| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | 1 | 1,481,413 | 0 | A | T | 76.5% | 107.5 / 32.7 | 51 | intergenic (+148795/+105720) | unknown/unknown | tRNA‑Met‑CAT/tRNA‑Val‑GAC |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (6/6); new base T (18/21); total (24/27) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.83e-01 | |||||||||||
| Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
GTGTGGCGTATTTTCCCGACTAATGAAATTAAATCCAATCATCGGTCTTTTATTGCCGAACATCGTCATTTTACCGATGAAGAAACGGGCGTTTGTTGTGATTTAGTTGTTATTAATCAGTCTGTTGCAGGCATTCCTCGGTTTGTCAAAGACCGTATACAGGTGTTAATCAATCTCCGACACTTAT‑AAAACGCGACATTGTCACAGATGTAAGTGTAAAAAATGGAGATGTGATAGTTTTGGGTGGACTGGCCGAAAACAAGATAACTGAAGGCGAAACAGGTTTTTCATTTCTTCCTAAAGGTTTTTTAACGGGAAAATCCAAAAATGATACTAAGACAGATATAGTGATTTTACTCCAAGTGAAACTTGTCTAACTA‑TTTTCCGCTTGC‑GGAAAATGCAGGGCGAAGGCTTGCAGCCCGGTAAATAATGCTCGATGTTATTCGGGCATTTTTATTTGTTGCGCGCTGATGATTTTAATCGAGAA > 1/1481166‑1481652 | gtgtGGCGTATTTTCCCGACTAATGAAATTAAATCCAATCATCGGTCTTTTATTGCCGAACATCGTCATTTTACCGATGAAGAAACGGGCGTTTGTTGTGATTTAGTTGTTATTAATCAGTCTGTTGCAGGCATTCCTCGGTTTGTCAAAGACCGTATACAGGTGTTAATCAATCTCCGACACTTAT‑AAAACGCGACATTGTCACAGATGTAAGTGTAAAAAATGGCGATGTGATAGTTTTGGGTGGa > 1:422482/1‑248 (MQ=255) aTTTTCCCGACTAATGAAATTAAATCCAATCATCGGTCTTTTATTGCCGAACATCGTCATTTTACCGATGAAGAAACGGGCGTTTGTTGTGATTTAGTTGTTATTAATCAGTCTGTTGCAGGCATTCCTCGGTTTGTCAAAGACCGTATACAGGTGTTAATCAATCTCCGACACTTAT‑AAAACGCGACATTGTCACAGATGTAAGTGTAAAAAATGGCGATGTGATAGTTTTGGGTGGACTGGCCGAAAAc < 1:744671/251‑1 (MQ=255) ttttCCCGACTAATGAAATTAAATCCAATCATCGGTCTTTTATTGCCGAACATCGTCATTTTACCGATGAAGAAACGGGCGTTTGTTGTGATTTAGTTGTTATTAATCAGTCTGTTGCAGGCATTCCTCGGTTTGTCAAAGACCGTATACAGGTGTTAATCAATCTCCGACACTTATAAAAACGCGACATTGTCACAGATGTAAGTGTAAAAAATGGCGATGTGATAGTTTTGGGTGGACTGGCCGAAAAc < 1:342888/251‑1 (MQ=255) gTCTTTTATTGCCGAACATCGTCATTTTACCGATGAAGAAACGGGCGTTTGTTGTGATTTAGTTGTTATTAATCAGTCTGTTGCAGGCATTCCTCGGTTTGTCAAAGACCGTATACAGGTGTTAATCAATCTCCGACACTTAT‑AAAACGCGACATTGTCACAGATGTAAGTGTAAAAAATGGCGATGTGATAGTTTTGGGTGGACTGGCCGAAAACAAGATAACTGAAGGCGAAACAGGtttcacgttgta > 1:492024/1‑242 (MQ=255) tttATTGCCGAACATCGTCATTTTACCGATGAAGAAACGGGCGTTTGTTGTGATTTAGTTGTTATTAATCAGTCTGTTGCAGGCATTCCTCGGTTTGTCAAAGACCGTATACAGGTGTTAATCAATCTCCGACACTTAT‑AAAACGCGACATTGTCACAGATGTAAGTGTAAAAAATGGCGATGTGATAGTTTTGGGTGGACTGGCCGAAAACAAGATAACTGAAGGCGAAACAGGtttcacgttgtaagct < 1:796360/251‑14 (MQ=255) tttATTGCCGAACATCGTCATTTTACCGATGAAGAAACGGGCGTTTGTTGTGATTTAGTTGTTATTAATCAGTCTGTTGCAGGCATTCCTCGGTTTGTCAAAGACCGTATACAGGTGTTAATCAATCTCCGACACTTAT‑AAAACGCGACATTGTCACAGATGTAAGTGTAAAAAATGGCGATGTGATAGTTTTGGGTGGACTGGCCGAAAACAAGATAACTGAAGGCGAAACAGGtttcacgttgtaagct < 1:245385/251‑14 (MQ=255) cGGGCGTTTGTTGTGATTTAGTTGTTATTAATCAGTCTGTTGCAGGCATTCCTCGGTTTGTCAAAGACCGTATACAGGTGTTAATCAATCTCCGACACTTAT‑AAAACGCGACATTGTCACAGATGTAAGTGTAAAAAATGGCGATGTGATAGTTTTGGGTGGACTGGCCAAAAACAAGATAACTg > 1:439398/1‑185 (MQ=255) cGTTTGTTGTGATTTAGTTGTTATTAATCAGTCTGTTGCAGGCATTCCTCGGTTTGTCAAAGACCGTATACAGGTGTTAATCAATCTCCGACACTTAT‑AAAACGCGACATTGTCACAGATGTAAGTGTAAAAAATGGCGATGTGATAGTTTTGGGTGGACTGGCCGAAAACAAGATAACTGAAGGCGAAACAGGtttcacgttgtaagct < 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atctaattttgttaagacggataCAGGTGTTAATCAATCTCCGACACTTAT‑AAAACGCGACATTGTCACAGATGTAAGTGTAAAAAATGGCGATGTGATTGTTCTTGGTGGTCTGGCTGAAAATAAAATAACGGAAGGTGAAACAGGTTTTTCATTTCTTCCTAAAGGTTTTTTAACGGGAAAATCCAAAAATGATACTAAGACAGATATAGTGATTTTACTCCAAGTGAAACTTGTCTAACTA‑tttttga > 1:897988/21‑248 (MQ=255) attttgttaagacggataCAGGTGTTAATCAATCTCCGACACTTAT‑AAAACGCGACATTGTCACAGATGTAAGTGTAAAAAATGGCGATGTGATTGTTCTTGGTGGTCTGGCTGAAAATAAAATAACGGAAGGTGAAACAGGTTTTTCATTTCTTCCTAAAGGTTTTTTAACGGGAAAATCCAAAAATGATACTAAGACAGATATAGTGATTTTACTCCAAGTGAAACTTGTCTAACTA‑tttttgagcaag > 1:47361/16‑243 (MQ=255) gacggataCAGGTGTTAATCAATCTCCGACACTTAT‑AAAACGCGACATTGTCACAGATGTAAGTGTAAAAAATGGCGATGTGATTGTTCTTGGTGGTCTGGCTGAAAATAAAATAACGGAAGGTGAAACAGGTTTTTCATTTCTTCCTAAAGGTTTTTTAAc < 1:598161/157‑1 (MQ=255) gacggataCAGGTGTTAATCAATCTCCGACACTTAT‑AAAACGCGACATTGTCACAGATGTAAGTGTAAAAAATGGCGATGTGATTGTTCTTGGTGGTCTGGCTGAAAATAAAATAACGGAAGGTGAAACAGGTTTTTCATTTCTTCCTAAAGGTTTTTTAACGGGAAAATCCAAAAATGATACTAAGAc < 1:356024/184‑1 (MQ=255) gacggataCAGGTGTTAATCAATCTCCGACACTTAT‑AAAACGCGACATTGTCACAGATGTAAGTGTAAAAAATGGCGATGTGATTGTTCTTGGTGGTCTGGCTGAAAATAAAATAACGGAAGGTGAAACAGGTTTTTCATTTCTTCCTAAAGGTTTTTTAACGGGAAAATCCAAAAATGATACTAAGACAGATATAGTGATTTTACTCCAAGTGAAACTTGTCTa < 1:645917/220‑1 (MQ=255) gacggataCAGGTGTTAATCAATCTCCGACACTTAT‑AAAACGCGACATTGTCACAGATGTAAGTGTAAAAAATGGCGATGTGATTGTTCTTGGTGGTCTGGCTGAAAATAAAATAACGGAAGGTGAAACAGGTTTTTCATTTCTTCCTAAAGGTTTTTTAACGGGAAAATCCAAAAATGATACTAAGACAGATATAGTGATTTTACTCCAAGTGAAACTTGTCTAACTA‑tttttgagcaagctcaaaaatg > 1:631333/6‑233 (MQ=255) ggataCAGGTGTTAATCAATCTCCGACACTTAT‑AAAACGCGACATTGTCACAGATGTAAGTGTAAAAAATGGCGATGTGATTGTTCTTGGTGGTCTGGCTGAAAATAAAATAACGGAAGGTGAAACAGGTTTTTCATTTCTTCCTAAAGGTTTTTTAACGGGAAAATCCAATAATGATACTAAGACAGATATAGTGATTTTACTCCAAGTGAAACTTGTCTAACTA‑tttttgagcaagctcaaaaatgtag > 1:92644/3‑230 (MQ=255) ggataCAGGTGTTAATCAATCTCCGACACTTAT‑AAAACGCGACATTGTCACAGATGTAAGTGTAAAAAATGGCGATGTGATTGTTCTTGGTGGTCTGGCTGAAAATAAAATAACGGAAGGTGAAACAGGTTTTTCATTTCTTCCTAAAGGTTTTTTAACGGGAAAATCCAAAAATGATACTAAGAc > 1:126598/3‑186 (MQ=255) gTATACAGGTGTTAATCAATCTCCGACACTTAT‑AAAACGCGACATTGTCACAGATGTAAGTGTAAAAAATGGCGATGTGATAGTTTTGGGTGGACTGGCCGAAAACAAGAt > 1:469852/1‑111 (MQ=255) gataCAGGTGTTAATCAATCTCCGACACTTAT‑AAAACGCGACATTGTCACAGATGTAAGTGTAAAAAATGGCGATGTGATTGTTCTTGGTGGTCTGGCTGAAAATAAAATAACGGAAGGTGAAACAGGTTTTTCATTTCTTCCTAAAGGTTTTTTAACGGGAAAATCCAAAAATGATACTAAGACAGATATAGTg > 1:710266/2‑195 (MQ=255) gataCAGGTGTTAATCAATCTCCGACACTTAT‑AAAACGCGACATTGTCACAGATGTAAGTGTAAAAAATGGCGATGTGATTGTTCTTGGTGGTCTGGCTGAAAATAAAATAACGGAAGGTGAAACAGGTTTTTCATTTCTTCCTAAAGGTTTTTTAACGGGAAAATCCAAAAATGATACTAAGACAGATATAGTGATTTTACTCCAAGTGAAACTTGTCTAACTA‑tttttgagcaagctcaaaaatgtagg > 1:60513/2‑229 (MQ=255) ataCAGGTGTTAATCAATCTCCGACACTTAT‑AAAACGCGACATTGTCACAGATGTAAGTGTAAAAAATGGCGATGTGATTGTTCTTGGTGGTCTGGCTGAAAATAAAATAACGGAAGGTGAAACAGGTTTTTCAt > 1:216121/1‑135 (MQ=255) taCAGGTGTTAATCAATCTCCGACACTTAT‑AAAACGCGACATTGTCACAGATGTAAGTGTAAAAAATGGCGATGTGATTGTTCTTGGTGGTCTGGCTGAAAATAAAATAACGGAAGGTGAAACAGGTTTTTCATTTCTTCCTAAAGGTTTTTTAACGGGAAAATCCAAAAATGATACTAAGACAGATATAGTg < 1:573317/193‑1 (MQ=255) taCAGGTGTTAATCAATCTCCGACACTTAT‑AAAACGCGACATTGTCACAGATGTAAGTGTAAAAAATGGCGATGTGATTGTTCTTGGTGGTCTGGCTGAAAATAAAATAACGGAAGGTGAAACAGGTTTTTCATTTCTTCCTAAAGGTTTTTTAACGGGAAAATCCAAAAATGATACTAAGACAGATATAGTGATTTTAc > 1:740583/1‑200 (MQ=255) gtgtTAATCAATCTCCGACACTTAT‑AAAACGCGACATTGTCACAGATGTAAGTGTAAAAAATGGCGATGTGATAGTTTTGGGTGGACTGGCCGAAAACAAGATAACTg > 1:501948/1‑108 (MQ=255) atcTCCGACACTTAT‑AAAACGCGACATTGTCACAGATGTAAGTGTAAAAAATGGCGATGTGATTGTTCTTGGTGGTCTGGCTGAAAATAAAATAACGGAAGGTGAAACAGGTTTTTCATTTCTTCCTAAAGGTTTTTTAACGGGAAAATCCaaaa < 1:858884/155‑1 (MQ=255) acacTTAT‑AAAACGCGACATTGTCACAGATGTAAGTGTAAAAAATGGCGATGTGATTGTTCTTGGTGGTCTGGCTGAAAATAAAATAACGGAAGGTGAAACAGGTTTTTCATTTCTTCCTAAAGGTTTTTTAACGGGAAAATCCAAAAATGATACTAAGACAGATATAGTGATTTTACTCCAAGTGAAACTTGTCTAACTATTTTTGAGCAAGCTCAAAAATGTAGGGCGAAGGCTTGCAGCCCGGTaaac < 1:828510/251‑2 (MQ=255) acacTTAT‑AAAACGCGACATTGTCACAGATGTAAGTGTAAAAAATGGCGATGTGATTGTTCTTGGTGGTCTGGCTGAAAATAAAATAACGGAAGGTGAAACAGGTCTTTCATTTCTTCCTAAAGGTTTTTTAACGGGAAAATCCAAAAATGATACTAAGACAGATATAGTGATTTTACTCCAAGTGAAACTTGTCTAACTATTTTTGAGCAAGCTCAAAAATGTAGGGCGAAGGCTTGCAGCCCGGTaaac < 1:639394/251‑2 (MQ=255) cacTTAT‑AAAACGCGACATTGTCACAGATGTAAGTGTAAAAAATGGCGATGTGATTGTTCTTGGTGGTCTGGCTGAAAATAAAATAACGGAAGGTGAAACAGGTTTTTCATTTCTTCCTAAAGGTTTTTTAACGGGAAAATCCAAAAATGATACTAAGACAGATATAGTGATTTTACTCCAAGTGAAACTTGTCTAACTATTTTTGAGCAAGCTCAAAAATGTAGGGCGAAGGCTTGCAGCCCGGTaaacc < 1:119271/251‑3 (MQ=255) acTTAT‑AAAACGCGACATTGTCACAGATGTAAGTGTAAAAAATGGCGATGTGATTGTTCTTGGTGGTCTGGCTGAAAATAAAATAACGGAAGGTGAAACAGGTTTTTCATTTCTTCCTAAAGGTTTTTTAACGGGAAAATCCAAAAATGATACTAAGACAGATATAGTGATTTTACTCCAAGTGAAACTTGTCTAACTATTTTTGAGCAAGCTCAAAAATGTAGGGCGAAGGCTTGCAGCCCGGTaaacca < 1:283417/251‑4 (MQ=255) cTTAT‑AAAACGCGACATTGTCACAGATGTAAGTGTAAAAAATGGCGATGTGATTGTTCTTGGTGGTCTGGCTGAAAATAAAATAACGGAAGGTGAAACAGGTTTTTCATTTCTTCCTAAAGGTTTTTTAACGGGAAAATCCAAAAATGATACTAAGAc < 1:700016/158‑1 (MQ=255) t‑aAAACGCGACATTGTCACAGATGTAAGTGTAAAAAATGGCGATGTGATTGTTCTTGGTGGTCTGGCTGAAAATAAAATAACGGAAGGTGAAACAGGTTTTTCATTTCTTCCTAAAGGTTTTTTAACGGGAAAATCCAAAAATGATACTAAGACAGATATAGTGATTTTACTCCAAGTGAAACTTGTCTAACTATTTTTGAGCAAGCTCAAAAATGTAGGGCGAAGGCTTGCAGCCCGGTAAACCATGCTc < 1:21991/251‑1 (MQ=255) aaaCGCGACATTGTCACAGATGTAAGTGTAAAAAATGGCGATGTGATTGTTCTTGGTGGTCTGGCTGAAAATAAAATAACGGAAGGTGAAACAGGTTTTTCATTTCTTCCTAAAGGTTTTTTAACGGGAAAATCCAAAAATGATACTAAGACAGATATAGTGATTTTACTCCAAGTGAAACTTGTCTAACTATTTTTGAGCAAGCTCAAAAATGTAGGGCGAAGGCTTGCAGCCCGGTaaac > 1:882242/1‑241 (MQ=255) aCGCGACATTGTCACAGATGTAAGTGTAAAAAATGGCGATGTGATTGTTCTTGGTGGTCTGGCTGAAAATAAAATAACGGAAGGTGAAACAGGTTTTTCATTTCTTCCTAAAGGTTTTTTAACGGGAAAATCCAAAAATGATACTAAGACAGATATAGTGATTTTACTCCAAGTGAAACTTGTCTAACTATTTTTGAGCAAGCTCAAAAATGTAGGGCGAAGGCTTGCAGCCCGGTAAACCATGCTCGATg < 1:871823/251‑1 (MQ=255) cgcgACATTGTCACAGATGTAAGTGTAAAAAATGGCGATGTGATTGTTCTTGGTGGTCTGGCTGAAAATAAAATAACGGAAGGTGAAACAGGTTTTTCATTTCTTCCTAAAGGTTTTTTAACGGGAAAATCCAAAAATGATACTAAGACAGATATAGTGATTTTACTCCAAGTGAAACTTGTCTAACTATTTTTGAGCAAGCTCAAAAATGTAGGGCGAAGGCTTGCAGCCCGGTAAACCATGCTCGATGt < 1:796521/251‑1 (MQ=255) cgACATTGTCACAGATGTAAGTGTAAAAAATGGCGATGTGATTGTTCTTGGTGGTCTGGCTGAAAATAAAATAACGGAAGGTGAAACAGGTTTTTCATTTCTTCCTAAAGGTTTTTTAACGGGAAAATCCAAAAATGATACTAAGACAGATATAGTGATTTTACTCCAAGTGAAACTTGTCTAACTATTTTTGAGCAAGCTCAAAAATGTAGGGCGAAGGCTTGCAGCCCGGTAAACCATGCTCGATGTTa < 1:624089/251‑1 (MQ=255) 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tcttggtggtCTGGCTGAAAATAAAATAACGGAAGGTGAAACAGGTTTTTCATTTCTTCCTAAAGGTTTTTTAACGGGAAAATCCAAAAATGATACTAAGACAGATATAGTGATTTTACTCCAAGTGAAACTTGTCTAACTATTTTTGAGCAAGCTCAAAAATGTAGGGCGAAGGCTTGCAGCCCGGTAAACCATGCTCGATGTTATTCGGGCATTTTTATTTTTTgcgcgtacctaaatttaatcgagaa > 1:203027/5‑231 (MQ=255) | GTGTGGCGTATTTTCCCGACTAATGAAATTAAATCCAATCATCGGTCTTTTATTGCCGAACATCGTCATTTTACCGATGAAGAAACGGGCGTTTGTTGTGATTTAGTTGTTATTAATCAGTCTGTTGCAGGCATTCCTCGGTTTGTCAAAGACCGTATACAGGTGTTAATCAATCTCCGACACTTAT‑AAAACGCGACATTGTCACAGATGTAAGTGTAAAAAATGGAGATGTGATAGTTTTGGGTGGACTGGCCGAAAACAAGATAACTGAAGGCGAAACAGGTTTTTCATTTCTTCCTAAAGGTTTTTTAACGGGAAAATCCAAAAATGATACTAAGACAGATATAGTGATTTTACTCCAAGTGAAACTTGTCTAACTA‑TTTTCCGCTTGC‑GGAAAATGCAGGGCGAAGGCTTGCAGCCCGGTAAATAATGCTCGATGTTATTCGGGCATTTTTATTTGTTGCGCGCTGATGATTTTAATCGAGAA > 1/1481166‑1481652 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |