| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | 1 | 833,559 | (A)8→9 | intergenic (‑11298/+17605) | unknown ← / ← unknown | tRNA‑Thr‑TGT/tRNA‑Met‑CAT |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | 1 | 833,551 | 1 | . | A | 99.1% | 394.0 / ‑3.4 | 113 | intergenic (‑11290/+17613) | unknown/unknown | tRNA‑Thr‑TGT/tRNA‑Met‑CAT |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (1/0); new base A (60/52); total (61/52) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.84e-01 | |||||||||||
Only 100 of 116 total aligned reads displayed.
CGGTGGAACAATACCTTGGCGTACAATACAACTCCTGCTGTTGGAGCATCGGTGTAGGCGCCAGACGTTATGTCACCAGCCGCCAAAATCAAAAATATGATGAAATTTTCTATGATAACAGTATTGGCGTCACCTTCCAGTTGCGGGGATTTGGTAACGATCACAAAAATGGTATCGAAGAGTTATTAAAACGCGGAAAATTGCCGTATTTAAAAGCCTTCAGTCTTTACTAGAAAGGGAAAAAAT‑AAAAAAAACCGTGAGTTATTCTGCTCATGGTTTTTATTAGGTGCAAAAAAAGTGCGGTAGATTTTCTGATTGTTTTTTATTTTCTGGCAAGCGGAGGAACGAAACAAATGCCCATATCCCAAGGTTGTTCAATCCAGGTATTTTGCGGAATATCTACCACATAATTATCTACCAATTCCGCGCCGGCCGGTTTCGCGAAAACCGTCACAAGGCGGGCGTTCGGGTACATTTCACGAATAG > 1/833306‑833791 | gTGGAACAATACCTTGGCGTACAATACAACTCCTGCTGTTGGAGCATCGGTGTAGGCGCCAGACGTTATGTCACCAGCCGCCAAAATCAAAAATATGATGAAATTTTCTATGATAACAGTATTGGCGTCACCTTCCAGTTGCGGGGATTTGGTAACGATCACAAAAATGGTATCGAAGAGTTATTAAAACGCGGAAAATTGCCGTATTTAAAAGCCTTCAGTCTTTACTAGAAAGGGAAAAAAT‑aaaaaa < 1:818843/250‑1 (MQ=255) aTACCTTGGCGTACAATACAACTCCTGCTGTTGGAGCATCGGTGTAGGCGCCAGACGTTATGTCACCAGCCGCCAAAATCAAAAATATGATGAAATTTTCTATGATAACAGTATTGGCGTCACCTTCCAGTTGCGGGGATTCGGTAACGATCACAAAAATGGTATCGAAGAGTTATTAAAACGCGGAAAATTGCCGTATTTAAAAGCCTTCAGTCTTTACTAGAAAGGGAAAAAATAAAAAAAAACCGTGa > 1:414396/1‑251 (MQ=255) cTTGGCGTACAATACAACTCCTGCTGTTGGAGCATCGGTGTAGGCGCCAGACGTTATGTCACCAGCCGCCAAAATCAAAAATATGATGAAATTTTCTATGATAACAGTATTGGCGTCACCTTCCAGTTGCGGGGATTTGGTAACGATCACAAAAATGGTATCGAAGAGTTATTAAAACGCGGAAAATTGCCGTATTTAAAAGCCTTCAGTCTTTACTAGAAAGGGAAAAAATAAAAAAAAACCGTGAGTTa > 1:22941/1‑251 (MQ=255) gCGTACAATACAACTCCTGCTGTTGGAGCATCGGTGTAGGCGCCAGACGTTATGTCACCAGCCGCCAAAATCAAAAATATGATGAAATTTTCTATGATAACAGTATTGGCGTCACCTTCCAGTTGCGGGGATTTGGTAACGATCACAAAAATGGTATCGAAGAGTTATTAAAACGCGGAAAATTGCCGTATTTAAAAGCCTTCAGTCTTTACTAGAAAGGGAAAAAATAAAAAAAAACCGTGAGTTATTc < 1:610209/250‑1 (MQ=255) 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< 1:735287/251‑1 (MQ=255) tAACGATCACAAAAATGGTATCGAAGAGTTATTAAAACGCGGAAAATTGCCGTATTTAAAAGCCTTCAGTCTTTACTAGAAAGGGAAAAAATAAAAAAAAACCGTGAGTTATTCTGCTCATGGTTTTTATTAGGTGCAAAAAAAGTGCGGTAGATTTTCTGATTGTTTTTTATTTTCTGGCAAGCGGAGGAACGAAACAAATGCCCATATCCCAAGGTTGTTCAATCCAGGTATTTTGCGGAATATCTAc < 1:612119/250‑1 (MQ=255) aCGATCACAAAAATGGTATCGAAGAGTTATTAAAACGCGGAAAATTGCCGTATTTAAAAGCCTTCAGTCTTTACTAGAAAGGGAAAAAATAAAAAAAAACCGTGAGTTATTCTGCTCATGGTTTTTATTAGGTGCAAAAAAAGTGCGGTAGATTTTCTGATTGTTTTTTATTTTCTGGCAAGCGGAGGAACGAAACAAATGCCCATATCCCAAGGTTGTTCAATCCAGGTATTTTGCGGAATATCTACcac < 1:876675/251‑1 (MQ=255) aTCACAAAAATGGTATCGAAGAGTTATTAAAACGCGGAAAATTGCCGTATTTAAAAGCCTTCAGTCTTTACTAGAAAGGGAAAAAATAAAAAAAAACCGTGAGTTATTCTGCTCATGGTTTTTATTAGGTGCAAAAAAAGTGCGGTAGATTTTCTGATTGTTTTTTATTTTCTGGCAAGCGGAGGAACGAAACAAATGCCCATATCCCAAGGTTGTTCAATCCAGGTATTTTg < 1:261855/233‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 31 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |