATCCAAAAATGATACTAAGACAGATATAGTGATTTTACTCCAAGTGAAACTTGTCTAACTATTTTTGAGCAAGCTCAAAAATGTAGGGCGAAGGCTTGCAGCCCGGTAAACCATGCTCGATGTTATTCGGGCa > 1:321878/1‑251 (MQ=255) gATGTAAGTGTAAAAAATGGCGATGTGATTGTTCTTGGTGGTCTGGCTGAAAATAAAATAACGGAAGGTGAAACAGGTTTTTCATTTCTTCCTAAAGGTTTTTTAACGGGAAAATCCaaaaa > 1:435792/1‑122 (MQ=255) 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tgattgttcttggtggtCTGGCTGAAAATAAAATAACGGAAGGTGAAACAGGTTTTTCATTTCTTCCTAAAGGTTTTTTAACGGGAAAATCCAAAAATGATACTAAGACAGATATAGTGATTTTACTCCAAGTGAAACTTGTCTAACTATTTTTGAGCAAGCTCAAAAATGTAGGGCGAAGGCTTGCAGCCCGGTAAACCATGCTCGATGTTATTCGGGCATTTTTATTTTTTgcgcgtacctaaatttaa > 1:137407/12‑238 (MQ=255) tgattgttcttggtggtCTGGCTGAAAATAAAATAACGGAAGGTGAAACAGGTTTTTCATTTCTTCCTAAAGGTTTTTTAACGGGAAAATCCAAAAATGATACTAAGACAGATATAGTGATTTTACTCCAAGTGAAACTTGTCTAACTATTTTTGAGCAAGCTCAAAAATGTAGGGCGAAGGCTTGCAGCCCGGTAAACCATGCTCGATGTTATTCGGGCATTTTTATTTTTTgcgcgtacc < 1:57031/231‑5 (MQ=255) gttcttggtggtCTGGCTGAAAATAAAATAACGGAAGGTGAAACAGGTTTTTCATTTCTTCCTAAAGGTTTTTTAACGGGAAAATCCAAAAATGATACTAAGACAGATATAGTGATTTTACTCCAAGTGAAACTTGTCTAACTATTTTTGAGCAAGCTCAAAAATGTAGGGCGAAGGCTTGCAGCCCGGTAAACCATGCTCGATGTTATTCGGGCATTTTTATTTTTTgcgcgtacctaaatttaatcgag > 1:322230/7‑233 (MQ=255) gttcttggtggtCTGGCTGAAAATAAAATAACGGAAGGTGAAACAGGTTTTTCATTTCTTCCTAAAGGTTTTTTAACGGGAAAATCCAAAAATGATACTAAGACAGATATAGTGATTTTACTCCAAGTGAAACTTGTCTAACTATTTTTGAGCAAGCTCAAAAATGTAGGGCGAAGGCTTGCAGCCCGGTAAACCATGCTCGATGTTATTCGGGCATTTTTATTTTTTgcgcgtacctaaatttaatcgag > 1:717953/7‑233 (MQ=255) gttcttggtggtCTGGCTGAAAATAAAATAACGGAAGGTGAAACAGGTTTTTCATTTCTTCCTAAAGGTTTTTTAACGGGAAAATCCAAAAATGATACTAAGACAGATATAGTGATTTTACTCCAAGTGAAACTTGTCTAACTATTTTTGAGCAAGCTCAAAAATGTAGGGCGAAGGCTTGCAGCCCGGTAAACCATGCTCGATGTTATTCGGGCATTTTTATTTTTTgcgcgtacctaaat < 1:275550/236‑10 (MQ=255) tcttggtggtCTGGCTGAAAATAAAATAACGGAAGGTGAAACAGGTTTTTCATTTCTTCCTAAAGGTTTTTTAACGGGAAAATCCAAAAATGATACTAAGACAGATATAGTGATTTTACTCCAAGTGAAACTTGTCTAACTATTTTTGAGCAAGCTCAAAAATGTAGGGCGAAGGCTTGCAGCCCGGTAAACCATGCTCGATGTTATTCGGGCATTTTTATTTTTTgcgcgtacctaaatttaatcgagaa > 1:203027/5‑231 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |