| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | 1 | 1,362,883 | G→A | intergenic (+30265/+224250) | unknown → / ← unknown | tRNA‑Met‑CAT/tRNA‑Val‑GAC |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | 1 | 1,362,883 | 0 | G | A | 98.8% | 301.4 / NA | 86 | intergenic (+30265/+224250) | unknown/unknown | tRNA‑Met‑CAT/tRNA‑Val‑GAC |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/1); new base A (42/43); total (42/44) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
ACGTTTGAAGGTTTGCATGGTGGAAAGGTCTTGATCTTGCATAATAAATTTTCTGTCTTAGGTCAAAAAATAATGGCGCATTGTACCTTTATTTCGTGCTCAAGCCAATCAATCTGCGATACCAAGGCGAAAATTCAGCGCGCGCGGTCTGAATTTTGATCTCTTCATTGTAGAACAATAGACTGATTTGCCCGCTATGCGCCGTATTATAAATTTGTGATCCTTGTTGTTGCAGGCGCGCCGCCACGTCTTTATGGGGAAAATGCCATGGGTTCCAGCGTCCGCTGGAAATCAGCGCAATGTCCGGTTGAATATGTTGCACTAATGCCTGCCCCGTCGAGGTTTTGCTACCGTGATGCCCTACTTGTAACACATGGATTTTGCCAAGTTTCGGTAGGATCTTATATTCCACGCTAAGATCCGCGTCGCCCGTCAGCAAAATATGGTGCGTGCCATCGGTTAATAAAAGTGTGCAGGAATCCCGATTTTC > 1/1362641‑1363130 | aCGTTTGAAGGTTTGCATGGTGGAAAGGTCTTGATCTTGCATAATAAATTTTCTGTCTTAGGTCAAAAAATAATGGCGCATTGTACCTTTATTTCGTGCTCAAGCCAATCAATCTGCGATACCAAGGCGAAAATTCAGCGCGCGCGGTCTGAATTTTGATCTCTTCATTGTAGAACAATAGACTGATTTGCCCGCTATGCGCCGTATTATAAATTTGTGATCCTTGTTGTTGCAGGCGCGCCACCACGt > 1:140799/1‑249 (MQ=255) cGTTTGAAGGTTTGCATGGTGGAAAGGTCTTGATCTTGCATAATAAATTTTCTGTCTTAGGTCAAAAAATAATGGCGCATTGTACCTTTATTTCGTGCTCAAGCCAATCAATCTGCGATACCAAGGCGAAAATTCAGCGCGCGCGGTCTGAATTTTGATCTCTTCATTGTAGAACAATAGACTGATTTGCCCGCTATGCGCCGTATTATAAATTTGTGATCCTTGTTGTTGCAGGCGCGCCACCACGTCtt > 1:325929/1‑251 (MQ=255) cGTTTGAAGGTTTGCATGGTGGAAAGGTCTTGATCTTGCATAATAAATTTTCTGTCTTAGGTCAAAAAATAATGGCGCATTGTACCTTTATTTCGTGCTCAAGCCAATCAATCTGCGATACCAAGGCGAAAATTCAGCGCGCGCGGTCTGAATTTTGATCTCTTCATTGTAGAACAATAGACTGATTTGCCCGCTATGCGCCGTATTATAAATTTGTGATCCTTGTTGTTGCAGGCGCGCCACCACGTCtt > 1:24009/1‑251 (MQ=255) aaGGTTTGCATGGTGGAAAGGTCTTGATCTTGCATAATAAATTTTCTGTCTTAGGTCAAAAAATAATGGCGCATTGTACCTTTATTTCGTGCTCAAGCCAATCAATCTGCGATACCAAGGCGAAAATTCAGCGCGCGCGGTCTGAATTTTGATCTCTTCATTGTAGAACAATAGACTGATTTGCCCGCTATGCGCCGTATTATAAATTTGTGATCCTTGTTGTTGCAGGCGCGCCACCACGTCTTTATgg < 1:514810/250‑1 (MQ=255) 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tACCTTTATTTCGTGCTCAAGCCAATCAATCTGCGATACCAAGGCGAAAATTCAGCGCGCGCGGTCTGAATTTTGATCTCTTCATTGTAGAACAATAGACTGATTTGCCCGCTATGCGCCGTATTATAAATTTGTGATCCTTGTTGTTGCAGGCGCGCCACCACGTCTTTATGGGGAAAATGCCATGGGTTCCAGCGTCCGCTGGAAATCAGCGCAATGTCCGGTTGAATATGTTGCACTAATGCCTGccc < 1:135024/251‑1 (MQ=255) cGTGCTCAAGCCAATCAATCTGCGATACCAAGGCGAAAATTCAGCGCGCGCGGTCTGAATTTTGATCTCTTCATTGTAGAACAATAGACTGATTTGCCCGCTATGCGCCGTATTATAAATTTGTGATCCTTGTTGTTGCAGGCGCGCCACCACGTCTTTATGGGGAAAATGCCATGGGTTCCAGCGTCCGCTGGAAATCAGCGCAATGTCCGGTTGAATATGTTGCACTAATGCCTGCCCCGTCGAGGttt < 1:637591/251‑1 (MQ=255) tGCTCAAGCCAATCAATCTGCGATACCAAGGCGAAAATTCAGCGCGCGCGGTCTGAATTTTGATCTCTTCATTGTAGAACAATAGACTGATTTGCCCGCTATGCGCCGTATTATAAATTTGTGATCCTTGTTGTTGCAGGCGCGCCACCACGTCTTTATGGGGAAAATGCCATGGGTTCCAGCGTCCGCTGGAAATCAGCGCAATGTCCGGTTGAATATGTTGc < 1:312543/224‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |